4f1530797e
Subsistema de papers reproducibles (grupo de capacidad `papers`). Añade las funciones estadísticas que un paper honesto necesita y la función que congela la hipótesis antes de mirar los datos (anti-HARKing). Nuevas funciones (puras salvo la última): - effect_size_cohens_d: Cohen's d + Hedges' g (corrección de sesgo para N pequeño) + interpretación cualitativa (negligible/small/medium/large por los umbrales de Cohen). Dict-no-throw ante varianza cero / N insuficiente. - confidence_interval_mean: intervalo de confianza de una media (t de Student) o de la diferencia de medias con Welch (df de Welch–Satterthwaite, sin asumir varianzas iguales). Dict-no-throw; el IC colapsa al punto cuando la varianza es cero. - preregister_hypothesis (impura): congela hipótesis + plan de análisis en papers/<slug>/preregistration.md con frozen_at (UTC) y content_hash (sha256 del cuerpo normalizado, no del frontmatter). Inmutabilidad: una vez frozen, un contenido distinto se RECHAZA sin sobrescribir (mata el HARKing); idempotente si el contenido es idéntico. Siempre dict-no-throw. Extensión: - fdr_correction 1.0.0 -> 1.1.0: añade method="holm" (Holm-Bonferroni step-down, controla FWER, más potente que Bonferroni simple). Reúsa la maquinaria de alineación 1:1 con None/inválidos; no rompe los métodos bh/bonferroni. Reutiliza del registry: fdr_correction (BH + Bonferroni ya existían) como base para Holm. pearson y spearman_corr ya cubrían correlación. Tests: 36 pytest verdes (cohen/hedges 8, confidence/welch 8, fdr/holm/bonferroni 12, preregister 4 + extras), golden contra valores conocidos y validados con scipy. Golden manual del preregistro: congela, idempotente, rechaza edición (bytes en disco idénticos al congelado). Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>
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name, kind, lang, domain, version, purity, signature, description, tags, params, output, uses_functions, uses_types, returns, returns_optional, error_type, imports, tested, tests, test_file_path, file_path
| name | kind | lang | domain | version | purity | signature | description | tags | params | output | uses_functions | uses_types | returns | returns_optional | error_type | imports | tested | tests | test_file_path | file_path | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| preregister_hypothesis | function | py | datascience | 1.0.0 | impure | def preregister_hypothesis(paper_dir: str, hypotheses: dict, analysis_plan: dict) -> dict | Pre-registra (congela) la hipotesis y el plan de analisis de un paper ANTES de mirar los datos: antidoto al HARKing (Hypothesizing After the Results are Known). Escribe/actualiza <paper_dir>/preregistration.md con un frontmatter (paper_slug, frozen_at, content_hash, status) y un cuerpo markdown DETERMINISTA derivado de (hypotheses, analysis_plan) (mismo input -> mismo cuerpo byte a byte, claves ordenadas alfabeticamente). El content_hash es sha256 del cuerpo NORMALIZADO (strip por linea + colapso de blancos), nunca del frontmatter. Una vez status=frozen es INMUTABLE: re-congelar con el mismo contenido es idempotente (no reescribe, devuelve unchanged) y re-congelar con contenido distinto se RECHAZA (no sobrescribe, devuelve error) para que no se pueda ajustar la hipotesis a los resultados. Estilo dict-no-throw: nunca lanza. |
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dict dict-no-throw (NUNCA lanza). status='frozen' cuando escribe el archivo por primera vez o congela un draft previo ({status, path, content_hash, frozen_at}). status='unchanged' cuando ya estaba frozen con el mismo content_hash: no reescribe y preserva el archivo byte-identico incl. el frozen_at original ({status, path, content_hash, frozen_at}). status='error' cuando paper_dir no existe, ya esta frozen con un hash distinto (rechazo anti-HARKing, no sobrescribe), inputs invalidos o error de I/O ({status, path, note, [content_hash]}). | false | error_go_core |
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true |
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python/functions/datascience/preregister_hypothesis_test.py | python/functions/datascience/preregister_hypothesis.py |
Ejemplo
import os, tempfile
from datascience import preregister_hypothesis
# Un directorio de paper que ya existe.
paper_dir = tempfile.mkdtemp(prefix="0001-")
hypotheses = {
"h0": "no hay diferencia entre el grupo A y el grupo B",
"h1": "el grupo A tiene mayor conversion que el grupo B",
}
analysis_plan = {
"test": "welch_t_test",
"effect_size_metric": "cohens_d",
"decision_rule": "rechazar H0 si p<0.05 tras Holm y |d|>=0.5",
"planned_n": 100,
"multiple_correction": "holm",
}
# 1) Primera vez: congela y escribe <paper_dir>/preregistration.md
r1 = preregister_hypothesis(paper_dir, hypotheses, analysis_plan)
print(r1["status"]) # -> "frozen"
print(r1["content_hash"]) # sha256 del cuerpo
# 2) Mismo input: idempotente, no reescribe.
r2 = preregister_hypothesis(paper_dir, hypotheses, analysis_plan)
print(r2["status"]) # -> "unchanged"
# 3) Cambiar la hipotesis tras congelar (HARKing): rechazado, archivo intacto.
r3 = preregister_hypothesis(paper_dir, {"h0": "...", "h1": "otra cosa"}, analysis_plan)
print(r3["status"]) # -> "error"
Cuando usarla
Llamala al ARRANCAR el analisis de un paper, antes de tocar los datos, para
dejar por escrito (y firmado por hash) que vas a probar y como vas a decidir.
Es el primer paso de un flujo reproducible: pre-registras la hipotesis y el plan
(test, effect_size_metric, decision_rule, planned_n,
multiple_correction), y solo despues corres el analisis y comparas con lo
pre-registrado. Si mas tarde el analisis "descubre" otra hipotesis que encaja
mejor con los datos, el pre-registro congelado deja en evidencia el cambio: no se
puede reescribir. Combinala con effect_size_cohens_d y fdr_correction para
cerrar el plan declarado (effect size + correccion de multiples comparaciones).
Gotchas
- Inmutabilidad (el corazon): una vez
status: frozen, el pre-registro NO se puede editar. Re-congelar con el MISMO contenido es idempotente (unchanged, no reescribe, preserva incluso elfrozen_atoriginal). Re-congelar con contenido DISTINTO devuelveerrory deja el archivo intacto: asi se mata el HARKing. Para cambiar de verdad la hipotesis hay que borrar el archivo a mano y asumir explicitamente que ya no es un pre-registro valido. - dict-no-throw: la funcion NUNCA lanza. Cualquier error previsible
(directorio inexistente, inputs no-dict, fallo de I/O, excepcion inesperada) se
captura y se devuelve como
{"status": "error", "note": ...}. Siempre incluyepath(la ruta esperada delpreregistration.md). - El hash es SOLO del cuerpo, nunca del frontmatter: el frontmatter contiene
el propio
content_hashy elfrozen_at(timestamp), asi que incluirlos en el hash seria circular y romperia la idempotencia. El cuerpo se normaliza antes de hashear (strip por linea + colapso de lineas en blanco + strip final): cambios irrelevantes de whitespace no alteran el hash, pero cambios de contenido SI. - Determinismo: el cuerpo se genera con las claves de
hypothesesyanalysis_planordenadas alfabeticamente, de modo que el orden de insercion del dict no afecta al hash. Mismo(hypotheses, analysis_plan)-> mismo cuerpo y mismo hash, byte a byte. - No crea el directorio del paper: si
paper_dirno existe, devuelveerrorsin crear nada (ni el dir ni el archivo).