feat(papers): estructura, scaffolding y capability page del artefacto papers/

Nuevo tipo de artefacto para papers académicos reproducibles (papers/<NNNN-slug>/): - Plantillas docs/templates/paper.md (IMRaD completo con guías por sección: Abstract, Introduction, Related work, Methods, Results, Discussion con Limitaciones + Amenazas a la validez, Conclusion + Future work) y docs/templates/preregistration.md (H0/H1 falsable, variables, diseño, plan de análisis con test exacto + effect size + corrección múltiple, predicción cuantitativa; nota anti-HARKing de congelado). - Pipeline init_paper (bash/functions/pipelines/init_paper.sh + .md): calcula el siguiente NNNN, crea las subcarpetas (experiments data figures reviews out), copia las plantillas rellenando el frontmatter (title, slug, date, phase=question, status=draft) y crea references.md. No hace git init (fase interna local). - Función atómica reutilizable next_numbered_dir (bash/functions/io): siguiente prefijo NNNN- escaneando un directorio numerado (reutilizable por papers/reports/issues). - papers/ como artefacto local gitignored (bloque en .gitignore + papers/.gitkeep): un paper en fase interna no contamina el repo padre; al promocionar a publishable se vuelve sub-repo Gitea propio. - Página de capacidad docs/capabilities/papers.md + fila en el INDEX: tabla de funciones del grupo papers (disponibles + en construcción por la flota), ejemplo canónico end-to-end y fronteras. Reutiliza slugify_ascii del registry. Diseño: reports/0001-2026-06-30-papers-system-design.md. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-06-30 20:38:38 +02:00
parent a1e2e3567c
commit 6e3c3cf2a2
10 changed files with 593 additions and 0 deletions
@@ -0,0 +1,69 @@
+---
+name: init_paper
+kind: pipeline
+lang: bash
+domain: pipelines
+version: "1.0.0"
+purity: impure
+signature: "init_paper(slug: string, [--title <t>] [--domain <d>] [--tags <csv>]) -> void"
+description: "Scaffold de un paper académico reproducible en papers/<NNNN-slug>/. Calcula el siguiente número incremental escaneando papers/, crea las subcarpetas (experiments data figures reviews out), copia las plantillas paper.md (IMRaD) + preregistration.md (anti-HARKing) rellenando el frontmatter (title, slug, date de hoy, phase=question, status=draft) y crea references.md. NO hace git init: el paper arranca en fase interna local (papers/ gitignored). Grupo de capacidad papers."
+tags: [papers, scaffold, paper, pipeline, bash, launcher]
+uses_functions:
+  - next_numbered_dir_bash_io
+  - slugify_ascii_py_core
+uses_types: []
+returns: []
+returns_optional: false
+error_type: "error_go_core"
+imports: []
+params:
+  - name: slug
+    desc: "identificador legible del paper; se slugifica a ASCII (espacios/acentos se normalizan) y se prefija con el siguiente NNNN incremental"
+  - name: "--title"
+    desc: "título del paper (string); si se omite, usa el slug limpio. No debe contener el carácter '|'"
+  - name: "--domain"
+    desc: "dominio del paper escrito en el frontmatter (default datascience)"
+  - name: "--tags"
+    desc: "tags CSV que se escriben en el frontmatter de paper.md (opcional)"
+output: "sin salida directa; crea papers/<NNNN-slug>/ con paper.md, preregistration.md, references.md y las subcarpetas experiments/ data/ figures/ reviews/ out/. Imprime el resumen y los pasos siguientes a stdout."
+tested: false
+tests: []
+test_file_path: ""
+file_path: "bash/functions/pipelines/init_paper.sh"
+---
+
+## Ejemplo
+
+```bash
+# Scaffold de un paper nuevo (numera 0001, 0002, ... automáticamente)
+fn run init_paper mi-primer-paper --title "Mi primer paper"
+fn run init_paper reactive-loop-calls --domain datascience --tags registry,telemetria
+
+# El slug se slugifica: "Áreas de Mejora" -> papers/0003-areas-de-mejora/
+fn run init_paper "Áreas de Mejora"
+```
+
+## Cuando usarla
+
+Cuando empiezas un paper académico nuevo dentro de `fn_registry` y necesitas el esqueleto del artefacto (`papers/<NNNN-slug>/`) con las plantillas IMRaD y de pre-registro listas para rellenar. Es el paso 1 del grupo de capacidad `papers` (ver `docs/capabilities/papers.md`), antes de la revisión de literatura y del pre-registro de la hipótesis.
+
+## Flujo
+
+1. Parsea `<slug>` (posicional) + flags `--title` / `--domain` / `--tags`. Falla con exit ≠ 0 si falta el slug.
+2. `slugify_ascii` — normaliza el slug a ASCII lowercase sin diacríticos (reutiliza la función del registry, solo stdlib).
