Compare commits
10 Commits
| Author | SHA1 | Date | |
|---|---|---|---|
| 64306f3b1c | |||
| f2eb782a5f | |||
| 80d10010f5 | |||
| ecc22d6d57 | |||
| 7bdb8bffb5 | |||
| 4139394326 | |||
| 54a9ab70c7 | |||
| 4773781323 | |||
| 50c05d126c | |||
| 6f88f184f1 |
@@ -0,0 +1,109 @@
|
||||
"""Tests del filtro `only` de build_document (selección de capítulos).
|
||||
|
||||
Verifican que:
|
||||
- only=None mantiene el comportamiento histórico (todos los capítulos).
|
||||
- only=[ids] restringe el CUERPO a esos ids, pero portada (primera) y glosario
|
||||
(última) están SIEMPRE presentes.
|
||||
- only=[] produce el documento mínimo (solo portada + glosario).
|
||||
- la selección también viaja por la clave reservada ctx['_only_chapters']
|
||||
(el canal que usan los renderers, que llaman build_document sin `only`), y
|
||||
esa clave nunca se filtra a los capítulos.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import os
|
||||
import sys
|
||||
|
||||
_HERE = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
|
||||
_FUNCTIONS = os.path.abspath(os.path.join(_HERE, "..", "..", "..")) # python/functions
|
||||
if _FUNCTIONS not in sys.path:
|
||||
sys.path.insert(0, _FUNCTIONS)
|
||||
|
||||
from datascience.automatic_eda import build_document # noqa: E402
|
||||
|
||||
|
||||
def _profile_with_cat_and_num():
|
||||
"""Perfil mínimo que hace construir cat_distr y num_distr (cuerpo no vacío)."""
|
||||
return {
|
||||
"table": "ventas", "n_rows": 120, "n_cols": 2, "quality_score": 91,
|
||||
"duplicate_pct": 1.5, "null_cell_pct": 0.8,
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "region", "inferred_type": "categorical",
|
||||
"categorical": {
|
||||
"top": [{"value": "norte", "count": 50, "pct": 0.42},
|
||||
{"value": "sur", "count": 40, "pct": 0.33},
|
||||
{"value": "este", "count": 30, "pct": 0.25}],
|
||||
"mode": "norte", "n_distinct": 3, "entropy": 1.55,
|
||||
"imbalance": 0.1}},
|
||||
{"name": "importe", "inferred_type": "numeric",
|
||||
"numeric": {"mean": 50.0, "median": 48.0, "std": 10.0,
|
||||
"min": 10, "max": 99, "iqr": 15,
|
||||
"histogram": [{"lo": 0, "hi": 50, "count": 40},
|
||||
{"lo": 50, "hi": 100, "count": 80}]}},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_only_none_is_full_document():
|
||||
"""Retro-compat: sin `only`, salen todos los capítulos aplicables."""
|
||||
chs = build_document(_profile_with_cat_and_num(), ctx={"dataset_name": "v"})
|
||||
ids = [c.id for c in chs]
|
||||
assert ids[0] == "portada"
|
||||
assert ids[-1] == "glosario"
|
||||
# El cuerpo trae las distribuciones (cat/num), no solo portada+glosario.
|
||||
assert "num_distr" in ids
|
||||
assert "cat_distr" in ids
|
||||
|
||||
|
||||
def test_only_restricts_body_but_keeps_cover_and_glossary():
|
||||
# cat_distr registra el término "entropía" en el glosario, así que el
|
||||
# glosario (destino del término clicable) aparece — demuestra el contrato
|
||||
# "portada primera + capítulo + glosario última".
|
||||
chs = build_document(_profile_with_cat_and_num(),
|
||||
ctx={"dataset_name": "v"}, only=["cat_distr"])
|
||||
ids = [c.id for c in chs]
|
||||
assert ids[0] == "portada", f"portada no es la primera: {ids}"
|
||||
assert ids[-1] == "glosario", f"glosario no es la última: {ids}"
|
||||
assert "cat_distr" in ids
|
||||
# num_distr quedó fuera de la selección.
|
||||
assert "num_distr" not in ids
|
||||
|
||||
|
||||
def test_only_empty_yields_minimal_document():
|
||||
# only=[] -> cuerpo vacío. La portada está siempre; el glosario solo aparece
|
||||
# si algún capítulo registró términos (patrón preexistente: glosario vacío se
|
||||
# omite). Sin cuerpo no hay términos → documento mínimo = solo portada.
|
||||
chs = build_document(_profile_with_cat_and_num(),
|
||||
ctx={"dataset_name": "v"}, only=[])
|
||||
ids = [c.id for c in chs]
|
||||
assert ids == ["portada"], \
|
||||
f"only=[] debe dar el documento mínimo (solo portada), no {ids}"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_selection_via_reserved_ctx_key():
|
||||
"""La selección viaja por ctx['_only_chapters'] cuando no se pasa `only`."""
|
||||
chs = build_document(_profile_with_cat_and_num(),
|
||||
ctx={"dataset_name": "v",
|
||||
"_only_chapters": ["cat_distr"]})
|
||||
ids = [c.id for c in chs]
|
||||
assert "cat_distr" in ids
|
||||
assert "num_distr" not in ids
|
||||
assert ids[0] == "portada" and ids[-1] == "glosario"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_explicit_only_arg_wins_over_ctx_key():
|
||||
"""Si se pasan ambos, el argumento `only` manda sobre la clave del ctx."""
|
||||
chs = build_document(_profile_with_cat_and_num(),
|
||||
ctx={"dataset_name": "v",
|
||||
"_only_chapters": ["cat_distr"]},
|
||||
only=["num_distr"])
|
||||
ids = [c.id for c in chs]
|
||||
assert "num_distr" in ids
|
||||
assert "cat_distr" not in ids
|
||||
|
||||
|
||||
def test_reserved_key_not_leaked_to_caller_ctx():
|
||||
"""build_document no muta el ctx del caller (copia interna)."""
|
||||
ctx = {"dataset_name": "v", "_only_chapters": ["num_distr"]}
|
||||
build_document(_profile_with_cat_and_num(), ctx=ctx)
|
||||
# La clave reservada sigue en el dict del caller (no se mutó su copia).
|
||||
assert ctx["_only_chapters"] == ["num_distr"]
|
||||
@@ -0,0 +1,205 @@
|
||||
"""chapter_deps — mapa central de dependencias de cómputo por capítulo del EDA.
|
||||
|
||||
Fuente de verdad ÚNICA de qué necesita cada capítulo de ``CHAPTER_ORDER`` para
|
||||
computarse COMPLETO (sin caer en su rama degradada "datos insuficientes"). Lo
|
||||
consume el pipeline ``render_automatic_eda`` cuando se le pide renderizar un
|
||||
SUBCONJUNTO de capítulos (kwarg ``only_chapters``): antes de perfilar, resuelve
|
||||
los requisitos de los capítulos pedidos y activa SOLO el cómputo que esos
|
||||
capítulos necesitan, de modo que un capítulo suelto siempre llegue poblado y a la
|
||||
vez no se malgaste CPU/LLM en piezas que ningún capítulo pedido usa.
|
||||
|
||||
Diseño: el mapa es CENTRAL (este módulo), NO una constante por capítulo. Así se
|
||||
evita tocar los ``chapters/<id>.py`` (cada agente es dueño de su capítulo) y se
|
||||
elimina el riesgo de colisión entre ramas. Si un capítulo cambia lo que lee del
|
||||
``profile``/``ctx``, se actualiza ESTE mapa — es donde el motor mira.
|
||||
|
||||
Dos clases de dependencia, derivadas inspeccionando qué lee cada capítulo:
|
||||
|
||||
- ``profile_flags``: flags de coste de ``profile_table`` que hay que ACTIVAR
|
||||
para que el ``profile`` traiga el bloque que el capítulo lee. Son los caros:
|
||||
* ``run_models`` -> ``profile['models']`` (KMeans/IsolationForest/PCA).
|
||||
Lo leen ``outliers`` (fallback del multivariante) y ``modelos``.
|
||||
* ``run_series`` -> ``profile['series']`` (análisis de serie temporal).
|
||||
Lo lee ``timeseries``.
|
||||
* ``run_llm`` -> ``profile['llm']`` (interpretación del modelo).
|
||||
Lo lee ``analisis_llm``.
|
||||
|
||||
- ``ctx``: etiquetas de las piezas de DATOS CRUDOS que construye
|
||||
``build_eda_render_ctx`` y que el capítulo lee del ``ctx``. Si la lista está
|
||||
vacía, el capítulo no necesita datos crudos y el pipeline puede saltarse
|
||||
``build_eda_render_ctx`` por completo cuando ningún capítulo pedido los pide.
|
||||
Etiquetas y claves reales que mapean (ver ``CTX_LABEL_TO_KEYS``):
|
||||
* ``head_rows`` -> ``ctx['head_rows']`` (overview: df.head real).
|
||||
* ``raw_numeric`` -> ``ctx['raw_numeric']`` (outliers/modelos/
|
||||
correlacion/missingness/geospatial: muestra numérica alineada por fila).
|
||||
* ``timeseries_raw`` -> ``ctx['timeseries_raw']`` (timeseries: serie cruda).
|
||||
* ``geo_points`` -> ``ctx['geo_points']`` (+ ``raw_numeric``)
|
||||
(geospatial: lat/lon).
|
||||
* ``db_path_table`` -> ``ctx['db_path']`` + ``ctx['table']`` (agregacion/
|
||||
text_distr/missingness/relaciones: push-down de queries propias).
|
||||
|
||||
``portada`` y ``glosario`` NO son opcionales: el pipeline los incluye SIEMPRE
|
||||
(la portada resume el documento y el glosario es el destino de los términos
|
||||
clicables), así que aquí se declaran sin requisitos de cómputo.
|
||||
|
||||
Todas las funciones de este módulo son PURAS (no I/O, deterministas): se prestan
|
||||
a test unitario directo.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
from __future__ import annotations
|
||||
|
||||
# Mapa central. Una entrada por id de CHAPTER_ORDER. ``profile_flags`` lista los
|
||||
# flags de coste a activar; ``ctx`` las etiquetas de datos crudos que lee. Las
|
||||
# claves vacías significan "no necesita ese tipo de dependencia".
|
||||
CHAPTER_DEPS = {
|
||||
# Portada y glosario: SIEMPRE presentes, sin cómputo propio (la portada lee
|
||||
# el document_summary que arma build_document; el glosario lee los términos
|
||||
# que el resto registró). Se declaran para que el mapa cubra CHAPTER_ORDER
|
||||
# entero y la validación los reconozca.
|
||||
"portada": {"profile_flags": [], "ctx": []},
|
||||
"overview": {"profile_flags": [], "ctx": ["head_rows"]},
|
||||
"analisis_llm": {"profile_flags": ["run_llm"], "ctx": []},
|
||||
"num_distr": {"profile_flags": [], "ctx": []},
|
||||
"cat_distr": {"profile_flags": [], "ctx": []},
|
||||
# text_distr empuja su propia query de texto (no usa raw_numeric); necesita
|
||||
# db_path/table en el ctx para hacerlo.
|
||||
"text_distr": {"profile_flags": [], "ctx": ["db_path_table"]},
|
||||
"calidad": {"profile_flags": [], "ctx": []},
|
||||
# missingness lee la muestra numérica cruda (co-ocurrencia de ausencias) y
|
||||
# puede empujar una query de patrón de nulos con db_path/table.
|
||||
"missingness": {"profile_flags": [], "ctx": ["raw_numeric", "db_path_table"]},
|
||||
# outliers corre IsolationForest EN VIVO sobre ctx['raw_numeric']; run_models
|
||||
# asegura además el fallback profile['models']['outliers'] si el ctx faltara.
|
||||
"outliers": {"profile_flags": ["run_models"], "ctx": ["raw_numeric"]},
|
||||
"correlacion": {"profile_flags": [], "ctx": ["raw_numeric"]},
|
||||
"relaciones": {"profile_flags": [], "ctx": ["db_path_table"]},
|
||||
"modelos": {"profile_flags": ["run_models"], "ctx": ["raw_numeric"]},
|
||||
"timeseries": {"profile_flags": ["run_series"], "ctx": ["timeseries_raw"]},
|
||||
"geospatial": {"profile_flags": [], "ctx": ["geo_points", "raw_numeric"]},
|
||||
"agregacion": {"profile_flags": [], "ctx": ["db_path_table"]},
|
||||
"glosario": {"profile_flags": [], "ctx": []},
|
||||
}
|
||||
|
||||
# Capítulos que el documento incluye SIEMPRE, independientemente de only_chapters.
|
||||
ALWAYS_PRESENT = ("portada", "glosario")
|
||||
|
||||
# Flags de coste reconocidos (el orden no importa; se devuelven como set).
|
||||
KNOWN_PROFILE_FLAGS = ("run_models", "run_series", "run_llm")
|
||||
|
||||
# Mapeo de cada etiqueta de ctx a las claves REALES que produce
|
||||
# build_eda_render_ctx. ``db_path_table`` es especial: db_path/table siempre se
|
||||
# ponen para un backend válido y son inofensivos, por eso no se podan nunca (no
|
||||
# aparecen en DATA_CTX_KEYS). El resto (head_rows/raw_numeric/timeseries_raw/
|
||||
# geo_points) son las piezas de datos podables.
|
||||
CTX_LABEL_TO_KEYS = {
|
||||
"head_rows": {"head_rows"},
|
||||
"raw_numeric": {"raw_numeric"},
|
||||
"timeseries_raw": {"timeseries_raw"},
|
||||
"geo_points": {"geo_points", "raw_numeric"},
|
||||
"db_path_table": set(), # db_path/table siempre presentes; nunca se podan.
|
||||
}
|
||||
|
||||
# Claves de datos crudos del ctx que se pueden podar cuando ningún capítulo
|
||||
# pedido las necesita (las que cuestan muestreo). db_path/table NO entran aquí.
|
||||
DATA_CTX_KEYS = ("head_rows", "raw_numeric", "timeseries_raw", "geo_points")
|
||||
|
||||
|
||||
def _as_id_list(chapter_ids):
|
||||
"""Normaliza la entrada a una lista de ids string, defensiva. None -> []."""
|
||||
if chapter_ids is None:
|
||||
return []
|
||||
if isinstance(chapter_ids, str):
|
||||
return [chapter_ids]
|
||||
return [c for c in chapter_ids if isinstance(c, str)]
|
||||
|
||||
|
||||
def validate_chapter_ids(chapter_ids, order):
|
||||
"""Separa los ids pedidos en válidos y desconocidos respecto a ``order``.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
chapter_ids: lista (o str) de ids de capítulo pedidos.
|
||||
order: lista canónica de ids válidos (CHAPTER_ORDER).
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict ``{"valid": [...], "unknown": [...]}`` preservando el orden de
|
||||
aparición de la entrada. Función pura.
|
||||
"""
|
||||
valid_set = set(order or [])
|
||||
valid, unknown = [], []
|
||||
for cid in _as_id_list(chapter_ids):
|
||||
(valid if cid in valid_set else unknown).append(cid)
|
||||
return {"valid": valid, "unknown": unknown}
|
||||
|
||||
|
||||
def resolve_requirements(chapter_ids):
|
||||
"""Une los requisitos de cómputo de los capítulos pedidos.
|
||||
|
||||
Es el corazón de la resolución de dependencias: dado el subconjunto de
|
||||
capítulos a renderizar, devuelve TODO lo que hay que activar/construir para
|
||||
que esos capítulos lleguen COMPLETOS, y solo eso.
|
||||
|
||||
Los capítulos ``ALWAYS_PRESENT`` (portada/glosario) se añaden implícitamente
|
||||
porque el pipeline siempre los incluye; como no tienen requisitos, no alteran
|
||||
el resultado, pero se contemplan para que el conjunto sea coherente.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
chapter_ids: lista (o str) de ids de capítulo. Ids desconocidos se
|
||||
ignoran silenciosamente (la validación estricta es de quien llama).
|
||||
None o lista vacía -> requisitos vacíos.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict ``{"profile_flags": set[str], "ctx_keys": set[str]}`` donde
|
||||
``ctx_keys`` son las ETIQUETAS de ctx (no las claves reales). Función
|
||||
pura.
|
||||
"""
|
||||
ids = set(_as_id_list(chapter_ids)) | set(ALWAYS_PRESENT)
|
||||
profile_flags = set()
|
||||
ctx_keys = set()
|
||||
for cid in ids:
|
||||
dep = CHAPTER_DEPS.get(cid)
|
||||
if not isinstance(dep, dict):
|
||||
continue
|
||||
for f in dep.get("profile_flags", []) or []:
|
||||
if f in KNOWN_PROFILE_FLAGS:
|
||||
profile_flags.add(f)
|
||||
for k in dep.get("ctx", []) or []:
|
||||
ctx_keys.add(k)
|
||||
return {"profile_flags": profile_flags, "ctx_keys": ctx_keys}
|
||||
|
||||
|
||||
def resolve_profile_flags(chapter_ids):
|
||||
"""Atajo: solo el set de profile_flags a activar para los capítulos pedidos.
|
||||
|
||||
Función pura. Devuelve un set ⊆ KNOWN_PROFILE_FLAGS.
|
||||
"""
|
||||
return resolve_requirements(chapter_ids)["profile_flags"]
|
||||
|
||||
|
||||
def needs_render_ctx(chapter_ids):
|
||||
"""True si algún capítulo pedido necesita datos crudos del ctx.
|
||||
|
||||
Cuando es False, el pipeline puede saltarse ``build_eda_render_ctx`` entero
|
||||
(ahorro real de CPU/I/O): los capítulos pedidos no leen ninguna pieza de
|
||||
datos crudos. Función pura.
|
||||
"""
|
||||
return bool(resolve_requirements(chapter_ids)["ctx_keys"])
|
||||
|
||||
|
||||
def resolve_ctx_data_keys(chapter_ids):
|
||||
"""Claves REALES de datos del ctx a CONSERVAR para los capítulos pedidos.
|
||||
|
||||
Traduce las etiquetas de ctx a las claves concretas que produce
|
||||
``build_eda_render_ctx`` (head_rows/raw_numeric/timeseries_raw/geo_points).
|
||||
El pipeline poda del ctx las claves de datos que NO estén en este set, para
|
||||
que un capítulo suelto no arrastre piezas de datos que no usa. db_path/table
|
||||
nunca se podan (no aparecen aquí). Función pura.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
set[str] subconjunto de DATA_CTX_KEYS.
|
||||
"""
|
||||
req = resolve_requirements(chapter_ids)
|
||||
keep = set()
|
||||
for label in req["ctx_keys"]:
|
||||
keep |= CTX_LABEL_TO_KEYS.get(label, set())
|
||||
# Solo claves de datos podables (db_path/table se gestionan aparte).
|
||||
return {k for k in keep if k in DATA_CTX_KEYS}
|
||||
@@ -0,0 +1,160 @@
|
||||
"""Tests del mapa central de dependencias por capítulo (chapter_deps).
|
||||
|
||||
Todas las funciones bajo prueba son PURAS (sin I/O): se ejercitan directamente
|
||||
sin DuckDB ni renderizado. Cubren la resolución de requisitos (golden + edges),
|
||||
la validación de ids y los helpers de eficiencia (qué cómputo se salta).
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import os
|
||||
import sys
|
||||
|
||||
_HERE = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
|
||||
_FUNCTIONS = os.path.abspath(os.path.join(_HERE, "..", "..", "..")) # python/functions
|
||||
if _FUNCTIONS not in sys.path:
|
||||
sys.path.insert(0, _FUNCTIONS)
|
||||
|
||||
from datascience.automatic_eda.chapter_deps import ( # noqa: E402
|
||||
ALWAYS_PRESENT,
|
||||
CHAPTER_DEPS,
|
||||
DATA_CTX_KEYS,
|
||||
needs_render_ctx,
|
||||
resolve_ctx_data_keys,
|
||||
resolve_profile_flags,
|
||||
resolve_requirements,
|
||||
validate_chapter_ids,
|
||||
)
|
||||
from datascience.automatic_eda.chapters_registry import CHAPTER_ORDER # noqa: E402
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# El mapa cubre CHAPTER_ORDER entero (sin huecos ni claves de más).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_chapter_deps_covers_every_chapter_in_order():
|
||||
assert set(CHAPTER_DEPS) == set(CHAPTER_ORDER), (
|
||||
"CHAPTER_DEPS debe declarar exactamente los ids de CHAPTER_ORDER")
|
||||
# Cada entrada tiene la forma esperada.
|
||||
for cid, dep in CHAPTER_DEPS.items():
|
||||
assert isinstance(dep.get("profile_flags"), list), cid
|
||||
assert isinstance(dep.get("ctx"), list), cid
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# resolve_requirements — golden: outliers exige run_models + raw_numeric.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_resolve_outliers_requires_run_models_and_raw_numeric():
|
||||
req = resolve_requirements(["outliers"])
|
||||
assert "run_models" in req["profile_flags"]
|
||||
assert "raw_numeric" in req["ctx_keys"]
|
||||
assert "run_series" not in req["profile_flags"]
|
||||
assert "run_llm" not in req["profile_flags"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_resolve_timeseries_requires_run_series():
|
||||
req = resolve_requirements(["timeseries"])
|
||||
assert req["profile_flags"] == {"run_series"}
|
||||
assert "timeseries_raw" in req["ctx_keys"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_resolve_analisis_llm_requires_run_llm():
|
||||
assert resolve_requirements(["analisis_llm"])["profile_flags"] == {"run_llm"}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_resolve_union_of_several_chapters():
|
||||
req = resolve_requirements(["outliers", "timeseries", "analisis_llm"])
|
||||
assert req["profile_flags"] == {"run_models", "run_series", "run_llm"}
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Eficiencia: capítulos que NO necesitan flags caros no los activan.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_resolve_geospatial_needs_no_cost_flags():
|
||||
"""geospatial sale de geo_points/raw_numeric del ctx, NO de los modelos."""
|
||||
req = resolve_requirements(["geospatial"])
|
||||
assert req["profile_flags"] == set(), \
|
||||
"geospatial no debe activar run_models/run_series/run_llm"
|
||||
assert "geo_points" in req["ctx_keys"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_resolve_correlacion_needs_raw_numeric_but_no_models():
|
||||
req = resolve_requirements(["correlacion"])
|
||||
assert req["profile_flags"] == set()
|
||||
assert "raw_numeric" in req["ctx_keys"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_always_present_chapters_add_no_requirements():
|
||||
"""portada y glosario están siempre, pero no arrastran cómputo."""
|
||||
for cid in ALWAYS_PRESENT:
|
||||
req = resolve_requirements([cid])
|
||||
assert req["profile_flags"] == set()
|
||||
assert req["ctx_keys"] == set()
|
||||
|
||||
|
||||
def test_resolve_profile_flags_shortcut():
|
||||
assert resolve_profile_flags(["modelos"]) == {"run_models"}
|
||||
assert resolve_profile_flags(["num_distr"]) == set()
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# needs_render_ctx — cuándo se puede saltar build_eda_render_ctx por completo.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_needs_render_ctx_true_when_chapter_reads_raw_data():
|
||||
assert needs_render_ctx(["outliers"]) is True
|
||||
assert needs_render_ctx(["agregacion"]) is True # db_path/table push-down
|
||||
assert needs_render_ctx(["timeseries"]) is True
|
||||
|
||||
|
||||
def test_needs_render_ctx_false_for_purely_aggregated_chapters():
|
||||
"""num_distr / cat_distr / calidad solo leen el profile agregado."""
|
||||
assert needs_render_ctx(["num_distr"]) is False
|
||||
assert needs_render_ctx(["cat_distr", "calidad"]) is False
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# resolve_ctx_data_keys — poda: qué claves de DATOS conservar (db_path/table no).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_resolve_ctx_data_keys_outliers_keeps_only_raw_numeric():
|
||||
assert resolve_ctx_data_keys(["outliers"]) == {"raw_numeric"}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_resolve_ctx_data_keys_geospatial_keeps_geo_and_numeric():
|
||||
assert resolve_ctx_data_keys(["geospatial"]) == {"geo_points", "raw_numeric"}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_resolve_ctx_data_keys_aggregation_keeps_nothing_prunable():
|
||||
"""agregacion usa db_path/table (siempre presentes), 0 claves podables."""
