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| 4f1530797e | |||
| a1e2e3567c | |||
| 833597c831 | |||
| 7158be8142 | |||
| 9be84a48ea | |||
| fd63261444 | |||
| 4099d88eaf | |||
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| ab21e5d90b | |||
| da60211826 | |||
| 3be188a921 | |||
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| 68f4ddabce | |||
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| 048781df3f | |||
| a421f13d2e | |||
| 7fb00defdf | |||
| b1d205203a |
@@ -27,6 +27,7 @@ Página madre del grupo: `docs/capabilities/eda.md` (léela primero para cargar
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- `--series` → `run_series=True` (estacionariedad ADF+KPSS, ACF/PACF, STL, retornos por columna numérica).
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- `--pdf` → `emit_pdf=True` (PDF A5 legacy de `render_eda_pdf`, legible en móvil).
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- `--legacy-only` → emite SOLO el PDF legacy (sin AutomaticEDA), para casos en que solo se quiera el PDF rápido.
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- `--lite` / `--bajo-consumo` → `render_automatic_eda(profile_level="lite")`: EDA barato y rápido (CI, vistazo previo, máquina sin GPU/red). Apaga LLM y serie temporal y limita los modelos a **PCA + normalidad** (sin KMeans ni IsolationForest, lo caro en CPU), con `sample` reducido. `--full` → `profile_level="full"` (standard + narrativa LLM). Por defecto `profile_level="standard"` (comportamiento histórico). Un flag explícito (`--llm`, `--models`, ...) prima sobre el preset.
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Por defecto, **un EDA completo emite SIEMPRE el informe AutomaticEDA en sus dos formatos: PDF (A5 móvil) Y PPTX (16:9 para compartir)** con los 11 capítulos poblados (portada, overview, distribuciones, calidad, correlaciones, modelos, series, geoespacial, agregación, interpretación LLM). Usa el pipeline `render_automatic_eda` (o `profile_table(emit_automatic=True)`), que activa `run_models` y `run_series` para que los capítulos de modelos/series/geoespacial/agregación salgan poblados. Deja `run_llm` para cuando el usuario lo pida o interese la interpretación semántica + narrativa por capítulo (es la única parte que gasta tokens del modelo).
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@@ -50,7 +51,8 @@ from pipelines.render_automatic_eda import render_automatic_eda
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# tablas de agregación). run_llm=True añade la narrativa LLM por capítulo.
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r = render_automatic_eda(
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"/ruta/datos.duckdb", "ventas",
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run_models=True, run_series=True, run_llm=False, out_dir="reports",
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profile_level="standard", # "lite" = bajo consumo CPU/LLM; "full" = + narrativa LLM
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out_dir="reports",
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)
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print("status:", r["status"])
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print("pdf: ", r["pdf_path"], "(", r["n_pages"], "págs )")
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@@ -1,6 +1,6 @@
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description: Muestra la flota de Claudes vivos (sessionId + objetivo + estado) y, con argumento, salta con foco a esa conversación dentro de la sesión tmux fleet.
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argument-hint: "[texto|sessionId|PID para saltar — vacío = listar la flota]"
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description: Muestra la flota de Claudes vivos (sessionId + objetivo + estado) y, con argumento, salta con foco a esa conversación dentro de la sesión tmux fleet. `/fleet show` trae la TUI al contexto tmux actual.
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argument-hint: "[show | texto|sessionId|PID para saltar — vacío = listar la flota]"
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---
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# /fleet — ver y navegar la flota de Claudes
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@@ -33,9 +33,32 @@ cd "${FN_REGISTRY_ROOT:-$HOME/fn_registry}/apps/fleetview" && go build -o fleetv
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- la sesión actual / orquestador si la puedes identificar (su `session_id` coincide con el de quien invoca).
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4. Si la lista está vacía, indícalo y sugiere que el perfil fleet podría no estar activo (revisar `$FLEET_SOCKET` y que la sesión tmux exista).
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### `show` → traer la TUI al contexto tmux actual
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Si `$ARGUMENTS` es exactamente `show` (alias `open`/`attach`), el usuario quiere
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volver a ver el panel FleetView en el contexto/pane actual sin abrir ninguna
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ventana ni arrancar una flota nueva. Ejecuta:
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```bash
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"${FN_REGISTRY_ROOT:-$HOME/fn_registry}/apps/fleetview/fleetview" show
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```
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Comportamiento (decidido por la app, no abre terminal externa):
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- **dentro de tmux con la flota viva** → `select-window` de la window `console`
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del socket fleet (trae la TUI al frente; no abre nada).
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- **fuera de tmux** → `attach` a la sesión fleet en la terminal actual (la reutiliza).
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- **sin flota viva** → error claro, exit 1, no abre nada (sugiere arrancarla con
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`fleetclaude`).
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Es el equivalente del comportamiento de `fleetclaude` sin args invocado dentro de
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una flota viva (reuse de contexto): úsalo cuando ya tengas una flota corriendo y
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solo quieras recuperar la vista del panel. Para abrir una flota NUEVA aparte, usa
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`fleetclaude --new` (no este comando).
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### Con argumentos → saltar con foco
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El usuario quiere que la interfaz tmux salte a una conversación concreta. `$ARGUMENTS` es el query: texto del objetivo, prefijo de `sessionId`, o PID.
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El usuario quiere que la interfaz tmux salte a una conversación concreta. `$ARGUMENTS` es el query: texto del objetivo, prefijo de `sessionId`, o PID (cualquier valor que no sea `show`).
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1. Ejecuta:
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```bash
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@@ -3,10 +3,10 @@ name: launch_fleetclaude
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kind: function
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lang: bash
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domain: infra
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version: "1.6.0"
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version: "1.7.0"
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purity: impure
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signature: "launch_fleetclaude [--cwd <dir>] [--bin <path>] [--session <name>] [--reuse] [--cols <n>]"
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description: "Entrypoint de FleetView: abre una ventana de terminal con una sesion tmux (socket aislado por perfil) de dos panes (TUI fleetview a la izquierda, claude --dangerously-skip-permissions a la derecha) para centralizar la flota de Claudes. La terminal se AUTO-DETECTA sin config por PC: kitty si esta instalado y hay display ($DISPLAY/$WAYLAND_DISPLAY), si no Windows Terminal (wt.exe) en WSL adjuntando via wsl.exe. El pane de la TUI corre dentro del bucle supervisor supervise_fleetview_tui, que la relanza si muere (crash/panic/kill), asi el panel de control NUNCA se pierde. Soporta PERFILES multiples: sin --session/--reuse cada invocacion abre un perfil nuevo (fleet, fleet2, fleet3, ...) con su propia flota; inyecta FLEET_SOCKET/FLEET_SESSION a la TUI para que cada panel vea solo sus Claudes. Instala atajos alt+flechas/alt+enter/alt+n que controlan la TUI desde cualquier pane, y fija el ancho del sidebar con hooks."
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signature: "launch_fleetclaude [--cwd <dir>] [--bin <path>] [--session <name>] [--reuse] [--new] [--cols <n>]"
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description: "Entrypoint de FleetView: abre una ventana de terminal con una sesion tmux (socket aislado por perfil) de dos panes (TUI fleetview a la izquierda, claude --dangerously-skip-permissions a la derecha) para centralizar la flota de Claudes. REUSO DE CONTEXTO: si se invoca DENTRO de una flota tmux viva (su window 'console') sin --new, NO abre ventana ni crea un perfil nuevo; trae la TUI al pane/contexto actual (equivale a 'fleetview show'). El flag --new fuerza una flota+ventana nueva aunque estes en tmux. La terminal se AUTO-DETECTA sin config por PC: kitty si esta instalado y hay display ($DISPLAY/$WAYLAND_DISPLAY), si no Windows Terminal (wt.exe) en WSL adjuntando via wsl.exe. El pane de la TUI corre dentro del bucle supervisor supervise_fleetview_tui, que la relanza si muere (crash/panic/kill), asi el panel de control NUNCA se pierde. Soporta PERFILES multiples: fuera de tmux, o con --new, cada invocacion abre un perfil nuevo (fleet, fleet2, fleet3, ...) con su propia flota; inyecta FLEET_SOCKET/FLEET_SESSION a la TUI para que cada panel vea solo sus Claudes. Instala atajos alt+flechas/alt+enter/alt+n que controlan la TUI desde cualquier pane, y fija el ancho del sidebar con hooks."
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tags: [claude-fleet, infra, kitty, tmux, claude, fleetview, launcher, wsl, windows-terminal]
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params:
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- name: --cwd
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@@ -14,12 +14,14 @@ params:
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- name: --bin
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desc: "Ruta al binario de la TUI fleetview que corre en el pane izquierdo. Opcional. Default: <repo>/apps/fleetview/fleetview. Si no es ejecutable, el pane izquierdo muestra un mensaje de como compilarla y deja una shell viva."
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- name: --session
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desc: "Fija el perfil (socket+sesion tmux comparten nombre) por nombre exacto; reutiliza el existente si ya vive (idempotente sobre ese nombre). Opcional. Sin esta opcion, el perfil se elige automaticamente (primer nombre libre de la secuencia fleet, fleet2, ...)."
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||||
desc: "Fija el perfil (socket+sesion tmux comparten nombre) por nombre exacto; reutiliza el existente si ya vive (idempotente sobre ese nombre). Opcional. Sin esta opcion, el perfil se elige automaticamente (primer nombre libre de la secuencia fleet, fleet2, ...). Invocado DENTRO de tmux con un nombre DISTINTO al de la flota actual equivale a --new (pides otra flota: ventana nueva, sin reuse de contexto)."
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- name: --reuse
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desc: "Reattach al perfil principal 'fleet' en vez de abrir uno nuevo. Opcional. Recupera el comportamiento idempotente clasico (volver a invocar NO duplica la flota, reusa la existente)."
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- name: --new
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desc: "Fuerza una flota NUEVA en una ventana NUEVA (kitty/wt.exe) incluso estando dentro de una flota tmux. Opcional. Es la via explicita para abrir una FleetView aparte; sin este flag, invocado dentro de una flota viva se reusa el contexto actual (no abre ventana ni crea perfil)."
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- name: --cols
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desc: "Ancho en columnas del pane izquierdo (la TUI). Opcional. Default: 40."
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output: "Crea/reutiliza una sesion tmux detached con dos panes y lanza una ventana de terminal 'FleetView' adjunta a ella (kitty o Windows Terminal segun auto-deteccion), desacoplada del shell padre. Imprime el estado por stdout. Sin valor de retorno; exit 0 en exito."
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output: "Caso reuse de contexto (dentro de una flota tmux viva, sin --new): trae la TUI al pane/contexto actual con select-window de la window 'console' (o 'fleetview show' si el binario existe) y retorna 0, sin abrir nada. Caso ventana-nueva (fuera de tmux, o con --new): crea/reutiliza una sesion tmux detached con dos panes y lanza una ventana de terminal 'FleetView' adjunta (kitty o Windows Terminal segun auto-deteccion), desacoplada del shell padre. Imprime el estado por stdout. Sin valor de retorno; exit 0 en exito, !=0 con mensaje claro si no hay terminal ni contexto que reusar."
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uses_functions:
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||||
- supervise_fleetview_tui_bash_infra
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uses_types: []
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@@ -36,32 +38,44 @@ file_path: "bash/functions/infra/launch_fleetclaude.sh"
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## Ejemplo
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```bash
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# Via fn run (resuelve por nombre o ID):
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fn run launch_fleetclaude
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# DENTRO de una flota tmux viva (p. ej. en el pane del orquestador): reusa el
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# contexto, trae la TUI al pane actual. NO abre ventana ni crea perfil nuevo.
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fleetclaude
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# Perfil nuevo automatico (fleet la 1a vez; fleet2, fleet3, ... si ya hay uno):
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launch_fleetclaude
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# FUERA de tmux: perfil nuevo automatico (fleet la 1a vez; fleet2, ... si ya hay
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||||
# uno) en una ventana de terminal nueva, reutilizando la terminal actual (attach):
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fleetclaude
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# Forzar una flota+ventana NUEVA aunque estes dentro de una flota tmux:
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fleetclaude --new
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# Reattach a la flota principal 'fleet' (comportamiento idempotente clasico):
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launch_fleetclaude --reuse
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fleetclaude --reuse
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# Perfil con nombre fijo y ancho de pane personalizado:
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launch_fleetclaude --session trabajo --cols 50
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fleetclaude --session trabajo --cols 50
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# Via fn run (resuelve por nombre o ID):
|
||||
fn run launch_fleetclaude
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||||
```
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Tras invocarlo aparece una ventana de terminal titulada `FleetView (<perfil>)` con dos
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panes lado a lado: a la izquierda la TUI `fleetview`, a la derecha una sesion de
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`claude --dangerously-skip-permissions`. Cada perfil es un socket+sesion tmux
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aislados con su propia flota: puedes tener varias FleetView abiertas a la vez.
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Por defecto, volver a invocarlo abre un perfil NUEVO (no reusa); usa `--reuse`
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o `--session <nombre>` para volver a una flota concreta.
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Dentro de una flota viva, `fleetclaude` sin args reusa el contexto (la window
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`console` pasa al frente). Fuera de tmux (o con `--new`) aparece una ventana de
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terminal titulada `FleetView (<perfil>)` con dos panes lado a lado: a la izquierda
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la TUI `fleetview`, a la derecha una sesion de `claude --dangerously-skip-permissions`.
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Cada perfil es un socket+sesion tmux aislados con su propia flota: puedes tener
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varias FleetView abiertas a la vez con `--new`.
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## Cuando usarla
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Usala cuando quieras un unico punto de entrada a la flota de Claudes en vez de
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N ventanas kitty sueltas: lanzas `fleetclaude` y tienes la TUI de control y un
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Claude listo para trabajar en la misma ventana. Tipico al empezar la jornada o
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al retomar el trabajo en el repo `fn_registry`.
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al retomar el trabajo en el repo `fn_registry`. Si **ya estas dentro de una
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flota** (en el pane del orquestador) y solo quieres volver a ver la TUI, lanza
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`fleetclaude` sin args: trae el panel al contexto actual sin abrir otra ventana
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ni arrancar una flota duplicada. Usa `--new` solo cuando quieras DELIBERADAMENTE
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una segunda flota aparte.
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## Gotchas
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@@ -87,10 +101,27 @@ al retomar el trabajo en el repo `fn_registry`.
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funciona en un PC con kitty y en otro WSL sin kitty, cada uno elige su
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terminal. Causa raiz del sintoma "se lanza la flota pero no se ve": kitty no
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instalado en WSL hacia que la sesion tmux se creara sin ventana que la mostrara.
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||||
- **Dentro de tmux abre ventana nueva**: si invocas `fleetclaude` desde dentro de
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||||
una sesion tmux (`$TMUX` definido), NO hace `attach` anidado (rompe / avisa de
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nesting); cae a la ruta ventana-nueva (auto-deteccion de terminal). Fuera de
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||||
tmux y con TTY, reutiliza la terminal actual con `exec tmux attach`.
