feat: indexer con validacion en dos pasadas y CLI con output de errores

Reescribe el indexer con estrategia de dos pasadas:
1. Parsea todos los .md y construye sets de IDs conocidos
2. Valida integridad contra IDs conocidos, inserta solo los validos

El CLI ahora muestra INVALID para errores de validacion y ERROR
para errores de insercion, separando claramente ambos.
Añade test de integracion que verifica que entradas invalidas
se rechazan sin afectar a las validas.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>

cmd/fn/main.go

@@ -94,8 +94,11 @@ func cmdIndex() {
 	}
 
 	fmt.Printf("Indexed %d functions, %d types\n", result.Functions, result.Types)
+	for _, e := range result.ValidationErrors {
+		fmt.Fprintf(os.Stderr, "  INVALID: %s\n", e)
+	}
 	for _, e := range result.Errors {
-		fmt.Fprintf(os.Stderr, "  warn: %s\n", e)
+		fmt.Fprintf(os.Stderr, "  ERROR: %s\n", e)
 	}
 }