|
||||
assert resolve_ctx_data_keys(["agregacion"]) == set()
|
||||
|
||||
|
||||
def test_resolve_ctx_data_keys_subset_of_data_keys():
|
||||
keep = resolve_ctx_data_keys(["overview", "timeseries", "geospatial"])
|
||||
assert keep <= set(DATA_CTX_KEYS)
|
||||
assert {"head_rows", "timeseries_raw", "geo_points", "raw_numeric"} == keep
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# validate_chapter_ids — separa válidos de desconocidos preservando orden.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_validate_separates_known_and_unknown():
|
||||
out = validate_chapter_ids(["outliers", "nope", "timeseries", "ghost"],
|
||||
CHAPTER_ORDER)
|
||||
assert out["valid"] == ["outliers", "timeseries"]
|
||||
assert out["unknown"] == ["nope", "ghost"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_validate_all_known():
|
||||
out = validate_chapter_ids(["portada", "glosario"], CHAPTER_ORDER)
|
||||
assert out["unknown"] == []
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Robustez: entradas raras nunca lanzan.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_resolve_handles_none_and_empty():
|
||||
assert resolve_requirements(None)["profile_flags"] == set()
|
||||
assert resolve_requirements([])["profile_flags"] == set()
|
||||
# ids desconocidos se ignoran silenciosamente en la resolución.
|
||||
assert resolve_requirements(["no_existe"])["ctx_keys"] == set()
|
||||
|
||||
|
||||
def test_resolve_accepts_single_string():
|
||||
assert resolve_requirements("outliers")["profile_flags"] == {"run_models"}
|
||||
@@ -0,0 +1,593 @@
|
||||
"""Outliers chapter (OUTLIERS) — univariate + multivariate atypical values.
|
||||
|
||||
Today the analysis of atypical values is scattered across the document: the
|
||||
NUM DISTR chapter mentions the per-column outlier count inside each distribution
|
||||
figure, and the MODELOS chapter runs Isolation Forest as one of several cheap
|
||||
models. This chapter gathers and deepens the whole outlier story in a single
|
||||
place, with its interpretation: an [[term:outlier]]outlier[[/term]] is **not
|
||||
necessarily an error** — it can be a legitimate, extreme but real observation —
|
||||
so the reading is exploratory (what to look at), never confirmatory (what to
|
||||
delete).
|
||||
|
||||
Sections, in order:
|
||||
|
||||
1. **Resumen univariante por columna** — for every numeric column, the number
|
||||
and percentage of atypical values by two complementary criteria: Tukey's
|
||||
1.5·IQR rule ([[term:tukey_fence]]vallas de Tukey[[/term]]) and the
|
||||
[[term:zscore]]z-score[[/term]] rule (|z| > 3). The most contaminated columns
|
||||
are flagged. The fences come from the pure registry function
|
||||
``build_boxplot_stats`` (derived from the profile percentiles); the per-column
|
||||
counts use the raw sample in ``ctx['raw_numeric']`` when available (the exact
|
||||
count), degrading to the profile's own z-score counts otherwise.
|
||||
2. **Boxplots** — a single figure with the Tukey boxplots of the most
|
||||
contaminated columns (box, whiskers and atypical points), delegated to the
|
||||
reusable registry helper ``build_boxplots_figure``.
|
||||
3. **Multivariante (filas anómalas)** — rows that are atypical considering ALL
|
||||
columns at once, via the registry function ``isolation_forest_outliers``: the
|
||||
count and percentage of anomalous rows, the most anomalous rows with their
|
||||
score, and the dimensions that make each one rare (top columns by |z|, via
|
||||
``summarize_outlier_dims``). Run live on ``ctx['raw_numeric']`` (the same
|
||||
numeric columns ``summarize_outlier_dims`` uses, so the row indexing stays
|
||||
coherent and the dimension breakdown is correct); falls back to the
|
||||
precomputed ``profile['models']['outliers']`` only when no raw sample is
|
||||
available (e.g. the lite preset), where no per-row breakdown is shown.
|
||||
4. **Interpretación** — outlier ≠ error: how to tell a data-entry error from a
|
||||
genuine extreme value, and what to do (inspect, winsorize, or re-express —
|
||||
linking to the Tukey re-expression the profile already computes).
|
||||
|
||||
The chapter activates whenever the table has at least one numeric column; with
|
||||
no numeric column it returns ``None`` and disappears from the document.
|
||||
|
||||
Reads everything defensively (``.get``) and never raises: every registry
|
||||
delegation is imported lazily and degraded to an honest note on any failure.
|
||||
|
||||
Contract: build_<id>(profile, ctx) -> Chapter | None ; CHAPTER_VERSION = "x.y.z".
|
||||
"""
|
||||
|
||||
from __future__ import annotations
|
||||
|
||||
from .. import model
|
||||
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.0.0"
|
||||
CHAPTER_ID = "outliers"
|
||||
CHAPTER_TITLE = "Valores atípicos"
|
||||
|
||||
# z-score threshold for the univariate z rule: |z| > 3 flags a value ~3 standard
|
||||
# deviations from the mean (≈99.7% of a normal distribution lies within ±3σ).
|
||||
_Z_THRESH = 3.0
|
||||
# How many columns to draw in the boxplots figure (most contaminated first) and
|
||||
# how many anomalous rows to list in the multivariate table.
|
||||
_TOP_BOX = 12
|
||||
_TOP_ROWS = 12
|
||||
# Cap on the raw atypical values passed as boxplot fliers, so a heavy-tailed
|
||||
# column does not flood the figure with thousands of points.
|
||||
_MAX_FLIERS = 200
|
||||
# How many columns flagged as "most contaminated" in the summary note.
|
||||
_TOP_FLAGGED = 3
|
||||
|
||||
# Glossary terms this chapter explains (contract §11.1). Registered in the shared
|
||||
# collector and marked clickable on first appearance. ``isolation_forest`` and
|
||||
# ``zscore`` may also be registered by the MODELOS chapter — ``add`` is
|
||||
# idempotent (first definition wins), so registering them here is harmless and
|
||||
# keeps this chapter self-contained when MODELOS does not render.
|
||||
_TERM_DEFS = {
|
||||
"outlier": (
|
||||
"Valor atípico (outlier)",
|
||||
"Una observación que se aparta mucho del grueso de los datos. Un atípico "
|
||||
"NO es necesariamente un error: puede ser un fallo de medida o de "
|
||||
"registro, pero también un dato real extremo (un cliente que gasta diez "
|
||||
"veces la media, un día de ventas excepcional). Por eso se señalan para "
|
||||
"revisarlos, no para borrarlos automáticamente.",
|
||||
),
|
||||
"tukey_fence": (
|
||||
"Vallas de Tukey (1,5·IQR)",
|
||||
"Regla clásica para marcar atípicos a partir de los cuartiles: se calcula "
|
||||
"el rango intercuartílico IQR = P75 − P25 y se trazan dos vallas, una "
|
||||
"inferior en P25 − 1,5·IQR y otra superior en P75 + 1,5·IQR. Los valores "
|
||||
"que caen fuera de esas vallas se consideran atípicos. Es robusta porque "
|
||||
"se apoya en la mediana y los cuartiles, no en la media.",
|
||||
),
|
||||
"zscore": (
|
||||
"z-score (puntuación típica)",
|
||||
"Mide a cuántas desviaciones típicas está un valor de la media de su "
|
||||
"columna: z = (valor − media) / desviación típica. Un |z| grande (aquí > "
|
||||
"3) señala un valor alejado del centro. A diferencia de las vallas de "
|
||||
"Tukey, el z-score usa media y desviación, así que es más sensible a la "
|
||||
"presencia de los propios atípicos.",
|
||||
),
|
||||
"isolation_forest": (
|
||||
"Isolation Forest (anomalías multivariantes)",
|
||||
"Algoritmo de detección de anomalías que considera TODAS las columnas a "
|
||||
"la vez: construye árboles que parten el espacio con cortes aleatorios y "
|
||||
"mide cuántos cortes hacen falta para aislar cada fila. Las filas raras "
|
||||
"se aíslan con muy pocos cortes y se marcan como atípicas según un umbral "
|
||||
"de contaminación. Detecta combinaciones de valores poco frecuentes que "
|
||||
"ninguna columna por separado revelaría.",
|
||||
),
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Lazy registry delegations (each degrades to None / no-op on any failure).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _load_build_boxplot_stats():
|
||||
try:
|
||||
from datascience.build_boxplot_stats import build_boxplot_stats
|
||||
return build_boxplot_stats
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
def _load_detect_outliers():
|
||||
# detect_outliers lives in the monolithic ``datascience.datascience`` module
|
||||
# (file_path datascience.py), not in its own submodule — try both shapes.
|
||||
try:
|
||||
from datascience.datascience import detect_outliers
|
||||
return detect_outliers
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
try:
|
||||
from datascience import detect_outliers
|
||||
return detect_outliers
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
def _load_isolation_forest():
|
||||
try:
|
||||
from datascience.isolation_forest_outliers import isolation_forest_outliers
|
||||
return isolation_forest_outliers
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
def _load_summarize_dims():
|
||||
try:
|
||||
from datascience.summarize_outlier_dims import summarize_outlier_dims
|
||||
return summarize_outlier_dims
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Defensive formatters (own copy: the chapter never imports siblings).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _fmt_num(value, decimals: int = 3) -> str:
|
||||
if value is None:
|
||||
return "—"
|
||||
if isinstance(value, bool):
|
||||
return "sí" if value else "no"
|
||||
if isinstance(value, int):
|
||||
return f"{value:,}".replace(",", ".")
|
||||
if isinstance(value, float):
|
||||
if value != value: # NaN
|
||||
return "—"
|
||||
if value in (float("inf"), float("-inf")):
|
||||
return str(value)
|
||||
text = f"{value:.{decimals}f}".rstrip("0").rstrip(".")
|
||||
return text if text else "0"
|
||||
return model._safe_str(value)
|
||||
|
||||
|
||||
def _fmt_int(value) -> str:
|
||||
if value is None:
|
||||
return "—"
|
||||
try:
|
||||
return f"{int(round(float(value))):,}".replace(",", ".")
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
return model._safe_str(value)
|
||||
|
||||
|
||||
def _fmt_pct(value, decimals: int = 2) -> str:
|
||||
"""Format an already-0-100 value as a percentage. None -> placeholder."""
|
||||
if value is None:
|
||||
return "—"
|
||||
try:
|
||||
return f"{float(value):.{decimals}f}%"
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
return model._safe_str(value)
|
||||
|
||||
|
||||
def _term(mark: bool, key: str, text: str) -> str:
|
||||
return f"[[term:{key}]]{text}[[/term]]" if mark else text
|
||||
|
||||
|
||||
def _is_dict(v) -> bool:
|
||||
return isinstance(v, dict)
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Profile reads.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _numeric_columns(profile: dict) -> list:
|
||||
"""Return [(name, numeric_dict)] for numeric columns with usable stats."""
|
||||
out = []
|
||||
for col in profile.get("columns") or []:
|
||||
if not isinstance(col, dict):
|
||||
continue
|
||||
if col.get("inferred_type") != "numeric":
|
||||
continue
|
||||
num = col.get("numeric")
|
||||
if not isinstance(num, dict) or not num:
|
||||
continue
|
||||
if num.get("mean") is None and num.get("median") is None:
|
||||
continue
|
||||
out.append((col.get("name") or "(columna)", num))
|
||||
return out
|
||||
|
||||
|
||||
def _clean_values(raw):
|
||||
"""Return the finite float values of a raw column list (drop None/NaN/inf)."""
|
||||
if not isinstance(raw, (list, tuple)):
|
||||
return None
|
||||
vals = []
|
||||
for v in raw:
|
||||
if v is None or isinstance(v, bool):
|
||||
continue
|
||||
try:
|
||||
f = float(v)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
continue
|
||||
if f != f or f in (float("inf"), float("-inf")):
|
||||
continue
|
||||
vals.append(f)
|
||||
return vals
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Per-column univariate summary.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _univariate_row(name, numeric, raw_vals, box_fn, detect_fn):
|
||||
"""Compute one univariate summary row + boxplot inputs for a column.
|
||||
|
||||
Returns a dict with the table cells and, when raw values are available, the
|
||||
exact Tukey/z counts and the list of atypical (flier) values; otherwise it
|
||||
degrades to the profile's own z-score counts and the fence flags.
|
||||
"""
|
||||
box = {}
|
||||
if box_fn is not None:
|
||||
try:
|
||||
box = box_fn(numeric) or {}
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
box = {}
|
||||
lf = box.get("lower_fence")
|
||||
uf = box.get("upper_fence")
|
||||
|
||||
vals = _clean_values(raw_vals)
|
||||
n_tukey = pct_tukey = None
|
||||
n_z = pct_z = None
|
||||
low_extreme = high_extreme = None
|
||||
fliers = []
|
||||
contamination = None # metric used to rank columns (prefer Tukey %).
|
||||
|
||||
if vals:
|
||||
n = len(vals)
|
||||
tukey_out = []
|
||||
for v in vals:
|
||||
below = (lf is not None and v < lf)
|
||||
above = (uf is not None and v > uf)
|
||||
if below or above:
|
||||
tukey_out.append(v)
|
||||
n_tukey = len(tukey_out)
|
||||
pct_tukey = 100.0 * n_tukey / n if n else None
|
||||
if tukey_out:
|
||||
low_extreme = min(tukey_out)
|
||||
high_extreme = max(tukey_out)
|
||||
fliers = tukey_out[:_MAX_FLIERS]
|
||||
# z-score rule via the registry function (returns parallel bools).
|
||||
if detect_fn is not None:
|
||||
try:
|
||||
flags = detect_fn(vals, _Z_THRESH) or []
|
||||
n_z = int(sum(1 for b in flags if b))
|
||||
pct_z = 100.0 * n_z / n if n else None
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
n_z = pct_z = None
|
||||
contamination = pct_tukey
|
||||
else:
|
||||
# Degrade: no raw sample for this column. The profile's own outlier
|
||||
# count/pct come from the z-score block (build_boxplot_stats note); the
|
||||
# Tukey count is unknown, only the fence flags are.
|
||||
n_z = numeric.get("n_outliers")
|
||||
pct_z = numeric.get("outlier_pct")
|
||||
if box.get("has_low_outliers") and box.get("min") is not None:
|
||||
low_extreme = box.get("min")
|
||||
if box.get("has_high_outliers") and box.get("max") is not None:
|
||||
high_extreme = box.get("max")
|
||||
contamination = pct_z if isinstance(pct_z, (int, float)) else None
|
||||
|
||||
# Compact "extremos atípicos" cell: down/up arrows for the low/high tail.
|
||||
extremes = []
|
||||
if low_extreme is not None:
|
||||
extremes.append(f"↓ {_fmt_num(low_extreme)}")
|
||||
if high_extreme is not None:
|
||||
extremes.append(f"↑ {_fmt_num(high_extreme)}")
|
||||
extremes_cell = " ".join(extremes) if extremes else "—"
|
||||
|
||||
return {
|
||||
"name": model._safe_str(name),
|
||||
"n_tukey": n_tukey,
|
||||
"pct_tukey": pct_tukey,
|
||||
"n_z": n_z,
|
||||
"pct_z": pct_z,
|
||||
"lower_fence": lf,
|
||||
"upper_fence": uf,
|
||||
"extremes": extremes_cell,
|
||||
"box": box,
|
||||
"fliers": fliers,
|
||||
"has_raw": bool(vals),
|
||||
"contamination": contamination if isinstance(contamination, (int, float)) else -1.0,
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def _univariate_table(rows: list) -> model.DataTable:
|
||||
header = ["Columna", "Atípicos Tukey", "% Tukey", "Atípicos z", "% z",
|
||||
"Valla inf.", "Valla sup.", "Extremos atípicos"]
|
||||
table_rows = []
|
||||
for r in rows:
|
||||
table_rows.append([
|
||||
r["name"],
|
||||
_fmt_int(r["n_tukey"]) if r["n_tukey"] is not None else "—",
|
||||
_fmt_pct(r["pct_tukey"]) if r["pct_tukey"] is not None else "—",
|
||||
_fmt_int(r["n_z"]) if r["n_z"] is not None else "—",
|
||||
_fmt_pct(r["pct_z"]) if r["pct_z"] is not None else "—",
|
||||
_fmt_num(r["lower_fence"]),
|
||||
_fmt_num(r["upper_fence"]),
|
||||
r["extremes"],
|
||||
])
|
||||
return model.DataTable(
|
||||
header=header, rows=table_rows,
|
||||
title="Valores atípicos por columna",
|
||||
note="Tukey = fuera de las vallas 1,5·IQR · z = |z-score| > 3 · "
|
||||
"ordenado de más a menos contaminada")
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Multivariate (Isolation Forest) section.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _resolve_multivariate(profile: dict, ctx: dict, raw_numeric):
|
||||
"""Return (outliers_dict_or_None, source).
|
||||
|
||||
Prefers a LIVE Isolation Forest over ``raw_numeric`` so the detector and
|
||||
``summarize_outlier_dims`` use EXACTLY the same numeric columns and the same
|
||||
valid-row indexing — otherwise the precomputed ``profile['models']
|
||||
['outliers']`` (run by MODELOS over a possibly different column subset) would
|
||||
yield ``row_index`` values that no longer point at the rows
|
||||
``summarize_outlier_dims`` reconstructs, mislabelling the "dimensions that
|
||||
make each row rare". Falls back to the precomputed block when no raw sample
|
||||
is available (e.g. the lite preset drops ``raw_numeric``)."""
|
||||
if _is_dict(raw_numeric) and raw_numeric:
|
||||
iso = _load_isolation_forest()
|
||||
if iso is not None:
|
||||
try:
|
||||
out = iso(raw_numeric)
|
||||
if _is_dict(out) and out.get("n_outliers") is not None and out.get("n_rows_used"):
|
||||
return out, "live"
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
pass
|
||||
# Fallback: the model the MODELOS chapter already computed (no raw sample to
|
||||
# recompute against, so no per-row dimension breakdown either).
|
||||
models = profile.get("models") if _is_dict(profile.get("models")) else {}
|
||||
pre = models.get("outliers") if _is_dict(models) else None
|
||||
if _is_dict(pre) and pre.get("n_outliers") is not None and pre.get("n_rows_used"):
|
||||
return pre, "precomputed"
|
||||
return None, "none"
|
||||
|
||||
|
||||
def _multivariate_blocks(outliers: dict, raw_numeric, mark: bool) -> list:
|
||||
isof = _term(mark, "isolation_forest", "**Isolation Forest**")
|
||||
blocks = [
|
||||
model.Heading(text="Filas atípicas (multivariante)", level=2),
|
||||
model.Markdown(text=(
|
||||
f"Hasta aquí cada columna se ha mirado por separado. {isof} busca "
|
||||
"filas raras considerando **todas las columnas a la vez**: una fila "
|
||||
"puede ser normal en cada variable y aun así ser atípica por la "
|
||||
"**combinación** de sus valores (p. ej. una edad baja con una tarifa "
|
||||
"muy alta). La tabla resume cuántas filas se marcaron y el umbral de "
|
||||
"decisión.")),
|
||||
model.KVTable(rows=[
|
||||
("Filas analizadas", _fmt_int(outliers.get("n_rows_used"))),
|
||||
("Columnas consideradas", _fmt_int(outliers.get("n_features"))),
|
||||
("Filas atípicas", _fmt_int(outliers.get("n_outliers"))),
|
||||
("% filas atípicas", _fmt_pct(outliers.get("outlier_pct"))),
|
||||
("Umbral de decisión", _fmt_num(outliers.get("threshold"), 4)),
|
||||
], title="Anomalías multivariantes"),
|
||||
]
|
||||
|
||||
rows_in = outliers.get("outlier_rows") or []
|
||||
if not rows_in:
|
||||
return blocks
|
||||
|
||||
# Enrich each anomalous row with the dimensions that make it rare, when the
|
||||
# raw sample is available (summarize_outlier_dims reconstructs the same
|
||||
# valid-row indexing as isolation_forest_outliers).
|
||||
dims_by_row = {}
|
||||
if _is_dict(raw_numeric) and raw_numeric:
|
||||
summ = _load_summarize_dims()
|
||||
if summ is not None:
|
||||
try:
|
||||
enriched = summ(raw_numeric, rows_in, top_k=3) or []
|
||||
for e in enriched:
|
||||
if _is_dict(e) and e.get("row_index") is not None:
|
||||
dims_by_row[e.get("row_index")] = e.get("dims") or []
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
dims_by_row = {}
|
||||
|
||||
has_dims = bool(dims_by_row)
|
||||
header = ["Fila (entre válidas)", "Score"]
|
||||
if has_dims:
|
||||
header.append("Dimensiones que la hacen rara (col = valor, z)")
|
||||
table_rows = []
|
||||
for r in rows_in[:_TOP_ROWS]:
|
||||
if not _is_dict(r):
|
||||
continue
|
||||
ridx = r.get("row_index")
|
||||
cells = [_fmt_int(ridx), _fmt_num(r.get("score"), 4)]
|
||||
if has_dims:
|
||||
dims = dims_by_row.get(ridx) or []
|
||||
parts = []
|
||||
for d in dims:
|
||||
if not _is_dict(d):
|
||||
continue
|
||||
parts.append(
|
||||
f"{model._safe_str(d.get('col'))} = {_fmt_num(d.get('value'))} "
|
||||
f"(z {_fmt_num(d.get('z'), 2)})")
|
||||
cells.append("; ".join(parts) if parts else "—")
|
||||
table_rows.append(cells)
|
||||
|
||||
if table_rows:
|
||||
shown = len(table_rows)
|
||||
total = outliers.get("n_outliers")
|
||||
note = "las filas más anómalas primero (score más bajo = más rara)"
|
||||
if isinstance(total, int) and total > shown:
|
||||
note += f" — top {shown} de {total}"
|
||||
if not has_dims:
|
||||
note += (" · no se pudo recuperar la muestra cruda para explicar las "
|
||||
"dimensiones de cada fila")
|
||||
blocks.append(model.DataTable(
|
||||
header=header, rows=table_rows,
|
||||
title="Filas más atípicas", note=note))
|
||||
return blocks
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Interpretation section.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _interpretation_block(mark: bool) -> model.Markdown:
|
||||
outlier = _term(mark, "outlier", "atípico")
|
||||
text = (
|
||||
f"**Un {outlier} no es necesariamente un error.** Conviene distinguir "
|
||||
"dos casos antes de actuar:\n\n"
|
||||
"- **Error de dato** (medida, registro o unidad equivocada): una edad de "
|
||||
"200 años, un importe negativo donde no puede haberlo, un decimal "
|
||||
"desplazado. Estos sí se corrigen o se eliminan, idealmente en el origen.\n"
|
||||
"- **Dato real extremo**: una observación legítima de la cola de la "
|
||||
"distribución (un cliente que gasta mucho más, una tarifa de lujo, un día "
|
||||
"de ventas excepcional). Borrarla sesga el análisis y oculta información "
|
||||
"valiosa.\n\n"
|
||||
"**Qué hacer.** Primero, **revisar** los valores señalados arriba contra "
|
||||
"su origen para decidir cuál de los dos casos es. Si son errores, "
|
||||
"corregirlos. Si son datos reales que distorsionan medias y modelos, hay "
|
||||
"alternativas a borrarlos: **winsorizar** (recortar los extremos a un "
|
||||
"percentil), o **re-expresar** la variable (por ejemplo una "
|
||||
"transformación logarítmica o la escalera de re-expresión de Tukey que "
|
||||
"este mismo perfil ya calcula para las columnas asimétricas), que suele "
|
||||
"domar la cola sin perder ninguna fila. La elección depende del objetivo: "
|
||||
"esta lectura es **exploratoria** —orienta dónde mirar—, no una regla "
|
||||
"automática de limpieza.")
|
||||
return model.Markdown(text=text)
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Entry point.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def build_outliers(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
"""Build the OUTLIERS Chapter, or None if the dataset has no numeric column."""
|
||||
profile = profile or {}
|
||||
ctx = ctx or {}
|
||||
if not isinstance(profile, dict):
|
||||
return None
|
||||
|
||||
numerics = _numeric_columns(profile)
|
||||
if not numerics:
|
||||
return None # chapter does not apply to a dataset with no numerics.
|
||||
|
||||
# Register glossary terms (if a collector is present) and mark them clickable.
|
||||
glossary = ctx.get("glossary")
|
||||
mark = False
|
||||
if isinstance(glossary, model.GlossaryCollector):
|
||||
for key, (label, definition) in _TERM_DEFS.items():
|
||||
glossary.add(key, label, definition)
|
||||
mark = True
|
||||
|
||||
raw_numeric = ctx.get("raw_numeric")
|
||||
raw_numeric = raw_numeric if isinstance(raw_numeric, dict) else {}
|
||||
|
||||
box_fn = _load_build_boxplot_stats()
|
||||
detect_fn = _load_detect_outliers()
|
||||
|
||||
# --- Univariate summary ------------------------------------------------- #
|
||||
uni_rows = []
|
||||
for name, numeric in numerics:
|
||||
uni_rows.append(_univariate_row(
|
||||
name, numeric, raw_numeric.get(name), box_fn, detect_fn))
|
||||
# Rank columns by contamination (Tukey % when available, else z %).
|
||||
uni_rows.sort(key=lambda r: r.get("contamination", -1.0), reverse=True)
|
||||
|
||||
intro = (
|
||||
"Este capítulo reúne en un solo sitio el análisis de los **valores "
|
||||
"atípicos** de la tabla, que en el resto del informe aparecen dispersos. "
|
||||
f"Un {_term(mark, 'outlier', 'atípico')} es una observación que se aparta "
|
||||
"mucho del grueso de los datos. Cada columna numérica se evalúa con dos "
|
||||
f"criterios complementarios: las {_term(mark, 'tukey_fence', 'vallas de Tukey')} "
|
||||
"(fuera de P25−1,5·IQR o P75+1,5·IQR, robusto a la propia cola) y el "
|
||||
f"{_term(mark, 'zscore', 'z-score')} (|z| > 3, sensible a la media). La "
|
||||
"tabla está ordenada de la columna más contaminada a la menos.")