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||||
- **Dentro de una flota tmux viva: reuse de contexto (no ventana nueva)**: si
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invocas `fleetclaude` sin `--new` desde dentro de una flota fleetview viva
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(`$TMUX` definido y el socket actual tiene una sesion homonima con window
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`console`), NO abre ventana ni crea un perfil `fleetN+1`: trae la TUI al pane
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actual (`fleetview show`, o `tmux -L <perfil> select-window -t <perfil>:console`
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si el binario no esta compilado) y retorna 0. El perfil de la flota actual se
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deriva de `$TMUX` (basename del socket = nombre `-L`), senal fiable aunque
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||||
`$FLEET_SOCKET` venga vacio (ver `detect_fleet_context`). **`--new`** fuerza el
|
||||
comportamiento clasico (flota+ventana nueva); pasar `--session <otro>` distinto
|
||||
al perfil actual equivale a `--new` implicito. Fuera de tmux y con TTY, reutiliza
|
||||
la terminal actual con `exec tmux attach` (nunca `attach` anidado dentro de
|
||||
tmux). Sin TTY ni contexto que reusar (atajo de escritorio/cron) cae a la ruta
|
||||
ventana-nueva. Antes de este fix (v1.6.0 y anteriores) cualquier `fleetclaude`
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||||
dentro de tmux abria una kitty nueva y un socket `fleetN+1` — el sintoma que
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acumulaba 6+ sockets `fleet*`.
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||||
- **`local x` unbound bajo `set -u`**: el archivo corre con `set -euo pipefail`.
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||||
`local left_pane right_pane` dejaba esas vars *unbound* (no vacias), asi que la
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||||
rama "reutilizar sesion existente" (`--reuse`/`--session <vivo>`) reventaba con
|
||||
`left_pane: unbound variable` al evaluar `[[ -z "$left_pane" ]]`. Se inicializan
|
||||
explicitamente a `""` (`local left_pane="" right_pane=""`). Si tocas estas vars,
|
||||
no vuelvas a declararlas sin valor.
|
||||
- **kitty detached (setsid)**: la ventana kitty se lanza con `setsid ... &` para
|
||||
sobrevivir al cierre de la terminal que la invoco. La ventana de Windows
|
||||
Terminal (wt.exe) ya es un proceso Windows independiente del arbol Linux, asi
|
||||
@@ -128,15 +159,29 @@ al retomar el trabajo en el repo `fn_registry`.
|
||||
- **Ancho del sidebar via hooks**: `client-resized` y `window-layout-changed`
|
||||
re-fijan el pane 0 (TUI) a `--cols` columnas, porque el `attach` de kitty y el
|
||||
conmutar de Claude redistribuyen el espacio.
|
||||
- **tmux siempre; terminal (kitty/wt.exe) solo sin TTY**: `tmux` es obligatorio
|
||||
(aborta != 0 si falta). Una terminal nueva (kitty o Windows Terminal) solo se
|
||||
necesita en la ruta sin-TTY (dentro de tmux, atajo de escritorio, cron, script),
|
||||
donde abre una ventana nueva. Invocado desde una terminal interactiva fuera de
|
||||
tmux (el caso normal del alias `fleetclaude`), reutiliza la terminal actual con
|
||||
`exec tmux attach` y no necesita ni kitty ni wt.exe.
|
||||
- **tmux siempre; terminal (kitty/wt.exe) solo en la ruta ventana-nueva**: `tmux`
|
||||
es obligatorio (aborta != 0 si falta). Una terminal nueva (kitty o Windows
|
||||
Terminal) solo se necesita en la ruta ventana-nueva: `--new`, o sin TTY ni flota
|
||||
viva que reusar (atajo de escritorio, cron, script). Dentro de una flota viva sin
|
||||
`--new` se reusa el contexto (ni kitty ni wt.exe). Invocado desde una terminal
|
||||
interactiva fuera de tmux (el caso normal del alias `fleetclaude`), reutiliza la
|
||||
terminal actual con `exec tmux attach` y tampoco necesita kitty ni wt.exe.
|
||||
|
||||
## Capability growth log
|
||||
|
||||
- v1.7.0 (2026-06-30) — **reuse de contexto dentro de la flota + flag `--new`**.
|
||||
Invocado sin `--new` desde dentro de una flota tmux viva (su window `console`),
|
||||
`fleetclaude` ya NO abre una kitty nueva ni crea un perfil `fleetN+1`: trae la
|
||||
TUI al pane/contexto actual (`fleetview show`, o `tmux -L <perfil> select-window
|
||||
-t <perfil>:console` como fallback sin binario) y retorna 0. El perfil actual se
|
||||
deriva de `$TMUX` (basename del socket); pasar `--session <otro>` distinto al
|
||||
actual equivale a `--new` implicito. Nuevo flag `--new` para forzar la ruta
|
||||
clasica (flota+ventana nueva) aun dentro de tmux. Fuera de tmux el comportamiento
|
||||
es intacto (`exec tmux attach` reutiliza la terminal). Arregla el sintoma de que
|
||||
lanzar `fleetclaude` dentro de una flota abria ventana kitty + socket nuevo
|
||||
(`fleet7`, `fleet8`, ...). Fix incidental: `local left_pane="" right_pane=""`
|
||||
(antes `local left_pane right_pane` reventaba con `unbound variable` bajo
|
||||
`set -u` al reutilizar una sesion existente).
|
||||
- v1.6.0 (2026-06-29) — **auto-deteccion de terminal (kitty ↔ Windows Terminal)**.
|
||||
La ruta ventana-nueva ya no asume kitty: elige terminal segun el host. kitty si
|
||||
esta instalado y hay display (`$DISPLAY`/`$WAYLAND_DISPLAY`); si no, en WSL abre
|
||||
|
||||
@@ -23,6 +23,7 @@ launch_fleetclaude() {
|
||||
local cols=52
|
||||
local explicit_session=0 # 1 si el usuario pasó --session <name> a mano
|
||||
local reuse=0 # 1 si el usuario pidió --reuse (reattach al perfil principal)
|
||||
local want_new=0 # 1 si el usuario pidió --new (forzar flota+ventana nueva)
|
||||
local T="" # socket tmux aislado; se fija al resolver el perfil
|
||||
|
||||
# -----------------------------------------------------------------------
|
||||
@@ -46,6 +47,9 @@ launch_fleetclaude() {
|
||||
--reuse)
|
||||
reuse=1
|
||||
;;
|
||||
--new)
|
||||
want_new=1
|
||||
;;
|
||||
--cols)
|
||||
shift
|
||||
cols="${1:-40}"
|
||||
@@ -62,6 +66,11 @@ Claudes). Sin --session ni --reuse, cada invocacion abre un perfil NUEVO: usa
|
||||
el primer nombre libre de la secuencia fleet, fleet2, fleet3, ... Asi puedes
|
||||
tener varias FleetView abiertas a la vez, cada una con su flota independiente.
|
||||
|
||||
REUSO DE CONTEXTO: si ya estas DENTRO de una flota tmux viva (p. ej. en el pane
|
||||
del orquestador), 'fleetclaude' sin args NO abre una ventana ni crea un perfil
|
||||
nuevo: trae la TUI al contexto/pane actual (equivale a 'fleetview show'). Para
|
||||
abrir explicitamente una flota aparte en una ventana nueva, usa --new.
|
||||
|
||||
Opciones:
|
||||
--cwd <dir> Directorio de trabajo de los panes.
|
||||
Default: raiz del repo fn_registry (derivada dinamicamente).
|
||||
@@ -69,13 +78,21 @@ Opciones:
|
||||
Default: <repo>/apps/fleetview/fleetview
|
||||
--session <name> Fija el perfil (socket+sesion) por nombre exacto; reutiliza
|
||||
el existente si ya esta vivo. Sin esta opcion, perfil auto.
|
||||
Si se invoca DENTRO de tmux con un nombre DISTINTO al de la
|
||||
flota actual, equivale a --new (pides otra flota).
|
||||
--reuse Reattach al perfil principal 'fleet' en vez de abrir uno
|
||||
nuevo (vuelve al comportamiento idempotente clasico).
|
||||
--new Fuerza una flota NUEVA en una ventana NUEVA (kitty/wt.exe),
|
||||
incluso dentro de tmux. Es la via explicita para tener una
|
||||
FleetView aparte; sin este flag, dentro de tmux se reusa el
|
||||
contexto actual.
|
||||
--cols <n> Ancho (columnas) del pane izquierdo. Default: 40.
|
||||
-h, --help Muestra esta ayuda.
|
||||
|
||||
Ejemplos:
|
||||
launch_fleetclaude # perfil nuevo (fleet, luego fleet2, ...)
|
||||
launch_fleetclaude # dentro de la flota: reusa el contexto;
|
||||
# fuera de tmux: perfil nuevo (fleet, ...)
|
||||
launch_fleetclaude --new # flota+ventana nueva aunque estes en tmux
|
||||
launch_fleetclaude --reuse # reattach a la flota principal 'fleet'
|
||||
launch_fleetclaude --session trabajo # perfil con nombre fijo 'trabajo'
|
||||
launch_fleetclaude --cwd ~/fn_registry --cols 50
|
||||
@@ -127,6 +144,45 @@ USAGE
|
||||
return 1
|
||||
fi
|
||||
|
||||
# -----------------------------------------------------------------------
|
||||
# REUSO DE CONTEXTO (sin --new): si ya estamos DENTRO de una flota tmux
|
||||
# viva, 'fleetclaude' sin args NO abre una ventana/terminal nueva ni crea
|
||||
# un perfil fleetN+1 — trae la TUI al contexto/pane actual, igual que
|
||||
# 'fleetview show'. El flag --new fuerza el comportamiento clasico (flota
|
||||
# nueva en ventana nueva); --reuse mantiene su semantica historica.
|
||||
#
|
||||
# El perfil de la flota actual se deriva de $TMUX (el basename del socket
|
||||
# es el nombre -L; senal fiable aunque $FLEET_SOCKET venga vacio, ver
|
||||
# detect_fleet_context). Si se paso --session con un nombre DISTINTO al
|
||||
# actual, es pedir OTRA flota -> se trata como --new implicito (no reusa).
|
||||
# "Flota viva" = el socket tiene una sesion homonima con una window
|
||||
# 'console' (la firma de una FleetView), no un tmux cualquiera.
|
||||
# -----------------------------------------------------------------------
|
||||
if [[ "$want_new" -eq 0 && "$reuse" -eq 0 && -n "${TMUX:-}" ]]; then
|
||||
local current_socket target_socket
|
||||
current_socket="$(basename "${TMUX%%,*}")"
|
||||
target_socket="$current_socket"
|
||||
[[ "$explicit_session" -eq 1 ]] && target_socket="$session"
|
||||
|
||||
if [[ "$target_socket" == "$current_socket" ]] \
|
||||
&& tmux -L "$current_socket" has-session -t "$current_socket" 2>/dev/null \
|
||||
&& tmux -L "$current_socket" list-windows -t "$current_socket" \
|
||||
-F '#{window_name}' 2>/dev/null | grep -qx console; then
|
||||
# Traer la TUI al contexto actual sin abrir nada nuevo. Preferimos
|
||||
# el binario (centraliza la politica en la app: 'fleetview show');
|
||||
# si no esta compilado, caemos a 'select-window' directo, que es lo
|
||||
# que 'show' hace por dentro dentro de tmux (cero dependencia).
|
||||
if [[ -x "$bin" ]] \
|
||||
&& FLEET_SOCKET="$current_socket" FLEET_SESSION="$current_socket" \
|
||||
"$bin" show 2>/dev/null; then
|
||||
return 0
|
||||
fi
|
||||
tmux -L "$current_socket" select-window -t "$current_socket":console
|
||||
echo "launch_fleetclaude: flota '$current_socket' viva; TUI traida al contexto actual (sin ventana nueva)."
|
||||
return 0
|
||||
fi
|
||||
fi
|
||||
|
||||
# -----------------------------------------------------------------------
|
||||
# Resolver el PERFIL (socket+sesion tmux comparten nombre).
|
||||
#
|
||||
@@ -200,7 +256,10 @@ USAGE
|
||||
# indice 1 y cualquier referencia a console.0 falla con
|
||||
# "can't find pane: 0". Los pane ID son estables e inmunes al base-index.
|
||||
# -----------------------------------------------------------------------
|
||||
local left_pane right_pane
|
||||
# Inicializadas a "" (no solo declaradas): bajo `set -u` una `local x` sin
|
||||
# valor queda *unbound*, y al reutilizar una sesion existente el `[[ -z
|
||||
# "$left_pane" ]]` de mas abajo reventaba con "unbound variable".
|
||||
local left_pane="" right_pane=""
|
||||
if $T has-session -t "$session" 2>/dev/null; then
|
||||
echo "launch_fleetclaude: la sesion tmux '$session' ya existe; reutilizandola."
|
||||
else
|
||||
|
||||
@@ -34,6 +34,7 @@ from .theils_u import theils_u
|
||||
from .correlation_ratio import correlation_ratio
|
||||
from .mutual_info_columns import mutual_info_columns
|
||||
from .infer_fk_containment_duckdb import infer_fk_containment_duckdb
|
||||
from .detect_declared_keys_duckdb import detect_declared_keys_duckdb
|
||||
from .build_join_graph import build_join_graph
|
||||
from .association_matrix import association_matrix
|
||||
from .correlation_matrix_duckdb import correlation_matrix_duckdb
|
||||
@@ -58,19 +59,25 @@ from .acf_pacf import acf_pacf
|
||||
from .stl_decompose import stl_decompose
|
||||
from .to_returns import to_returns
|
||||
from .fdr_correction import fdr_correction
|
||||
from .effect_size_cohens_d import effect_size_cohens_d
|
||||
from .confidence_interval_mean import confidence_interval_mean
|
||||
from .preregister_hypothesis import preregister_hypothesis
|
||||
from .suggest_reexpression import suggest_reexpression
|
||||
from .exploratory_caveats import exploratory_caveats
|
||||
from .render_eda_pdf import render_eda_pdf, render_eda_pdf_relational
|
||||
from .render_automatic_eda_pdf import render_automatic_eda_pdf
|
||||
from .render_automatic_eda_pptx import render_automatic_eda_pptx
|
||||
from .render_automatic_eda_markdown import render_automatic_eda_markdown
|
||||
from .detect_time_column import detect_time_column
|
||||
from .extract_timeseries_raw import extract_timeseries_raw
|
||||
from .build_eda_render_ctx import build_eda_render_ctx
|
||||
from .profile_datetime import profile_datetime
|
||||
from .resample_timeseries import resample_timeseries
|
||||
from .add_pdf_internal_links import add_pdf_internal_links
|
||||
from .suggest_intratable_fk_candidates import suggest_intratable_fk_candidates
|
||||
|
||||
__all__ = [
|
||||
"suggest_intratable_fk_candidates",
|
||||
"detect_time_column",
|
||||
"extract_timeseries_raw",
|
||||
"build_eda_render_ctx",
|
||||
@@ -79,12 +86,16 @@ __all__ = [
|
||||
"resample_timeseries",
|
||||
"render_automatic_eda_pdf",
|
||||
"render_automatic_eda_pptx",
|
||||
"render_automatic_eda_markdown",
|
||||
"decode_qr_image",
|
||||
"adf_kpss_stationarity",
|
||||
"acf_pacf",
|
||||
"stl_decompose",
|
||||
"to_returns",
|
||||
"fdr_correction",
|
||||
"effect_size_cohens_d",
|
||||
"confidence_interval_mean",
|
||||
"preregister_hypothesis",
|
||||
"suggest_reexpression",
|
||||
"exploratory_caveats",
|
||||
"render_eda_pdf",
|
||||
@@ -97,6 +108,7 @@ __all__ = [
|
||||
"correlation_ratio",
|
||||
"mutual_info_columns",
|
||||
"infer_fk_containment_duckdb",
|
||||
"detect_declared_keys_duckdb",
|
||||
"build_join_graph",
|
||||
"association_matrix",
|
||||
"correlation_matrix_duckdb",
|
||||
|
||||
@@ -36,6 +36,7 @@ from .model import ( # noqa: F401
|
||||
from .chapters_registry import CHAPTER_ORDER, build_chapter, build_document # noqa: F401
|
||||
from .render_pdf_impl import render_pdf # noqa: F401
|
||||
from .render_pptx_impl import render_pptx # noqa: F401
|
||||
from .render_md_impl import render_md # noqa: F401
|
||||
|
||||
__all__ = [
|
||||
"ENGINE_NAME",
|
||||
@@ -60,4 +61,5 @@ __all__ = [
|
||||
"build_document",
|
||||
"render_pdf",
|
||||
"render_pptx",
|
||||
"render_md",
|
||||
]
|
||||
|
||||
@@ -89,6 +89,35 @@ _DEF_MAX_CARD = 20
|
||||
_DEF_MAX_MEASURES = 4
|
||||
_DEF_TOP_N = 12
|
||||
|
||||
# Glossary terms this chapter explains. Both appear in the always-rendered intro,
|
||||
# so they are registered and marked clickable whenever a collector is in ctx —
|
||||
# the canonical two-step pattern (see ``cat_distr``): ``glossary.add(key, label,
|
||||
# definition)`` + the inline span ``[[term:KEY]]texto[[/term]]`` in a Markdown
|
||||
# block. Mapping key -> (label, definition).
|
||||
_TERM_DEFS = {
|
||||
"groupby": (
|
||||
"Agrupación (split-apply-combine)",
|
||||
"Operación de agrupación (group by): parte la tabla en grupos según los "
|
||||
"valores de una columna categórica, aplica un cálculo (conteo, media, "
|
||||
"mediana…) dentro de cada grupo y combina los resultados en una tabla "
|
||||
"resumen. Es el patrón split-apply-combine."),
|
||||
"pivot_table": (
|
||||
"Tabla dinámica (pivot)",
|
||||
"Tabla dinámica que cruza dos variables categóricas — una en las filas y "
|
||||
"otra en las columnas — y rellena cada celda con un agregado (media, "
|
||||
"suma…) de una medida numérica. Resume de un vistazo cómo interactúan las "
|
||||
"dos categóricas sobre esa medida."),
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def _term(mark: bool, key: str, text: str) -> str:
|
||||
"""Wrap ``text`` as a clickable glossary span when ``mark`` is True.