+3. `next_numbered_dir papers/` — calcula el siguiente NNNN de 4 dígitos sin colisión.
+4. Crea `papers/<NNNN-slug>/` con las subcarpetas `experiments/ data/ figures/ reviews/ out/`.
+5. Copia `docs/templates/paper.md` + `docs/templates/preregistration.md` y rellena el frontmatter por clave de línea (title, slug, date de hoy, domain, tags; phase=question y status=draft vienen de la plantilla).
+6. Crea `references.md` vacío.
+
+## Gotchas
+
+- **NO hace `git init`.** El paper arranca en fase interna local; `papers/` está gitignored en el repo padre (solo `papers/.gitkeep` se versiona). Promocionar a sub-repo Gitea (fase publishable) es manual.
+- **El `--title` no debe contener el carácter `|`** (se usa como delimitador de sed al rellenar el frontmatter; los `&` y `\` sí se escapan).
+- **No indexa el paper en `registry.db`** — los artefactos `papers/<slug>/` no se indexan en esta fase (KISS); sí se indexa este pipeline.
+- Requiere `python3` (del venv del registry o del sistema) para slugificar; `slugify_ascii` solo usa stdlib, así que el venv no es obligatorio.
+- Idempotencia: si el directorio destino ya existiera, aborta con exit ≠ 0 en vez de sobrescribir.
+
+## Notas
+
+Cada paper es un artefacto independiente (mismo patrón que `apps/` y `analysis/`, pero para investigación). El pipeline usa `set -euo pipefail`: cualquier fallo detiene la ejecución. Parte del grupo de capacidad `papers` — diseño completo en `reports/0001-2026-06-30-papers-system-design.md`.
@@ -0,0 +1,177 @@
+#!/usr/bin/env bash
+# init_paper
+# ----------
+# Scaffold de un paper académico reproducible en papers/<NNNN-slug>/.
+#
+# Calcula el siguiente número incremental escaneando papers/, crea el
+# directorio con todas las subcarpetas (experiments data figures reviews out),
+# copia las plantillas paper.md + preregistration.md rellenando el frontmatter
+# (title, slug, date de hoy, phase=question, status=draft) y crea references.md.
+#
+# NO hace `git init`: el paper arranca en fase interna local (papers/ está
+# gitignored en el repo padre, solo .gitkeep se versiona). La promoción a
+# sub-repo Gitea (fase publishable) es un paso posterior MANUAL.
+#
+# Compone: next_numbered_dir (helper de numeración del registry) +
+#          slugify_ascii (slug ASCII del registry).
+#
+# USO:
+#   ./init_paper.sh <slug> [--title "..."] [--domain <d>] [--tags a,b,c]
+#
+# EJEMPLOS:
+#   ./init_paper.sh mi-primer-paper --title "Mi primer paper"
+#   ./init_paper.sh reactive-loop-calls --domain datascience --tags registry,telemetria
+
+set -euo pipefail
+
+SCRIPT_DIR="$(cd "$(dirname "${BASH_SOURCE[0]}")" && pwd)"
+REGISTRY_ROOT="$(cd "$SCRIPT_DIR/../../.." && pwd)"
+
+# Funciones atómicas del registry
+source "$REGISTRY_ROOT/bash/functions/io/next_numbered_dir.sh"
+
+# ── Parsing de argumentos ────────────────────────────────────
+
+SLUG_RAW=""
+TITLE=""
+DOMAIN="datascience"
+TAGS=""
+
+while [ $# -gt 0 ]; do
+    case "$1" in
+        --title)
+            TITLE="$2"; shift 2 ;;
+        --domain)
+            DOMAIN="$2"; shift 2 ;;
+        --tags)
+            TAGS="$2"; shift 2 ;;
+        -h|--help)
+            grep "^#" "$0" | sed 's/^# \?//' ; exit 0 ;;
+        -*)
+            echo "Flag desconocido: $1" >&2 ; exit 1 ;;
+        *)
+            if [ -z "$SLUG_RAW" ]; then
+                SLUG_RAW="$1"
+            else
+                echo "ERROR: argumento posicional inesperado: '$1' (solo se admite un <slug>)." >&2
+                exit 1
+            fi
+            shift ;;
+    esac
+done
+
+if [ -z "$SLUG_RAW" ]; then
+    echo "ERROR: falta el argumento <slug>." >&2
+    echo "Uso: $0 <slug> [--title \"...\"] [--domain <d>] [--tags a,b,c]" >&2