|
||||
|
||||
blocks = [
|
||||
model.Heading(text=CHAPTER_TITLE, level=1),
|
||||
model.Markdown(text=intro),
|
||||
_univariate_table(uni_rows),
|
||||
]
|
||||
|
||||
# Flag the most contaminated columns explicitly.
|
||||
flagged = [r["name"] for r in uni_rows
|
||||
if r.get("contamination", -1.0) > 0][:_TOP_FLAGGED]
|
||||
if flagged:
|
||||
names = ", ".join(f"**{n}**" for n in flagged)
|
||||
blocks.append(model.Markdown(text=(
|
||||
f"Las columnas con mayor proporción de atípicos son {names}: "
|
||||
"concentran el grueso de los valores fuera de las vallas y son las "
|
||||
"primeras a revisar.")))
|
||||
|
||||
# --- Boxplots figure ---------------------------------------------------- #
|
||||
box_entries = [
|
||||
{"name": r["name"], "box": r["box"], "fliers": r.get("fliers")}
|
||||
for r in uni_rows
|
||||
if r.get("box")
|
||||
][:_TOP_BOX]
|
||||
if box_entries:
|
||||
def _boxplots_make(entries=box_entries):
|
||||
try:
|
||||
from datascience.build_boxplots_figure import build_boxplots_figure
|
||||
return build_boxplots_figure(
|
||||
entries, title="Boxplots de Tukey por columna",
|
||||
max_boxes=_TOP_BOX)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001 — minimal fallback figure.
|
||||
import matplotlib
|
||||
matplotlib.use("Agg")
|
||||
from matplotlib.figure import Figure
|
||||
fig = Figure(figsize=(5.0, 2.2))
|
||||
ax = fig.add_subplot(111)
|
||||
ax.text(0.5, 0.5, "(boxplots no disponibles)",
|
||||
ha="center", va="center")
|
||||
ax.axis("off")
|
||||
return fig
|
||||
|
||||
blocks.append(model.Group(blocks=[
|
||||
model.Heading(text="Boxplots", level=2),
|
||||
model.Markdown(text=(
|
||||
"Cada caja abarca del primer al tercer cuartil (P25–P75), la línea "
|
||||
"interior es la mediana y los bigotes llegan hasta 1,5·IQR; los "
|
||||
"puntos son los valores que caen fuera de las vallas (atípicos por "
|
||||
"Tukey).")),
|
||||
model.Figure(
|
||||
make=_boxplots_make,
|
||||
caption="Boxplots de Tukey de las columnas más contaminadas."),
|
||||
]))
|
||||
|
||||
# --- Multivariate ------------------------------------------------------- #
|
||||
outliers, _src = _resolve_multivariate(profile, ctx, raw_numeric)
|
||||
if outliers is not None:
|
||||
blocks.extend(_multivariate_blocks(outliers, raw_numeric, mark))
|
||||
else:
|
||||
blocks.append(model.Heading(text="Filas atípicas (multivariante)", level=2))
|
||||
blocks.append(model.Note(
|
||||
"No se pudo analizar la anomalía multivariante: hacen falta al menos "
|
||||
"dos columnas numéricas y la muestra cruda (o los modelos del perfil) "
|
||||
"para correr Isolation Forest."))
|
||||
|
||||
# --- Interpretation ----------------------------------------------------- #
|
||||
blocks.append(model.Heading(text="Cómo interpretar los atípicos", level=2))
|
||||
blocks.append(_interpretation_block(mark))
|
||||
|
||||
return model.Chapter(id=CHAPTER_ID, title=CHAPTER_TITLE,
|
||||
version=CHAPTER_VERSION, blocks=blocks)
|
||||
@@ -0,0 +1,304 @@
|
||||
"""Tests for the OUTLIERS chapter — DoD: golden + edges + error path.
|
||||
|
||||
Self-contained: builds synthetic ``numeric`` blocks + a raw_numeric sample (no
|
||||
DuckDB) so the suite is fast and deterministic. Verifies that the chapter emits
|
||||
the univariate per-column table, a boxplots figure, the multivariate Isolation
|
||||
Forest section and the outlier≠error interpretation; that the most contaminated
|
||||
column is ranked first; that a profile with no numeric column yields None; that
|
||||
None/empty never raises; that the glossary terms are registered; and that the
|
||||
chapter renders into both PDF and PPTX without cutting its title.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import math
|
||||
import os
|
||||
import re
|
||||
import tempfile
|
||||
|
||||
from pypdf import PdfReader
|
||||
|
||||
from datascience.automatic_eda.chapters.outliers import (
|
||||
build_outliers, CHAPTER_VERSION, CHAPTER_TITLE, _TERM_DEFS,
|
||||
)
|
||||
from datascience.automatic_eda import model
|
||||
from datascience.render_automatic_eda_pdf import render_automatic_eda_pdf
|
||||
from datascience.render_automatic_eda_pptx import render_automatic_eda_pptx
|
||||
|
||||
|
||||
def _percentile(sorted_vals, q):
|
||||
"""Linear-interpolation percentile (q in 0..1) on an already-sorted list."""
|
||||
if not sorted_vals:
|
||||
return None
|
||||
if len(sorted_vals) == 1:
|
||||
return float(sorted_vals[0])
|
||||
pos = q * (len(sorted_vals) - 1)
|
||||
lo = int(math.floor(pos))
|
||||
hi = int(math.ceil(pos))
|
||||
if lo == hi:
|
||||
return float(sorted_vals[lo])
|
||||
frac = pos - lo
|
||||
return float(sorted_vals[lo] * (1 - frac) + sorted_vals[hi] * frac)
|
||||
|
||||
|
||||
def _col_from_values(values, nbins=10):
|
||||
"""Build a ``numeric`` sub-block shaped like describe_numeric's output from a
|
||||
concrete list of raw values, so the profile percentiles and the raw sample
|
||||
are consistent (the boxplot fences match the crudo)."""
|
||||
vals = [float(v) for v in values]
|
||||
s = sorted(vals)
|
||||
n = len(s)
|
||||
mean = sum(vals) / n
|
||||
var = sum((v - mean) ** 2 for v in vals) / n
|
||||
std = math.sqrt(var)
|
||||
median = _percentile(s, 0.5)
|
||||
p25 = _percentile(s, 0.25)
|
||||
p75 = _percentile(s, 0.75)
|
||||
mn, mx = s[0], s[-1]
|
||||
# z-score outlier count (population), what the profile's n_outliers carries.
|
||||
n_out = sum(1 for v in vals if std > 0 and abs((v - mean) / std) > 3.0)
|
||||
width = (mx - mn) / nbins if mx > mn else 1.0
|
||||
hist = [{"lo": mn + i * width, "hi": mn + (i + 1) * width, "count": 1}
|
||||
for i in range(nbins)]
|
||||
return {
|
||||
"min": mn, "max": mx, "mean": mean, "median": median, "std": std,
|
||||
"p25": p25, "p50": median, "p75": p75, "iqr": (p75 - p25),
|
||||
"n_outliers": n_out, "outlier_pct": 100.0 * n_out / n,
|
||||
"distribution_type": "right-skewed", "histogram": hist,
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def _fare_values():
|
||||
"""A heavy-tailed column (most ~10-30, a few 200-512): clear Tukey/z outliers."""
|
||||
base = [7.0 + (i % 25) for i in range(120)] # bulk 7..31
|
||||
tail = [180.0, 210.0, 263.0, 512.0] # extreme upper tail
|
||||
return base + tail
|
||||
|
||||
|
||||
def _age_values():
|
||||
"""A roughly symmetric column with one extreme low value."""
|
||||
base = [22.0 + (i % 40) for i in range(120)] # 22..61
|
||||
return base + [80.0, 0.5, 74.0, 1.0]
|
||||
|
||||
|
||||
def _quiet_values():
|
||||
"""A clean column with no atypical values."""
|
||||
return [50.0 + (i % 5) for i in range(124)]
|
||||
|
||||
|
||||
def _profile_and_ctx(with_models=True, with_raw=True):
|
||||
fare = _fare_values()
|
||||
age = _age_values()
|
||||
quiet = _quiet_values()
|
||||
cols = [
|
||||
{"name": "Fare", "inferred_type": "numeric", "numeric": _col_from_values(fare)},
|
||||
{"name": "Age", "inferred_type": "numeric", "numeric": _col_from_values(age)},
|
||||
{"name": "Quiet", "inferred_type": "numeric", "numeric": _col_from_values(quiet)},
|
||||
{"name": "Sexo", "inferred_type": "categorical",
|
||||
"categorical": {"top": [{"value": "male", "count": 80}]}},
|
||||
]
|
||||
profile = {"table": "titanic", "n_rows": len(fare), "n_cols": len(cols),
|
||||
"columns": cols}
|
||||
if with_models:
|
||||
profile["models"] = {
|
||||
"outliers": {
|
||||
"n_outliers": 4, "outlier_pct": 3.2,
|
||||
"outlier_rows": [
|
||||
{"row_index": 123, "score": -0.21},
|
||||
{"row_index": 121, "score": -0.15},
|
||||
],
|
||||
"threshold": -0.02, "n_rows_used": 124, "n_features": 3,
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
ctx = {}
|
||||
if with_raw:
|
||||
ctx["raw_numeric"] = {"Fare": fare, "Age": age, "Quiet": quiet}
|
||||
return profile, ctx
|
||||
|
||||
|
||||
def _pdf_text(path: str) -> str:
|
||||
txt = "".join((pg.extract_text() or "") for pg in PdfReader(path).pages)
|
||||
return re.sub(r"\s+", " ", txt)
|
||||
|
||||
|
||||
def _flatten(blocks):
|
||||
out = []
|
||||
for b in blocks:
|
||||
if getattr(b, "kind", "") == "group":
|
||||
out.extend(_flatten(getattr(b, "blocks", []) or []))
|
||||
else:
|
||||
out.append(b)
|
||||
return out
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Golden.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_golden_estructura_y_secciones():
|
||||
profile, ctx = _profile_and_ctx()
|
||||
ctx["glossary"] = model.GlossaryCollector()
|
||||
ch = build_outliers(profile, ctx)
|
||||
assert ch is not None
|
||||
assert ch.id == "outliers"
|
||||
assert ch.version == CHAPTER_VERSION
|
||||
|
||||
flat = _flatten(ch.blocks)
|
||||
kinds = [b.kind for b in flat]
|
||||
# Title heading + univariate DataTable + boxplots Figure + multivariate
|
||||
# KVTable + interpretation Markdown.
|
||||
assert kinds[0] == "heading" and flat[0].text == CHAPTER_TITLE
|
||||
tables = [b for b in flat if b.kind == "data_table"]
|
||||
titles = [t.title for t in tables]
|
||||
assert any(t and "atípicos por columna" in t for t in titles)
|
||||
assert any(b.kind == "figure" for b in flat), "falta la figura de boxplots"
|
||||
assert any(b.kind == "kv_table" for b in flat), "falta el resumen multivariante"
|
||||
|
||||
# The boxplots figure maker yields a real matplotlib figure (or its fallback).
|
||||
fig = next(b for b in flat if b.kind == "figure").make()
|
||||
assert fig is not None
|
||||
import matplotlib.pyplot as plt
|
||||
plt.close(fig)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_fare_es_la_mas_contaminada():
|
||||
# The univariate table must rank Fare (heavy tail) first and report a
|
||||
# non-zero Tukey percentage for it.
|
||||
profile, ctx = _profile_and_ctx()
|
||||
ch = build_outliers(profile, ctx)
|
||||
table = next(b for b in _flatten(ch.blocks)
|
||||
if b.kind == "data_table" and b.title
|
||||
and "atípicos por columna" in b.title)
|
||||
first_col = table.rows[0][0]
|
||||
assert first_col == "Fare", f"esperaba Fare primera, fue {first_col}"
|
||||
# % Tukey column (index 2) of the first row must be > 0.
|
||||
pct_cell = table.rows[0][2]
|
||||
assert pct_cell not in ("—", "0%", "0.00%"), f"% Tukey de Fare vacío: {pct_cell}"
|
||||
# The z-score rule (detect_outliers) must actually run with raw_numeric: at
|
||||
# least one column reports a non-empty z count/percentage (regression guard
|
||||
# for the detect_outliers import path).
|
||||
z_pcts = [r[4] for r in table.rows]
|
||||
assert any(c not in ("—",) for c in z_pcts), f"columna z toda vacía: {z_pcts}"
|
||||
z_counts = [r[3] for r in table.rows]
|
||||
assert any(c not in ("—",) for c in z_counts), f"conteo z vacío: {z_counts}"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_interpretacion_outlier_no_es_error():
|
||||
profile, ctx = _profile_and_ctx()
|
||||
ch = build_outliers(profile, ctx)
|
||||
md = " ".join(b.text for b in _flatten(ch.blocks) if b.kind == "markdown")
|
||||
assert "no es necesariamente un error" in md.lower()
|
||||
# Mentions the actionable options (winsorize / re-express).
|
||||
assert "winsoriz" in md.lower()
|
||||
assert "re-expres" in md.lower() or "logarítmic" in md.lower()
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_terminos_glosario_registrados():
|
||||
profile, ctx = _profile_and_ctx()
|
||||
gloss = model.GlossaryCollector()
|
||||
ctx["glossary"] = gloss
|
||||
build_outliers(profile, ctx)
|
||||
for key in _TERM_DEFS:
|
||||
assert gloss.has(key), f"término '{key}' no registrado en el glosario"
|
||||
# Terms are marked clickable in the body text.
|
||||
md = " ".join(b.text for b in _flatten(build_outliers(profile, ctx).blocks)
|
||||
if b.kind == "markdown")
|
||||
assert "[[term:outlier]]" in md and "[[term:tukey_fence]]" in md
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Multivariate.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_multivariante_live_con_raw_y_dims():
|
||||
# With a raw sample the chapter runs Isolation Forest live (over the same
|
||||
# columns summarize_outlier_dims uses) and lists the anomalous rows with the
|
||||
# dimensions that make each one rare.
|
||||
profile, ctx = _profile_and_ctx(with_models=False, with_raw=True)
|
||||
ch = build_outliers(profile, ctx)
|
||||
flat = _flatten(ch.blocks)
|
||||
kv = next(b for b in flat if b.kind == "kv_table")
|
||||
flat_kv = " ".join(f"{k} {v}" for (k, v) in kv.rows)
|
||||
assert "Filas atípicas" in flat_kv
|
||||
# A non-zero number of anomalous rows is reported.
|
||||
n_cell = dict(kv.rows).get("Filas atípicas")
|
||||
assert n_cell not in (None, "—", "0"), f"sin filas atípicas: {n_cell}"
|
||||
# The anomalous-rows table carries the per-row dimension breakdown.
|
||||
tbls = [b for b in flat if b.kind == "data_table" and b.title
|
||||
and "más atípicas" in b.title]
|
||||
assert tbls, "falta la tabla de filas más atípicas"
|
||||
assert any("hacen rara" in h for h in tbls[0].header), \
|
||||
f"falta la columna de dimensiones: {tbls[0].header}"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_multivariante_precomputed_sin_raw():
|
||||
# Without a raw sample the chapter falls back to profile['models']['outliers']
|
||||
# (lite preset path); the precomputed n_outliers (4) surfaces in the KV table.
|
||||
profile, ctx = _profile_and_ctx(with_models=True, with_raw=False)
|
||||
ch = build_outliers(profile, ctx)
|
||||
kv = next(b for b in _flatten(ch.blocks) if b.kind == "kv_table")
|
||||
assert any("4" in str(v) for (k, v) in kv.rows)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_multivariante_ausente_degrada_a_nota():
|
||||
# No models and no raw sample → an honest note, never a crash.
|
||||
profile, ctx = _profile_and_ctx(with_models=False, with_raw=False)
|
||||
ch = build_outliers(profile, ctx)
|
||||
assert ch is not None
|
||||
notes = [b.text for b in _flatten(ch.blocks) if b.kind == "note"]
|
||||
assert any("Isolation Forest" in n for n in notes)
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Edges / error path.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_edge_sin_columnas_numericas_devuelve_none():
|
||||
prof = {"columns": [{"name": "c", "inferred_type": "categorical",
|
||||
"categorical": {"top": [{"value": "x", "count": 3}]}}]}
|
||||
assert build_outliers(prof, {}) is None
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_solo_texto_sintetico_devuelve_none():
|
||||
# A text-only synthetic table (no numeric column) yields None (does not break).
|
||||
prof = {"table": "notas", "n_rows": 3, "n_cols": 1,
|
||||
"columns": [{"name": "comentario", "inferred_type": "text",
|
||||
"text": {"n_docs": 3}}]}
|
||||
assert build_outliers(prof, {}) is None
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_profile_none_y_vacio_no_revienta():
|
||||
assert build_outliers(None, None) is None
|
||||
assert build_outliers({}, {}) is None
|
||||
assert build_outliers({"columns": []}, {}) is None
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_sin_raw_numeric_degrada_a_perfil():
|
||||
# Without raw_numeric the chapter still builds, using the profile z-score
|
||||
# counts; the univariate table exists and Tukey counts degrade to '—'.
|
||||
profile, ctx = _profile_and_ctx(with_models=True, with_raw=False)
|
||||
ch = build_outliers(profile, ctx)
|
||||
assert ch is not None
|
||||
table = next(b for b in _flatten(ch.blocks)
|
||||
if b.kind == "data_table" and b.title
|
||||
and "atípicos por columna" in b.title)
|
||||
# z column comes from the profile; Tukey count is unknown ('—').
|
||||
assert all(len(r) == 8 for r in table.rows)
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Anti-cut render.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_render_pdf_y_pptx_incluyen_el_capitulo():
|
||||
profile, ctx = _profile_and_ctx()
|
||||
# The renderers build the whole document; the chapter is reached via the
|
||||
# registry. Render the chapter standalone through a one-chapter document by
|
||||
# passing the profile directly (the renderers run the full chapter registry).
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
pdf = os.path.join(d, "out.pdf")
|
||||
res_pdf = render_automatic_eda_pdf(profile, pdf,
|
||||
{"write_manifest": False, "ctx": ctx})
|
||||
assert res_pdf["path"] == pdf
|
||||
txt = _pdf_text(pdf)
|
||||
assert CHAPTER_TITLE in txt, "el capítulo OUTLIERS no aparece en el PDF"
|
||||
assert "Fare" in txt
|
||||
pptx = os.path.join(d, "out.pptx")
|
||||
res_pptx = render_automatic_eda_pptx(profile, pptx,
|
||||
{"write_manifest": False, "ctx": ctx})
|
||||
assert res_pptx["path"] == pptx
|
||||
assert res_pptx["n_slides"] >= 1
|
||||
@@ -7,11 +7,21 @@ as needed, the renderers paginate):
|
||||
NOT carry the raw head, so this is read from ``ctx['head_rows']`` /
|
||||
``profile['head_rows']`` (a list of row dicts). When absent the chapter shows
|
||||
an honest placeholder documenting the missing key instead of inventing data.
|
||||
2. Column dictionary — name / type / nulls / non-null examples. Examples come
|
||||
2. Column dictionary — name / type / nulls / non-null examples plus, when the
|
||||
LLM layer ran, the business **description** and **unit** of each column so the
|
||||
reader knows at a glance what every column is and in which unit. Examples come
|
||||
from ``columns[i]['examples']`` when present; otherwise they are derived from
|
||||
real non-null profile values (categorical top values, numeric min/median/max)
|
||||
so the cell is never empty nor fabricated.
|
||||
3. ``df.describe`` — mean / median / min / max / std for every numeric column.
|
||||
3. ``df.describe`` — mean / median / min / max / std for every numeric column,
|
||||
plus its **unit** (same LLM source) so the stats read in context.
|
||||
|
||||
The description/unit come from the ``llm`` block that ``eda_llm_insights`` (group
|
||||
``eda``) already stored in the profile (``profile['llm']['dictionary']``, a list
|
||||
of ``{"column","description","business_meaning","unit"}`` entries) — this chapter
|
||||
only **consumes** it, matching by column name; it never calls the LLM nor
|
||||
recomputes anything. When the block is absent (``run_llm`` did not run) those
|
||||
cells degrade to ``"—"`` and the tables still render.
|
||||
|
||||
Contract: build_<id>(profile, ctx) -> Chapter | None ; CHAPTER_VERSION = "x.y.z".
|
||||
"""
|
||||
@@ -20,13 +30,59 @@ from __future__ import annotations
|
||||
|
||||
from .. import model
|
||||
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.1.0"
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.2.0"
|
||||
CHAPTER_ID = "overview"
|
||||
CHAPTER_TITLE = "Overview"
|
||||
|
||||
# Profile/ctx keys the calculation phase must add for a full head + examples.
|
||||
HEAD_KEY = "head_rows" # list[dict] — df.head(n)
|
||||
EXAMPLES_KEY = "examples" # per column: list of non-null sample values
|
||||
LLM_KEY = "llm" # interpretive block from eda_llm_insights
|
||||
|
||||
|
||||
def _llm_dict_index(profile: dict, ctx: dict) -> dict:
|
||||
"""Map column name -> its LLM dictionary entry (description/unit/...).
|
||||
|
||||
Reads the ``llm.dictionary`` list that ``eda_llm_insights`` stored in the
|
||||
profile (``profile['llm']``; falls back to ``ctx['llm']``). Returns an empty
|
||||
dict when no LLM block ran, so the caller degrades to "—" cells. Fully
|
||||
defensive: never raises on malformed input.
|
||||
"""
|
||||
llm = profile.get(LLM_KEY)
|
||||
if not isinstance(llm, dict):
|
||||
llm = ctx.get(LLM_KEY)
|
||||
if not isinstance(llm, dict):
|
||||
return {}
|
||||
entries = llm.get("dictionary")
|
||||
if not isinstance(entries, (list, tuple)):
|
||||
return {}
|
||||
index: dict = {}
|
||||
for e in entries:
|
||||
if not isinstance(e, dict):
|
||||
continue
|
||||
col = e.get("column")
|
||||
if col is None:
|
||||
continue
|
||||
index[model._safe_str(col)] = e
|
||||
return index
|
||||
|
||||
|
||||
def _llm_desc(entry) -> str:
|
||||
"""Business description of a column from its LLM entry, or "—"."""
|
||||
if not isinstance(entry, dict):
|
||||
return "—"
|
||||
raw = entry.get("description") or entry.get("business_meaning")
|
||||
text = " ".join(model._safe_str(raw).split()) if raw is not None else ""
|
||||
return text or "—"
|
||||
|
||||
|
||||
def _llm_unit(entry) -> str:
|
||||
"""Unit of a column from its LLM entry, or "—"."""
|
||||
if not isinstance(entry, dict):
|
||||
return "—"
|
||||
raw = entry.get("unit")
|
||||
text = " ".join(model._safe_str(raw).split()) if raw is not None else ""
|
||||
return text or "—"
|
||||
|
||||
|
||||
def _fmt_num(value, decimals: int = 3) -> str:
|
||||
@@ -104,9 +160,12 @@ def _head_block(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
"pasarlo en ctx['head_rows'] para mostrar las primeras filas.")