|
||||
|
||||
The visible text is identical with or without the marker (the renderers strip
|
||||
it), so wrapping never changes line layout — it only adds the link.
|
||||
"""
|
||||
return f"[[term:{key}]]{text}[[/term]]" if mark else text
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Formatting helpers (mirror the other chapters' defensive style).
|
||||
@@ -525,15 +554,18 @@ def _sections_live(profile: dict, ctx: dict, candidates: dict) -> list:
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Entry point.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _intro_blocks() -> list:
|
||||
def _intro_blocks(gloss=None, mark_term: bool = False) -> list:
|
||||
if gloss is not None:
|
||||
for key, (label, definition) in _TERM_DEFS.items():
|
||||
gloss.add(key, label, definition)
|
||||
t_groupby = _term(mark_term, "groupby", "**por grupos** (split-apply-combine)")
|
||||
t_pivot = _term(mark_term, "pivot_table", "**tablas dinámicas** (pivot)")
|
||||
text = (
|
||||
"Este capítulo analiza la tabla **por grupos** (split-apply-combine): "
|
||||
"elige las columnas categóricas más informativas — por su cardinalidad "
|
||||
"y relevancia, no todas contra todas, para no inflar comparaciones "
|
||||
"espurias — y resume las variables numéricas dentro de cada grupo "
|
||||
"(conteo, media, mediana, desviación). Las **tablas dinámicas** (pivot) "
|
||||
"cruzan dos categóricas sobre una medida, y los **gráficos de barras** "
|
||||
"(siempre desde cero) comparan los grupos de un vistazo."
|
||||
f"Este capítulo analiza la tabla {t_groupby}: elige las columnas "
|
||||
"categóricas más informativas (por cardinalidad y relevancia, no todas "
|
||||
"contra todas) y resume las variables numéricas dentro de cada grupo "
|
||||
f"(conteo, media, mediana, desviación). Se añaden {t_pivot} y "
|
||||
"**gráficos de barras** (siempre desde cero) para comparar los grupos."
|
||||
)
|
||||
return [model.Heading(text=CHAPTER_TITLE, level=1),
|
||||
model.Markdown(text=text)]
|
||||
@@ -556,13 +588,21 @@ def build_agregacion(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
if not isinstance(profile, dict):
|
||||
return None
|
||||
|
||||
# Shared glossary collector: groupby + pivot_table live in the always-present
|
||||
# intro, so they are registered + marked there. Degrades silently (mark_term
|
||||
# False) when no collector is in ctx (standalone render).
|
||||
glossary = ctx.get("glossary")
|
||||
gloss = glossary if isinstance(glossary, model.GlossaryCollector) else None
|
||||
mark_term = gloss is not None
|
||||
|
||||
# Pre-computed results take precedence (offline / tests / forward-compat).
|
||||
pre = ctx.get("aggregations")
|
||||
if _is_dict(pre) and (pre.get("groupby") or pre.get("pivots")):
|
||||
sections = _sections_from_precomputed(pre)
|
||||
if not sections:
|
||||
return None
|
||||
blocks = _intro_blocks() + sections + _insights_section(ctx)
|
||||
blocks = (_intro_blocks(gloss, mark_term) + sections
|
||||
+ _insights_section(ctx))
|
||||
return model.Chapter(id=CHAPTER_ID, title=CHAPTER_TITLE,
|
||||
version=CHAPTER_VERSION, blocks=blocks)
|
||||
|
||||
@@ -583,10 +623,11 @@ def build_agregacion(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
"crudos. Pasa ctx['db_path'] + ctx['table'] (para el cálculo "
|
||||
"push-down en DuckDB) o ctx['aggregations'] ya precalculado. "
|
||||
f"Columnas categóricas candidatas: {keys or '—'}.")
|
||||
blocks = _intro_blocks() + [note] + _insights_section(ctx)
|
||||
blocks = (_intro_blocks(gloss, mark_term) + [note]
|
||||
+ _insights_section(ctx))
|
||||
return model.Chapter(id=CHAPTER_ID, title=CHAPTER_TITLE,
|
||||
version=CHAPTER_VERSION, blocks=blocks)
|
||||
|
||||
blocks = _intro_blocks() + sections + _insights_section(ctx)
|
||||
blocks = _intro_blocks(gloss, mark_term) + sections + _insights_section(ctx)
|
||||
return model.Chapter(id=CHAPTER_ID, title=CHAPTER_TITLE,
|
||||
version=CHAPTER_VERSION, blocks=blocks)
|
||||
|
||||
@@ -254,3 +254,25 @@ def test_anti_corte_muchos_grupos_y_texto_largo():
|
||||
# First, middle and last words of the long paragraph all present.
|
||||
for i in (0, 60, 119):
|
||||
assert f"palabra{i}" in txt
|
||||
|
||||
|
||||
def test_glosario_engancha_groupby_y_pivot():
|
||||
"""Mejora 4b: la agrupación (split-apply-combine) y la tabla dinámica (pivot)
|
||||
se registran en el colector compartido y se marcan clicables en el cuerpo.
|
||||
Sin colector en ctx, el capítulo degrada y no marca nada."""
|
||||
from datascience.automatic_eda.model import GlossaryCollector
|
||||
|
||||
g = GlossaryCollector()
|
||||
ctx = dict(_ctx_precomputed())
|
||||
ctx["glossary"] = g
|
||||
ch = build_agregacion(_profile(), ctx)
|
||||
assert ch is not None
|
||||
keys = {t["key"] for t in g.terms()}
|
||||
assert {"groupby", "pivot_table"} <= keys
|
||||
body = " ".join(b.text for b in ch.blocks if b.kind == "markdown")
|
||||
assert "[[term:groupby]]" in body and "[[term:pivot_table]]" in body
|
||||
|
||||
# Sin colector: degrada limpio (ningún marcador en el cuerpo).
|
||||
ch2 = build_agregacion(_profile(), _ctx_precomputed())
|
||||
body2 = " ".join(b.text for b in ch2.blocks if b.kind == "markdown")
|
||||
assert "[[term:" not in body2
|
||||
|
||||
@@ -42,7 +42,11 @@ from __future__ import annotations
|
||||
|
||||
from .. import model
|
||||
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.0.0"
|
||||
# 1.1.0: drop the duplicated section labels — the dictionary and PII DataTables
|
||||
# no longer carry a ``title`` (the section Heading labels them once, per the
|
||||
# OVERVIEW pattern in the contract). The data-dictionary column already reads
|
||||
# "Significado de negocio".
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.1.0"
|
||||
CHAPTER_ID = "analisis_llm"
|
||||
CHAPTER_TITLE = "Análisis LLM"
|
||||
|
||||
@@ -118,6 +122,11 @@ def _dictionary_block(llm: dict):
|
||||
Columns: Columna / Descripción / Significado de negocio / Unidad. The
|
||||
paginator splits this by rows repeating the header and wraps long cells, so a
|
||||
long dictionary (many columns) never gets cut.
|
||||
|
||||
The block carries **no** ``title``: the section is labelled once by the
|
||||
``Heading`` that ``build_analisis_llm`` appends right before it (the canonical
|
||||
OVERVIEW pattern, contract §8). Giving the table its own ``title`` too would
|
||||
print "Diccionario de datos" twice in a row.
|
||||
"""
|
||||
entries = llm.get("dictionary")
|
||||
if not isinstance(entries, (list, tuple)) or not entries:
|
||||
@@ -137,7 +146,7 @@ def _dictionary_block(llm: dict):
|
||||
])
|
||||
if not rows:
|
||||
return None
|
||||
return model.DataTable(header=header, rows=rows, title="Diccionario de datos")
|
||||
return model.DataTable(header=header, rows=rows)
|
||||
|
||||
|
||||
def _analyses_blocks(llm: dict) -> list:
|
||||
@@ -159,7 +168,12 @@ def _cleaning_blocks(llm: dict) -> list:
|
||||
|
||||
|
||||
def _pii_block(llm: dict):
|
||||
"""DataTable for PII/GDPR findings, or None if absent/empty."""
|
||||
"""DataTable for PII/GDPR findings, or None if absent/empty.
|
||||
|
||||
Like the dictionary block, it carries **no** ``title`` (the ``Heading`` in
|
||||
``build_analisis_llm`` labels the section once); it keeps its ``note`` with
|
||||
the orientative-detection caveat, which the renderers print under the table.
|
||||
"""
|
||||
entries = llm.get("pii")
|
||||
if not isinstance(entries, (list, tuple)) or not entries:
|
||||
return None
|
||||
@@ -176,7 +190,7 @@ def _pii_block(llm: dict):
|
||||
if not rows:
|
||||
return None
|
||||
return model.DataTable(
|
||||
header=header, rows=rows, title="Datos personales (PII / RGPD)",
|
||||
header=header, rows=rows,
|
||||
note="detección automática orientativa — revisar antes de tratar los datos")
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -24,7 +24,7 @@ from pptx import Presentation
|
||||
from datascience.automatic_eda.chapters.analisis_llm import (
|
||||
build_analisis_llm, CHAPTER_VERSION)
|
||||
from datascience.automatic_eda.chapters_registry import build_document
|
||||
from datascience.automatic_eda.model import Chapter, DataTable
|
||||
from datascience.automatic_eda.model import Chapter, DataTable, Heading
|
||||
from datascience.render_automatic_eda_pdf import render_automatic_eda_pdf
|
||||
from datascience.render_automatic_eda_pptx import render_automatic_eda_pptx
|
||||
|
||||
@@ -117,6 +117,45 @@ def test_golden_build_y_render_pdf_pptx():
|
||||
assert "DESCTOKEN" in ptx
|
||||
|
||||
|
||||
def test_sin_rotulos_duplicados_y_significado_de_negocio():
|
||||
"""The dictionary / PII sections must be labelled ONCE.
|
||||
|
||||
Regression for the duplicated 'Diccionario de datos' and 'Datos personales
|
||||
(PII / RGPD)' headings (each section used to print its label twice: a Heading
|
||||
plus the DataTable's own title). The fix drops the DataTable title and keeps
|
||||
a single Heading — the OVERVIEW pattern. The data-dictionary column header is
|
||||
also pinned to the exact text 'Significado de negocio'.
|
||||
"""
|
||||
ch = build_analisis_llm(_profile(), {})
|
||||
assert ch is not None
|
||||
|
||||
# Structure: section labels come from Headings; tables carry no title.
|
||||
headings = [b.text for b in ch.blocks if isinstance(b, Heading)]
|
||||
assert headings.count("Diccionario de datos") == 1
|
||||
assert headings.count("Datos personales (PII / RGPD)") == 1
|
||||
for b in ch.blocks:
|
||||
if isinstance(b, DataTable):
|
||||
assert not b.title, f"DataTable should not duplicate the label: {b.title!r}"
|
||||
|
||||
# The data dictionary's third column reads exactly 'Significado de negocio'.
|
||||
dicts = [b for b in ch.blocks if isinstance(b, DataTable) and "Descripción" in b.header]
|
||||
assert dicts, "expected the data-dictionary DataTable"
|
||||
assert dicts[0].header == ["Columna", "Descripción", "Significado de negocio", "Unidad"]
|
||||
|
||||
# The PII table keeps its orientative-detection note.
|
||||
pii = [b for b in ch.blocks if isinstance(b, DataTable) and b.header == ["Columna", "Tipo", "Severidad"]]
|
||||
assert pii and pii[0].note and "orientativa" in pii[0].note
|
||||
|
||||
# Render: each label appears exactly once across the whole document (the only
|
||||
# 'Diccionario de datos' / 'Datos personales' producer is this chapter).
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out_pdf = os.path.join(d, "eda.pdf")
|
||||
render_automatic_eda_pdf(_profile(), out_pdf, {"title": "EDA — ventas"})
|
||||
txt = _pdf_text(out_pdf)
|
||||
assert txt.count("Diccionario de datos") == 1
|
||||
assert txt.count("Datos personales") == 1
|
||||
|
||||
|
||||
def test_orden_capitulo_junto_a_overview():
|
||||
chapters = build_document(_profile(), {})
|
||||
ids = [c.id for c in chapters]
|
||||
|
||||
@@ -1,22 +1,27 @@
|
||||
"""Data-quality chapter (CALIDAD) for AutomaticEDA.
|
||||
|
||||
Builds the quality chapter from a ``TableProfile`` of the ``eda`` group. The
|
||||
chapter answers, in Spanish and as tables, the three things the user asked for:
|
||||
chapter implements the quality model of report 2046:
|
||||
|
||||
1. **En qué se basa la calidad** — an intro paragraph explaining the criteria and
|
||||
their weights (completeness, validity, consistency) before any number, plus a
|
||||
table-level summary (global score and aggregates).
|
||||
1. **En qué se basa la calidad** — a concise intro naming the two scored
|
||||
dimensions and their weights (completitud 60%, validez 40%) plus the
|
||||
table-level row uniqueness, BEFORE any number, and stating that outliers are
|
||||
reported as observations and do **not** lower the score. The criteria terms
|
||||
(calidad de datos, completitud, validez, unicidad de registro) are hooked
|
||||
into the shared glossary as clickable jumps; their full definitions live in
|
||||
the GLOSARIO chapter, not inline here.
|
||||
2. **Scores por columna** — a table with, per column, the total quality score and
|
||||
its breakdown into completeness / validity / consistency.
|
||||
3. **Problemas en español** — a second table listing, per column, the readable
|
||||
issues in Spanish (kept separate from the type ``flags``).
|
||||
its breakdown into completeness / validity (no consistency dimension).
|
||||
3. **Problemas de calidad** — a table listing ONLY real quality defects
|
||||
(nulls, empty cells, values not conforming to their type/semantics).