+    echo "  Ejemplo: $0 mi-primer-paper --title \"Mi primer paper\"" >&2
+    exit 1
+fi
+
+# ── Slugificar (reutiliza slugify_ascii del registry; solo stdlib) ──
+
+PYBIN="$REGISTRY_ROOT/python/.venv/bin/python3"
+[ -x "$PYBIN" ] || PYBIN="$(command -v python3 || true)"
+if [ -z "$PYBIN" ]; then
+    echo "ERROR: no se encontró python3 para slugificar el slug." >&2
+    exit 1
+fi
+
+SLUG_CLEAN=$("$PYBIN" -c '
+import sys, os
+sys.path.insert(0, os.path.join(sys.argv[2], "python", "functions"))
+from core.slugify_ascii import slugify_ascii
+print(slugify_ascii(sys.argv[1], default="paper"))
+' "$SLUG_RAW" "$REGISTRY_ROOT")
+
+# ── Resolver número incremental y directorio destino ─────────
+
+PAPERS_DIR="$REGISTRY_ROOT/papers"
+mkdir -p "$PAPERS_DIR"
+
+NUM=$(next_numbered_dir "$PAPERS_DIR")
+SLUG_FULL="${NUM}-${SLUG_CLEAN}"
+PAPER_DIR="$PAPERS_DIR/$SLUG_FULL"
+
+if [ -d "$PAPER_DIR" ]; then
+    echo "ERROR: el directorio del paper ya existe: $PAPER_DIR" >&2
+    exit 1
+fi
+
+TODAY=$(date +%Y-%m-%d)
+[ -n "$TITLE" ] || TITLE="$SLUG_CLEAN"
+
+TAGS_YAML="[]"
+if [ -n "$TAGS" ]; then
+    TAGS_YAML="[$(echo "$TAGS" | sed 's/,/, /g')]"
+fi
+
+echo ""
+echo "════════════════════════════════════════════════════════════"
+echo "  INIT PAPER: ${SLUG_FULL}"
+echo "  Título:     ${TITLE}"
+echo "  Directorio: ${PAPER_DIR}"
+echo "════════════════════════════════════════════════════════════"
+echo ""
+
+# ── Crear estructura ─────────────────────────────────────────
+
+echo "[1/3] Creando estructura..."
+mkdir -p "$PAPER_DIR"/experiments "$PAPER_DIR"/data "$PAPER_DIR"/figures \
+         "$PAPER_DIR"/reviews "$PAPER_DIR"/out
+echo "  experiments/ data/ figures/ reviews/ out/"
+
+# ── Copiar plantillas + rellenar frontmatter ─────────────────
+
+echo "[2/3] Escribiendo paper.md + preregistration.md..."
+
+# Escapa caracteres especiales del RHS de sed (delimitador |)
+sed_escape() { printf '%s' "$1" | sed -e 's/[\\&|]/\\&/g'; }
+TITLE_ESC="$(sed_escape "$TITLE")"
+DOMAIN_ESC="$(sed_escape "$DOMAIN")"
+
+PAPER_MD="$PAPER_DIR/paper.md"
+PREREG_MD="$PAPER_DIR/preregistration.md"
+
+cp "$REGISTRY_ROOT/docs/templates/paper.md" "$PAPER_MD"
+cp "$REGISTRY_ROOT/docs/templates/preregistration.md" "$PREREG_MD"
+
+sed -i \
+    -e "s|^title:.*|title: \"${TITLE_ESC}\"|" \
+    -e "s|^slug:.*|slug: ${SLUG_FULL}|" \
+    -e "s|^date:.*|date: ${TODAY}|" \
+    -e "s|^domain:.*|domain: ${DOMAIN_ESC}|" \
+    -e "s|^tags:.*|tags: ${TAGS_YAML}|" \
+    "$PAPER_MD"
+
+sed -i \
+    -e "s|^paper_slug:.*|paper_slug: ${SLUG_FULL}|" \
+    "$PREREG_MD"
+
+echo "  $PAPER_MD"
+echo "  $PREREG_MD"
+
+# ── references.md ────────────────────────────────────────────
+
+echo "[3/3] Escribiendo references.md..."
+cat > "$PAPER_DIR/references.md" << EOF
+# References — ${TITLE}
+
+<!-- Una entrada por referencia. Formato libre (o BibTeX) hasta promocionar a publishable. -->
+EOF
+echo "  $PAPER_DIR/references.md"
+
+# ── Resumen ──────────────────────────────────────────────────
+
+echo ""
+echo "════════════════════════════════════════════════════════════"
+echo "  PAPER '${SLUG_FULL}' LISTO (fase: question, status: draft)"
+echo "════════════════════════════════════════════════════════════"
+echo ""
+echo "  Pasos siguientes:"
+echo "  1. Revisión de literatura (skill /deep-research) → Related work."
+echo "  2. Pre-registro: congela H0/H1 + plan en preregistration.md (preregister_hypothesis)."
+echo "  3. Experimentos en experiments/ → análisis (grupo eda) → escritura IMRaD en paper.md."
+echo "  4. render_paper_pdf → out/paper.pdf. Peer review adversarial → reviews/."
+echo ""
+echo "  papers/ está gitignored: este paper vive local hasta promocionar a publishable."
+echo ""