|
||||
|
||||
|
||||
def _columns_block(profile: dict):
|
||||
def _columns_block(profile: dict, llm_index: dict):
|
||||
cols = profile.get("columns") or []
|
||||
header = ["Columna", "Tipo", "Nulos", "Ejemplos (no nulos)"]
|
||||
# Descripción / Unidad come from the LLM dictionary (matched by column name);
|
||||
# they read "—" when run_llm did not run, so the table always renders.
|
||||
header = ["Columna", "Tipo", "Nulos", "Ejemplos (no nulos)",
|
||||
"Descripción", "Unidad"]
|
||||
rows = []
|
||||
for c in cols:
|
||||
if not isinstance(c, dict):
|
||||
@@ -126,15 +185,18 @@ def _columns_block(profile: dict):
|
||||
nulls = str(null_count)
|
||||
else:
|
||||
nulls = "—"
|
||||
rows.append([name, ctype, nulls, _examples_for(c)])
|
||||
entry = llm_index.get(model._safe_str(name))
|
||||
rows.append([name, ctype, nulls, _examples_for(c),
|
||||
_llm_desc(entry), _llm_unit(entry)])
|
||||
if not rows:
|
||||
return None
|
||||
return model.DataTable(header=header, rows=rows, title="Columnas")
|
||||
|
||||
|
||||
def _describe_block(profile: dict):
|
||||
def _describe_block(profile: dict, llm_index: dict):
|
||||
cols = profile.get("columns") or []
|
||||
header = ["Columna", "mean", "median", "min", "max", "std"]
|
||||
# "Unidad" (LLM source) lets the reader know in which unit each stat is.
|
||||
header = ["Columna", "mean", "median", "min", "max", "std", "Unidad"]
|
||||
rows = []
|
||||
for c in cols:
|
||||
if not isinstance(c, dict) or c.get("inferred_type") != "numeric":
|
||||
@@ -142,13 +204,16 @@ def _describe_block(profile: dict):
|
||||
num = c.get("numeric") or {}
|
||||
if not num:
|
||||
continue
|
||||
name = c.get("name") or "(col)"
|
||||
entry = llm_index.get(model._safe_str(name))
|
||||
rows.append([
|
||||
c.get("name") or "(col)",
|
||||
name,
|
||||
_fmt_num(num.get("mean")),
|
||||
_fmt_num(num.get("median")),
|
||||
_fmt_num(num.get("min")),
|
||||
_fmt_num(num.get("max")),
|
||||
_fmt_num(num.get("std")),
|
||||
_llm_unit(entry),
|
||||
])
|
||||
if not rows:
|
||||
return None
|
||||
@@ -163,16 +228,18 @@ def build_overview(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
if not cols and not (ctx.get(HEAD_KEY) or profile.get(HEAD_KEY)):
|
||||
return None
|
||||
|
||||
llm_index = _llm_dict_index(profile, ctx)
|
||||
|
||||
blocks = [
|
||||
model.Heading(text="Primeras filas (df.head)", level=2),
|
||||
_head_block(profile, ctx),
|
||||
]
|
||||
cols_block = _columns_block(profile)
|
||||
cols_block = _columns_block(profile, llm_index)
|
||||
if cols_block is not None:
|
||||
blocks.append(model.Heading(
|
||||
text="Diccionario de columnas", level=2))
|
||||
blocks.append(cols_block)
|
||||
desc_block = _describe_block(profile)
|
||||
desc_block = _describe_block(profile, llm_index)
|
||||
if desc_block is not None:
|
||||
blocks.append(model.Heading(
|
||||
text="Resumen estadístico numérico", level=2))
|
||||
|
||||
@@ -56,7 +56,21 @@ def _head_rows() -> list:
|
||||
]
|
||||
|
||||
|
||||
def _profile(with_head: bool = True) -> dict:
|
||||
def _llm() -> dict:
|
||||
"""Interpretive block as eda_llm_insights stores it under profile['llm']."""
|
||||
return {
|
||||
"summary": "Pasajeros del Titanic.",
|
||||
"dictionary": [
|
||||
{"column": "PassengerId", "description": "Identificador del pasajero",
|
||||
"business_meaning": "Clave única de cada pasajero", "unit": "id"},
|
||||
{"column": "Pclass", "description": "Clase del billete",
|
||||
"business_meaning": "Clase socioeconómica", "unit": "clase (1-3)"},
|
||||
# No entry for Survived/Name/Sex on purpose -> they degrade to "—".
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def _profile(with_head: bool = True, with_llm: bool = False) -> dict:
|
||||
prof = {
|
||||
"table": "titanic",
|
||||
"source": "/data/titanic.csv",
|
||||
@@ -68,6 +82,8 @@ def _profile(with_head: bool = True) -> dict:
|
||||
}
|
||||
if with_head:
|
||||
prof["head_rows"] = _head_rows()
|
||||
if with_llm:
|
||||
prof["llm"] = _llm()
|
||||
return prof
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -185,3 +201,70 @@ def test_edge_none_y_vacio_no_rompen():
|
||||
assert ch is not None
|
||||
tables = [b for b in _flatten(ch.blocks) if isinstance(b, DataTable)]
|
||||
assert tables and len(tables[0].rows) == 3
|
||||
|
||||
|
||||
def _table_by_header(blocks, marker: str):
|
||||
"""Return the first DataTable whose header contains ``marker``."""
|
||||
for b in _flatten(blocks):
|
||||
if isinstance(b, DataTable) and marker in b.header:
|
||||
return b
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_diccionario_lleva_descripcion_y_unidad_del_llm():
|
||||
# With run_llm: the column dictionary gains "Descripción" and "Unidad"
|
||||
# columns populated from profile['llm']['dictionary'], matched by name.
|
||||
ch = build_overview(_profile(with_llm=True), {})
|
||||
assert ch is not None
|
||||
dic = _table_by_header(ch.blocks, "Descripción")
|
||||
assert dic is not None
|
||||
assert dic.header == ["Columna", "Tipo", "Nulos", "Ejemplos (no nulos)",
|
||||
"Descripción", "Unidad"]
|
||||
by_name = {row[0]: row for row in dic.rows}
|
||||
# PassengerId has an LLM entry -> description + unit populated.
|
||||
assert by_name["PassengerId"][4] == "Identificador del pasajero"
|
||||
assert by_name["PassengerId"][5] == "id"
|
||||
assert by_name["Pclass"][5] == "clase (1-3)"
|
||||
# Columns with no LLM entry degrade to "—" without breaking the row.
|
||||
assert by_name["Survived"][4] == "—" and by_name["Survived"][5] == "—"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_describe_lleva_unidad_del_llm():
|
||||
ch = build_overview(_profile(with_llm=True), {})
|
||||
desc = _table_by_header(ch.blocks, "std")
|
||||
assert desc is not None
|
||||
assert desc.header[-1] == "Unidad"
|
||||
by_name = {row[0]: row for row in desc.rows}
|
||||
assert by_name["PassengerId"][-1] == "id"
|
||||
assert by_name["Pclass"][-1] == "clase (1-3)"
|
||||
# Numeric column with no LLM unit still renders, unit "—".
|
||||
assert by_name["Survived"][-1] == "—"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_sin_llm_descripcion_unidad_son_guion():
|
||||
# No profile['llm'] at all: the new cells degrade to "—" and nothing breaks.
|
||||
ch = build_overview(_profile(), {})
|
||||
assert ch is not None
|
||||
dic = _table_by_header(ch.blocks, "Unidad")
|
||||
assert dic is not None
|
||||
for row in dic.rows:
|
||||
assert row[4] == "—" and row[5] == "—"
|
||||
desc = _table_by_header(ch.blocks, "std")
|
||||
assert all(row[-1] == "—" for row in desc.rows)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_llm_via_ctx_tambien_funciona():
|
||||
# LLM block arriving through ctx['llm'] (fallback path) is consumed too.
|
||||
ch = build_overview(_profile(with_llm=False), {"llm": _llm()})
|
||||
dic = _table_by_header(ch.blocks, "Descripción")
|
||||
by_name = {row[0]: row for row in dic.rows}
|
||||
assert by_name["PassengerId"][5] == "id"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_render_pdf_muestra_descripcion_y_unidad():
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out = os.path.join(d, "eda.pdf")
|
||||
render_automatic_eda_pdf(_profile(with_llm=True), out, {"title": "EDA"})
|
||||
txt = _pdf_text(out)
|
||||
assert "Descripción" in txt and "Unidad" in txt
|
||||
assert "Identificador del pasajero" in txt
|
||||
|
||||
@@ -26,7 +26,7 @@ from datetime import datetime, timezone
|
||||
|
||||
from .. import model
|
||||
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.2.0"
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.3.0"
|
||||
CHAPTER_ID = "portada"
|
||||
CHAPTER_TITLE = "Portada"
|
||||
|
||||
@@ -35,12 +35,9 @@ CHAPTER_TITLE = "Portada"
|
||||
# row represents) from it when the LLM layer ran (``run_llm``).
|
||||
_LLM_KEY = "llm"
|
||||
|
||||
# Default human description of what the table quality score measures. Chapters
|
||||
# can override it via ctx["quality_criteria"].
|
||||
_DEFAULT_QUALITY_CRITERIA = (
|
||||
"media de los scores por columna (0–100): completitud (sin nulos/vacíos), "
|
||||
"validez (tipo y rango coherentes) y consistencia (sin duplicados/constantes)."
|
||||
)
|
||||
# Font size (pt) for the dataset name on the PPTX cover slide — notably larger
|
||||
# than the default H1 so the dataset name stands out (shown underlined too).
|
||||
_PPTX_TITLE_PT = 44.0
|
||||
|
||||
|
||||
def _storage_from_source(source: str) -> str:
|
||||
@@ -120,7 +117,8 @@ def _summary_blocks(summary) -> list:
|
||||
|
||||
blocks = [model.Heading(text="Resumen del análisis", level=2)]
|
||||
if rows:
|
||||
blocks.append(model.KVTable(rows=rows))
|
||||
# Values pinned to the right margin (numbers flush right, label left).
|
||||
blocks.append(model.KVTable(rows=rows, value_align="right"))
|
||||
if titles:
|
||||
bullets = "\n".join(f"- {model._safe_str(t)}" for t in titles)
|
||||
blocks.append(model.Markdown(
|
||||
@@ -213,9 +211,7 @@ def _derive_description(profile: dict, ctx: dict) -> str:
|
||||
score = profile.get("quality_score")
|
||||
if score is not None:
|
||||
parts.append(f"Calidad media estimada: {score}/100.")
|
||||
parts.append(
|
||||
"Resumen derivado del perfil; active la interpretación LLM (`run_llm`) "
|
||||
"para una descripción de negocio más rica.")
|
||||
parts.append("Resumen derivado del perfil.")
|
||||
return " ".join(parts)
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -259,7 +255,6 @@ def build_portada(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
shape = f"{_fmt_int(n_rows)} filas × {_fmt_int(n_cols)} columnas"
|
||||
|
||||
score = profile.get("quality_score")
|
||||
quality_criteria = ctx.get("quality_criteria") or _DEFAULT_QUALITY_CRITERIA
|
||||
quality_value = "—" if score is None else f"{score} / 100"
|
||||
|
||||
llm = _llm_block(profile, ctx)
|
||||
@@ -282,8 +277,11 @@ def build_portada(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
|
||||
# Title + dataset size shown together and BIG (Heading) at the top, kept on
|
||||
# the same page (Group). The size is no longer buried in the metadata table.
|
||||
# The dataset name is shown big and underlined on the PPTX cover slide
|
||||
# (size_pt/underline are honoured by the PPTX renderer; the PDF ignores them).
|
||||
cover = [
|
||||
model.Heading(text=str(dataset_name), level=1),
|
||||
model.Heading(text=str(dataset_name), level=1, underline=True,
|
||||
size_pt=_PPTX_TITLE_PT),
|
||||
model.Markdown(text="**Automatic-EDA** · informe exploratorio automático"),
|
||||
model.Heading(text=shape, level=2),
|
||||
]
|
||||
@@ -295,7 +293,6 @@ def build_portada(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
("Almacenamiento", storage),
|
||||
("Generado", when),
|
||||
("Calidad", quality_value),
|
||||
("Criterios de calidad", quality_criteria),
|
||||
]),
|
||||
model.Heading(text="Descripción", level=2),
|
||||
model.Markdown(text=str(description)),
|
||||
|
||||
@@ -34,6 +34,7 @@ CHAPTER_ORDER = [
|
||||
"text_distr", # free-text / NLP distributions (non-tabular content)
|
||||
"calidad", # data quality
|
||||
"missingness", # missing-data patterns (co-occurrence of absences; MCAR/MAR)
|
||||
"outliers", # atypical values: univariate (Tukey/z) + multivariate (IsolationForest)
|
||||
"correlacion", # correlations / associations
|
||||
"relaciones", # key relations: declared/candidate PK + FK (inter/intra-table)
|
||||
"modelos", # cheap models (PCA/KMeans/outliers)
|
||||
@@ -72,24 +73,51 @@ def build_chapter(chapter_id: str, profile: dict, ctx: dict):
|
||||
return model.as_chapter(result)
|
||||
|
||||
|
||||
def build_document(profile: dict, ctx: dict = None) -> list:
|
||||
"""Build the full ordered list of chapters for a TableProfile.
|
||||
def build_document(profile: dict, ctx: dict = None, only: list = None) -> list:
|
||||
"""Build the ordered list of chapters for a TableProfile.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
profile: the ``eda`` group TableProfile dict (may be None/empty).
|
||||
ctx: optional context dict carrying presentation metadata not present in
|
||||
the profile (dataset_name, source_origin, storage, generated_at,
|
||||
description, granularity, quality_criteria, head_rows, ...).
|
||||
only: optional list of chapter ids to render. ``None`` (default) keeps
|
||||
the historical behaviour — every implemented & applicable chapter in
|
||||
canonical order. A list restricts the BODY to just those ids (in
|
||||
canonical order), but the cover (``portada``) and glossary
|
||||
(``glosario``) are ALWAYS included so the document stays valid and
|
||||
the clickable terms keep a destination — so passing ``only=["x"]``
|
||||
yields portada + x + glosario. Unknown ids are simply skipped (the
|
||||
caller is responsible for strict validation). ``only=[]`` yields the
|
||||
minimal document (portada + glosario only). This argument is additive
|
||||
and backward-compatible: the signature is unchanged for existing
|
||||
callers (default ``None``).
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
list[Chapter] in canonical order, containing only the chapters that are
|
||||
implemented and applicable. Never raises.
|
||||
implemented, applicable and selected. Never raises.
|
||||
"""
|
||||
if not isinstance(profile, dict):
|
||||
profile = {}
|
||||
# Copy ctx so the shared collector / summary we add do not leak to the caller.
|
||||
ctx = dict(ctx) if isinstance(ctx, dict) else {}
|
||||
|
||||
# only=None -> all body chapters (historical). only=list -> restrict body to
|
||||
# that selection (portada/glosario are added unconditionally below). The
|
||||
# renderers call build_document(profile, meta['ctx']) without an `only`
|
||||
# argument, so the pipeline forwards the selection through a reserved ctx key
|
||||
# (``_only_chapters``); an explicit `only` argument always wins. The key is
|
||||
# popped from the local ctx copy so it never reaches the chapters.
|
||||
if only is None:
|
||||
_carried = ctx.pop("_only_chapters", None)
|
||||
if isinstance(_carried, (list, tuple, set)):
|
||||
only = list(_carried)
|
||||
else:
|
||||
ctx.pop("_only_chapters", None)
|
||||
# A set makes the membership test cheap; the iteration order stays
|
||||
# CHAPTER_ORDER. only=[] is a valid (empty) selection -> minimal document.
|
||||
only_set = set(only) if isinstance(only, (list, tuple, set)) else None
|
||||
|
||||
# A single glossary collector is shared by every chapter via ctx['glossary'].
|
||||
# Chapters call ctx['glossary'].add(key, label, definition) and mark in-text
|
||||
# appearances with [[term:key]]…[[/term]]; the glosario chapter renders the
|
||||
@@ -105,6 +133,10 @@ def build_document(profile: dict, ctx: dict = None) -> list:
|
||||
for cid in CHAPTER_ORDER:
|
||||
if cid in (_PORTADA, _GLOSARIO):
|
||||
continue
|
||||
# When a selection is given, skip body chapters outside it. portada and
|
||||
# glosario are never filtered (handled out of this loop).
|
||||
if only_set is not None and cid not in only_set:
|
||||
continue
|
||||
ch = build_chapter(cid, profile, ctx)
|
||||
if ch is not None and ch.blocks:
|
||||
body.append(ch)
|
||||
|
||||
@@ -38,10 +38,18 @@ ENGINE_NAME = "AutomaticEDA"
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
@dataclass
|
||||
class Heading:
|
||||
"""A section heading. ``level`` 1 (largest) .. 3 (smallest)."""
|
||||
"""A section heading. ``level`` 1 (largest) .. 3 (smallest).
|
||||
|
||||
``underline`` and ``size_pt`` are optional emphasis hints honoured by the
|
||||
PPTX renderer (the cover uses them to show the dataset name big and
|
||||
underlined). ``size_pt`` overrides the per-level font size when set; the PDF
|
||||
renderer ignores both so its layout is unchanged.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
text: str = ""
|
||||
level: int = 1
|
||||
underline: bool = False
|
||||
size_pt: Optional[float] = None
|
||||
kind: str = field(default="heading", init=False)
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -62,10 +70,17 @@ class Markdown:
|
||||
|
||||
@dataclass
|
||||
class KVTable:
|
||||
"""A two-column key/value table. ``rows`` is a list of ``(label, value)``."""
|
||||
"""A two-column key/value table. ``rows`` is a list of ``(label, value)``.
|
||||
|
||||
``value_align`` controls the horizontal alignment of the value column in the
|
||||
PDF renderer: ``"left"`` (default) keeps values next to the label column;
|
||||
``"right"`` pins them to the right margin (used by the cover's analysis
|
||||
summary so the numbers line up flush right).
|
||||
"""
|
||||
|
||||
rows: list = field(default_factory=list)
|
||||
title: Optional[str] = None
|
||||
value_align: str = "left"
|
||||
kind: str = field(default="kv_table", init=False)
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -210,13 +225,20 @@ def as_block(obj: Any):
|
||||
# Build only with fields the dataclass accepts (ignore extras).
|
||||
try:
|
||||
if cls is Heading:
|
||||
size_pt = obj.get("size_pt")
|
||||
return Heading(text=_safe_str(obj.get("text")),
|
||||
level=int(obj.get("level", 1) or 1))
|
||||
level=int(obj.get("level", 1) or 1),
|
||||
underline=bool(obj.get("underline", False)),
|
||||
size_pt=(float(size_pt)
|
||||
if isinstance(size_pt, (int, float))
|
||||
else None))
|
||||
if cls is Markdown:
|
||||
return Markdown(text=_safe_str(obj.get("text")))
|
||||
if cls is KVTable:
|
||||
return KVTable(rows=list(obj.get("rows") or []),
|
||||
title=obj.get("title"))
|
||||
title=obj.get("title"),
|
||||
value_align=_safe_str(
|
||||
obj.get("value_align")) or "left")
|
||||
if cls is DataTable:
|
||||
return DataTable(header=list(obj.get("header") or []),
|
||||
rows=list(obj.get("rows") or []),
|
||||
|
||||
@@ -317,10 +317,18 @@ def _place_kv_table(st: _PdfState, block) -> None:
|
||||
if title:
|
||||
_place_heading(st, model.Heading(title, level=2))
|
||||
rows = getattr(block, "rows", []) or []
|
||||
# ``value_align="right"`` pins the value column to the right margin (label
|
||||
# left, number flush right) — used by the cover's analysis summary.
|
||||
right = str(getattr(block, "value_align", "left")).lower() == "right"
|
||||
key_w = 1.9 # inches reserved for the label column.
|
||||
# Right-aligned values wrap against the full usable width minus the label
|
||||
# column; left-aligned values wrap against the value column only.
|
||||
val_chars = tl.chars_per_line(_USABLE_W - key_w - 0.1, _FS_BODY)
|
||||
lh = tl.line_height_in(_FS_BODY)
|
||||
for row in rows:
|
||||
# ``data_idx`` is the 0-based logical row index: even rows (1-based) are
|
||||
# zebra-shaded → 0-based odd indices, matching the data-table convention so
|
||||
# every table in the document carries the same striping.
|
||||
for data_idx, row in enumerate(rows):
|
||||
try:
|
||||
label, value = row[0], row[1]
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
@@ -329,11 +337,25 @@ def _place_kv_table(st: _PdfState, block) -> None:
|
||||
row_h = lh * len(v_lines) + _ROW_VPAD
|
||||
_ensure_space(st, row_h)
|
||||
y0 = st.y
|
||||
# Faint zebra fill for even rows, drawn first (zorder 0) so striping
|
||||
# never hides the text/value drawn on top.
|
||||
if data_idx % 2 == 1:
|
||||
st.fig.add_artist(Rectangle(
|
||||
(_xf(_ML), _yf(y0 + row_h)), _xf(_ML + _USABLE_W) - _xf(_ML),
|
||||
_yf(y0) - _yf(y0 + row_h), transform=st.fig.transFigure,
|
||||
color=_ZEBRA, lw=0, zorder=0))
|
||||
st.fig.text(_xf(_ML), _yf(y0), tl.strip_inline_md(model._safe_str(label)),
|
||||
fontsize=_FS_BODY, color=_MUTED, ha="left", va="top")
|
||||
fontsize=_FS_BODY, color=_MUTED, ha="left", va="top",
|
||||
zorder=2)
|
||||
for k, vl in enumerate(v_lines):
|
||||
st.fig.text(_xf(_ML + key_w), _yf(y0 + k * lh), vl,
|
||||
fontsize=_FS_BODY, color=_INK, ha="left", va="top")
|
||||
if right:
|
||||
st.fig.text(_xf(_ML + _USABLE_W), _yf(y0 + k * lh), vl,
|
||||
fontsize=_FS_BODY, color=_INK, ha="right",
|
||||
va="top", zorder=2)
|
||||
else:
|
||||
st.fig.text(_xf(_ML + key_w), _yf(y0 + k * lh), vl,
|
||||
fontsize=_FS_BODY, color=_INK, ha="left",
|
||||
va="top", zorder=2)
|
||||
st.y = y0 + row_h
|
||||
st.y += _GAP
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -135,7 +135,7 @@ def _ensure(st: _PptxState, height: float) -> None:
|
||||
|
||||
|
||||
def _add_text(st: _PptxState, lines: list, fs: float, color, bold=False,
|
||||
italic=False, indent=0.0, bullet=False) -> None:
|
||||
italic=False, indent=0.0, bullet=False, underline=False) -> None:
|
||||
lh = tl.line_height_in(fs)
|
||||
height = lh * len(lines) + 0.05
|
||||
_ensure(st, height)
|
||||
@@ -153,6 +153,7 @@ def _add_text(st: _PptxState, lines: list, fs: float, color, bold=False,
|
||||
run.font.size = Pt(fs)
|
||||
run.font.bold = bold
|
||||
run.font.italic = italic
|
||||
run.font.underline = underline
|
||||
run.font.color.rgb = _rgb(color)
|
||||
st.y += height
|
||||
|
||||
@@ -206,10 +207,16 @@ def _add_rich_text(st: _PptxState, rich_lines: list, fs: float, color,
|
||||
def _place_heading(st: _PptxState, block) -> None:
|
||||
level = max(1, min(3, int(getattr(block, "level", 1) or 1)))
|
||||
fs = {1: _FS_H1, 2: _FS_H2, 3: _FS_H3}[level]
|
||||
# Optional per-heading emphasis (cover dataset name): a larger font and an
|
||||
# underline. ``size_pt`` overrides the per-level size when set.
|
||||
size_override = getattr(block, "size_pt", None)
|
||||
if isinstance(size_override, (int, float)) and size_override > 0:
|
||||
fs = float(size_override)
|
||||
underline = bool(getattr(block, "underline", False))
|
||||
text = tl.strip_inline_md(getattr(block, "text", ""))
|
||||
st.last_heading = text or st.last_heading
|
||||
lines = tl.wrap(text, tl.chars_per_line(_USABLE_W, fs))
|
||||
_add_text(st, lines, fs, _INK, bold=True)
|
||||
_add_text(st, lines, fs, _INK, bold=True, underline=underline)
|
||||
st.y += 0.04
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -552,9 +559,11 @@ def _place_note(st: _PptxState, block) -> None:
|
||||
# WITHOUT drawing it so a Group can move whole to the next slide before drawing.
|
||||
# Over-estimating only triggers an earlier slide break, never a content cut.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _measure_heading_text(text: str, level: int) -> float:
|
||||
def _measure_heading_text(text: str, level: int, size_pt=None) -> float:
|
||||
level = max(1, min(3, int(level or 1)))
|
||||
fs = {1: _FS_H1, 2: _FS_H2, 3: _FS_H3}[level]
|
||||
if isinstance(size_pt, (int, float)) and size_pt > 0:
|
||||
fs = float(size_pt)
|
||||
lines = tl.wrap(tl.strip_inline_md(text), tl.chars_per_line(_USABLE_W, fs))
|
||||
return tl.line_height_in(fs) * len(lines) + 0.05 + 0.04
|
||||
|
||||
@@ -679,7 +688,8 @@ def _measure_block(st: _PptxState, block) -> float:
|
||||
try:
|
||||
if kind == "heading":
|
||||
return _measure_heading_text(getattr(block, "text", ""),
|
||||
getattr(block, "level", 1))
|
||||
getattr(block, "level", 1),
|
||||
size_pt=getattr(block, "size_pt", None))
|
||||
if kind == "markdown":
|
||||
return _measure_markdown(block)
|
||||
if kind in ("figure", "image"):
|
||||
|
||||
@@ -0,0 +1,125 @@
|
||||
---
|
||||
id: build_boxplots_figure_py_datascience
|
||||
name: build_boxplots_figure
|
||||
kind: function
|
||||
lang: py
|
||||
domain: datascience
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
purity: impure
|
||||
signature: "def build_boxplots_figure(boxes: list, title: str = \"\", max_boxes: int = 12) -> \"matplotlib.figure.Figure\""
|
||||
description: "Construye una unica figura matplotlib con boxplots de Tukey HORIZONTALES (uno por columna) usando ax.bxp: caja Q1-Q3, bigotes hasta 1.5*IQR, linea de mediana y puntos atipicos. Consume la salida de build_boxplot_stats (un dict box por columna, leido con .get) mas una lista opcional de outliers crudos por columna; si vienen los dibuja como puntos (showfliers), si no marca solo box[min]/box[max] cuando hay outliers de cola (igual que num_distr). Dibuja como mucho max_boxes cajas (las primeras, ya ordenadas por contaminacion por el caller) y avisa de la truncacion con (mostrando N de M). Backend Agg sin pyplot global; alto adaptativo al nº de cajas. Defensiva: omite entradas invalidas y NUNCA lanza — sin cajas validas devuelve una figura placeholder (sin boxplots). Es la version small-multiples del capitulo num_distr para responder que columnas tienen mas outliers de un vistazo."