|
||||
4. **Observaciones analíticas** — a SEPARATE table for outliers, constant
|
||||
columns, high-cardinality ids and strong skew, with an explicit note that
|
||||
these do not affect the score.
|
||||
|
||||
The breakdown and the issues are NOT recomputed here: they come from the registry
|
||||
function ``column_quality_score`` (group ``eda``), which already derives
|
||||
``{score, completeness, validity, consistency, issues}`` from the ColumnProfile.
|
||||
This chapter is render-only — it consumes that function and lays the result out
|
||||
as model blocks; the renderers paginate tables (splitting by rows, repeating the
|
||||
header) and wrap long cells so nothing is ever cut.
|
||||
The breakdown, issues and observations are NOT recomputed here: they come from
|
||||
the registry function ``column_quality_score`` (group ``eda``), which derives
|
||||
``{score, completeness, validity, dimensions, applicable, issues,
|
||||
observations}`` from the ColumnProfile. This chapter is render-only.
|
||||
|
||||
Contract: build_<id>(profile, ctx) -> Chapter | None ; CHAPTER_VERSION = "x.y.z".
|
||||
"""
|
||||
@@ -33,28 +38,47 @@ try: # pragma: no cover - import wiring
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001 - never let an import error abort the document.
|
||||
_column_quality_score = None
|
||||
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.0.0"
|
||||
CHAPTER_VERSION = "2.0.0"
|
||||
CHAPTER_ID = "calidad"
|
||||
CHAPTER_TITLE = "Calidad"
|
||||
|
||||
# Weights mirror column_quality_score: completeness 0.5, validity 0.3,
|
||||
# consistency 0.2. Kept here only to render the human explanation; the actual
|
||||
# numbers always come from the function so the two never drift in computation.
|
||||
_CRITERIA_INTRO = (
|
||||
"La calidad de cada columna es un score de 0 a 100 que combina tres "
|
||||
"criterios, cada uno con un peso:\n\n"
|
||||
"- **Completitud (peso 50%)**: proporción de valores presentes (sin nulos "
|
||||
"ni vacíos). Una columna con muchos nulos baja de score.\n"
|
||||
"- **Validez (peso 30%)**: los valores son coherentes con su tipo y rango "
|
||||
"esperado (penaliza outliers y semánticas declaradas que no coinciden).\n"
|
||||
"- **Consistencia (peso 20%)**: la columna aporta información útil (penaliza "
|
||||
"columnas constantes o identificadores de cardinalidad muy alta).\n\n"
|
||||
"Score = 100 × (0,5·completitud + 0,3·validez + 0,2·consistencia). "
|
||||
"Los problemas detectados por columna se listan en español más abajo."
|
||||
)
|
||||
# Glossary terms this chapter explains (report 2046 §6). Registered in the shared
|
||||
# collector and marked clickable on their first appearance (contract §11.1).
|
||||
_TERMS = {
|
||||
"calidad_datos": (
|
||||
"Calidad de datos (score 0-100)",
|
||||
"Mide hasta qué punto los datos están presentes y son utilizables tal "
|
||||
"cual, no si son «buenos para el análisis». Se compone solo de "
|
||||
"dimensiones medibles automáticamente desde el perfil de la tabla, sin "
|
||||
"fuente externa de verdad: completitud (60%), validez (40%, cuando es "
|
||||
"medible) y, a nivel de tabla, unicidad de registro. Los valores "
|
||||
"atípicos NO bajan la calidad: se listan aparte como observaciones.",
|
||||
),
|
||||
"completitud": (
|
||||
"Completitud",
|
||||
"Proporción de valores realmente presentes en una columna (1 − % de "
|
||||
"nulos; en texto, las celdas vacías también cuentan como faltantes). Los "
|
||||
"nulos y vacíos bajan el score porque falta información que debería "
|
||||
"estar. Pesa el 60% del score de columna.",
|
||||
),
|
||||
"validez": (
|
||||
"Validez",
|
||||
"Proporción de valores que encajan con su tipo o formato esperado: un "
|
||||
"número que parsea, una fecha legible, un email con forma de email. Los "
|
||||
"valores que no parsean a su tipo bajan el score. Si la columna es texto "
|
||||
"libre sin formato esperado, la validez no se puede medir y el score se "
|
||||
"basa solo en la completitud. Pesa el 40% del score cuando es medible.",
|
||||
),
|
||||
"unicidad_registro": (
|
||||
"Unicidad de registro",
|
||||
"A nivel de tabla, las filas duplicadas restan calidad al conjunto "
|
||||
"(1 − % de filas duplicadas). Es distinta de que una columna no-clave "
|
||||
"repita valores, que no es un defecto de calidad.",
|
||||
),
|
||||
}
|
||||
|
||||
# Cap for the joined issues cell so a single row never grows taller than a page;
|
||||
# the remainder is summarized as "(+N más)" instead of being silently dropped.
|
||||
# Cap for the joined cell so a single row never grows taller than a page; the
|
||||
# remainder is summarized as "(+N más)" instead of being silently dropped.
|
||||
_ISSUES_MAXLEN = 160
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -82,12 +106,19 @@ def _fmt_unit_pct(value) -> str:
|
||||
return str(value)
|
||||
|
||||
|
||||
def _fmt_validity(value) -> str:
|
||||
"""Validity is ``None`` when not applicable: show ``n/a`` not a fake 0%."""
|
||||
if value is None:
|
||||
return "n/a"
|
||||
return _fmt_unit_pct(value)
|
||||
|
||||
|
||||
def _quality_of(col: dict) -> dict:
|
||||
"""Return ``{score, completeness, validity, consistency, issues}`` for a column.
|
||||
"""Return the quality dict for a column.
|
||||
|
||||
Uses the registry ``column_quality_score`` when available; otherwise falls
|
||||
back to the per-column ``quality_score`` already in the profile (number only,
|
||||
empty breakdown/issues). Never raises.
|
||||
empty breakdown/issues/observations). Never raises.
|
||||
"""
|
||||
if not isinstance(col, dict):
|
||||
col = {}
|
||||
@@ -98,26 +129,25 @@ def _quality_of(col: dict) -> dict:
|
||||
return res
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001 - degrade instead of aborting.
|
||||
pass
|
||||
# Fallback: only the final score is available pre-computed in the profile.
|
||||
return {
|
||||
"score": col.get("quality_score"),
|
||||
"completeness": None,
|
||||
"validity": None,
|
||||
"consistency": None,
|
||||
"issues": [],
|
||||
"observations": [],
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def _join_issues(issues) -> str:
|
||||
"""Join Spanish issue strings into one cell, truncating overly long lists.
|
||||
def _join_cells(items) -> str:
|
||||
"""Join Spanish strings into one cell, truncating overly long lists.
|
||||
|
||||
The renderer wraps cell text, but a column with many long issues could make a
|
||||
single row taller than a whole page; cap the length and append ``(+N más)``
|
||||
so the count of hidden issues is honest rather than silently lost.
|
||||
The renderer wraps cell text, but a column with many long entries could make
|
||||
a single row taller than a whole page; cap the length and append ``(+N más)``
|
||||
so the count of hidden entries is honest rather than silently lost.
|
||||
"""
|
||||
if not isinstance(issues, (list, tuple)) or not issues:
|
||||
if not isinstance(items, (list, tuple)) or not items:
|
||||
return ""
|
||||
parts = [model._safe_str(i).strip() for i in issues]
|
||||
parts = [model._safe_str(i).strip() for i in items]
|
||||
parts = [p for p in parts if p]
|
||||
if not parts:
|
||||
return ""
|
||||
@@ -142,6 +172,33 @@ def _columns_with_quality(profile: dict):
|
||||
yield c, _quality_of(c)
|
||||
|
||||
|
||||
def _fmt_unit_pct_or_pct(value) -> str:
|
||||
"""Format a value that may be a 0-1 fraction or an already-0-100 percentage."""
|
||||
try:
|
||||
num = float(value)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
return model._safe_str(value)
|
||||
if num != num: # NaN
|
||||
return "—"
|
||||
pct = num * 100 if num <= 1.0 else num
|
||||
text = f"{pct:.1f}".rstrip("0").rstrip(".")
|
||||
return f"{text}%"
|
||||
|
||||
|
||||
def _row_uniqueness(profile: dict):
|
||||
"""Return row uniqueness (1 - duplicate_pct) in [0,1], or None if unknown."""
|
||||
dup = profile.get("duplicate_pct")
|
||||
if dup is None:
|
||||
return None
|
||||
try:
|
||||
d = float(dup)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
return None
|
||||
if d > 1.0: # tolerate a 0-100 scale
|
||||
d = d / 100.0
|
||||
return max(0.0, min(1.0, 1.0 - d))
|
||||
|
||||
|
||||
def _summary_block(profile: dict, evaluated: list):
|
||||
"""Table-level KVTable: global score and quality aggregates."""
|
||||
rows = []
|
||||
@@ -153,14 +210,15 @@ def _summary_block(profile: dict, evaluated: list):
|
||||
if isinstance(q.get("completeness"), (int, float))]
|
||||
vals = [q.get("validity") for _, q in evaluated
|
||||
if isinstance(q.get("validity"), (int, float))]
|
||||
cons = [q.get("consistency") for _, q in evaluated
|
||||
if isinstance(q.get("consistency"), (int, float))]
|
||||
if comps:
|
||||
rows.append(("Completitud media", _fmt_unit_pct(sum(comps) / len(comps))))
|
||||
if vals:
|
||||
rows.append(("Validez media", _fmt_unit_pct(sum(vals) / len(vals))))
|
||||
if cons:
|
||||
rows.append(("Consistencia media", _fmt_unit_pct(sum(cons) / len(cons))))
|
||||
rows.append(("Validez media (donde aplica)",
|
||||
_fmt_unit_pct(sum(vals) / len(vals))))
|
||||
|
||||
ru = _row_uniqueness(profile)
|
||||
if ru is not None:
|
||||
rows.append(("Unicidad de registro", _fmt_unit_pct(ru)))
|
||||
|
||||
n_problem = sum(1 for _, q in evaluated if q.get("issues"))
|
||||
rows.append(("Columnas con problemas", str(n_problem)))
|
||||
@@ -182,22 +240,9 @@ def _summary_block(profile: dict, evaluated: list):
|
||||
return model.KVTable(rows=rows, title="Resumen de calidad")
|
||||
|
||||
|
||||
def _fmt_unit_pct_or_pct(value) -> str:
|
||||
"""Format a value that may be a 0-1 fraction or an already-0-100 percentage."""
|
||||
try:
|
||||
num = float(value)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
return model._safe_str(value)
|
||||
if num != num: # NaN
|
||||
return "—"
|
||||
pct = num * 100 if num <= 1.0 else num
|
||||
text = f"{pct:.1f}".rstrip("0").rstrip(".")
|
||||
return f"{text}%"
|
||||
|
||||
|
||||
def _scores_block(evaluated: list):
|
||||
"""DataTable with per-column score and its three-criteria breakdown."""
|
||||
header = ["Columna", "Calidad", "Completitud", "Validez", "Consistencia"]
|
||||
"""DataTable with per-column score and its completeness/validity breakdown."""
|
||||
header = ["Columna", "Calidad", "Completitud", "Validez"]
|
||||
rows = []
|
||||
# Worst columns first so the reader sees the problems at the top.
|
||||
ordered = sorted(
|
||||
@@ -210,22 +255,22 @@ def _scores_block(evaluated: list):
|
||||
col.get("name") or "(col)",
|
||||
_fmt_score(q.get("score")),
|
||||
_fmt_unit_pct(q.get("completeness")),
|
||||
_fmt_unit_pct(q.get("validity")),
|
||||
_fmt_unit_pct(q.get("consistency")),
|
||||
_fmt_validity(q.get("validity")),
|
||||
])
|
||||
if not rows:
|
||||
return None
|
||||
return model.DataTable(header=header, rows=rows,
|
||||
title="Scores de calidad por columna",
|
||||
note="0 = peor, 100 = mejor; ordenado de peor a mejor")
|
||||
note="0 = peor, 100 = mejor; «n/a» = dimensión no "
|
||||
"medible; ordenado de peor a mejor")
|
||||
|
||||
|
||||
def _issues_block(evaluated: list):
|
||||
"""DataTable listing Spanish issues per column, or a Note when there are none."""
|
||||
header = ["Columna", "Problemas detectados (español)"]
|
||||
"""DataTable listing ONLY real quality defects per column, or a Note."""
|
||||
header = ["Columna", "Problemas de calidad (español)"]
|
||||
rows = []
|
||||
for col, q in evaluated:
|
||||
joined = _join_issues(q.get("issues"))
|
||||
joined = _join_cells(q.get("issues"))
|
||||
if joined:
|
||||
rows.append([col.get("name") or "(col)", joined])
|
||||
if not rows:
|
||||
@@ -235,6 +280,55 @@ def _issues_block(evaluated: list):
|
||||
title="Problemas de calidad por columna")
|
||||
|
||||
|
||||
def _observations_block(evaluated: list):
|
||||
"""DataTable listing analytical observations per column, or None.
|
||||
|
||||
Observations (outliers, constant columns, ids, strong skew) are NOT quality
|
||||
defects: they do not affect the score. Returned as a separate table from the
|
||||
issues so the report never presents a legitimate outlier as a problem.
|
||||
"""
|
||||
header = ["Columna", "Observaciones analíticas"]
|
||||
rows = []
|
||||
for col, q in evaluated:
|
||||
joined = _join_cells(q.get("observations"))
|
||||
if joined:
|
||||
rows.append([col.get("name") or "(col)", joined])
|
||||
if not rows:
|
||||
return None
|
||||
return model.DataTable(
|
||||
header=header, rows=rows,
|
||||
title="Observaciones analíticas por columna",
|
||||
note="No son defectos de calidad y NO afectan al score; orientan el "
|
||||
"análisis (atípicos, columnas constantes, identificadores).")
|
||||
|
||||
|
||||
def _term(key: str, label: str, mark: bool) -> str:
|
||||
"""Render a term as a clickable glossary span when marking is enabled."""
|
||||
if mark:
|
||||
return f"[[term:{key}]]**{label}**[[/term]]"
|
||||
return f"**{label}**"
|
||||
|
||||
|
||||
def _criteria_intro(mark: bool) -> str:
|
||||
"""Intro: how the score is composed, with every term marked clickable.
|
||||
|
||||
Concise on purpose: the definitions of each term (calidad de datos,
|
||||
completitud, validez, unicidad de registro) now live in the GLOSARIO
|
||||
chapter, so the body no longer repeats them — it only states how the score
|
||||
is composed and keeps each term marked so it stays a clickable jump.
|
||||
"""
|
||||
calidad = _term("calidad_datos", "calidad de datos", mark)
|
||||
completitud = _term("completitud", "completitud", mark)
|
||||
validez = _term("validez", "validez", mark)
|
||||
unicidad = _term("unicidad_registro", "unicidad de registro", mark)
|
||||
return (
|
||||
f"La {calidad} de cada columna es un score de 0 a 100 que combina "
|
||||
f"{completitud} (peso 60%) y {validez} (peso 40%, cuando es medible); "
|
||||
f"a nivel de tabla se añade la {unicidad}. Los valores atípicos no "
|
||||
"bajan el score: se listan aparte como **observaciones analíticas**."
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
def build_calidad(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
"""Build the data-quality Chapter, or None if the profile has no columns.
|
||||
|
||||
@@ -250,17 +344,35 @@ def build_calidad(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
if not evaluated:
|
||||
return None # no columns to score -> chapter does not apply.
|
||||
|
||||
# Register the criteria terms in the shared glossary (if present) and mark
|
||||
# their first appearance clickable. Contract §11.1.
|
||||
glossary = ctx.get("glossary")
|
||||
mark = False
|
||||
if isinstance(glossary, model.GlossaryCollector):
|
||||
for key, (label, definition) in _TERMS.items():
|
||||
glossary.add(key, label, definition)
|
||||
mark = True
|
||||
|
||||
blocks = [
|
||||
model.Heading(text="Cómo se calcula la calidad", level=2),
|
||||
model.Markdown(text=_CRITERIA_INTRO),
|
||||
model.Markdown(text=_criteria_intro(mark)),
|
||||
_summary_block(profile, evaluated),
|
||||
model.Heading(text="Scores por columna", level=2),
|
||||
]
|
||||
scores = _scores_block(evaluated)
|
||||
if scores is not None:
|
||||
blocks.append(scores)
|
||||
blocks.append(model.Heading(text="Problemas detectados", level=2))
|
||||
|
||||
blocks.append(model.Heading(text="Problemas de calidad", level=2))
|
||||
blocks.append(_issues_block(evaluated))
|
||||
|
||||
observations = _observations_block(evaluated)
|
||||
if observations is not None:
|
||||
blocks.append(model.Heading(text="Observaciones analíticas", level=2))
|
||||
blocks.append(model.Note(
|
||||
"Las observaciones siguientes NO son defectos de calidad y no "
|
||||
"afectan al score: son señales para orientar el análisis."))
|
||||
blocks.append(observations)
|
||||
|
||||
return model.Chapter(id=CHAPTER_ID, title=CHAPTER_TITLE,
|
||||
version=CHAPTER_VERSION, blocks=blocks)
|
||||
|
||||
@@ -1,11 +1,12 @@
|
||||
"""Tests for the CALIDAD chapter — DoD: golden + edges + anti-cut.
|
||||
"""Tests for the CALIDAD chapter — DoD: golden + edges + anti-cut + glossary.
|
||||
|
||||
Self-contained: builds synthetic TableProfiles (no DuckDB) so the suite is fast
|
||||
and deterministic. Verifies that the chapter explains the quality criteria, shows
|
||||
per-column scores with the completeness/validity/consistency breakdown, lists the
|
||||
issues in Spanish (separate from the type flags), returns None when it does not
|
||||
apply, and that a wide profile with long names renders to PDF and PPTX without
|
||||
cutting any cell text (long content wraps, it is never truncated).
|
||||
and deterministic. Verifies the report-2046 quality model: the chapter explains
|
||||
the two scored dimensions (completitud 60% / validez 40%), shows per-column
|
||||
scores without a consistency column, keeps quality DEFECTS (issues) separate
|
||||
from analytical OBSERVATIONS (outliers, constant, ids), hooks the criteria terms
|
||||
into the glossary, returns None when it does not apply, and renders a wide
|
||||
profile to PDF and PPTX without cutting any cell text.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import os
|
||||
@@ -20,28 +21,30 @@ from datascience.automatic_eda.chapters.calidad import (
|
||||
CHAPTER_VERSION,
|
||||
)
|
||||
from datascience.automatic_eda import build_document, render_pdf, render_pptx
|
||||
from datascience.automatic_eda import model
|
||||
|
||||
|
||||
def _profile() -> dict:
|
||||
"""A small profile with one column per quality problem (nulls, outliers,
|
||||
constant, high-cardinality id) plus one clean column."""
|
||||
constant, high-cardinality id) plus one clean column. ``outlier_pct`` is in
|
||||
the 0-100 scale that describe_numeric actually emits."""
|
||||
return {
|
||||
"table": "demo",
|
||||
"quality_score": 72.5,
|
||||
"quality_score": 82.0,
|
||||
"duplicate_pct": 0.04,
|
||||
"null_cell_pct": 0.11,
|
||||
"constant_cols": ["flag_const"],
|
||||
"all_null_cols": [],
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "edad", "inferred_type": "integer", "null_pct": 0.2,
|
||||
"numeric": {"outlier_pct": 0.15, "min": 0, "max": 99},
|
||||
"quality_score": 60},
|
||||
{"name": "edad", "inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.2,
|
||||
"n_rows": 100, "unique_pct": 0.5,
|
||||
"numeric": {"outlier_pct": 15.0, "min": 0, "max": 99}},
|
||||
{"name": "nombre", "inferred_type": "text", "null_pct": 0.0,
|
||||
"unique_pct": 0.98, "quality_score": 80},
|
||||
"unique_pct": 0.98, "flags": ["possible_id"]},
|
||||
{"name": "flag_const", "inferred_type": "text", "null_pct": 0.0,
|
||||
"flags": ["constant"], "quality_score": 50},
|
||||
{"name": "limpia", "inferred_type": "float", "null_pct": 0.0,
|
||||
"numeric": {"outlier_pct": 0.0}, "quality_score": 100},
|
||||
"unique_pct": 0.01, "flags": ["constant"]},
|
||||
{"name": "limpia", "inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.0,
|
||||
"unique_pct": 0.5, "numeric": {"outlier_pct": 0.0}},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
|
||||
@@ -50,16 +53,9 @@ def _tables(chapter):
|
||||
return [b for b in chapter.blocks if getattr(b, "kind", None) == "data_table"]
|
||||
|
||||
|
||||
def _scores_table(chapter):
|
||||
def _table_by_title(chapter, needle):
|
||||
for t in _tables(chapter):
|
||||
if "Scores" in (t.title or ""):
|
||||
return t
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
def _issues_table(chapter):
|
||||
for t in _tables(chapter):
|
||||
if "Problemas" in (t.title or ""):
|
||||
if needle in (t.title or ""):
|
||||
return t
|
||||
return None
|
||||
|
||||
@@ -73,41 +69,86 @@ def test_golden_chapter_estructura_y_version():
|
||||
assert ch.id == "calidad"
|
||||
assert ch.version == CHAPTER_VERSION
|
||||
kinds = [b.kind for b in ch.blocks]
|
||||
# intro heading + markdown criteria + summary kv + scores table + issues table
|
||||
assert "markdown" in kinds and "kv_table" in kinds and "data_table" in kinds
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_intro_explica_criterios_y_pesos():
|
||||
def test_golden_intro_nombra_dos_dimensiones_y_pesos():
|
||||
# La intro nombra las dos dimensiones, sus pesos y la unicidad, pero ya NO
|
||||
# repite sus definiciones largas: estas viven ahora en el capítulo GLOSARIO.
|
||||
ch = build_calidad(_profile(), {})
|
||||
intro = [b for b in ch.blocks if b.kind == "markdown"][0].text
|
||||
for needle in ("Completitud", "Validez", "Consistencia",
|
||||
"50%", "30%", "20%"):
|
||||
for needle in ("completitud", "validez", "60%", "40%",
|
||||
"unicidad de registro"):
|
||||
assert needle in intro, f"falta {needle!r} en la intro de criterios"
|
||||
# El principio: los outliers NO bajan la calidad.
|
||||
assert "atípicos" in intro and "no bajan" in intro
|
||||
# Ya no se menciona la dimensión consistencia eliminada.
|
||||
assert "20%" not in intro
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_scores_incluyen_desglose_por_criterio():
|
||||
def test_golden_scores_sin_columna_consistencia():
|
||||
ch = build_calidad(_profile(), {})
|
||||
scores = _scores_table(ch)
|
||||
scores = _table_by_title(ch, "Scores")
|
||||
assert scores is not None
|
||||
assert scores.header == ["Columna", "Calidad", "Completitud",
|
||||
"Validez", "Consistencia"]
|
||||
# 4 columns scored, none dropped.
|
||||
assert scores.header == ["Columna", "Calidad", "Completitud", "Validez"]
|
||||
assert "Consistencia" not in scores.header
|
||||
assert len(scores.rows) == 4
|
||||
names = {r[0] for r in scores.rows}
|
||||
assert names == {"edad", "nombre", "flag_const", "limpia"}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_issues_en_espanol_separados_de_flags():
|
||||
def test_golden_outliers_en_observaciones_no_en_problemas():
|
||||
ch = build_calidad(_profile(), {})
|
||||
issues = _issues_table(ch)
|
||||
assert issues is not None
|
||||
flat = " | ".join(" ".join(r) for r in issues.rows)
|
||||
assert "nulos" in flat # completeness issue (ES)
|
||||
assert "outliers" in flat # validity issue (ES)
|
||||
assert "columna constante" in flat
|
||||
assert "posible id de alta cardinalidad" in flat
|
||||
# The raw type flag string must NOT leak as a "problem".
|
||||
assert "constant" not in flat or "columna constante" in flat
|
||||
problemas = _table_by_title(ch, "Problemas de calidad")
|
||||
observaciones = _table_by_title(ch, "Observaciones")
|
||||
assert problemas is not None
|
||||
assert observaciones is not None
|
||||
|
||||
problemas_txt = " | ".join(" ".join(r) for r in problemas.rows)
|
||||
observaciones_txt = " | ".join(" ".join(r) for r in observaciones.rows)
|
||||
|
||||
# Los nulos SÍ son problema de calidad.
|
||||
assert "nulos" in problemas_txt
|
||||
# Los outliers NO aparecen como problema...
|
||||
assert "atípic" not in problemas_txt and "outlier" not in problemas_txt
|
||||
# ...sino como observación analítica.
|
||||
assert "atípic" in observaciones_txt
|
||||
# Constante e id: observaciones, no problemas.
|
||||
assert "constante" in observaciones_txt
|
||||
assert "identificador" in observaciones_txt
|
||||
assert "constante" not in problemas_txt
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_score_columna_limpia_es_100():
|
||||
"""Columna sin nulos, numérica nativa: score 100 aunque tenga (o no) outliers."""
|
||||
ch = build_calidad(_profile(), {})
|
||||
scores = _table_by_title(ch, "Scores")
|
||||
by_name = {r[0]: r for r in scores.rows}
|
||||
assert by_name["limpia"][1] == "100 / 100"
|
||||
# edad: 20% nulos -> 100*(0.6*0.8 + 0.4*1.0) = 88; los outliers no bajan nada.
|
||||
assert by_name["edad"][1] == "88 / 100"
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Glosario (contrato §11.1)
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_glosario_registra_los_cuatro_terminos_y_marca_clicable():
|
||||
glossary = model.GlossaryCollector()
|
||||
ch = build_calidad(_profile(), {"glossary": glossary})
|
||||
for key in ("calidad_datos", "completitud", "validez", "unicidad_registro"):
|
||||
assert glossary.has(key), f"término {key!r} no registrado en el glosario"
|
||||
intro = [b for b in ch.blocks if b.kind == "markdown"][0].text
|
||||
# Con colector presente, la primera aparición se marca clicable.
|
||||
assert "[[term:completitud]]" in intro
|
||||
assert "[[term:validez]]" in intro
|
||||
assert "[[term:calidad_datos]]" in intro
|
||||
assert "[[term:unicidad_registro]]" in intro
|
||||
|
||||
|
||||
def test_sin_glosario_no_marca_terminos():
|
||||
ch = build_calidad(_profile(), {}) # ctx sin glossary
|
||||
intro = [b for b in ch.blocks if b.kind == "markdown"][0].text
|
||||
assert "[[term:" not in intro
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
@@ -124,17 +165,17 @@ def test_edge_perfil_limpio_sin_problemas_usa_nota():
|
||||
prof = {
|
||||
"quality_score": 100,
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "a", "inferred_type": "float", "null_pct": 0.0,
|
||||
"numeric": {"outlier_pct": 0.0}},
|
||||
{"name": "b", "inferred_type": "float", "null_pct": 0.0,
|
||||
"numeric": {"outlier_pct": 0.0}},
|
||||
{"name": "a", "inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.0,
|
||||
"unique_pct": 0.5, "numeric": {"outlier_pct": 0.0}},
|
||||
{"name": "b", "inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.0,
|
||||
"unique_pct": 0.5, "numeric": {"outlier_pct": 0.0}},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
ch = build_calidad(prof, {})
|
||||
assert ch is not None
|
||||
assert _issues_table(ch) is None # no issues table
|
||||
assert _table_by_title(ch, "Problemas de calidad") is None # no issues table
|
||||
notes = [b for b in ch.blocks if b.kind == "note"]
|
||||
assert notes and "No se detectaron problemas" in notes[0].text
|
||||
assert any("No se detectaron problemas" in n.text for n in notes)
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
@@ -143,44 +184,42 @@ def test_edge_perfil_limpio_sin_problemas_usa_nota():
|
||||
def _wide_profile(ncols: int = 22) -> dict:
|
||||
cols = [
|
||||
{"name": "identificador_unico_de_transaccion_con_nombre_muy_largo",
|
||||
"inferred_type": "text", "null_pct": 0.0, "unique_pct": 0.99},
|
||||
"inferred_type": "text", "null_pct": 0.0, "unique_pct": 0.99,
|
||||
"flags": ["possible_id"]},
|
||||
{"name": "columna_constante_sin_ninguna_variacion_de_valor",
|
||||
"inferred_type": "text", "null_pct": 0.0, "flags": ["constant"]},
|
||||
"inferred_type": "text", "null_pct": 0.0, "unique_pct": 0.01,
|
||||
"flags": ["constant"]},
|
||||
]
|
||||
for k in range(ncols - 2):
|
||||
cols.append({
|
||||
"name": f"metrica_numerica_de_negocio_{k:02d}_con_nombre_largo",
|
||||
"inferred_type": "float", "null_pct": 0.1 + (k % 3) * 0.05,
|
||||
"numeric": {"outlier_pct": 0.08, "min": 0, "max": 1000},
|
||||
"inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.1 + (k % 3) * 0.05,
|
||||
"unique_pct": 0.5,
|
||||
"numeric": {"outlier_pct": 8.0, "min": 0, "max": 1000},
|
||||
})
|
||||
return {"table": "ancha", "quality_score": 70.0, "columns": cols}
|
||||
return {"table": "ancha", "quality_score": 70.0, "duplicate_pct": 0.0,
|
||||
"columns": cols}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_anticut_pdf_y_pptx_no_truncan_nombres_largos():
|
||||
prof = _wide_profile(22)
|
||||
full = build_document(prof, {"dataset_name": "ancha"})
|
||||
assert any(c.id == "calidad" for c in full)
|
||||
# Render ONLY the calidad chapter so the anti-cut assertions are scoped to
|
||||
# this chapter (other chapters, e.g. portada, legitimately contain '…').
|
||||
chapters = [c for c in full if c.id == "calidad"]
|
||||
long_name = "metrica_numerica_de_negocio_00_con_nombre_largo"
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
pdf = os.path.join(d, "q.pdf")
|
||||
pptx = os.path.join(d, "q.pptx")
|
||||
rp = render_pdf(chapters, pdf, {"title": "EDA"})
|
||||
rx = render_pptx(chapters, pptx, {"title": "EDA"})
|
||||
render_pptx(chapters, pptx, {"title": "EDA"})
|
||||
assert os.path.exists(pdf) and os.path.exists(pptx)
|
||||
# The wide table forces pagination across several pages/slides.
|
||||
assert (rp or {}).get("n_pages", 0) >= 2
|
||||
|
||||
# PDF: the long name survives whole once wraps (spaces/newlines) removed,
|
||||
# and there is no truncation marker.
|
||||
pdf_txt = "".join((pg.extract_text() or "") for pg in PdfReader(pdf).pages)
|
||||
assert "…" not in pdf_txt and "..." not in pdf_txt
|
||||
norm = re.sub(r"\s+", "", pdf_txt)
|
||||
assert long_name in norm, "el nombre largo se cortó en el PDF"
|
||||
|
||||
# PPTX: long name present in some cell, untruncated.
|
||||
allt = []
|
||||
for s in Presentation(pptx).slides:
|
||||
for sh in s.shapes:
|
||||
|
||||
@@ -1,19 +1,25 @@
|
||||
"""Categorical distributions chapter (CAT DISTR).