|
||||
tags: [eda, outliers, boxplot, tukey, iqr, bxp, matplotlib, figure, visualization, small-multiples, datascience, impure]
|
||||
uses_functions: []
|
||||
uses_types: []
|
||||
returns: []
|
||||
returns_optional: false
|
||||
error_type: "error_go_core"
|
||||
imports: [matplotlib]
|
||||
example: |
|
||||
from datascience.build_boxplot_stats import build_boxplot_stats
|
||||
from datascience.build_boxplots_figure import build_boxplots_figure
|
||||
boxes = [
|
||||
{"name": "ingresos", "box": build_boxplot_stats({"min": 1.0, "max": 9e3,
|
||||
"p25": 1e3, "median": 2e3, "p75": 3e3, "n_outliers": 7}), "fliers": None},
|
||||
{"name": "edad", "box": build_boxplot_stats({"min": 0.0, "max": 99.0,
|
||||
"p25": 25.0, "median": 38.0, "p75": 52.0}), "fliers": None},
|
||||
]
|
||||
fig = build_boxplots_figure(boxes, title="Outliers por columna", max_boxes=12)
|
||||
tested: true
|
||||
tests:
|
||||
- "test_returns_figure_with_axes"
|
||||
- "test_empty_list_returns_placeholder_figure"
|
||||
- "test_invalid_box_is_skipped_not_raised"
|
||||
- "test_all_invalid_returns_placeholder"
|
||||
- "test_raw_fliers_are_drawn"
|
||||
- "test_max_boxes_truncates_and_does_not_raise"
|
||||
test_file_path: "python/functions/datascience/build_boxplots_figure_test.py"
|
||||
file_path: "python/functions/datascience/build_boxplots_figure.py"
|
||||
params:
|
||||
- name: boxes
|
||||
desc: "Lista de dicts, cada uno {\"name\": str, \"box\": dict, \"fliers\": list|None}. box es EXACTAMENTE la salida de build_boxplot_stats (claves leidas con .get: q1, median, q3, whisker_lo, whisker_hi, min, max, has_low_outliers, has_high_outliers, lower_fence, upper_fence, n_outliers). fliers es la lista opcional de outliers crudos: si viene se dibuja como puntos; si es None/ausente solo se marcan los extremos box[min]/box[max] cuando hay outliers de cola. Entradas que no son dict, sin box dict, o sin q1/median/q3 se omiten. El caller las pasa ya ordenadas por contaminacion (la mayor primera)."
|
||||
- name: title
|
||||
desc: "Titulo de la figura (fig.suptitle, alineado a la izquierda). Vacio => sin titulo. Si len(boxes) > max_boxes se le anade una nota \"(mostrando N de M)\" para que la truncacion no sea silenciosa. Default \"\"."
|
||||
- name: max_boxes
|
||||
desc: "Numero maximo de cajas a dibujar (las primeras de la lista). Default 12. Un valor no entero o <= 0 cae a 12. Si la lista trae mas entradas, las sobrantes se descartan pero se reporta en el titulo con (mostrando N de M)."
|
||||
output: "Un matplotlib.figure.Figure (figsize 7.0 x alto adaptativo = max(2.0, 0.5*n + 1.0), dpi 150) con un unico Axes que apila boxplots horizontales de Tukey (ax.bxp, orientation=horizontal con fallback vert=False), uno por columna valida, de arriba a abajo en el orden recibido. Cada caja: relleno #9ec6df, borde/bigotes/caps #5b8aa6, mediana #2e8b57, atipicos #c0392b. Etiquetas del eje Y = nombres de columna; eje X etiquetado \"valor\". Outliers dibujados desde fliers crudos (showfliers) o, si faltan, marcados en box[min]/box[max] segun has_low/high_outliers. Si no queda ninguna caja valida (lista vacia o todas invalidas) devuelve una Figure placeholder con texto centrado \"(sin boxplots)\"; cualquier error inesperado se captura y devuelve una Figure con el mensaje de error. NUNCA lanza. El caller rasteriza/cierra la figura; la funcion no la muestra ni la guarda."
|
||||
---
|
||||
|
||||
## Ejemplo
|
||||
|
||||
```python
|
||||
import sys, os
|
||||
sys.path.insert(0, os.path.join("python", "functions"))
|
||||
from datascience.build_boxplot_stats import build_boxplot_stats
|
||||
from datascience.build_boxplots_figure import build_boxplots_figure
|
||||
|
||||
# Un `box` por columna numérica, derivado del sub-bloque `numeric` del profile
|
||||
# (salida de describe_numeric). El caller los pasa ya ordenados por outlier_pct.
|
||||
boxes = [
|
||||
{
|
||||
"name": "ingresos",
|
||||
"box": build_boxplot_stats({
|
||||
"min": 1.0, "max": 9000.0,
|
||||
"p25": 1000.0, "median": 2000.0, "p75": 3000.0,
|
||||
"n_outliers": 7,
|
||||
}),
|
||||
"fliers": None, # valores crudos desconocidos -> se marca solo el extremo.
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "edad",
|
||||
"box": build_boxplot_stats({
|
||||
"min": 0.0, "max": 99.0,
|
||||
"p25": 25.0, "median": 38.0, "p75": 52.0,
|
||||
}),
|
||||
"fliers": [88.0, 95.0, 99.0], # outliers crudos -> se dibujan como puntos.
|
||||
},
|
||||
]
|
||||
|
||||
fig = build_boxplots_figure(boxes, title="Outliers por columna", max_boxes=12)
|
||||
|
||||
# El renderer del informe lo rasteriza; aquí solo persistimos para inspección.
|
||||
fig.savefig("/tmp/boxplots.png")
|
||||
```
|
||||
|
||||
## Cuando usarla
|
||||
|
||||
Úsala en el capítulo de outliers de un informe EDA cuando quieras comparar de un
|
||||
vistazo *qué columnas están más contaminadas por valores atípicos*: a diferencia
|
||||
de `num_distr` (que dibuja un histograma+boxplot por columna en figuras
|
||||
separadas), aquí apilas todos los boxplots horizontales en **una sola figura**
|
||||
(small multiples). Primero deriva el `box` de cada columna con
|
||||
`build_boxplot_stats`, ordénalas por `outlier_pct` descendente, envuélvelas como
|
||||
`{"name", "box", "fliers"}` y pásaselas. Si tienes los valores crudos fuera de
|
||||
las vallas, métele la lista `fliers` y se dibujarán como puntos; si no, la
|
||||
función marca solo los extremos `min`/`max` cuando hay cola.
|
||||
|
||||
## Gotchas
|
||||
|
||||
- **Impura por matplotlib.** Toca la maquinaria de render. Usa el backend `Agg`
|
||||
y la API orientada a objetos `Figure`/`add_subplot` — NUNCA `pyplot.*` aquí,
|
||||
para no tocar el estado global ni filtrar figuras entre llamadas. `pyplot` NO
|
||||
es thread-safe; esta función construye el `Figure` directamente, así que es
|
||||
segura de llamar en bucle desde el renderer.
|
||||
- **El caller cierra la figura.** Devuelve el `Figure` pero no lo muestra ni lo
|
||||
guarda. Quien la consume debe rasterizarla y luego liberarla
|
||||
(`matplotlib.pyplot.close(fig)`) para no acumular memoria en lotes grandes.
|
||||
- **`fliers` opcional, semántica distinta.** Si pasas la lista de outliers
|
||||
crudos se dibujan todos como puntos (`showfliers=True`). Si es `None`/ausente
|
||||
los valores son desconocidos y solo se marca un punto en `box["min"]` /
|
||||
`box["max"]` cuando `has_low_outliers` / `has_high_outliers` — mismo criterio
|
||||
que `num_distr`. No inventes fliers a partir del profile: el `box` no trae los
|
||||
valores crudos, solo si los extremos superan las vallas.
|
||||
- **API de orientación de `ax.bxp`.** matplotlib reciente usa
|
||||
`orientation="horizontal"`; las versiones antiguas usan `vert=False`. La
|
||||
función prueba la primera y cae a la segunda en `except TypeError`, así que
|
||||
funciona en ambas. Si `bxp` falla del todo, el Axes degrada a un texto
|
||||
"(boxplot no disponible)" en vez de propagar.
|
||||
- **Truncación visible.** `max_boxes` (default 12) limita el nº de cajas para que
|
||||
ninguna se solape; si la lista trae más, las sobrantes se descartan pero se
|
||||
avisa en el título con "(mostrando N de M)". Pasa las columnas ya ordenadas por
|
||||
contaminación para que las descartadas sean las menos relevantes.
|
||||
- **Defensiva, nunca lanza.** Lista vacía, entradas no-dict, sin `box`, o sin
|
||||
`q1`/`median`/`q3` se omiten sin propagar; sin cajas válidas devuelve un
|
||||
placeholder "(sin boxplots)" y cualquier error inesperado se captura en una
|
||||
figura con el texto del error. No envuelvas la llamada en try/except por miedo
|
||||
a un raise — no lo hay.
|
||||
@@ -0,0 +1,250 @@
|
||||
"""Impure EDA helper: a single figure of horizontal Tukey boxplots (`eda` group).
|
||||
|
||||
Draws, in one ``matplotlib.figure.Figure``, a stack of horizontal Tukey boxplots
|
||||
(one per column) using ``ax.bxp``: each carries its box (Q1–Q3), whiskers (up to
|
||||
1.5·IQR), the median line and its outlier points. It consumes the output of the
|
||||
pure registry function ``build_boxplot_stats`` (one ``box`` dict per column) plus
|
||||
an optional list of raw outlier values per column; it never recomputes anything.
|
||||
|
||||
It is the "small-multiples" companion of ``num_distr`` (which draws one
|
||||
histogram+boxplot per column): here every column shares a single figure so the
|
||||
caller can show, at a glance, *which* columns are the most contaminated by
|
||||
outliers (the caller passes them already ordered by contamination).
|
||||
|
||||
Impure because it touches matplotlib's rendering machinery. It uses the headless
|
||||
Agg backend and the object-oriented ``Figure`` API (no ``pyplot``) so it leaks no
|
||||
global state and is safe to call repeatedly from a report renderer. It is fully
|
||||
defensive and NEVER raises: invalid entries are skipped and, if nothing valid
|
||||
remains, it returns a placeholder figure carrying a centered "(sin boxplots)".
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import matplotlib
|
||||
|
||||
matplotlib.use("Agg")
|
||||
|
||||
from matplotlib.figure import Figure # noqa: E402
|
||||
|
||||
# Blue palette shared with the ``num_distr`` chapter so the report stays coherent.
|
||||
_BOX_FACE = "#9ec6df" # box fill.
|
||||
_BOX_EDGE = "#5b8aa6" # box / whisker / cap border.
|
||||
_MEDIAN = "#2e8b57" # median line (sea green).
|
||||
_OUTLIER = "#c0392b" # outlier points (soft red).
|
||||
# Muted gray for the placeholder / fallback message text.
|
||||
_MUTED_TEXT = "#5f6b7a"
|
||||
# Soft red for the error fallback message.
|
||||
_ERROR_TEXT = "#b00020"
|
||||
|
||||
|
||||
def _num(value):
|
||||
"""Coerce ``value`` to float defensively; None for None/bool/non-numeric/NaN."""
|
||||
# bool is a subclass of int; a stat value is never a real bool, so treat
|
||||
# True/False as missing instead of silently coercing to 1.0/0.0.
|
||||
if value is None or isinstance(value, bool):
|
||||
return None
|
||||
try:
|
||||
f = float(value)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
return None
|
||||
if f != f: # NaN guard.
|
||||
return None
|
||||
return f
|
||||
|
||||
|
||||
def _placeholder_figure(message: str, color: str = _MUTED_TEXT) -> "Figure":
|
||||
"""Return a fallback ``Figure`` carrying a single centered message."""
|
||||
fig = Figure(figsize=(7.0, 2.4), dpi=150)
|
||||
ax = fig.add_subplot(111)
|
||||
ax.axis("off")
|
||||
ax.text(
|
||||
0.5,
|
||||
0.5,
|
||||
message,
|
||||
ha="center",
|
||||
va="center",
|
||||
fontsize=12,
|
||||
color=color,
|
||||
wrap=True,
|
||||
transform=ax.transAxes,
|
||||
)
|
||||
fig.tight_layout()
|
||||
return fig
|
||||
|
||||
|
||||
def build_boxplots_figure(
|
||||
boxes: list,
|
||||
title: str = "",
|
||||
max_boxes: int = 12,
|
||||
) -> "matplotlib.figure.Figure":
|
||||
"""Build one figure of stacked horizontal Tukey boxplots (one per column).
|
||||
|
||||
For each entry the function builds a ``bxp`` stats record (``med, q1, q3,
|
||||
whislo, whishi, fliers, label``) from its ``box`` sub-dict (the output of
|
||||
``build_boxplot_stats``) and draws all of them as horizontal boxplots sharing
|
||||
the X axis, top-to-bottom in the order received (the caller is expected to
|
||||
pass them already sorted by contamination).
|
||||
|
||||
Outliers are shown two ways:
|
||||
|
||||
- If an entry carries a ``fliers`` list (the raw out-of-fence values), they
|
||||
are drawn as red points via ``ax.bxp(..., showfliers=True)``.
|
||||
- If ``fliers`` is ``None``/absent, the raw values are unknown, so only the
|
||||
extremes are marked: a red point at ``box["min"]`` when
|
||||
``box["has_low_outliers"]`` and at ``box["max"]`` when
|
||||
``box["has_high_outliers"]`` (same convention as ``num_distr``).
|
||||
|
||||
The function is fully defensive and NEVER raises. Entries that are not dicts,
|
||||
lack a ``box`` dict, or miss any of ``q1``/``median``/``q3`` are skipped. If
|
||||
after filtering no valid box remains it returns a placeholder ``Figure`` with
|
||||
a centered "(sin boxplots)"; any unexpected error is caught and turned into a
|
||||
fallback figure carrying the error text. It always returns a ``Figure``.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
boxes: List of dicts ``{"name": str, "box": dict, "fliers": list|None}``.
|
||||
``box`` is exactly the output of ``build_boxplot_stats`` (read with
|
||||
``.get``: ``q1, median, q3, whisker_lo, whisker_hi, min, max,
|
||||
has_low_outliers, has_high_outliers, ...``). ``fliers`` is the
|
||||
optional list of raw outlier values; when present they are plotted,
|
||||
otherwise only the extremes are marked.
|
||||
title: Figure title (``fig.suptitle``). Empty => no title. When the list
|
||||
is longer than ``max_boxes`` a "(mostrando N de M)" note is appended.
|
||||
max_boxes: Draw at most the first ``max_boxes`` entries (default 12). The
|
||||
rest are dropped but their omission is surfaced in the title note, so
|
||||
the truncation is never silent.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
A ``matplotlib.figure.Figure`` with a single Axes holding the horizontal
|
||||
boxplots (height adaptive to the box count so none overlap). The caller is
|
||||
responsible for rasterizing/closing it; this function never shows nor
|
||||
saves it.
|
||||
"""
|
||||
try:
|
||||
if not isinstance(boxes, (list, tuple)) or len(boxes) == 0:
|
||||
return _placeholder_figure("(sin boxplots)")
|
||||
|
||||
total = len(boxes)
|
||||
|
||||
# Cap the number of boxes; tolerate a non-int / non-positive max_boxes.
|
||||
try:
|
||||
cap = int(max_boxes)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
cap = 12
|
||||
if cap <= 0:
|
||||
cap = 12
|
||||
candidates = list(boxes)[:cap]
|
||||
|
||||
stats_list = [] # bxp stats records, in draw order.
|
||||
labels = [] # Y tick labels (column names).
|
||||
manual_markers = [] # (position, box) for entries without raw fliers.
|
||||
any_fliers = False # whether to enable showfliers in the bxp call.
|
||||
|
||||
for entry in candidates:
|
||||
if not isinstance(entry, dict):
|
||||
continue
|
||||
box = entry.get("box")
|
||||
if not isinstance(box, dict):
|
||||
continue
|
||||
|
||||
q1 = _num(box.get("q1"))
|
||||
med = _num(box.get("median"))
|
||||
q3 = _num(box.get("q3"))
|
||||
# Without the three quartiles a boxplot cannot be drawn — skip it.
|
||||
if q1 is None or med is None or q3 is None:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
# Whisker extremes fall back to the quartiles when missing.
|
||||
whislo = _num(box.get("whisker_lo"))
|
||||
whishi = _num(box.get("whisker_hi"))
|
||||
if whislo is None:
|
||||
whislo = q1
|
||||
if whishi is None:
|
||||
whishi = q3
|
||||
|
||||
name = entry.get("name")
|
||||
label = "" if name is None else str(name)
|
||||
|
||||
position = len(stats_list) + 1 # bxp positions are 1-indexed.
|
||||
fliers_raw = entry.get("fliers")
|
||||
if isinstance(fliers_raw, (list, tuple)):
|
||||
fliers = [v for v in (_num(x) for x in fliers_raw) if v is not None]
|
||||
if fliers:
|
||||
any_fliers = True
|
||||
else:
|
||||
# Raw values unknown: draw no bxp fliers, mark min/max by hand.
|
||||
fliers = []
|
||||
manual_markers.append((position, box))
|
||||
|
||||
stats_list.append({
|
||||
"med": med,
|
||||
"q1": q1,
|
||||
"q3": q3,
|
||||
"whislo": whislo,
|
||||
"whishi": whishi,
|
||||
"fliers": fliers,
|
||||
"label": label,
|
||||
})
|
||||
labels.append(label)
|
||||
|
||||
if not stats_list:
|
||||
return _placeholder_figure("(sin boxplots)")
|
||||
|
||||
n = len(stats_list)
|
||||
positions = list(range(1, n + 1))
|
||||
|
||||
# Height grows with the box count so none of them overlap.
|
||||
height = max(2.0, 0.5 * n + 1.0)
|
||||
fig = Figure(figsize=(7.0, height), dpi=150)
|
||||
ax = fig.add_subplot(111)
|
||||
|
||||
bxp_kw = dict(
|
||||
showfliers=any_fliers, widths=0.5, patch_artist=True,
|
||||
boxprops={"facecolor": _BOX_FACE, "edgecolor": _BOX_EDGE},
|
||||
medianprops={"color": _MEDIAN, "linewidth": 1.6},
|
||||
whiskerprops={"color": _BOX_EDGE},
|
||||
capprops={"color": _BOX_EDGE},
|
||||
flierprops={"marker": "o", "markersize": 3.5,
|
||||
"markerfacecolor": _OUTLIER, "markeredgecolor": _OUTLIER,
|
||||
"linestyle": "none"})
|
||||
try:
|
||||
# ``orientation`` is the current API; older matplotlib uses ``vert``.
|
||||
try:
|
||||
ax.bxp(stats_list, positions=positions,
|
||||
orientation="horizontal", **bxp_kw)
|
||||
except TypeError:
|
||||
ax.bxp(stats_list, positions=positions, vert=False, **bxp_kw)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001 — never let bxp kill the whole figure.
|
||||
ax.text(0.5, 0.5, "(boxplot no disponible)", ha="center",
|
||||
va="center", fontsize=10, color=_MUTED_TEXT,
|
||||
transform=ax.transAxes)
|
||||
|
||||
# For entries without raw fliers, mark only the out-of-fence extremes.
|
||||
for position, box in manual_markers:
|
||||
mn = _num(box.get("min"))
|
||||
mx = _num(box.get("max"))
|
||||
if box.get("has_low_outliers") and mn is not None:
|
||||
ax.plot([mn], [position], marker="o", markersize=3.5,
|
||||
color=_OUTLIER, zorder=5)
|
||||
if box.get("has_high_outliers") and mx is not None:
|
||||
ax.plot([mx], [position], marker="o", markersize=3.5,
|
||||
color=_OUTLIER, zorder=5)
|
||||
|
||||
# Pin the Y tick labels explicitly so they work across matplotlib
|
||||
# versions regardless of whether ``bxp`` consumed the ``label`` key.
|
||||
ax.set_yticks(positions)
|
||||
ax.set_yticklabels(labels, fontsize=8)
|
||||
ax.set_xlabel("valor", fontsize=9)
|
||||
ax.tick_params(labelsize=7)
|
||||
ax.margins(y=0.15)
|
||||
for spine in ("top", "right"):
|
||||
ax.spines[spine].set_visible(False)
|
||||
|
||||
# Surface truncation in the title instead of silently dropping boxes.
|
||||
note = f"(mostrando {n} de {total})" if total > cap else ""
|
||||
heading = " ".join(p for p in (title, note) if p)
|
||||
if heading:
|
||||
fig.suptitle(heading, fontsize=12, x=0.02, ha="left")
|
||||
|
||||
fig.tight_layout()
|
||||
return fig
|
||||
except Exception as exc: # noqa: BLE001 — never raise from a figure builder.
|
||||
return _placeholder_figure(
|
||||
f"error al dibujar boxplots: {exc}", color=_ERROR_TEXT)
|
||||
@@ -0,0 +1,109 @@
|
||||
"""Tests para build_boxplots_figure (boxplots horizontales de Tukey, grupo eda).
|
||||
|
||||
Usa el backend Agg sin display; no muestra ni guarda figuras. Cada test cierra
|
||||
explícitamente la Figure construida (matplotlib.pyplot.close) para no acumular
|
||||
estado entre tests.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import matplotlib
|
||||
|
||||
matplotlib.use("Agg")
|
||||
|
||||
import matplotlib.pyplot as plt # noqa: E402
|
||||
from matplotlib.figure import Figure # noqa: E402
|
||||
|
||||
from build_boxplots_figure import build_boxplots_figure
|
||||
|
||||
|
||||
def _box(name, q1, median, q3, mn, mx, low=False, high=False, fliers=None):
|
||||
"""Construye una entrada {name, box, fliers} con un box estilo build_boxplot_stats."""
|
||||
iqr = q3 - q1
|
||||
return {
|
||||
"name": name,
|
||||
"box": {
|
||||
"q1": q1,
|
||||
"median": median,
|
||||
"q3": q3,
|
||||
"iqr": iqr,
|
||||
"lower_fence": q1 - 1.5 * iqr,
|
||||
"upper_fence": q3 + 1.5 * iqr,
|
||||
"whisker_lo": max(mn, q1 - 1.5 * iqr),
|
||||
"whisker_hi": min(mx, q3 + 1.5 * iqr),
|
||||
"min": mn,
|
||||
"max": mx,
|
||||
"has_low_outliers": low,
|
||||
"has_high_outliers": high,
|
||||
"n_outliers": 0,
|
||||
},
|
||||
"fliers": fliers,
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_returns_figure_with_axes():
|
||||
boxes = [
|
||||
_box("edad", 10.0, 25.0, 40.0, 1.0, 100.0, high=True),
|
||||
_box("ingresos", 100.0, 200.0, 300.0, 50.0, 400.0),
|
||||
_box("score", -1.0, 0.0, 1.0, -5.0, 5.0, low=True, high=True),
|
||||
]
|
||||
fig = build_boxplots_figure(boxes, title="Boxplots", max_boxes=12)
|
||||
assert isinstance(fig, Figure)
|
||||
assert len(fig.axes) >= 1
|
||||
# Tres cajas -> tres etiquetas en el eje Y.
|
||||
ax = fig.axes[0]
|
||||
assert len(ax.get_yticks()) == 3
|
||||
plt.close(fig)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_empty_list_returns_placeholder_figure():
|
||||
fig = build_boxplots_figure([], title="vacío")
|
||||
assert isinstance(fig, Figure)
|
||||
assert len(fig.axes) >= 1
|
||||
plt.close(fig)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_invalid_box_is_skipped_not_raised():
|
||||
boxes = [
|
||||
{"name": "rota", "box": {"q1": None, "median": None, "q3": None}},
|
||||
{"name": "sin_box"}, # falta la clave box.
|
||||
"no_es_dict", # entrada no-dict.