|
||||
|
||||
Third reference chapter for AutomaticEDA. For every categorical column it shows,
|
||||
fulfilling the user's request:
|
||||
Third reference chapter for AutomaticEDA. Each categorical column gets **its own
|
||||
page (PDF) / slide (PPTX)**: every column is wrapped in a keep-together
|
||||
``model.Group`` with ``page_break_before=True`` (except the first, which may share
|
||||
the intro's page), so its chart sits next to its tables and no column is split.
|
||||
|
||||
1. A short opening explanation of **Shannon entropy** (what it measures, its 0
|
||||
and log2(k) bounds, the normalized 0–1 version) and the dataset row total used
|
||||
as a comparison baseline.
|
||||
2. Per column, a cardinality key/value table: distinct values, ``% distinct``
|
||||
(distinct / total rows), total dataset rows, singleton values (frequency 1),
|
||||
entropy with its theoretical maximum and the normalized ratio, mode, imbalance
|
||||
and string-length stats.
|
||||
3. A short note flagging problematic cardinality (id-like ≈100% distinct, or a
|
||||
A short intro names the clickable **[[term:entropia]]entropía[[/term]]** term —
|
||||
the full definition lives in the GLOSARIO chapter, so it is NOT repeated inline
|
||||
here (one click jumps to the glossary entry). The intro also carries the dataset
|
||||
row total used as a comparison baseline.
|
||||
|
||||
Per column the Group contains, in order:
|
||||
|
||||
1. A cardinality key/value table: distinct values, ``% distinct`` (distinct /
|
||||
total rows), total dataset rows, singleton values (frequency 1), entropy with
|
||||
its theoretical maximum and the normalized ratio, mode, imbalance and
|
||||
string-length stats.
|
||||
2. A short note flagging problematic cardinality (id-like ≈100% distinct, or a
|
||||
single dominating category).
|
||||
4. A ``top-k`` table (value / count / %).
|
||||
5. A **donut pie chart** of the most common categories (top-k + an "Otros"
|
||||
3. A ``top-k`` table (value / count / %).
|
||||
4. A **donut pie chart** of the most common categories (top-k + an "Otros"
|
||||
bucket), drawn lazily so the renderers scale it to fit entirely.
|
||||
|
||||
Data comes from the ``eda`` group: each ``columns[i]['categorical']`` is the
|
||||
@@ -33,7 +39,7 @@ import math
|
||||
|
||||
from .. import model
|
||||
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.1.0"
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.2.0"
|
||||
CHAPTER_ID = "cat_distr"
|
||||
CHAPTER_TITLE = "Distribuciones categóricas"
|
||||
|
||||
@@ -53,11 +59,17 @@ _TERM_ENTROPIA_DEF = (
|
||||
# Cap the number of categorical columns rendered to keep the document bounded;
|
||||
# the rest are summarized in a closing note (no silent truncation).
|
||||
MAX_COLS = 40
|
||||
# Rows shown in each top-k table and explicit slices in the pie.
|
||||
TOP_TABLE_ROWS = 15
|
||||
# Rows shown in each top-k table and explicit slices in the pie. Kept moderate so
|
||||
# the whole column — cardinality table + top-k table + donut — fits on ONE
|
||||
# page/slide with the chart next to its tables; the table note still reports
|
||||
# "top N of M" so nothing is silently hidden. For id-like columns (≈100%
|
||||
# distinct) the top-k table is dropped entirely (it would be a list of unique
|
||||
# values — pure noise), which also frees the room the donut needs (see build).
|
||||
TOP_TABLE_ROWS = 8
|
||||
PIE_TOP_K = 6
|
||||
# Truncate very long category labels in tables (the renderer also wraps).
|
||||
LABEL_MAX = 48
|
||||
# Truncate very long category labels in tables (the renderer also wraps). Kept
|
||||
# tight so a column with long id-like values (names, tickets) still fits its page.
|
||||
LABEL_MAX = 28
|
||||
|
||||
|
||||
def _fmt_int(value) -> str:
|
||||
@@ -267,45 +279,55 @@ def _normalize_card(card: dict) -> dict:
|
||||
|
||||
|
||||
def _cardinality_block(card: dict):
|
||||
"""KVTable with the cardinality / entropy metrics for one column."""
|
||||
"""KVTable with the cardinality / entropy metrics for one column.
|
||||
|
||||
Related metrics are grouped onto a single row each (distinct/%/unique;
|
||||
entropy bits/max/normalized; length min/mean/max) so the whole column —
|
||||
table + chart — fits one page/slide without dropping any datum; the short
|
||||
16:9 PPTX slide does not fit one metric per row plus a chart otherwise."""
|
||||
n_singletons = card.get("n_singletons")
|
||||
if n_singletons is not None and card.get("n_singletons_partial"):
|
||||
singletons = f"≥{_fmt_int(n_singletons)} (en top mostrado)"
|
||||
singletons = f"≥{_fmt_int(n_singletons)}"
|
||||
elif n_singletons is not None:
|
||||
singletons = _fmt_int(n_singletons)
|
||||
else:
|
||||
singletons = "—"
|
||||
|
||||
entropy_ref = _fmt_num(card.get("entropy"))
|
||||
emax = card.get("entropy_max")
|
||||
if emax is not None:
|
||||
entropy_ref = f"{entropy_ref} (máx {_fmt_num(emax)})"
|
||||
# Distinct count · % distinct · unique (frequency 1) on one row.
|
||||
distinct_combo = (f"{_fmt_int(card.get('n_distinct'))} · "
|
||||
f"{_fmt_pct_value(card.get('pct_distinct'))} · "
|
||||
f"{singletons} únicos")
|
||||
|
||||
# Entropy bits · theoretical max · normalized 0–1 on one row.
|
||||
entropy_combo = (f"{_fmt_num(card.get('entropy'))} bits · "
|
||||
f"máx {_fmt_num(card.get('entropy_max'))} · "
|
||||
f"norm {_fmt_num(card.get('entropy_norm'))}")
|
||||
|
||||
mode = card.get("mode")
|
||||
mode_pct = card.get("mode_pct")
|
||||
mode_str = "—" if mode is None else model._safe_str(mode)
|
||||
mode_str = "—" if mode is None else _truncate(mode, 32)
|
||||
if mode is not None and mode_pct is not None:
|
||||
mode_str = f"{mode_str} ({_fmt_pct_value(mode_pct)})"
|
||||
|
||||
rows = [
|
||||
("Valores distintos", _fmt_int(card.get("n_distinct"))),
|
||||
("% distintos", _fmt_pct_value(card.get("pct_distinct"))),
|
||||
("Distintos · % · únicos", distinct_combo),
|
||||
("Total filas (dataset)", _fmt_int(card.get("n_rows"))),
|
||||
("Valores únicos (frecuencia 1)", singletons),
|
||||
("Entropía (bits)", entropy_ref),
|
||||
("Entropía normalizada (0–1)", _fmt_num(card.get("entropy_norm"))),
|
||||
("Entropía (bits · máx · norm)", entropy_combo),
|
||||
("Moda", mode_str),
|
||||
]
|
||||
imbalance = card.get("imbalance")
|
||||
if imbalance is not None:
|
||||
rows.append(("Desbalance", _fmt_num(imbalance)))
|
||||
lm = card.get("len_min")
|
||||
lmean = card.get("len_mean")
|
||||
lmax = card.get("len_max")
|
||||
# Imbalance and string length (both secondary) share one closing row.
|
||||
extras = []
|
||||
if imbalance is not None:
|
||||
extras.append(f"desbalance {_fmt_num(imbalance)}")
|
||||
if any(v is not None for v in (lm, lmean, lmax)):
|
||||
rows.append((
|
||||
"Longitud (mín/media/máx)",
|
||||
f"{_fmt_num(lm)} / {_fmt_num(lmean)} / {_fmt_num(lmax)}"))
|
||||
extras.append(
|
||||
f"long. {_fmt_num(lm)}/{_fmt_num(lmean)}/{_fmt_num(lmax)}")
|
||||
if extras:
|
||||
rows.append(("Desbalance · longitud", " · ".join(extras)))
|
||||
return model.KVTable(rows=rows, title="Cardinalidad")
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -315,7 +337,8 @@ def _flag_note(card: dict):
|
||||
return model.Note(
|
||||
"Casi todos los valores son distintos (≈100% distintos): la columna "
|
||||
"se comporta como un identificador y aporta poco para agrupar o "
|
||||
"comparar categorías.")
|
||||
"comparar categorías. No se lista el top de categorías (serían "
|
||||
"valores casi todos únicos).")
|
||||
if card.get("dominated"):
|
||||
mp = card.get("mode_pct")
|
||||
mp_str = _fmt_pct_value(mp) if mp is not None else "muy alta"
|
||||
@@ -335,7 +358,7 @@ def _topk_table(cat: dict):
|
||||
if not isinstance(t, dict):
|
||||
continue
|
||||
rows.append([
|
||||
model._safe_str(t.get("value")),
|
||||
_truncate(t.get("value")),
|
||||
_fmt_int(t.get("count")),
|
||||
_pct_from_maybe_fraction(t.get("pct")),
|
||||
])
|
||||
@@ -353,20 +376,16 @@ def _topk_table(cat: dict):
|
||||
def _intro_blocks(n_rows, mark_term: bool = False):
|
||||
total = _fmt_int(n_rows)
|
||||
# Mark the first appearance of the term as a clickable glossary jump when the
|
||||
# term was registered (mark_term). The visible text is identical either way.
|
||||
entropia = ("[[term:entropia]]**entropía de Shannon**[[/term]]" if mark_term
|
||||
else "**entropía de Shannon**")
|
||||
# term was registered (mark_term). The full definition of entropy lives in the
|
||||
# GLOSARIO chapter, so the intro only names the clickable term here instead of
|
||||
# repeating the long explanation (avoids the redundancy with the glossary).
|
||||
entropia = ("[[term:entropia]]entropía[[/term]]" if mark_term
|
||||
else "entropía")
|
||||
text = (
|
||||
f"La {entropia} mide cómo de repartidos están los valores de "
|
||||
"una columna categórica, en bits. Vale 0 cuando una sola categoría "
|
||||
"concentra todas las filas (máxima previsibilidad) y alcanza su máximo, "
|
||||
"log2(k) para k categorías distintas, cuando todas aparecen por igual "
|
||||
"(máxima diversidad). La **entropía normalizada** (entropía dividida por "
|
||||
"su máximo) la lleva al rango 0–1 para comparar columnas con distinto "
|
||||
"número de categorías. Para cada columna se muestran los valores "
|
||||
"distintos, el porcentaje que representan sobre el total de filas, los "
|
||||
"valores únicos (que aparecen una sola vez), la tabla de las categorías "
|
||||
"más frecuentes y un gráfico de tarta (donut) de las más comunes."
|
||||
f"Cada columna categórica ocupa su propia página: sus métricas de "
|
||||
f"cardinalidad —incluida la {entropia}—, una nota que señala cardinalidad "
|
||||
"problemática, la tabla de las categorías más frecuentes y un gráfico de "
|
||||
"tarta (donut) de las más comunes, todo junto."
|
||||
)
|
||||
if n_rows is not None:
|
||||
text += f" El dataset tiene {total} filas en total como referencia."
|
||||
@@ -398,24 +417,37 @@ def build_cat_distr(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
blocks = list(_intro_blocks(n_rows, mark_term=mark_term))
|
||||
|
||||
rendered = cat_cols[:MAX_COLS]
|
||||
for col in rendered:
|
||||
for idx, col in enumerate(rendered):
|
||||
name = col.get("name") or "(columna)"
|
||||
cat = col.get("categorical") or {}
|
||||
card = _normalize_card(_cardinality(cat, n_rows))
|
||||
|
||||
blocks.append(model.Heading(text=str(name), level=2))
|
||||
blocks.append(_cardinality_block(card))
|
||||
# One Group per categorical column: heading + cardinality table + flag
|
||||
# note + top-k table + donut figure are kept together and the renderer
|
||||
# starts each on a fresh page/slide (page_break_before) so every column
|
||||
# gets its own page with its chart next to its tables. The first column
|
||||
# may share the intro's page (no forced break) to avoid a near-empty page.
|
||||
col_blocks = [
|
||||
model.Heading(text=str(name), level=2),
|
||||
_cardinality_block(card),
|
||||
]
|
||||
note = _flag_note(card)
|
||||
if note is not None:
|
||||
blocks.append(note)
|
||||
topk = _topk_table(cat)
|
||||
if topk is not None:
|
||||
blocks.append(topk)
|
||||
blocks.append(model.Figure(
|
||||
col_blocks.append(note)
|
||||
# For id-like columns (≈100% distinct) the top-k is a list of unique
|
||||
# values — pure noise; skip it (the flag note already explains why) and
|
||||
# let the donut take that room so the whole column fits one page/slide.
|
||||
if not card.get("id_like"):
|
||||
topk = _topk_table(cat)
|
||||
if topk is not None:
|
||||
col_blocks.append(topk)
|
||||
col_blocks.append(model.Figure(
|
||||
make=_pie_make(cat.get("top") or [], card.get("n_distinct"),
|
||||
str(name), n_rows),
|
||||
caption=(f"Categorías más comunes de «{_truncate(name, 32)}» "
|
||||
"(donut: top-k + «Otros»)")))
|
||||
blocks.append(model.Group(blocks=col_blocks,
|
||||
page_break_before=(idx > 0)))
|
||||
|
||||
if len(cat_cols) > len(rendered):
|
||||
omitted = len(cat_cols) - len(rendered)
|
||||
|
||||
@@ -2,11 +2,14 @@
|
||||
|
||||
Self-contained: builds synthetic TableProfiles (no DuckDB) so the suite is fast
|
||||
and deterministic. Verifies that ``build_cat_distr`` emits the blocks the user
|
||||
asked for (entropy intro, distinct/total/%-distinct/unique metrics, top-k table
|
||||
and a donut figure), that the chapter renders inside the full document to both
|
||||
PDF and PPTX showing that content, that a profile with no categorical columns
|
||||
yields ``None`` without raising, and that long labels / many columns are never
|
||||
cut in either output.
|
||||
asked for (distinct/total/%-distinct/unique metrics, top-k table and a donut
|
||||
figure), that EACH categorical column is wrapped in its own keep-together
|
||||
``Group`` that starts on a fresh page/slide (one column per page, chart next to
|
||||
its tables), that the long entropy explanation is NOT repeated inline (it lives
|
||||
in the glossary — only the clickable term is kept), that the chapter renders
|
||||
inside the full document to both PDF and PPTX showing that content, that a
|
||||
profile with no categorical columns yields ``None`` without raising, and that
|
||||
long labels / many columns are never cut in either output.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import os
|
||||
@@ -17,7 +20,8 @@ from pypdf import PdfReader
|
||||
from pptx import Presentation
|
||||
|
||||
from datascience.automatic_eda.model import (
|
||||
DataTable, Figure, Heading, KVTable, Note,
|
||||
DataTable, Figure, GlossaryCollector, Group, Heading, KVTable, Markdown,
|
||||
Note,
|
||||
)
|
||||
from datascience.automatic_eda.chapters.cat_distr import (
|
||||
CHAPTER_ID, CHAPTER_VERSION, build_cat_distr,
|
||||
@@ -81,8 +85,20 @@ def _pptx_text(path: str) -> str:
|
||||
return re.sub(r"\s+", " ", " ".join(parts))
|
||||
|
||||
|
||||
def _kinds(chapter):
|
||||
return [b.kind for b in chapter.blocks]
|
||||
def _flatten(blocks):
|
||||
"""Expand keep-together Groups so the per-column heading/table/figure are
|
||||
inspectable as a flat block list (the chapter wraps each column in a Group)."""
|
||||
out = []
|
||||
for b in blocks:
|
||||
if getattr(b, "kind", "") == "group":
|
||||
out.extend(_flatten(getattr(b, "blocks", []) or []))
|
||||
else:
|
||||
out.append(b)
|
||||
return out
|
||||
|
||||
|
||||
def _column_groups(chapter):
|
||||
return [b for b in chapter.blocks if isinstance(b, Group)]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_build_cat_distr_emite_bloques_pedidos():
|
||||
@@ -90,36 +106,101 @@ def test_golden_build_cat_distr_emite_bloques_pedidos():
|
||||
assert ch is not None
|
||||
assert ch.id == CHAPTER_ID
|
||||
assert ch.version == CHAPTER_VERSION
|
||||
kinds = _kinds(ch)
|
||||
# Entropy intro present.
|
||||
|
||||
# Entropy intro present, but the long explanation is gone (it lives in the
|
||||
# glossary now): only the term is named, no log2/normalizada walkthrough.
|
||||
headings = [b.text for b in ch.blocks if isinstance(b, Heading)]
|
||||
assert any("Entrop" in h for h in headings)
|
||||
md = next(b for b in ch.blocks if b.kind == "markdown")
|
||||
assert "entropía" in md.text.lower() and "log2" in md.text
|
||||
# Cardinality metrics: distinct, total rows, %-distinct, unique values.
|
||||
kv = next(b for b in ch.blocks if isinstance(b, KVTable))
|
||||
md = next(b for b in ch.blocks if isinstance(b, Markdown))
|
||||
assert "entropía" in md.text.lower()
|
||||
assert "log2" not in md.text # redundant explanation removed.
|
||||
assert "máxima diversidad" not in md.text
|
||||
|
||||
# Per-column blocks are wrapped in keep-together Groups: flatten to inspect.
|
||||
flat = _flatten(ch.blocks)
|
||||
kv = next(b for b in flat if isinstance(b, KVTable))
|
||||
labels = [r[0] for r in kv.rows]
|
||||
assert "Valores distintos" in labels
|
||||
assert "% distintos" in labels
|
||||
values = " ".join(str(r[1]) for r in kv.rows)
|
||||
# Cardinality metrics: distinct count, %-distinct, unique values and total
|
||||
# rows are present (grouped onto compact rows so the chart fits the page).
|
||||
assert "Distintos · % · únicos" in labels
|
||||
assert "Total filas (dataset)" in labels
|
||||
assert "Valores únicos (frecuencia 1)" in labels
|
||||
assert any("Entropía" in lbl for lbl in labels)
|
||||
assert "únicos" in values and "%" in values
|
||||
assert "bits" in values and "norm" in values # entropy + max + normalized.
|
||||
# Top-k table + pie figure.
|
||||
dt = next(b for b in ch.blocks if isinstance(b, DataTable))
|
||||
dt = next(b for b in flat if isinstance(b, DataTable))
|
||||
assert dt.header == ["Valor", "Conteo", "%"]
|
||||
assert any("neumaticos" in str(cell) for row in dt.rows for cell in row)
|
||||
assert any(isinstance(b, Figure) for b in ch.blocks)
|
||||
# id-like column flagged with a Note.
|
||||
assert any(isinstance(b, Note) and "identificador" in b.text
|
||||
for b in ch.blocks)
|
||||
assert any(isinstance(b, Figure) for b in flat)
|
||||
# id-like column flagged with a Note that also explains the top-k is dropped.
|
||||
idnote = next((b for b in flat
|
||||
if isinstance(b, Note) and "identificador" in b.text), None)
|
||||
assert idnote is not None
|
||||
assert "No se lista el top" in idnote.text
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_render_pdf_muestra_categoricas():
|
||||
def test_golden_idlike_omite_topk_y_conserva_donut():
|
||||
# The id-like column (uuid, 100% distinct) must NOT carry a top-k DataTable
|
||||
# (it would be a list of unique values), but must still keep its donut Figure
|
||||
# and its cardinality table so it stays a full per-column page.
|
||||
ch = build_cat_distr(_profile(), {})
|
||||
groups = _column_groups(ch)
|
||||
uuid_group = next(g for g in groups
|
||||
if any(getattr(b, "text", "") == "uuid" for b in g.blocks))
|
||||
kinds = [b.kind for b in uuid_group.blocks]
|
||||
assert "data_table" not in kinds # top-k of unique values dropped.
|
||||
assert "kv_table" in kinds # cardinality kept.
|
||||
assert "figure" in kinds # donut kept (chart per column).
|
||||
# A non-id-like column keeps its top-k table.
|
||||
cat_group = next(g for g in groups
|
||||
if any(getattr(b, "text", "") == "categoria"
|
||||
for b in g.blocks))
|
||||
assert "data_table" in [b.kind for b in cat_group.blocks]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_una_pagina_por_columna_groups():
|
||||
ch = build_cat_distr(_profile(), {})
|
||||
groups = _column_groups(ch)
|
||||
# Two categorical columns -> two column Groups (numeric column excluded).
|
||||
assert len(groups) == 2
|
||||
# Each Group carries one column: a heading + its cardinality table + figure.
|
||||
for g in groups:
|
||||
kinds = [b.kind for b in g.blocks]
|
||||
assert kinds[0] == "heading"
|
||||
assert "kv_table" in kinds
|
||||
assert "figure" in kinds
|
||||
# The first column may share the intro page (no forced break); every later
|
||||
# column starts on a fresh page/slide so each column gets its own page.
|
||||
assert groups[0].page_break_before is False
|
||||
assert all(g.page_break_before is True for g in groups[1:])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_entropia_clicable_y_definicion_en_glosario():
|
||||
# With a glossary collector the intro marks the clickable term and the FULL
|
||||
# definition (the long explanation removed from the intro) lands in the
|
||||
# glossary, not inline — no data lost, just relocated.
|
||||
gc = GlossaryCollector()
|
||||
ch = build_cat_distr(_profile(), {"glossary": gc})
|
||||
md = next(b for b in ch.blocks if isinstance(b, Markdown))
|
||||
assert "[[term:entropia]]entropía[[/term]]" in md.text
|
||||
assert gc.has("entropia")
|
||||
entry = gc.get("entropia")
|
||||
assert entry is not None
|
||||
# The definition kept in the glossary still carries the detail removed inline.
|
||||
assert "log2" in entry["definition"]
|
||||
assert "normalizada" in entry["definition"].lower()
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_render_pdf_una_pagina_por_columna():
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out = os.path.join(d, "eda.pdf")
|
||||
res = render_automatic_eda_pdf(_profile(), out, {"title": "EDA"})
|
||||
assert res["path"] == out and os.path.exists(out)
|
||||
assert CHAPTER_ID in [c["id"] for c in res["chapters"]]
|
||||
cat_meta = next(c for c in res["chapters"] if c["id"] == CHAPTER_ID)
|
||||
# Two categorical columns, each on its own page -> >= 2 pages for the
|
||||
# chapter (intro shares the first column's page).
|
||||
assert cat_meta["n_pages"] >= 2
|
||||
txt = _pdf_text(out)
|
||||
assert "Entrop" in txt
|
||||
assert "distintos" in txt
|
||||
@@ -133,13 +214,91 @@ def test_golden_render_pptx_muestra_categoricas():
|
||||
out = os.path.join(d, "eda.pptx")
|
||||
res = render_automatic_eda_pptx(_profile(), out, {"title": "EDA"})
|
||||
assert res["path"] == out and os.path.exists(out)
|
||||
assert CHAPTER_ID in [c["id"] for c in res["chapters"]]
|
||||
cat_meta = next(c for c in res["chapters"] if c["id"] == CHAPTER_ID)
|
||||
assert cat_meta["n_slides"] >= 2 # one slide per categorical column.
|
||||
txt = _pptx_text(out)
|
||||
assert "Entrop" in txt
|
||||
assert "categoria" in txt and "neumaticos" in txt
|
||||
assert "distintos" in txt
|
||||
|
||||
|
||||
def _profile_high_card() -> dict:
|
||||
"""Profile with a high-cardinality NON-id-like categorical column whose top-k
|
||||
of long values would split from its donut on a short 16:9 slide unless the
|
||||
renderer trims the table — the exact case the adversarial check flagged
|
||||
(Ticket / Cabin)."""
|
||||
long_vals = [f"Valor largo de categoria numero {i:02d} con texto extra"
|
||||
for i in range(40)]
|
||||
top = [{"value": v, "count": 60 - i, "pct": (60 - i) / 5000.0}
|
||||
for i, v in enumerate(long_vals)]
|
||||
return {
|
||||
"table": "t", "source": "t.csv", "n_rows": 5000, "n_cols": 3,
|
||||
"quality_score": 80.0,
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "precio", "inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.0,
|
||||
"numeric": {"mean": 1.0, "median": 1.0, "min": 0.0, "max": 2.0,
|
||||
"std": 0.5}},
|
||||
# 40 distinct over 5000 rows = 0.8% distinct -> NOT id-like, keeps
|
||||
# its (long) top-k table; the tall table must not push the donut off.
|
||||
{"name": "alta_card_col", "inferred_type": "categorical",
|
||||
"null_pct": 0.0, "distinct_count": 40,
|
||||
"categorical": {"top": top, "mode": long_vals[0], "n_distinct": 40,
|
||||
"entropy": 5.2, "imbalance": 1.2, "len_min": 40,
|
||||
"len_mean": 45, "len_max": 50}},
|
||||
{"name": "baja_card_col", "inferred_type": "categorical",
|
||||
"null_pct": 0.0, "distinct_count": 4,
|
||||
"categorical": {
|
||||
"top": [{"value": "norte", "count": 2000, "pct": 0.4},
|
||||
{"value": "sur", "count": 1500, "pct": 0.3},
|
||||
{"value": "este", "count": 1000, "pct": 0.2},
|
||||
{"value": "oeste", "count": 500, "pct": 0.1}],
|
||||
"mode": "norte", "n_distinct": 4, "entropy": 1.8}},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_pptx_una_slide_por_columna_con_su_grafico():
|
||||
"""Each categorical column occupies EXACTLY ONE cat_distr slide that carries
|
||||
BOTH its cardinality table and its donut figure (picture) — i.e. the chart is
|
||||
never separated from its table, even for a high-cardinality column."""
|
||||
from pptx.enum.shapes import MSO_SHAPE_TYPE
|
||||
|
||||
prof = _profile_high_card()
|
||||
cat_names = ["alta_card_col", "baja_card_col"]
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out = os.path.join(d, "eda.pptx")
|
||||
res = render_automatic_eda_pptx(prof, out, {"title": "EDA"})
|
||||
assert res["path"] == out and os.path.exists(out)
|
||||
prs = Presentation(out)
|
||||
|
||||
# Per column: the cat_distr slides whose text mentions it, and whether the
|
||||
# owning slide also has the donut caption + an actual picture shape.
|
||||
slides_with_col = {n: [] for n in cat_names}
|
||||
owner_has_chart = {n: False for n in cat_names}
|
||||
for i, sl in enumerate(prs.slides):
|
||||
texts, has_pic = [], False
|
||||
for sh in sl.shapes:
|
||||
if sh.has_text_frame:
|
||||
texts.append(sh.text_frame.text)
|
||||
if sh.shape_type == MSO_SHAPE_TYPE.PICTURE:
|
||||
has_pic = True
|
||||
txt = re.sub(r"\s+", " ", " ".join(texts))
|
||||
if "Distribuciones categ" not in txt: # footer stamp of the chapter.
|
||||
continue
|
||||
for n in cat_names:
|
||||
if n in txt:
|
||||
slides_with_col[n].append(i)
|
||||
has_table = "Cardinalidad" in txt or "distintos" in txt
|
||||
if has_pic and "donut" in txt and has_table:
|
||||
owner_has_chart[n] = True
|
||||
|
||||
for n in cat_names:
|
||||
# Exactly one slide carries the column (not split across slides).
|
||||
assert len(slides_with_col[n]) == 1, (n, slides_with_col[n])
|
||||
# That single slide also holds its table AND its donut picture.
|
||||
assert owner_has_chart[n], (n, "tabla y donut no están en el mismo slide")
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_sin_categoricas_devuelve_none():
|
||||
only_numeric = {
|
||||
"n_rows": 10, "columns": [
|
||||
@@ -170,11 +329,15 @@ def test_anti_corte_label_largo_y_muchas_columnas():
|
||||
|
||||
ch = build_cat_distr(profile, {})
|
||||
assert ch is not None
|
||||
# One Group per column, each forcing its own page (except the first).
|
||||
groups = _column_groups(ch)
|
||||
assert len(groups) == 30
|
||||
assert sum(1 for g in groups if g.page_break_before) == 29
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
pdf = os.path.join(d, "anti.pdf")
|
||||
res = render_automatic_eda_pdf(profile, pdf, {"write_manifest": False})
|
||||
assert res["path"] == pdf
|
||||
assert res["n_pages"] > 1 # many columns spilled across pages, OK.
|
||||
assert res["n_pages"] > 1 # one page per column, OK.
|
||||
txt = _pdf_text(pdf)
|
||||
# Long label wrapped (not truncated): every word survives.
|
||||
for word in ("Lorem", "incididunt", "reprehenderit", "voluptate"):
|
||||
|
||||
@@ -47,6 +47,53 @@ _MAX_MATRIX_LABELS = 16
|
||||
# How many pairs to show in each of the top-positive / top-negative tables.
|
||||
_TOP_N = 10
|
||||
|
||||
# Glossary terms this chapter explains. Each is registered in the shared
|
||||
# collector (ctx['glossary']) and marked clickable on its first appearance in the
|
||||
# body — the canonical two-step pattern (see ``cat_distr`` for the reference
|
||||
# implementation): ``glossary.add(key, label, definition)`` + the inline span
|
||||
# ``[[term:KEY]]texto visible[[/term]]`` in a Markdown block. Mapping key ->
|
||||
# (label, definition). ``fdr`` is only registered when the FDR summary is present.
|
||||
_TERM_DEFS = {
|
||||
"pearson": (
|
||||
"Pearson (coeficiente r)",
|
||||
"Coeficiente de correlación lineal de Pearson (r) entre dos variables "
|
||||
"numéricas. Va de −1 (relación lineal inversa perfecta) a +1 (directa "
|
||||
"perfecta); 0 indica ausencia de relación lineal. Sólo capta relaciones "
|
||||
"lineales, por eso lleva signo."),
|
||||
"spearman": (
|
||||
"Spearman (correlación de rangos)",
|
||||
"Correlación de rangos de Spearman: el coeficiente de Pearson calculado "
|
||||
"sobre los puestos (rangos) de los valores en vez de sus magnitudes. Mide "
|
||||
"relaciones monótonas (no necesariamente lineales), va de −1 a +1 y es "
|
||||
"robusta frente a valores atípicos."),
|
||||
"cramers_v": (
|
||||
"Cramér's V",
|
||||
"Medida de asociación entre dos variables categóricas, derivada del "
|
||||
"estadístico chi-cuadrado y normalizada al rango 0–1 (0 = independientes, "
|
||||
"1 = asociación total). No tiene signo: sólo mide la intensidad."),
|
||||
"correlation_ratio": (
|
||||
"Razón de correlación (η)",
|
||||
"Razón de correlación (eta) entre una variable numérica y una "
|
||||
"categórica: la fracción de la varianza de la numérica explicada por los "
|
||||
"grupos de la categórica. Va de 0 (los grupos no explican nada) a 1 (la "
|
||||
"explican toda); no tiene signo."),
|
||||
"fdr": (
|
||||
"Comparaciones múltiples (FDR)",
|
||||
"Al evaluar muchos pares a la vez, algunos parecen significativos por "
|
||||
"puro azar. La corrección por tasa de falsos descubrimientos (FDR, "
|
||||
"Benjamini-Hochberg) ajusta los p-valores para controlar la proporción "
|
||||
"esperada de falsos positivos entre los pares declarados significativos."),
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def _term(mark: bool, key: str, text: str) -> str:
|
||||
"""Wrap ``text`` as a clickable glossary span when ``mark`` is True.