|
||||
_box("buena", 1.0, 2.0, 3.0, 0.0, 10.0, high=True),
|
||||
]
|
||||
fig = build_boxplots_figure(boxes)
|
||||
assert isinstance(fig, Figure)
|
||||
ax = fig.axes[0]
|
||||
# Solo la caja válida sobrevive al filtrado.
|
||||
assert len(ax.get_yticks()) == 1
|
||||
plt.close(fig)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_all_invalid_returns_placeholder():
|
||||
boxes = [
|
||||
{"name": "a", "box": {"q1": None, "median": 1.0, "q3": 2.0}},
|
||||
{"name": "b"},
|
||||
]
|
||||
fig = build_boxplots_figure(boxes)
|
||||
assert isinstance(fig, Figure)
|
||||
assert len(fig.axes) >= 1
|
||||
plt.close(fig)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_raw_fliers_are_drawn():
|
||||
boxes = [
|
||||
_box("con_fliers", 10.0, 20.0, 30.0, 5.0, 200.0,
|
||||
high=True, fliers=[150.0, 180.0, 200.0]),
|
||||
]
|
||||
fig = build_boxplots_figure(boxes)
|
||||
assert isinstance(fig, Figure)
|
||||
assert len(fig.axes) >= 1
|
||||
plt.close(fig)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_max_boxes_truncates_and_does_not_raise():
|
||||
boxes = [_box(f"c{i}", float(i), float(i + 1), float(i + 2),
|
||||
float(i - 5), float(i + 10)) for i in range(20)]
|
||||
fig = build_boxplots_figure(boxes, title="muchos", max_boxes=5)
|
||||
assert isinstance(fig, Figure)
|
||||
ax = fig.axes[0]
|
||||
# Solo se dibujan las primeras 5 cajas.
|
||||
assert len(ax.get_yticks()) == 5
|
||||
plt.close(fig)
|
||||
@@ -0,0 +1,79 @@
|
||||
---
|
||||
name: summarize_outlier_dims
|
||||
kind: function
|
||||
lang: py
|
||||
domain: datascience
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
purity: pure
|
||||
signature: "def summarize_outlier_dims(raw_numeric: dict, outlier_rows: list, top_k: int = 3) -> list"
|
||||
description: "Explica QUE columnas hacen rara cada fila anomala detectada por isolation_forest_outliers. Para cada {row_index, score} reconstruye la fila valida (mismo filtro de columnas numericas y mismo descarte de filas con None que el detector, asi row_index coincide) y devuelve las top_k columnas de mayor |z-score| poblacional (ddof=0). Capa de explicabilidad del paso de outliers multivariante en EDA. Pura y determinista; ante entradas vacias/invalidas o sin filas validas devuelve [] sin petar."
|
||||
tags: [eda, models, outliers, anomaly-detection, explainability, z-score, multivariate]
|
||||
params:
|
||||
- name: raw_numeric
|
||||
desc: "dict {nombre_columna: [valores]} alineado por fila (como ctx['raw_numeric'] del motor AutomaticEDA). Solo se usan columnas con todos los valores numericos (None permitido por fila; bool/str/NaN/Inf descartan la columna entera) — filtro IDENTICO al de isolation_forest_outliers para que row_index coincida."
|
||||
- name: outlier_rows
|
||||
desc: "Lista de {row_index, score} tal cual la devuelve isolation_forest_outliers. row_index cuenta SOLO las filas validas (sin None) en orden de aparicion, base 0. Entradas fuera de rango o malformadas se ignoran defensivamente."
|
||||
- name: top_k
|
||||
desc: "Numero de columnas (las de mayor |z-score|) a reportar por outlier. Default 3. Valores invalidos (no-int, bool, <1) caen a 3."
|
||||
output: "Lista paralela a outlier_rows (mismo orden) de dicts {row_index: int, score: float, dims: [{col: str, value: float, z: float}, ...]}. dims trae hasta top_k columnas ordenadas por |z| descendente, con z (z-score poblacional, ddof=0) redondeado a 3 decimales; si una columna tiene std==0 su z es 0. Las entradas de outlier_rows fuera de rango/malformadas se omiten. Ante raw_numeric vacio/no-dict, outlier_rows no-lista, 0 columnas numericas o 0 filas validas devuelve []."
|
||||
uses_functions: []
|
||||
uses_types: []
|
||||
returns: []
|
||||
returns_optional: false
|
||||
error_type: ""
|
||||
imports: []
|
||||
tested: true
|
||||
tests: ["test_row_index_skips_none_rows", "test_extreme_row_flagged_via_isolation", "test_out_of_range_row_index_is_ignored", "test_degrades_to_empty_on_invalid_inputs"]
|
||||
test_file_path: "python/functions/datascience/summarize_outlier_dims_test.py"
|
||||
file_path: "python/functions/datascience/summarize_outlier_dims.py"
|
||||
---
|
||||
|
||||
## Ejemplo
|
||||
|
||||
```python
|
||||
from datascience import isolation_forest_outliers, summarize_outlier_dims
|
||||
|
||||
# Nube densa alrededor del origen + 1 fila con un valor extremo en "c".
|
||||
raw_numeric = {
|
||||
"a": [0.1, 0.2, -0.1, 0.0, 0.3, -0.2, 0.15, -0.05, 0.25, 0.2, -0.3, 0.1],
|
||||
"b": [1.0, 1.1, 0.9, 1.2, 0.8, 1.0, 1.1, 0.95, 1.05, 0.9, 1.15, 1.0],
|
||||
"c": [5.0, 5.2, 4.8, 5.1, 4.9, 5.0, 4.95, 5.05, 4.9, 500.0, 5.1, 5.0],
|
||||
}
|
||||
|
||||
result = isolation_forest_outliers(raw_numeric, contamination=0.1)
|
||||
summary = summarize_outlier_dims(raw_numeric, result["outlier_rows"], top_k=3)
|
||||
|
||||
for item in summary:
|
||||
top = item["dims"][0]
|
||||
print(item["row_index"], top["col"], top["value"], top["z"])
|
||||
# La fila del valor 500 sale con dim top "c" y |z| alto: es lo que la hace rara.
|
||||
```
|
||||
|
||||
## Cuando usarla
|
||||
|
||||
Justo **despues** de `isolation_forest_outliers`, cuando ya sabes QUE filas son
|
||||
anomalas y quieres explicar POR QUE: en que columnas se desvian mas respecto al
|
||||
resto. Util para rellenar la seccion de outliers de un report/notebook EDA con
|
||||
"la fila 9 es rara sobre todo por `c` (z=+3.3)" en lugar de solo un row_index
|
||||
opaco. Pasa el mismo `raw_numeric` que diste al detector y su `outlier_rows`
|
||||
intacto; el `row_index` apunta a la misma fila porque ambas funciones aplican el
|
||||
mismo filtro de columnas y el mismo descarte de filas con None.
|
||||
|
||||
## Gotchas
|
||||
|
||||
- **Mismo `raw_numeric` que el detector**: el `row_index` solo coincide si pasas
|
||||
el mismo dict de columnas (mismo orden, mismas listas) con el que llamaste a
|
||||
`isolation_forest_outliers`. Si cambias las columnas o el orden, los indices
|
||||
dejan de mapear.
|
||||
- **`row_index` es relativo a las filas validas**: las filas con `None` en
|
||||
cualquier columna usada se descartan y los indices se recalculan sobre las que
|
||||
quedan (base 0, orden de aparicion). No mapea 1:1 con las listas de entrada si
|
||||
hay None.
|
||||
- **z-score poblacional (ddof=0)**: se usa la desviacion tipica poblacional,
|
||||
consistente con el escalado del detector. Columnas con `std==0` (todos los
|
||||
valores iguales) dan `z=0`, asi que nunca aparecen como "raras".
|
||||
- **Devuelve `[]` en vez de petar**: entrada no-dict/no-lista, 0 columnas
|
||||
numericas, 0 filas validas, o todas las entradas fuera de rango -> lista vacia.
|
||||
No lanza excepciones.
|
||||
- **No llama a `isolation_forest_outliers`**: solo consume su salida. Es una
|
||||
funcion independiente (no la importa), por eso `uses_functions` esta vacio.
|
||||
@@ -0,0 +1,144 @@
|
||||
"""Explica que dimensiones (columnas) hacen rara cada fila anomala.
|
||||
|
||||
Toma la salida multivariante de `isolation_forest_outliers` (lista de
|
||||
`{row_index, score}`) y, para cada outlier, devuelve las columnas con mayor
|
||||
|z-score| respecto a la distribucion de las filas validas. Es la capa de
|
||||
"explicabilidad" del paso de outliers multivariante en la fase EDA: el
|
||||
Isolation Forest dice QUE filas son raras, esta funcion dice POR QUE (en que
|
||||
columnas se desvian mas).
|
||||
|
||||
Pura y determinista: reconstruye EXACTAMENTE las mismas "filas validas" que usa
|
||||
`isolation_forest_outliers` (mismo filtro de columnas numericas y mismo descarte
|
||||
de filas con None), de modo que el `row_index` apunta a la misma fila en ambas
|
||||
funciones. No hace I/O ni depende de estado.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import math
|
||||
|
||||
import numpy as np
|
||||
|
||||
|
||||
def _is_finite_number(v) -> bool:
|
||||
"""True si v es int/float finito. bool NO cuenta; NaN/Inf tampoco."""
|
||||
if isinstance(v, bool):
|
||||
return False
|
||||
if not isinstance(v, (int, float)):
|
||||
return False
|
||||
if isinstance(v, float) and (math.isnan(v) or math.isinf(v)):
|
||||
return False
|
||||
return True
|
||||
|
||||
|
||||
def summarize_outlier_dims(
|
||||
raw_numeric: dict,
|
||||
outlier_rows: list,
|
||||
top_k: int = 3,
|
||||
) -> list:
|
||||
"""Resume las dimensiones que mas desvian a cada fila anomala.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
raw_numeric: dict {nombre_columna: [valores]} alineado por fila (como
|
||||
ctx['raw_numeric'] del motor AutomaticEDA). Solo se usan columnas
|
||||
cuyos valores sean todos numericos (None permitido por fila; bool,
|
||||
str, NaN e Inf descartan la columna entera) — filtro identico al de
|
||||
isolation_forest_outliers.
|
||||
outlier_rows: lista de {row_index, score} tal como la devuelve
|
||||
isolation_forest_outliers. row_index cuenta SOLO las filas validas
|
||||
(sin None) en orden de aparicion, empezando en 0.
|
||||
top_k: numero de columnas (las de mayor |z-score|) a reportar por cada
|
||||
outlier. Default 3. Valores invalidos caen a 3.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
Lista paralela a outlier_rows (mismo orden) de dicts
|
||||
{row_index, score, dims}, donde dims es la lista de hasta top_k columnas
|
||||
ordenadas por |z| descendente: [{col, value, z}, ...] con z redondeado a
|
||||
3 decimales. Las entradas de outlier_rows fuera de rango o malformadas se
|
||||
omiten (defensivo). Ante raw_numeric vacio/no-dict, outlier_rows
|
||||
no-lista, 0 columnas numericas o 0 filas validas devuelve [].
|
||||
"""
|
||||
# Validacion defensiva de los argumentos principales.
|
||||
if not isinstance(raw_numeric, dict) or not isinstance(outlier_rows, list):
|
||||
return []
|
||||
if not isinstance(top_k, int) or isinstance(top_k, bool) or top_k < 1:
|
||||
top_k = 3
|
||||
|
||||
# Seleccion de columnas numericas: identica a isolation_forest_outliers.
|
||||
# Una columna entra solo si todos sus valores son numericos (None permitido
|
||||
# por fila); cualquier bool/str/NaN/Inf descarta la columna completa.
|
||||
numeric_cols: dict[str, list] = {}
|
||||
for name, values in raw_numeric.items():
|
||||
if not isinstance(values, (list, tuple)):
|
||||
continue
|
||||
ok = True
|
||||
for v in values:
|
||||
if v is None:
|
||||
continue
|
||||
if not _is_finite_number(v):
|
||||
ok = False
|
||||
break
|
||||
if ok:
|
||||
numeric_cols[name] = list(values)
|
||||
|
||||
if len(numeric_cols) < 1:
|
||||
return []
|
||||
|
||||
col_names = list(numeric_cols.keys())
|
||||
try:
|
||||
n_rows_total = min(len(numeric_cols[c]) for c in col_names)
|
||||
except ValueError:
|
||||
return []
|
||||
|
||||
# Reconstruye las filas validas con el MISMO criterio que el detector: la
|
||||
# fila i toma un valor por columna; si cualquier valor es None, la fila se
|
||||
# descarta y NO incrementa el indice valido. Asi row_index de outlier_rows
|
||||
# apunta a esta misma secuencia (base 0, orden de aparicion).
|
||||
valid_rows: list[list[float]] = []
|
||||
for i in range(n_rows_total):
|
||||
row = [numeric_cols[c][i] for c in col_names]
|
||||
if any(v is None for v in row):
|
||||
continue
|
||||
valid_rows.append([float(v) for v in row])
|
||||
|
||||
if not valid_rows:
|
||||
return []
|
||||
|
||||
matrix = np.asarray(valid_rows, dtype=float)
|
||||
n_valid = matrix.shape[0]
|
||||
means = matrix.mean(axis=0)
|
||||
stds = matrix.std(axis=0, ddof=0) # poblacional (ddof=0)
|
||||
|
||||
out: list = []
|
||||
for entry in outlier_rows:
|
||||
if not isinstance(entry, dict):
|
||||
continue
|
||||
ri = entry.get("row_index")
|
||||
# bool es subclase de int: lo excluimos explicitamente.
|
||||
if not isinstance(ri, int) or isinstance(ri, bool):
|
||||
continue
|
||||
if ri < 0 or ri >= n_valid:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
try:
|
||||
score = float(entry.get("score"))
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
score = 0.0
|
||||
|
||||
row = matrix[ri]
|
||||
dims = []
|
||||
for j, name in enumerate(col_names):
|
||||
std = stds[j]
|
||||
if std == 0.0:
|
||||
z = 0.0
|
||||
else:
|
||||
z = float((row[j] - means[j]) / std)
|
||||
dims.append({"col": name, "value": float(row[j]), "z": z})
|
||||
|
||||
# Mayor |z| primero; sort estable, empates por orden de columna.
|
||||
dims.sort(key=lambda d: abs(d["z"]), reverse=True)
|
||||
dims = dims[:top_k]
|
||||
for d in dims:
|
||||
d["z"] = round(d["z"], 3)
|
||||
|
||||
out.append({"row_index": int(ri), "score": score, "dims": dims})
|
||||
|
||||
return out
|
||||
@@ -0,0 +1,93 @@
|
||||
"""Tests para summarize_outlier_dims."""
|
||||
|
||||
from isolation_forest_outliers import isolation_forest_outliers
|
||||
from summarize_outlier_dims import summarize_outlier_dims
|
||||
|
||||
|
||||
# Dataset compartido: 3 columnas, 13 filas. La fila ORIGINAL 6 tiene None en "a"
|
||||
# (se descarta), de modo que la fila ORIGINAL 10 -- con un valor extremo en "c"
|
||||
# -- queda en el indice VALIDO 9 (no 10). Esto verifica el salto de None.
|
||||
A = [0.1, 0.2, -0.1, 0.0, 0.3, -0.2, None, 0.15, -0.05, 0.25, 0.2, -0.3, 0.1]
|
||||
B = [1.0, 1.1, 0.9, 1.2, 0.8, 1.0, 1.3, 1.1, 0.95, 1.05, 0.9, 1.15, 1.0]
|
||||
C = [5.0, 5.2, 4.8, 5.1, 4.9, 5.0, 5.3, 4.95, 5.05, 4.9, 500.0, 5.1, 5.0]
|
||||
RAW = {"a": A, "b": B, "c": C}
|
||||
|
||||
# Mapa original -> valido (saltando original 6):
|
||||
# orig: 0 1 2 3 4 5 7 8 9 10 11 12
|
||||
# valid: 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
|
||||
# => el extremo en "c" (original 10) esta en el indice valido 9.
|
||||
EXTREME_VALID_INDEX = 9
|
||||
|
||||
|
||||
def test_row_index_skips_none_rows():
|
||||
# Mapeo directo (sin depender de la aleatoriedad de IsolationForest): el
|
||||
# indice valido 9 debe corresponder a la fila con c == 500 -> el None de la
|
||||
# fila original 6 se salto correctamente.
|
||||
summary = summarize_outlier_dims(
|
||||
RAW, [{"row_index": EXTREME_VALID_INDEX, "score": -0.5}], top_k=3
|
||||
)
|
||||
assert len(summary) == 1
|
||||
entry = summary[0]
|
||||
assert entry["row_index"] == EXTREME_VALID_INDEX
|
||||
assert entry["score"] == -0.5
|
||||
# La dimension dominante es "c", con su valor extremo y |z| alto.
|
||||
top = entry["dims"][0]
|
||||
assert top["col"] == "c"
|
||||
assert top["value"] == 500.0
|
||||
assert abs(top["z"]) > 2.0
|
||||
# top_k respetado: como mucho 3 dims.
|
||||
assert len(entry["dims"]) <= 3
|
||||
|
||||
|
||||
def test_extreme_row_flagged_via_isolation():
|
||||
# Integracion real: detectar outliers y explicarlos.
|
||||
result = isolation_forest_outliers(RAW, contamination=0.1)
|
||||
assert "note" not in result
|
||||
outlier_rows = result["outlier_rows"]
|
||||
assert outlier_rows # al menos un outlier
|
||||
|
||||
summary = summarize_outlier_dims(RAW, outlier_rows, top_k=3)
|
||||
# Paralela a outlier_rows (todos los indices estan en rango).
|
||||
assert len(summary) == len(outlier_rows)
|
||||
|
||||
by_index = {e["row_index"]: e for e in summary}
|
||||
# El punto extremo debe estar entre los outliers detectados...
|
||||
assert EXTREME_VALID_INDEX in by_index
|
||||
# ...y su dimension top debe ser "c" (donde se desvia ~muchas sigmas).
|
||||
extreme = by_index[EXTREME_VALID_INDEX]
|
||||
assert extreme["dims"][0]["col"] == "c"
|
||||
assert abs(extreme["dims"][0]["z"]) > 2.0
|
||||
|
||||
|
||||
def test_out_of_range_row_index_is_ignored():
|
||||
# Indices fuera de rango se omiten en lugar de petar.
|
||||
summary = summarize_outlier_dims(
|
||||
RAW,
|
||||
[
|
||||
{"row_index": 999, "score": -1.0},
|
||||
{"row_index": -1, "score": -1.0},
|
||||
{"row_index": EXTREME_VALID_INDEX, "score": -0.5},
|
||||
],
|
||||
top_k=2,
|
||||
)
|
||||
# Solo sobrevive el indice valido; los otros dos se descartan.
|
||||
assert len(summary) == 1
|
||||
assert summary[0]["row_index"] == EXTREME_VALID_INDEX
|
||||
assert len(summary[0]["dims"]) <= 2
|
||||
|
||||
|
||||
def test_degrades_to_empty_on_invalid_inputs():
|
||||
# raw_numeric vacio + outlier_rows vacio.
|
||||
assert summarize_outlier_dims({}, [], 3) == []
|
||||
# raw_numeric no es dict.
|
||||
assert summarize_outlier_dims("not a dict", [{"row_index": 0}], 3) == []
|
||||
# outlier_rows no es lista.
|
||||
assert summarize_outlier_dims(RAW, "not a list", 3) == []
|
||||
# Sin columnas numericas (todas con strings) -> [].
|
||||
assert summarize_outlier_dims(
|
||||
{"s": ["x", "y", "z"]}, [{"row_index": 0, "score": -1.0}], 3
|
||||
) == []
|
||||
# Entradas malformadas dentro de outlier_rows se ignoran (no petan).
|
||||
assert summarize_outlier_dims(
|
||||
RAW, ["nope", 42, {"no_row_index": 1}], 3
|
||||
) == []
|
||||
@@ -0,0 +1,466 @@
|
||||
"""Batería de tests de ACEPTACIÓN del AutomaticEDA — "que cada AEDA salga como queremos".
|
||||
|
||||
Esta suite es la red de seguridad del subsistema EDA del grupo `eda`: garantiza
|
||||
que CADA capítulo de un informe AutomaticEDA sale poblado y con su contenido
|
||||
esencial, que la feature de capítulos sueltos (``only_chapters``) resuelve sus
|
||||
dependencias de cómputo, que los capítulos opcionales devuelven None cuando no
|
||||
aplican, que el informe de carpeta multi-tabla detecta la FK, y que el Markdown
|
||||
trae el apéndice completo (matriz de asociación entera + describe con
|
||||
skew/kurtosis). A diferencia de los tests unitarios de cada capítulo, aquí se
|
||||
ejercita el pipeline END-TO-END sobre un dataset sintético determinista que
|
||||
activa todos los capítulos a la vez.
|
||||
|
||||
Determinismo: el dataset se genera con ``seed`` fijo y el pipeline corre sin LLM
|
||||
(``profile_level='standard'``), de modo que el manifest y el Markdown son
|
||||
reproducibles entre corridas. Un único render `standard` se reutiliza vía un
|
||||
fixture de scope module para no repetir el cómputo caro.
|
||||
|
||||
dict-no-throw: los pipelines del grupo `eda` nunca lanzan; aquí se asserta sobre
|
||||
``status == 'ok'`` y luego sobre el contenido concreto del manifest / Markdown.
|
||||
|
||||
Honestidad (DoD): los asserts comprueban CONTENIDO real (texto esencial de cada
|
||||
capítulo), no solo el heading. Si un capítulo dejara de emitir su contenido (un
|
||||
cambio rompiera la distribución numérica, el Isolation Forest, la matriz de
|
||||
correlación completa, …), el test correspondiente FALLA nombrando el capítulo y
|
||||
el fragmento ausente — no se ablanda para que pase.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import json
|
||||
import os
|
||||
import subprocess
|
||||
import sys
|
||||
|
||||
import pytest
|
||||
|
||||
_HERE = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
|
||||
_FUNCTIONS = os.path.abspath(os.path.join(_HERE, "..", "..")) # python/functions
|
||||
if _FUNCTIONS not in sys.path:
|
||||
sys.path.insert(0, _FUNCTIONS)
|
||||
|
||||
from datascience.automatic_eda import CHAPTER_ORDER # noqa: E402
|
||||
from datascience.generate_synthetic_eda_folder import ( # noqa: E402
|
||||
generate_synthetic_eda_folder,
|
||||
)
|
||||
from datascience.generate_synthetic_eda_table import ( # noqa: E402
|
||||
generate_synthetic_eda_table,
|
||||
)
|
||||
from pipelines.render_automatic_eda import render_automatic_eda # noqa: E402
|
||||
from pipelines.render_automatic_eda_folder import ( # noqa: E402
|
||||
render_automatic_eda_folder,
|
||||
)
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Parámetros deterministas del fixture de oro.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
SEED = 42
|
||||
N_ROWS = 800
|
||||
TABLE = "synthetic"
|
||||
|
||||
# El capítulo `analisis_llm` SOLO se computa con run_llm=True; en el preset
|
||||
# `standard` (sin LLM, lo que esta suite usa) no debe aparecer. Por eso los
|
||||
# capítulos esperados en un informe `standard` son todos los de CHAPTER_ORDER
|
||||
# MENOS analisis_llm. CHAPTER_ORDER es la fuente de verdad de los 16 capítulos
|
||||
# del motor (portada … glosario).
|
||||
LLM_ONLY_CHAPTERS = {"analisis_llm"}
|
||||
EXPECTED_STANDARD = [c for c in CHAPTER_ORDER if c not in LLM_ONLY_CHAPTERS]
|
||||
|
||||
|
||||
def _pdf_text(path):
|
||||
"""Texto del PDF vía pdftotext, o None si la herramienta no está disponible."""
|
||||
try:
|
||||
out = subprocess.run(
|
||||
["pdftotext", "-layout", path, "-"],
|
||||
capture_output=True, text=True, timeout=60,
|
||||
)
|
||||
return out.stdout if out.returncode == 0 else None
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001 — la verificación principal es sobre el MD.
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
def _manifest_chapters(result):
|
||||
"""Set de ids de capítulo presentes en el manifest del resultado."""
|
||||
with open(result["manifest_path"], encoding="utf-8") as fh:
|
||||
return set((json.load(fh).get("chapters") or {}).keys())
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Fixtures de scope module: el dataset sintético se genera UNA vez y el render
|
||||
# `standard` se computa UNA vez; todos los tests de contenido lo reutilizan.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
@pytest.fixture(scope="module")
|
||||
def synth_db(tmp_path_factory):
|
||||
"""Tabla sintética determinista que activa los 16 capítulos del motor."""
|
||||
d = tmp_path_factory.mktemp("aeda_accept_synth")
|
||||
db = str(d / "synthetic.duckdb")
|
||||
g = generate_synthetic_eda_table(db, TABLE, n_rows=N_ROWS, seed=SEED)
|
||||
assert g["status"] == "ok", g.get("error")
|
||||
return {"db": db, "table": TABLE, "gen": g}
|
||||
|
||||
|
||||
@pytest.fixture(scope="module")
|
||||
def standard_run(synth_db, tmp_path_factory):
|
||||
"""Render AutomaticEDA `standard` (sin LLM) sobre el dataset sintético.
|
||||
|
||||
Devuelve el dict del pipeline más el manifest cargado, el texto del Markdown
|
||||
y el del PDF (si pdftotext está). Reutilizado por la mayoría de los tests.
|
||||
"""
|
||||
out = str(tmp_path_factory.mktemp("aeda_accept_std"))
|
||||
r = render_automatic_eda(
|
||||
synth_db["db"], synth_db["table"],
|
||||
profile_level="standard", out_dir=out, basename="synth_std",
|
||||
)
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
with open(r["manifest_path"], encoding="utf-8") as fh:
|
||||
manifest = json.load(fh)
|
||||
md = open(r["aeda_md_path"], encoding="utf-8").read()
|
||||
return {
|
||||
"r": r,
|
||||
"manifest": manifest,
|
||||
"chapters": manifest.get("chapters") or {},
|
||||
"md": md,
|
||||
"pdf_text": _pdf_text(r["pdf_path"]),
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
@pytest.fixture(scope="module")
|
||||
def minimal_db(tmp_path_factory):
|
||||
"""Tabla mínima SIN texto libre, SIN fecha y SIN lat/lon.
|
||||
|
||||
Sirve para comprobar que text_distr / timeseries / geospatial devuelven None
|
||||
(no aparecen en el manifest) y el EDA no peta. Solo numéricas continuas +
|
||||
una categórica de baja cardinalidad.
|
||||
"""
|
||||
import random
|
||||
|
||||
import duckdb
|
||||
|
||||
d = tmp_path_factory.mktemp("aeda_accept_min")
|
||||
db = str(d / "minimal.duckdb")
|
||||
con = duckdb.connect(db)
|
||||
con.execute("CREATE TABLE minimal (a DOUBLE, b DOUBLE, c INTEGER, grp VARCHAR)")
|
||||
random.seed(7)
|
||||
rows = [
|
||||
(round(random.gauss(10, 2), 3), round(random.gauss(50, 5), 3),
|
||||
random.randint(1, 100), ["x", "y", "z"][i % 3])
|
||||
for i in range(120)
|
||||
]
|
||||
con.executemany("INSERT INTO minimal VALUES (?,?,?,?)", rows)
|
||||
con.close()
|
||||
return {"db": db, "table": "minimal"}
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# 1) COBERTURA DE CAPÍTULOS (golden) — el manifest standard trae los 15
|
||||
# capítulos no-LLM esperados, ninguno falta, y analisis_llm NO sale sin LLM.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_standard_cubre_todos_los_capitulos_esperados(standard_run):
|
||||
chapters = set(standard_run["chapters"].keys())
|
||||
expected = set(EXPECTED_STANDARD)
|
||||
missing = expected - chapters
|
||||
assert not missing, (
|
||||
"capítulos esperados ausentes del manifest standard: "
|
||||
f"{sorted(missing)} (presentes: {sorted(chapters)})"
|
||||
)
|
||||
# analisis_llm requiere run_llm=True: en standard NO debe aparecer.
|
||||
assert "analisis_llm" not in chapters, (
|
||||
"analisis_llm apareció sin LLM: el preset standard no debería computarlo"
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_manifest_top_level_es_valido(standard_run):
|
||||
"""El manifest declara el motor y un dict de capítulos con metadatos por id."""
|
||||
man = standard_run["manifest"]
|
||||
assert man.get("engine") == "AutomaticEDA"
|
||||
assert man.get("engine_version")
|
||||
chapters = standard_run["chapters"]
|
||||
# Cada capítulo trae version + nº de páginas/slides (formato del manifest).
|
||||
for cid, meta in chapters.items():
|
||||
assert meta.get("version"), f"capítulo {cid} sin version en el manifest"
|
||||
assert (meta.get("n_pages") or 0) > 0, f"capítulo {cid} con 0 páginas"
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# 2) CONTENIDO CLAVE POR CAPÍTULO (acceptance) — cada capítulo trae su contenido
|
||||
# ESENCIAL en el Markdown, no solo el heading. Un fragmento ausente nombra el
|
||||
# capítulo y el texto que falta.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Fragmentos de texto ESTABLE que cada capítulo emite en el Markdown del dataset
|
||||
# sintético. No son números frágiles: son etiquetas/estructura del capítulo más
|
||||
# nombres de columna del fixture. Si un capítulo deja de poblar su contenido, su
|
||||
# fragmento desaparece y el test falla nombrándolo.
|
||||
CHAPTER_NEEDLES = {
|
||||
"portada": ["800 filas", "19 columnas"],
|
||||
"overview": ["Primeras filas (df.head)", "Diccionario de columnas",
|
||||
"customer_id", "signup_date"],
|
||||
"num_distr": ["Distribuciones numéricas", "vallas Tukey", "income"],
|
||||
"cat_distr": ["Distribuciones categóricas", "Entropía", "Top categorías",
|
||||
"country"],
|
||||
"text_distr": ["Texto libre (NLP)", "TTR", "Términos más frecuentes",
|
||||
"Idioma dominante"],
|
||||
"calidad": ["Cómo se calcula la calidad", "Calidad global"],
|
||||
"missingness": ["Datos faltantes", "Celdas faltantes (global)",
|
||||
"Faltantes por columna"],
|
||||
"outliers": ["Valores atípicos por columna", "Filas atípicas (multivariante)",
|
||||
"Isolation Forest", "Filas analizadas"],
|
||||
"correlacion": ["Matriz de asociación", "Pares más correlacionados"],
|
||||
"relaciones": ["Candidatas a clave primaria", "customer_id"],
|
||||
"modelos": ["PCA — varianza explicada", "Segmentación (KMeans)"],
|
||||
"timeseries": ["Series temporales", "Columna de fecha", "signup_date"],
|
||||
"geospatial": ["Análisis geoespacial", "Extensión geográfica", "Centroide"],
|
||||
"agregacion": ["Agregación por grupos", "Agrupado por"],
|
||||
"glosario": ["Glosario de términos",
|
||||
"### Isolation Forest (anomalías multivariantes)",
|
||||
"### PCA (componentes principales)"],
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_needles_cubren_exactamente_los_capitulos_standard():
|
||||
"""Guard de mantenimiento: las needles cubren los mismos 15 capítulos no-LLM.
|
||||
|
||||
Si alguien añade un capítulo nuevo a CHAPTER_ORDER, este test recuerda que
|
||||
hay que documentar su contenido esencial aquí (o marcarlo como LLM-only)."""
|
||||
assert set(CHAPTER_NEEDLES.keys()) == set(EXPECTED_STANDARD), (
|
||||
"CHAPTER_NEEDLES desincronizado con los capítulos esperados de standard: "
|
||||
f"falta needles para {set(EXPECTED_STANDARD) - set(CHAPTER_NEEDLES)}, "
|
||||
f"sobra {set(CHAPTER_NEEDLES) - set(EXPECTED_STANDARD)}"
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
@pytest.mark.parametrize("chapter_id", list(CHAPTER_NEEDLES.keys()))
|
||||
def test_capitulo_trae_su_contenido_esencial(standard_run, chapter_id):
|
||||
md = standard_run["md"]
|
||||
# Pre-condición: el capítulo está en el manifest (cobertura). Si no, es un
|
||||
# fallo de cobertura, no de contenido — se reporta como tal.
|
||||
assert chapter_id in standard_run["chapters"], (
|
||||
f"capítulo {chapter_id} ausente del manifest (fallo de cobertura)"
|
||||
)
|
||||
for needle in CHAPTER_NEEDLES[chapter_id]:
|
||||
assert needle in md, (
|
||||
f"capítulo '{chapter_id}': falta su contenido esencial en el Markdown "
|
||||
f"— fragmento ausente: {needle!r}"
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_outliers_isolation_forest_poblado_no_degradado(standard_run):
|
||||
"""El bloque multivariante (Isolation Forest) sale con datos, no degradado."""
|
||||
md = standard_run["md"]
|
||||
assert "Anomalías multivariantes" in md
|
||||
assert "Filas analizadas" in md, "el Isolation Forest no trae su tabla poblada"
|
||||
assert "No se pudo analizar la anomalía multivariante" not in md, (
|
||||
"el bloque multivariante salió degradado en el informe completo"
|
||||
)
|
||||
# El perfil trae el bloque de modelos con los outliers multivariantes.
|
||||
models = (standard_run["r"]["profile"] or {}).get("models") or {}
|
||||
assert models.get("outliers") is not None, "profile['models']['outliers'] vacío"
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# 3) CAPÍTULOS SUELTOS CON DEPS RESUELTAS (acceptance de only_chapters) — pedir
|
||||
# un capítulo suelto lo deja POBLADO porque la resolución de dependencias
|
||||
# activa el cómputo que necesita, aunque el caller no lo pidiera.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_only_outliers_isolation_forest_poblado(synth_db, tmp_path):
|
||||
"""only=['outliers'] sin run_models explícito → IsolationForest poblado."""
|
||||
out = str(tmp_path / "only_out")
|
||||
r = render_automatic_eda(
|
||||
synth_db["db"], synth_db["table"],
|
||||
only_chapters=["outliers"], out_dir=out, basename="only_outliers",
|
||||
)
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
# Documento = portada + outliers + glosario, nada más.
|
||||
assert _manifest_chapters(r) == {"portada", "outliers", "glosario"}
|
||||
md = open(r["aeda_md_path"], encoding="utf-8").read()
|
||||
assert "Filas atípicas (multivariante)" in md
|
||||
assert "Filas analizadas" in md, "Isolation Forest sin tabla poblada"
|
||||
assert "No se pudo analizar la anomalía multivariante" not in md, (
|
||||
"el multivariante salió degradado pese a resolver las deps"
|
||||
)
|
||||
# La resolución activó run_models → el perfil trae el bloque de modelos.
|
||||
assert ((r["profile"] or {}).get("models") or {}).get("outliers") is not None
|
||||
|
||||
|
||||
def test_only_timeseries_rango_temporal_presente(synth_db, tmp_path):
|
||||
"""only=['timeseries'] → rango temporal poblado (run_series resuelto)."""
|
||||
out = str(tmp_path / "only_ts")
|
||||
r = render_automatic_eda(
|
||||
synth_db["db"], synth_db["table"],
|
||||
only_chapters=["timeseries"], out_dir=out, basename="only_ts",
|
||||
)
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
assert "timeseries" in _manifest_chapters(r)
|
||||
md = open(r["aeda_md_path"], encoding="utf-8").read()
|
||||
assert "Columna de fecha" in md
|
||||
assert "signup_date" in md, "la serie no nombra su columna de fecha"
|
||||
# run_series resuelto por deps → el perfil trae el análisis de serie.
|
||||
assert (r["profile"] or {}).get("series") is not None, (
|
||||
"only=['timeseries'] debe activar run_series por dependencias"
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_only_correlacion_scatters_presentes(synth_db, tmp_path):
|
||||
"""only=['correlacion'] → matriz + scatters de los pares fuertes."""
|
||||
out = str(tmp_path / "only_corr")
|
||||
r = render_automatic_eda(
|
||||
synth_db["db"], synth_db["table"],
|
||||
only_chapters=["correlacion"], out_dir=out, basename="only_corr",
|
||||
)
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
assert _manifest_chapters(r) == {"portada", "correlacion", "glosario"}
|
||||
md = open(r["aeda_md_path"], encoding="utf-8").read()
|
||||
assert "Matriz de asociación" in md
|
||||
assert "Relaciones más fuertes (scatter)" in md, "faltan los scatters"
|
||||
assert "Dispersión de" in md, "no se emitió ninguna figura de dispersión"
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# 4) NONE CUANDO NO APLICA — sobre una tabla sin texto largo, sin fecha y sin
|
||||
# lat/lon, text_distr / timeseries / geospatial NO aparecen y el EDA no peta.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_capitulos_opcionales_ausentes_cuando_no_aplican(minimal_db, tmp_path):
|
||||
out = str(tmp_path / "minimal_out")
|
||||
r = render_automatic_eda(
|
||||
minimal_db["db"], minimal_db["table"],
|
||||
profile_level="standard", out_dir=out, basename="minimal",
|
||||
)
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
chapters = _manifest_chapters(r)
|
||||
for absent in ("text_distr", "timeseries", "geospatial"):
|
||||
assert absent not in chapters, (
|
||||
f"capítulo {absent} apareció en una tabla que no lo justifica "
|
||||
f"(presentes: {sorted(chapters)})"
|
||||
)
|
||||
# El documento sigue siendo válido: portada + glosario + capítulos que sí
|
||||
# aplican (overview/num_distr/correlacion al menos).
|
||||
assert {"portada", "glosario", "overview", "num_distr"} <= chapters
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# 5) FOLDER MULTI-TABLA (acceptance) — el informe de carpeta perfila las N tablas
|
||||
# y el capítulo de relaciones detecta la FK por containment.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_folder_multitabla_con_fk_detectada(tmp_path):
|
||||
fdir = str(tmp_path / "folder")
|
||||
g = generate_synthetic_eda_folder(fdir, n_rows=300, seed=SEED)
|
||||
assert g["status"] == "ok", g.get("error")
|
||||
|
||||
out = str(tmp_path / "fout")
|
||||
rf = render_automatic_eda_folder(fdir, out_dir=out, basename="folder")
|
||||
assert rf["status"] == "ok", rf.get("error")
|
||||
|
||||
# Las 3 tablas se perfilaron.
|
||||
assert rf["n_tables"] == 3, f"esperadas 3 tablas, vistas {rf['n_tables']}"
|
||||
|
||||
# El manifest base trae el capítulo de relaciones inter-tabla.
|
||||
with open(rf["manifest_path"], encoding="utf-8") as fh:
|
||||
chapters = set((json.load(fh).get("chapters") or {}).keys())
|
||||
assert "relaciones" in chapters, (
|
||||
f"el documento de carpeta no incluye el capítulo de relaciones: {chapters}"
|
||||
)
|
||||
|
||||
# El Markdown nombra las 3 tablas y declara la FK detectada por containment.
|
||||
md = open(rf["md_path"], encoding="utf-8").read()
|
||||
for tbl in ("customers", "orders", "reviews"):
|
||||
assert tbl in md, f"la tabla {tbl} no aparece en el informe de carpeta"
|
||||
assert "FK candidatas" in md, "no se declaran las FK candidatas"
|
||||
assert "orders.customer_id" in md and "customers.customer_id" in md, (
|
||||
"la FK orders→customers no se detectó por containment"
|
||||
)
|
||||
assert "reviews.customer_id" in md, "la FK reviews→customers no se detectó"
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# 6) MD COMPLETITUD (regresión) — el Markdown trae el apéndice con la matriz de
|
||||
# asociación COMPLETA (todos los pares, no solo el top) y el describe con
|
||||
# skew/kurtosis de todas las numéricas. Protege un fix ya mergeado.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_md_apendice_matriz_correlacion_completa(standard_run):
|
||||
md = standard_run["md"]
|
||||
assert "Matriz de asociación — todos los pares" in md, (
|
||||
"falta el apéndice con la matriz de asociación completa"
|
||||
)
|
||||
# Un par num-num de correlación BAJA que el top del capítulo NUNCA mostraría:
|
||||
# su presencia prueba que el apéndice lista TODOS los pares, no solo el top.
|
||||
assert "income ↔ longitude" in md, (
|
||||
"el apéndice no contiene los pares de baja correlación: no es la matriz "
|
||||
"completa, solo el top-k del capítulo"
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_md_apendice_describe_con_skew_kurtosis(standard_run):
|
||||
md = standard_run["md"]
|
||||
assert "Estadísticos numéricos completos (describe)" in md, (
|
||||
"falta el apéndice describe completo"
|
||||
)
|
||||
# La cabecera del describe del apéndice lleva las columnas skew y kurtosis
|
||||
# (subcadena única de ese header). Sin ellas el describe está incompleto.
|
||||
assert "| skew | kurtosis |" in md, (
|
||||
"el describe del apéndice no trae las columnas skew/kurtosis"
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# 7) LAS 3 SALIDAS NO-VACÍAS — PDF con páginas, PPTX con slides, MD con un mínimo
|
||||
# de caracteres, y los tres archivos en disco. Manifest válido.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_tres_salidas_no_vacias(standard_run):
|
||||
r = standard_run["r"]
|
||||
assert r["pdf_path"] and os.path.exists(r["pdf_path"])
|
||||
assert r["pptx_path"] and os.path.exists(r["pptx_path"])
|
||||
assert r["aeda_md_path"] and os.path.exists(r["aeda_md_path"])
|
||||
assert (r["n_pages"] or 0) > 0, "el PDF no tiene páginas"
|
||||
assert (r["n_slides"] or 0) > 0, "el PPTX no tiene slides"
|
||||
# El informe completo es grande: un mínimo holgado protege contra un MD vacío
|
||||
# o truncado sin atarse a un tamaño exacto.
|
||||
assert (r["md_chars"] or 0) > 10000, f"MD demasiado corto: {r['md_chars']} chars"
|
||||
assert r["manifest_path"] and os.path.exists(r["manifest_path"])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_pdf_texto_extraible_con_contenido(standard_run):
|
||||
"""Si pdftotext está disponible, el PDF debe traer texto real (no solo
|
||||
imágenes): la portada nombra el dataset y su forma. Si no está la
|
||||
herramienta, el test se omite (no es un fallo del EDA)."""
|
||||
txt = standard_run["pdf_text"]
|
||||
if txt is None:
|
||||
pytest.skip("pdftotext no disponible")
|
||||
assert len(txt) > 5000, "el PDF apenas tiene texto extraíble"
|
||||
assert "Portada" in txt or "synthetic" in txt, (
|
||||
"el texto del PDF no contiene la portada esperada"
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# DETERMINISMO — dos renders del MISMO dataset producen el MISMO manifest
|
||||
# (mismos capítulos y mismos n_pages/n_slides por capítulo). El generated_at
|
||||
# difiere por timestamp, por eso se compara el dict de capítulos, no el archivo.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_render_es_determinista(synth_db, tmp_path):
|
||||
out1 = str(tmp_path / "det1")
|
||||
out2 = str(tmp_path / "det2")
|
||||
r1 = render_automatic_eda(synth_db["db"], synth_db["table"],
|
||||
profile_level="standard", out_dir=out1, basename="d1")
|
||||
r2 = render_automatic_eda(synth_db["db"], synth_db["table"],
|
||||
profile_level="standard", out_dir=out2, basename="d2")
|
||||
assert r1["status"] == "ok" and r2["status"] == "ok"
|
||||
c1 = json.load(open(r1["manifest_path"], encoding="utf-8")).get("chapters")
|
||||
c2 = json.load(open(r2["manifest_path"], encoding="utf-8")).get("chapters")
|
||||
assert c1 == c2, "el manifest no es determinista entre dos renders del mismo dataset"
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# SLOW (opcional, skippeable) — informe `full` con narrativa LLM. Requiere red /
|
||||
# credenciales y NO es determinista, por eso está apagado salvo opt-in explícito
|
||||
# vía la variable de entorno EDA_ACCEPT_LLM=1. Se omite con skipif (no con un
|
||||
# marker custom) para no depender de registro de marks en la config del repo.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
@pytest.mark.skipif(
|
||||
os.environ.get("EDA_ACCEPT_LLM") != "1",
|
||||
reason="full+LLM es lento/no determinista; exporta EDA_ACCEPT_LLM=1 para correrlo",
|
||||
)
|
||||
def test_full_incluye_capitulo_analisis_llm(synth_db, tmp_path):
|
||||
out = str(tmp_path / "full")
|
||||
r = render_automatic_eda(synth_db["db"], synth_db["table"],
|
||||
profile_level="full", out_dir=out, basename="full")
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
assert "analisis_llm" in _manifest_chapters(r), (
|
||||
"el preset full debe incluir el capítulo de análisis LLM"
|
||||
)
|
||||
@@ -4,8 +4,8 @@ kind: pipeline
|
||||
lang: py
|
||||
domain: pipelines
|
||||
purity: impure
|
||||
version: "1.1.0"
|
||||
signature: "def render_automatic_eda(db_path: str, table: str, backend: str = \"duckdb\", sample: int = None, run_models: bool = None, run_series: bool = None, run_llm: bool = None, profile_level: str = \"standard\", out_dir: str = \"reports\", basename: str = None, ctx_extra: dict = None) -> dict"
|
||||
version: "1.2.0"
|
||||
signature: "def render_automatic_eda(db_path: str, table: str, backend: str = \"duckdb\", sample: int = None, run_models: bool = None, run_series: bool = None, run_llm: bool = None, profile_level: str = \"standard\", out_dir: str = \"reports\", basename: str = None, ctx_extra: dict = None, emit_md: bool = True, only_chapters: list = None) -> dict"
|
||||
description: "Informe AutomaticEDA COMPLETO one-shot de una tabla DuckDB/PostgreSQL: perfila con profile_table, construye el ctx con los datos crudos (build_eda_render_ctx: raw_numeric para modelos/geo, timeseries_raw para series, geo_points para el mapa, db_path/table para la agregacion push-down) y emite PDF (A5 movil) Y PPTX (16:9) del mismo documento por capitulos, con los 11 capitulos POBLADOS de verdad (clusters pintados sobre el PCA, evolucion temporal, mapa geografico y tablas de agregacion), no degradados. El parametro profile_level es un preset de consumo CPU/LLM (lite/standard/full) que mapea a los flags run_models/run_series/run_llm/sample; un flag explicito siempre prima sobre el preset. lite=bajo consumo (sin LLM, sin serie, modelos solo PCA+normalidad sin KMeans/IsolationForest, sample reducido); standard=comportamiento historico; full=standard+narrativa LLM. Devuelve las rutas de PDF/PPTX y el manifiesto de versiones por capitulo."
|
||||
tags: [eda, duckdb, postgres, profiling, pipeline, dataops, report, pdf, pptx]
|
||||
uses_functions:
|
||||
@@ -46,6 +46,10 @@ params:
|
||||
desc: "Nombre base de los archivos sin extension. Default 'aeda_<table>_<timestamp>'."
|
||||
- name: ctx_extra
|
||||
desc: "Dict opcional con claves de presentacion/contexto extra que se mezclan en el ctx (dataset_name, description, source_origin, ...); no pisan las claves de datos calculadas por build_eda_render_ctx."
|
||||
- name: emit_md
|
||||
desc: "Ademas del PDF y el PPTX, emite un Markdown autocontenido del mismo documento por capitulos (texto + tablas markdown, sin binarios) para pegar a un LLM. Default True. La ruta sale en aeda_md_path."
|
||||
- name: only_chapters
|
||||
desc: "Lista opcional de ids de capitulo a renderizar (subconjunto de CHAPTER_ORDER) para iterar/testear un capitulo suelto sin generar el documento entero. Default None => documento COMPLETO (retrocompatible). Cuando se pasa una lista: (1) se VALIDA contra CHAPTER_ORDER, un id desconocido o lista vacia devuelve error claro listando los validos; (2) se RESUELVEN las dependencias de computo de esos capitulos (automatic_eda.chapter_deps) activando los flags que necesiten (run_models/run_series/run_llm) aunque el caller no los pidiera y construyendo SOLO las piezas de ctx que leen, de modo que el capitulo suelto SIEMPRE llega poblado (p.ej. ['outliers'] activa run_models y conserva raw_numeric -> Isolation Forest completo) sin malgastar CPU/LLM en lo que ningun capitulo pedido usa; (3) el documento y su manifest contienen SOLO esos capitulos MAS portada (primera) y glosario (ultima, cuando hay terminos clicables). Un flag explicito del caller prima sobre la resolucion de dependencias."
|
||||
output: "dict {status:'ok', pdf_path:str, pptx_path:str, manifest_path:str|None, n_pages:int, n_slides:int, pdf_note:str, pptx_note:str, profile:<TableProfile>} o {status:'error', error:str} (dict-no-throw)."
|
||||
---
|
||||
|
||||
@@ -69,6 +73,21 @@ r = render_automatic_eda("/tmp/ventas.duckdb", "ventas", profile_level="full")
|
||||
# Precedencia: el flag explicito SIEMPRE prima sobre el preset. lite pero con LLM:
|
||||
r = render_automatic_eda("/tmp/ventas.duckdb", "ventas",
|
||||
profile_level="lite", run_llm=True) # el LLM SI se ejecuta
|
||||
|
||||
# Capitulo SUELTO: itera/testea un capitulo sin generar el documento entero. La
|
||||
# resolucion de dependencias activa el computo que el capitulo necesita aunque no
|
||||
# se pase explicito. Pedir solo 'outliers' activa run_models y conserva
|
||||
# raw_numeric -> el bloque Isolation Forest sale COMPLETO. Documento = portada +
|
||||
# outliers + glosario.
|
||||
r = render_automatic_eda("/tmp/ventas.duckdb", "ventas", only_chapters=["outliers"])
|
||||
|
||||
# Varios capitulos sueltos a la vez (se unen sus dependencias):
|
||||
r = render_automatic_eda("/tmp/ventas.duckdb", "ventas",
|
||||
only_chapters=["correlacion", "missingness"])
|
||||
|
||||
# id desconocido -> error claro listando los validos (dict-no-throw, no lanza):
|
||||
r = render_automatic_eda("/tmp/ventas.duckdb", "ventas", only_chapters=["nope"])
|
||||
# {'status': 'error', 'error': 'only_chapters con ids desconocidos: nope. Capitulos validos: portada, overview, ...'}
|
||||
```
|
||||
|
||||
## Cuando usarla
|
||||
@@ -86,6 +105,16 @@ Para un EDA **barato/rapido** (CI, vistazo previo, maquina sin GPU o sin red) us
|
||||
temporal y el LLM. Para el **maximo** con interpretacion narrativa por capitulo,
|
||||
`profile_level="full"`. El default `"standard"` mantiene el comportamiento previo.
|
||||
|
||||
Cuando estes **iterando o testeando UN capitulo concreto** (afinar el render de
|
||||
outliers, comprobar el mapa geoespacial, depurar la agregacion) usa
|
||||
`only_chapters=[...]`: genera el documento con solo esos capitulos (+ portada y
|
||||
glosario), pero **resuelve sus dependencias de computo** para que el capitulo
|
||||
suelto nunca salga degradado — pedir `['outliers']` activa run_models y conserva
|
||||
`raw_numeric` aunque no los pases, y a la vez no malgasta CPU/LLM en lo que ningun
|
||||
capitulo pedido necesita (pedir `['geospatial']` no corre modelos). Es mucho mas
|
||||
rapido que renderizar el informe entero en cada iteracion. El mapa central de
|
||||
dependencias vive en `automatic_eda/chapter_deps.py` (fuente de verdad).
|
||||
|
||||
## Gotchas
|
||||
|
||||
- Impura: ESCRIBE el PDF, el PPTX y `automatic_eda_manifest.json` en `out_dir`.
|
||||
@@ -111,9 +140,29 @@ temporal y el LLM. Para el **maximo** con interpretacion narrativa por capitulo,
|
||||
- Los datos crudos del ctx se muestrean con `sample` (LIMIT), no se trae la tabla
|
||||
entera a RAM; con tablas enormes sube `sample` si quieres mas representatividad
|
||||
(coste: mas memoria).
|
||||
- **`only_chapters` y el glosario**: el glosario (ultimo capitulo) solo aparece si
|
||||
algun capitulo del cuerpo registro terminos clicables. Un capitulo suelto que no
|
||||
registra terminos (p.ej. `timeseries`, `geospatial`) sale como portada + ese
|
||||
capitulo, sin glosario, porque no hay nada que enlazar — es correcto, no un fallo.
|
||||
- **`only_chapters` con `profile_level="lite"`**: en capitulos sueltos el preset
|
||||
solo gobierna `sample`; los modelos NO usan el camino "lite" (que podaria
|
||||
`ctx['raw_numeric']` y dejaria a outliers sin su multivariante en vivo). Quien
|
||||
manda en capitulos sueltos es la resolucion de dependencias, no el preset de
|
||||
coste de modelos.
|
||||
|
||||
## Capability growth log
|
||||
|
||||
- v1.2.0 (2026-06-30) — anade el parametro `only_chapters`: renderiza un
|
||||
SUBCONJUNTO de capitulos (para iterar/testear uno suelto) resolviendo sus
|
||||
dependencias de computo via `automatic_eda/chapter_deps.py` (mapa central
|
||||
CHAPTER_DEPS): activa los flags de coste que el capitulo necesita (run_models/
|
||||
run_series/run_llm) aunque el caller no los pase y construye solo las piezas de
|
||||
ctx que lee, de modo que el capitulo suelto SIEMPRE llega poblado (golden:
|
||||
['outliers'] -> Isolation Forest completo) sin malgastar en lo que no usa. La
|
||||
seleccion viaja a build_document por la clave reservada `ctx['_only_chapters']`
|
||||
(los renderers no cambian). Valida ids (error claro dict-no-throw). Cambio
|
||||
aditivo y retro-compatible: `only_chapters=None` produce el documento completo
|
||||
identico a v1.1.0.
|
||||
- v1.1.0 (2026-06-30) — anade el parametro `profile_level` (lite/standard/full),
|
||||
preset de consumo CPU/LLM que mapea a los flags run_models/run_series/run_llm/
|
||||
sample. lite limita los modelos a PCA+normalidad (cableado a run_eda_models con
|
||||
|
||||
@@ -99,6 +99,7 @@ def render_automatic_eda(
|
||||
basename: str = None,
|
||||
ctx_extra: dict = None,
|
||||
emit_md: bool = True,
|
||||
only_chapters: list = None,
|
||||
) -> dict:
|
||||
"""Perfila una tabla y emite el informe AutomaticEDA completo (PDF + PPTX).
|
||||
|
||||
@@ -150,6 +151,29 @@ def render_automatic_eda(
|
||||
MISMO documento por capítulos (texto plano + tablas markdown, sin
|
||||
binarios), pensado para pegar a un LLM. Default True. La ruta sale en
|
||||
la clave de retorno ``aeda_md_path``. No altera las demás salidas.
|
||||
only_chapters: lista opcional de ids de capítulo a renderizar (un
|
||||
SUBCONJUNTO de CHAPTER_ORDER) para iterar/testear un capítulo concreto
|
||||
sin generar el documento entero. Default None => documento COMPLETO,
|
||||
idéntico al de hoy (retrocompatible). Cuando se pasa una lista:
|
||||
|
||||
- Se VALIDA contra CHAPTER_ORDER; un id desconocido devuelve un error
|
||||
claro listando los válidos (dict-no-throw, no lanza). Lista vacía
|
||||
``[]`` también devuelve error (pasa al menos un capítulo o None).
|
||||
- Se RESUELVEN las dependencias de cómputo de esos capítulos
|
||||
(``automatic_eda.chapter_deps``): se activan los flags de coste que
|
||||
necesiten (run_models / run_series / run_llm) AUNQUE el caller no
|
||||
los pidiera, y se construyen SOLO las piezas de ``ctx`` que esos
|
||||
capítulos leen. Así un capítulo suelto SIEMPRE llega poblado —
|
||||
p.ej. ``only_chapters=['outliers']`` activa run_models y conserva
|
||||
``ctx['raw_numeric']`` para que el bloque IsolationForest salga
|
||||
completo— y a la vez no se malgasta CPU/LLM en lo que ningún
|
||||
capítulo pedido usa (pedir solo ``geospatial`` no corre modelos).
|
||||
- El documento (PDF/PPTX/MD) y su manifest contienen SOLO esos
|
||||
capítulos, MÁS la portada (primera) y el glosario (última), que se
|
||||
incluyen siempre para que el documento sea válido y los términos
|
||||
clicables tengan destino.
|
||||
- Un flag explícito del caller (run_models/run_series/run_llm != None)
|
||||
SIEMPRE prima sobre lo que resuelvan las dependencias.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict (nunca lanza). En éxito::
|
||||
@@ -169,11 +193,56 @@ def render_automatic_eda(
|
||||
# "standard" (comportamiento histórico), sin lanzar.
|
||||
preset = _PROFILE_PRESETS.get(profile_level, _PROFILE_PRESETS["standard"])
|
||||
sample = preset["sample"] if sample is None else sample
|
||||
run_models = preset["run_models"] if run_models is None else run_models
|
||||
run_series = preset["run_series"] if run_series is None else run_series
|
||||
run_llm = preset["run_llm"] if run_llm is None else run_llm
|
||||
model_opts = preset["model_opts"]
|
||||
|
||||
# 0.bis) Modo "capítulos sueltos": valida la selección y RESUELVE sus
|
||||
# dependencias de cómputo. Es lo que garantiza que un capítulo pedido
|
||||
# llegue completo (activa lo que necesita) sin malgastar en lo que no.
|
||||
# Cuando only_chapters es None se conserva el camino histórico (preset).
|
||||
if only_chapters is not None:
|
||||
from datascience.automatic_eda import CHAPTER_ORDER
|
||||
from datascience.automatic_eda.chapter_deps import (
|
||||
needs_render_ctx,
|
||||
resolve_ctx_data_keys,
|
||||
resolve_requirements,
|
||||
validate_chapter_ids,
|
||||
)
|
||||
|
||||
if not isinstance(only_chapters, (list, tuple)):
|
||||
return {"status": "error",
|
||||
"error": "only_chapters debe ser una lista de ids de "
|
||||
"capítulo o None (documento completo)."}
|
||||
only_chapters = [c for c in only_chapters]
|
||||
if not only_chapters:
|
||||
return {"status": "error",
|
||||
"error": "only_chapters=[] está vacío. Pasa al menos un "
|
||||
"capítulo, o None para el documento completo. "
|
||||
"Capítulos válidos: " + ", ".join(CHAPTER_ORDER)}
|
||||
checked = validate_chapter_ids(only_chapters, CHAPTER_ORDER)
|
||||
if checked["unknown"]:
|
||||
return {"status": "error",
|
||||
"error": "only_chapters con ids desconocidos: "
|
||||
+ ", ".join(checked["unknown"])
|
||||
+ ". Capítulos válidos: "
|
||||
+ ", ".join(CHAPTER_ORDER)}
|
||||
only_chapters = checked["valid"]
|
||||
|
||||
# Las dependencias fijan el DEFAULT de cada flag de coste (eficiencia:
|
||||
# lo que ningún capítulo pedido necesita queda en False); un flag
|
||||
# explícito del caller (!= None) sigue primando.
|
||||
dep_flags = resolve_requirements(only_chapters)["profile_flags"]
|
||||
run_models = ("run_models" in dep_flags) if run_models is None else run_models
|
||||
run_series = ("run_series" in dep_flags) if run_series is None else run_series
|
||||
run_llm = ("run_llm" in dep_flags) if run_llm is None else run_llm
|
||||
# En capítulos sueltos no se usa el camino "modelos baratos" (lite),
|
||||
# que poda ctx['raw_numeric']: un capítulo como outliers lo necesita
|
||||
# para su multivariante en vivo. El preset solo gobierna `sample`.
|
||||
model_opts = None
|
||||
else:
|
||||
run_models = preset["run_models"] if run_models is None else run_models
|
||||
run_series = preset["run_series"] if run_series is None else run_series
|
||||
run_llm = preset["run_llm"] if run_llm is None else run_llm
|
||||
|
||||
# En el camino "modelos baratos" (lite) profile_table NO corre los
|
||||
# modelos: los ejecuta este pipeline con run_eda_models y la granularidad
|
||||
# del preset, evitando pagar el coste CPU de KMeans + IsolationForest.
|
||||
@@ -217,10 +286,25 @@ def render_automatic_eda(
|
||||
if ctx_extra:
|
||||
base_ctx.update(ctx_extra)
|
||||
|
||||
ctx = build_eda_render_ctx(
|
||||
db_path, table, prof, backend=backend, sample=sample,
|
||||
base_ctx=base_ctx,
|
||||
)
|
||||
# En modo capítulos sueltos, si NINGÚN capítulo pedido necesita datos
|
||||
# crudos del ctx, se salta build_eda_render_ctx por completo (ahorro real
|
||||
# de I/O): solo se conservan presentación + db_path/table. Si sí los
|
||||
# necesita, se construye el ctx y luego se PODAN las piezas de datos que
|
||||
# ningún capítulo pedido usa (db_path/table nunca se podan).
|
||||
if only_chapters is not None and not needs_render_ctx(only_chapters):
|
||||
ctx = dict(base_ctx)
|
||||
ctx["db_path"] = db_path
|
||||
ctx["table"] = table
|
||||
else:
|
||||
ctx = build_eda_render_ctx(
|
||||
db_path, table, prof, backend=backend, sample=sample,
|
||||
base_ctx=base_ctx,
|
||||
)
|
||||
if only_chapters is not None and isinstance(ctx, dict):
|
||||
keep = resolve_ctx_data_keys(only_chapters)
|
||||
for k in ("head_rows", "raw_numeric", "timeseries_raw", "geo_points"):
|
||||
if k not in keep:
|
||||
ctx.pop(k, None)
|
||||
|
||||
# 2.5) Camino lite — modelos baratos (PCA + normalidad, sin KMeans ni
|
||||
# IsolationForest). profile_table no corrió los modelos; aquí se corren
|
||||
@@ -245,6 +329,13 @@ def render_automatic_eda(
|
||||
ctx.pop("raw_numeric", None)
|
||||
|
||||
# 3) Render a ambos formatos desde el MISMO documento por capítulos.
|
||||
# En modo capítulos sueltos, la selección viaja a build_document por una
|
||||
# clave reservada del ctx (los renderers llaman build_document sin pasar
|
||||
# `only`): build_document filtra el cuerpo a esos capítulos y siempre
|
||||
# añade portada (primera) + glosario (última). build_document la consume
|
||||
# y la quita, así que no llega a los capítulos.
|
||||
if only_chapters is not None and isinstance(ctx, dict):
|
||||
ctx["_only_chapters"] = list(only_chapters)
|
||||
os.makedirs(out_dir, exist_ok=True)
|
||||
ts = datetime.now(timezone.utc).strftime("%Y%m%d-%H%M%S")
|
||||
base = basename or f"aeda_{table}_{ts}"
|
||||
@@ -283,6 +374,7 @@ def render_automatic_eda(
|
||||
"pdf_note": rpdf.get("note"),
|
||||
"pptx_note": rpptx.get("note"),
|
||||
"md_note": rmd.get("note"),
|
||||
"only_chapters": only_chapters,
|
||||
"profile": prof,
|
||||
}
|
||||
except Exception as e: # noqa: BLE001 — dict-no-throw: degradar, nunca lanzar.
|
||||
|
||||
@@ -0,0 +1,235 @@
|
||||
"""Tests del modo `only_chapters` del pipeline render_automatic_eda.
|
||||
|
||||
Cubre la tarea de "capítulos sueltos con resolución de dependencias":
|
||||
|
||||
- Golden (DuckDB real): pedir SOLO un capítulo genera un documento con solo
|
||||
portada + ese capítulo + glosario, y el capítulo llega COMPLETO porque la
|
||||
resolución de dependencias activó el cómputo que necesita aunque el caller
|
||||
no lo pidiera (outliers → run_models + raw_numeric → IsolationForest poblado;
|
||||
timeseries → run_series; correlacion → raw_numeric).
|
||||
- Eficiencia: pedir un capítulo que NO necesita flags caros (geospatial) no los
|
||||
activa, y un capítulo puramente agregado (num_distr) ni siquiera construye el
|
||||
ctx de datos crudos.
|
||||
- Edge: id desconocido / lista vacía / no-lista devuelven error claro sin
|
||||
lanzar; only_chapters=None mantiene el comportamiento histórico.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import json
|
||||
import os
|
||||
import random
|
||||
import sys
|
||||
from datetime import date, timedelta
|
||||
|
||||
_HERE = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
|
||||
_FUNCTIONS = os.path.abspath(os.path.join(_HERE, "..", "..")) # python/functions
|
||||
if _FUNCTIONS not in sys.path:
|
||||
sys.path.insert(0, _FUNCTIONS)
|
||||
|
||||
import duckdb # noqa: E402
|
||||
|
||||
from pipelines.render_automatic_eda import render_automatic_eda # noqa: E402
|
||||
|
||||
|
||||
def _make_db_models(path):
|
||||
"""DB con fecha + 3 numéricas continuas en 3 clusters gaussianos.
|
||||
|
||||
Garantiza material para outliers/modelos (>=2 numéricas → IsolationForest),
|
||||
timeseries (columna DATE) y correlacion (numéricas). Mismo shape que el
|
||||
fixture del test del pipeline base.
|
||||
"""
|
||||
con = duckdb.connect(path)
|
||||
con.execute("CREATE TABLE pts (d DATE, grp VARCHAR, x1 DOUBLE, x2 DOUBLE, x3 DOUBLE)")
|
||||
random.seed(42)
|
||||
centers = [(0.0, 0.0, 0.0), (10.0, 10.0, 10.0), (20.0, 5.0, 15.0)]
|
||||
d0 = date(2024, 1, 1)
|
||||
rows = []
|
||||
for i in range(150):
|
||||
cx, cy, cz = centers[i % 3]
|
||||
rows.append((
|
||||
d0 + timedelta(days=i), f"g{i % 3}",
|
||||
round(cx + random.gauss(0, 1.0), 4),
|
||||
round(cy + random.gauss(0, 1.0), 4),
|
||||
round(cz + random.gauss(0, 1.0), 4),
|
||||
))
|
||||
con.executemany("INSERT INTO pts VALUES (?,?,?,?,?)", rows)
|
||||
con.close()
|
||||
|
||||
|
||||
def _manifest_chapters(result):
|
||||
with open(result["manifest_path"], encoding="utf-8") as fh:
|
||||
return set((json.load(fh).get("chapters") or {}).keys())
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# GOLDEN — outliers suelto: IsolationForest poblado por resolución de deps.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_only_outliers_isolation_forest_populated_without_explicit_run_models(tmp_path):
|
||||
"""El corazón de la tarea: pedir SOLO 'outliers' sin run_models explícito
|
||||
activa run_models por dependencias y conserva ctx['raw_numeric'], de modo que
|
||||
el bloque multivariante (Isolation Forest) sale con datos, no degradado."""
|
||||
db = str(tmp_path / "pts.duckdb")
|
||||
_make_db_models(db)
|
||||
out = str(tmp_path / "out")
|
||||
|
||||
# NB: no se pasa run_models — la resolución de dependencias debe activarlo.
|
||||
r = render_automatic_eda(db, "pts", only_chapters=["outliers"],
|
||||
out_dir=out, basename="only_outliers")
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
assert r["only_chapters"] == ["outliers"]
|
||||
|
||||
# Documento = portada + outliers + glosario, nada más.
|
||||
assert _manifest_chapters(r) == {"portada", "outliers", "glosario"}
|
||||
|
||||
# El multivariante salió POBLADO (no la nota de degradación). Se comprueba en
|
||||
# el Markdown (mismo documento por capítulos, texto plano fiable).
|
||||
md = open(r["aeda_md_path"], encoding="utf-8").read()
|
||||
assert "Filas atípicas (multivariante)" in md
|
||||
assert "Filas analizadas" in md, "el Isolation Forest no trae su tabla poblada"
|
||||
assert "No se pudo analizar la anomalía multivariante" not in md, \
|
||||
"el bloque multivariante salió degradado pese a resolver las deps"
|
||||
|
||||
# La resolución activó run_models → el perfil trae el bloque de modelos.
|
||||
assert ((r["profile"] or {}).get("models") or {}).get("outliers") is not None
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# GOLDEN — timeseries suelto activa run_series.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_only_timeseries_activates_run_series(tmp_path):
|
||||
db = str(tmp_path / "pts.duckdb")
|
||||
_make_db_models(db)
|
||||
out = str(tmp_path / "out")
|
||||
|
||||
r = render_automatic_eda(db, "pts", only_chapters=["timeseries"],
|
||||
out_dir=out, basename="only_ts")
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
assert "timeseries" in _manifest_chapters(r)
|
||||
assert "modelos" not in _manifest_chapters(r)
|
||||
# run_series resuelto por deps → el perfil trae el análisis de serie.
|
||||
assert (r["profile"] or {}).get("series") is not None, \
|
||||
"only_chapters=['timeseries'] debe activar run_series"
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# GOLDEN — correlacion suelto construye raw_numeric (sin activar modelos).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_only_correlacion_builds_raw_numeric_without_models(tmp_path):
|
||||
db = str(tmp_path / "pts.duckdb")
|
||||
_make_db_models(db)
|
||||
out = str(tmp_path / "out")
|
||||
|
||||
r = render_automatic_eda(db, "pts", only_chapters=["correlacion"],
|
||||
out_dir=out, basename="only_corr")
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
assert _manifest_chapters(r) == {"portada", "correlacion", "glosario"}
|
||||
# Eficiencia: correlacion no necesita los modelos → no se corrieron.
|
||||
assert ((r["profile"] or {}).get("models") or {}).get("outliers") is None
|
||||
assert (r["profile"] or {}).get("series") is None
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Eficiencia y precedencia — vía stub (sin DuckDB).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _patch(monkeypatch, cap):
|
||||
import pipelines.render_automatic_eda as mod
|
||||
|
||||
def fake_pt(db, t, **kw):
|
||||
cap["run_models"] = kw.get("run_models")
|
||||
cap["run_series"] = kw.get("run_series")
|
||||
cap["run_llm"] = kw.get("run_llm")
|
||||
return {"status": "ok", "profile": {"columns": []}}
|
||||
|
||||
def fake_ctx(db, t, prof, **kw):
|
||||
cap["ctx_called"] = True
|
||||
return {"db_path": db, "table": t}
|
||||
|
||||
cap["ctx_called"] = False
|
||||
monkeypatch.setattr(mod, "profile_table", fake_pt)
|
||||
monkeypatch.setattr(mod, "build_eda_render_ctx", fake_ctx)
|
||||
monkeypatch.setattr(mod, "render_automatic_eda_pdf",
|
||||
lambda *a, **k: {"path": "x.pdf", "n_pages": 1,
|
||||
"manifest_path": "m.json"})
|
||||
monkeypatch.setattr(mod, "render_automatic_eda_pptx",
|
||||
lambda *a, **k: {"path": "x.pptx", "n_slides": 1})
|
||||
monkeypatch.setattr(mod, "render_automatic_eda_markdown",
|
||||
lambda *a, **k: {"path": "x.md", "n_chars": 1})
|
||||
|
||||
|
||||
def test_only_geospatial_does_not_activate_cost_flags(monkeypatch):
|
||||
"""Eficiencia: pedir solo geospatial NO corre modelos/serie/LLM."""
|
||||
cap = {}
|
||||
_patch(monkeypatch, cap)
|
||||
render_automatic_eda("db", "t", only_chapters=["geospatial"])
|
||||
assert cap["run_models"] is False
|
||||
assert cap["run_series"] is False
|
||||
assert cap["run_llm"] is False
|
||||
|
||||
|
||||
def test_only_outliers_activates_run_models_via_deps(monkeypatch):
|
||||
cap = {}
|
||||
_patch(monkeypatch, cap)
|
||||
render_automatic_eda("db", "t", only_chapters=["outliers"])
|
||||
assert cap["run_models"] is True
|
||||
assert cap["run_series"] is False
|
||||
|
||||
|
||||
def test_explicit_flag_overrides_dependency_resolution(monkeypatch):
|
||||
"""run_models=False explícito gana, aunque outliers lo pediría por deps."""
|
||||
cap = {}
|
||||
_patch(monkeypatch, cap)
|
||||
render_automatic_eda("db", "t", only_chapters=["outliers"], run_models=False)
|
||||
assert cap["run_models"] is False
|
||||
|
||||
|
||||
def test_purely_aggregated_chapter_skips_render_ctx(monkeypatch):
|
||||
"""num_distr solo lee el profile → build_eda_render_ctx no se llama."""
|
||||
cap = {}
|
||||
_patch(monkeypatch, cap)
|
||||
render_automatic_eda("db", "t", only_chapters=["num_distr"])
|
||||
assert cap["ctx_called"] is False, \
|
||||
"num_distr no necesita datos crudos: el ctx no debe construirse"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_chapter_that_needs_ctx_builds_it(monkeypatch):
|
||||
cap = {}
|
||||
_patch(monkeypatch, cap)
|
||||
render_automatic_eda("db", "t", only_chapters=["outliers"])
|
||||
assert cap["ctx_called"] is True
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# EDGE — errores claros sin lanzar.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_unknown_chapter_id_returns_clear_error(tmp_path):
|
||||
r = render_automatic_eda(str(tmp_path / "x.duckdb"), "t",
|
||||
only_chapters=["no_existe"])
|
||||
assert r["status"] == "error"
|
||||
assert "no_existe" in r["error"]
|
||||
assert "Capítulos válidos" in r["error"]
|
||||
# Algún id válido conocido aparece en la lista.
|
||||
assert "outliers" in r["error"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_empty_only_list_returns_error(tmp_path):
|
||||
r = render_automatic_eda(str(tmp_path / "x.duckdb"), "t", only_chapters=[])
|
||||
assert r["status"] == "error"
|
||||
assert "vac" in r["error"].lower()
|
||||
|
||||
|
||||
def test_only_chapters_not_a_list_returns_error(tmp_path):
|
||||
r = render_automatic_eda(str(tmp_path / "x.duckdb"), "t",
|
||||
only_chapters="outliers")
|
||||
assert r["status"] == "error"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_only_none_keeps_full_document(tmp_path):
|
||||
"""Retro-compat: only_chapters=None genera el documento completo."""
|
||||
db = str(tmp_path / "pts.duckdb")
|
||||
_make_db_models(db)
|
||||
out = str(tmp_path / "out")
|
||||
r = render_automatic_eda(db, "pts", out_dir=out, basename="full")
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
chapters = _manifest_chapters(r)
|
||||
# Documento completo: muchos más capítulos que portada/glosario.
|
||||
assert {"portada", "glosario", "overview", "correlacion"} <= chapters
|
||||
assert len(chapters) > 4
|
||||
Reference in New Issue
Block a user