|
||||
|
||||
The visible text is identical with or without the marker (the renderers strip
|
||||
the marker), so wrapping never changes line layout — it only adds the link.
|
||||
"""
|
||||
return f"[[term:{key}]]{text}[[/term]]" if mark else text
|
||||
|
||||
|
||||
def _is_num(v) -> bool:
|
||||
"""True for a real, finite int/float (not bool, not NaN/inf)."""
|
||||
@@ -245,7 +292,7 @@ def _methods_block(corr: dict):
|
||||
return model.KVTable(rows=rows, title="Métodos de asociación")
|
||||
|
||||
|
||||
def _fdr_text(corr: dict) -> str | None:
|
||||
def _fdr_text(corr: dict, mark_term: bool = False) -> str | None:
|
||||
"""One-line summary of the multiple-testing (FDR) correction, or None."""
|
||||
mt = corr.get("multiple_testing")
|
||||
if not isinstance(mt, dict) or not mt:
|
||||
@@ -254,7 +301,8 @@ def _fdr_text(corr: dict) -> str | None:
|
||||
alpha = mt.get("alpha")
|
||||
n_tests = mt.get("n_tests")
|
||||
n_rej = mt.get("n_rejected")
|
||||
parts = [f"Corrección por comparaciones múltiples ({method}"]
|
||||
multi = _term(mark_term, "fdr", "comparaciones múltiples")
|
||||
parts = [f"Corrección por {multi} ({method}"]
|
||||
if _is_num(alpha):
|
||||
parts[0] += f", α={float(alpha):g}"
|
||||
parts[0] += ")."
|
||||
@@ -289,13 +337,30 @@ def build_correlacion(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
|
||||
blocks: list = []
|
||||
|
||||
# Intro: what this chapter shows and how to read the sign.
|
||||
# Register the always-present method terms in the shared glossary and mark
|
||||
# their first appearance clickable (the FDR term is registered lazily below,
|
||||
# only when the FDR summary is actually emitted). Degrades silently when no
|
||||
# collector is in ctx (standalone render) — mark_term stays False.
|
||||
glossary = ctx.get("glossary")
|
||||
gloss = glossary if isinstance(glossary, model.GlossaryCollector) else None
|
||||
mark_term = gloss is not None
|
||||
if gloss is not None:
|
||||
for key in ("pearson", "spearman", "cramers_v", "correlation_ratio"):
|
||||
label, definition = _TERM_DEFS[key]
|
||||
gloss.add(key, label, definition)
|
||||
|
||||
# Intro: what this chapter shows and how to read the sign. Build the marked
|
||||
# method names as locals first (avoids backslash-in-f-string for "Cramér's V").
|
||||
t_pearson = _term(mark_term, "pearson", "Pearson")
|
||||
t_spearman = _term(mark_term, "spearman", "Spearman")
|
||||
t_cramers = _term(mark_term, "cramers_v", "Cramér's V")
|
||||
t_corr_ratio = _term(mark_term, "correlation_ratio", "razón de correlación")
|
||||
blocks.append(model.Markdown(text=(
|
||||
"Asociación entre columnas. Cada par se evalúa con la métrica adecuada a "
|
||||
"sus tipos (Pearson/Spearman entre numéricas — con **signo**; Cramér's V "
|
||||
"entre categóricas; razón de correlación num-categórica; información mutua "
|
||||
"como medida común no lineal). Sólo las correlaciones **num-num** tienen "
|
||||
"dirección: por eso los pares **negativos** son siempre num-num.")))
|
||||
"Asociación entre columnas. Cada par se evalúa con la métrica adecuada "
|
||||
f"a sus tipos: {t_pearson}/{t_spearman} (numéricas), {t_cramers} "
|
||||
f"(categóricas), {t_corr_ratio} (num-categórica) e información mutua. "
|
||||
"Sólo las correlaciones **num-num** llevan **signo** (dirección): por "
|
||||
"eso los pares **negativos** son siempre num-num.")))
|
||||
|
||||
# 1) Association matrix (heatmap).
|
||||
labels, trimmed = _ordered_labels(pairs)
|
||||
@@ -337,9 +402,13 @@ def build_correlacion(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
"no estacionarias y pueden ser espurias (Granger–Newbold). Compáralas "
|
||||
"sobre los retornos/diferencias antes de interpretarlas.")))
|
||||
|
||||
# 4) FDR summary + methods legend.
|
||||
fdr_text = _fdr_text(corr)
|
||||
# 4) FDR summary + methods legend. Register the FDR term only when its
|
||||
# summary is emitted, so the glossary never lists an unreferenced entry.
|
||||
fdr_text = _fdr_text(corr, mark_term=mark_term)
|
||||
if fdr_text:
|
||||
if gloss is not None:
|
||||
label, definition = _TERM_DEFS["fdr"]
|
||||
gloss.add("fdr", label, definition)
|
||||
blocks.append(model.Markdown(text=fdr_text))
|
||||
methods = _methods_block(corr)
|
||||
if methods is not None:
|
||||
|
||||
@@ -173,3 +173,25 @@ def test_anticorte_matriz_ancha_y_etiquetas_largas_no_se_cortan():
|
||||
assert rx["path"] == pptx and os.path.exists(pptx) and rx["n_slides"] >= 1
|
||||
# A short, unbreakable fragment of the long label survives the wrap.
|
||||
assert "azufre" in _pdf_text(pdf)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_glosario_engancha_metodos_y_fdr():
|
||||
"""Mejora 4b: los métodos de correlación (Pearson, Spearman, Cramér's V,
|
||||
razón de correlación) y la corrección por comparaciones múltiples (FDR) se
|
||||
registran en el colector compartido y se marcan clicables en el cuerpo. Sin
|
||||
colector en ctx, el capítulo degrada y no marca nada."""
|
||||
from datascience.automatic_eda.model import GlossaryCollector
|
||||
|
||||
g = GlossaryCollector()
|
||||
ch = build_correlacion(_profile(), {"glossary": g})
|
||||
assert ch is not None
|
||||
keys = {t["key"] for t in g.terms()}
|
||||
assert {"pearson", "spearman", "cramers_v", "correlation_ratio", "fdr"} <= keys
|
||||
body = " ".join(b.text for b in ch.blocks if b.kind == "markdown")
|
||||
for k in ("pearson", "spearman", "cramers_v", "correlation_ratio", "fdr"):
|
||||
assert f"[[term:{k}]]" in body, k
|
||||
|
||||
# Sin colector: degrada limpio (ningún marcador en el cuerpo).
|
||||
ch2 = build_correlacion(_profile(), {})
|
||||
body2 = " ".join(b.text for b in ch2.blocks if b.kind == "markdown")
|
||||
assert "[[term:" not in body2
|
||||
|
||||
@@ -6,15 +6,16 @@ normality}``). It renders, as structured markdown/tables/figures that the core
|
||||
paginator never cuts:
|
||||
|
||||
1. **Normalization note** — every multivariate model below standardizes the
|
||||
columns with z-score first; the chapter explains why (different scales would
|
||||
otherwise dominate distance/variance).
|
||||
columns with z-score first (the term is marked clickable; its definition
|
||||
lives in the GLOSARIO chapter, not inline).
|
||||
2. **PCA** — a scree plot (explained + cumulative variance, single Y axis) plus
|
||||
variance and top-loadings tables.
|
||||
3. **KMeans segments** — a PCA scatter **coloured by cluster** (its own
|
||||
page/slide), the cluster-size table, and a per-cluster LLM micro-analysis
|
||||
with a title for each segment.
|
||||
4. **Isolation Forest outliers** — a short explanation of how anomalous rows are
|
||||
isolated multivariately and how the threshold is chosen, plus the counts.
|
||||
4. **Isolation Forest outliers** — the multivariate anomaly counts and decision
|
||||
threshold (the method is marked clickable; its definition lives in the
|
||||
GLOSARIO chapter, not inline).
|
||||
5. **Normality** — per-column Jarque-Bera / D'Agostino / Shapiro verdicts.
|
||||
|
||||
The raw numeric data needed to colour the cluster scatter is **not** in the
|
||||
@@ -55,6 +56,62 @@ _CLUSTER_COLORS = [
|
||||
"#edc948", "#b07aa1", "#ff9da7", "#9c755f", "#bab0ac",
|
||||
]
|
||||
|
||||
# Glossary terms this chapter explains. Each is registered in the shared
|
||||
# collector (ctx['glossary']) and marked clickable on its first appearance — the
|
||||
# canonical two-step pattern (see ``cat_distr``): ``glossary.add(key, label,
|
||||
# definition)`` + the inline span ``[[term:KEY]]texto[[/term]]`` in a Markdown
|
||||
# block. A term is registered only when its section is actually rendered, so the
|
||||
# glossary never lists an entry no in-text appearance points to.
|
||||
_TERM_DEFS = {
|
||||
"zscore": (
|
||||
"Estandarización z-score",
|
||||
"Transformación que lleva cada columna numérica a media 0 y desviación "
|
||||
"típica 1: a cada valor le resta la media de su columna y lo divide por "
|
||||
"la desviación típica. Así variables con escalas muy distintas (euros "
|
||||
"frente a un ratio 0–1) pesan por igual en las distancias y la varianza."),
|
||||
"pca": (
|
||||
"PCA (componentes principales)",
|
||||
"El análisis de componentes principales resume muchas variables "
|
||||
"numéricas correlacionadas en pocos ejes nuevos (componentes), "
|
||||
"ortogonales entre sí y ordenados por la cantidad de varianza que "
|
||||
"capturan. Permite ver la estructura de los datos en 2D y saber cuántas "
|
||||
"dimensiones bastan para explicarlos."),
|
||||
"kmeans": (
|
||||
"KMeans (segmentación)",
|
||||
"Algoritmo de agrupamiento no supervisado que reparte las filas en k "
|
||||
"segmentos: asigna cada fila al centro (centroide) más cercano y recoloca "
|
||||
"los centroides de forma iterativa hasta minimizar la distancia interna "
|
||||
"de cada grupo. Aquí k se elige automáticamente."),
|
||||
"silhouette": (
|
||||
"Coeficiente de silueta (silhouette)",
|
||||
"Métrica de calidad de un agrupamiento, en el rango −1 a 1: para cada "
|
||||
"fila compara cómo de cerca está de su propio segmento frente al segmento "
|
||||
"vecino más próximo. Cuanto más alto el promedio, más compactos y "
|
||||
"separados están los segmentos."),
|
||||
"isolation_forest": (
|
||||
"Isolation Forest (anomalías)",
|
||||
"Algoritmo de detección de anomalías multivariante: construye árboles que "
|
||||
"parten el espacio con cortes aleatorios y mide cuántos cortes hacen "
|
||||
"falta para aislar cada fila. Las filas raras se aíslan con muy pocos "
|
||||
"cortes y se marcan como outliers según un umbral de contaminación."),
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def _term(mark: bool, key: str, text: str) -> str:
|
||||
"""Wrap ``text`` as a clickable glossary span when ``mark`` is True.
|
||||
|
||||
The visible text is identical with or without the marker (the renderers strip
|
||||
it), so wrapping never changes line layout — it only adds the link.
|
||||
"""
|
||||
return f"[[term:{key}]]{text}[[/term]]" if mark else text
|
||||
|
||||
|
||||
def _register(gloss, key: str) -> None:
|
||||
"""Register term ``key`` in the collector (idempotent); no-op if gloss None."""
|
||||
if gloss is not None:
|
||||
label, definition = _TERM_DEFS[key]
|
||||
gloss.add(key, label, definition)
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Formatting helpers (mirror the overview chapter's defensive style).
|
||||
@@ -252,34 +309,33 @@ def _make_cluster_scatter(projection: dict):
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Section builders. Each returns a list of blocks (possibly empty).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _normalization_intro() -> list:
|
||||
def _normalization_intro(gloss=None, mark_term: bool = False) -> list:
|
||||
_register(gloss, "zscore")
|
||||
zscore = _term(mark_term, "zscore", "**estandarizan con z-score**")
|
||||
text = (
|
||||
"Estos modelos son **no supervisados**: buscan estructura latente sin "
|
||||
"una variable objetivo. Antes de aplicarlos, todas las columnas "
|
||||
"numéricas se **estandarizan con z-score** (cada valor menos la media, "
|
||||
"dividido por la desviación típica). Sin esta normalización, una "
|
||||
"variable con escala grande (p.ej. ingresos en euros) dominaría las "
|
||||
"distancias y la varianza frente a otra de escala pequeña (p.ej. un "
|
||||
"ratio entre 0 y 1), sesgando tanto el PCA como el KMeans. Tras la "
|
||||
"estandarización todas las variables pesan por igual."
|
||||
f"numéricas se {zscore}, para que todas pesen por igual con "
|
||||
"independencia de su escala."
|
||||
)
|
||||
return [model.Heading(text="Modelos no supervisados", level=1),
|
||||
model.Markdown(text=text)]
|
||||
|
||||
|
||||
def _pca_section(pca: dict) -> list:
|
||||
def _pca_section(pca: dict, gloss=None, mark_term: bool = False) -> list:
|
||||
if not _is_dict(pca) or not pca.get("explained_variance_ratio"):
|
||||
return []
|
||||
_register(gloss, "pca")
|
||||
blocks = [model.Heading(text="PCA — varianza explicada", level=2)]
|
||||
|
||||
n_used = pca.get("n_rows_used")
|
||||
n_feat = pca.get("n_features")
|
||||
intro = (
|
||||
f"El PCA resume {_fmt_num(n_feat)} variables numéricas en componentes "
|
||||
f"ortogonales ordenados por la varianza que capturan "
|
||||
f"({_fmt_num(n_used)} filas usadas tras eliminar nulos). El gráfico de "
|
||||
"sedimentación (scree) muestra cuánta varianza aporta cada componente y "
|
||||
"su acumulado: un codo marca cuántos componentes bastan."
|
||||
f"El {_term(mark_term, 'pca', 'PCA')} se aplica sobre "
|
||||
f"{_fmt_num(n_feat)} variables numéricas ({_fmt_num(n_used)} filas "
|
||||
"usadas tras eliminar nulos). El gráfico de sedimentación (scree) "
|
||||
"muestra cuánta varianza aporta cada componente y su acumulado: un "
|
||||
"codo marca cuántos componentes bastan."
|
||||
)
|
||||
blocks.append(model.Markdown(text=intro))
|
||||
|
||||
@@ -325,11 +381,14 @@ def _pca_section(pca: dict) -> list:
|
||||
return blocks
|
||||
|
||||
|
||||
def _kmeans_section(kmeans: dict, projection: dict, titles) -> list:
|
||||
def _kmeans_section(kmeans: dict, projection: dict, titles,
|
||||
gloss=None, mark_term: bool = False) -> list:
|
||||
has_km = _is_dict(kmeans) and kmeans.get("best_k")
|
||||
has_proj = _is_dict(projection) and projection.get("points")
|
||||
if not has_km and not has_proj:
|
||||
return []
|
||||
_register(gloss, "kmeans")
|
||||
_register(gloss, "silhouette")
|
||||
|
||||
blocks = [model.Heading(text="Segmentación (KMeans)", level=2)]
|
||||
|
||||
@@ -337,11 +396,12 @@ def _kmeans_section(kmeans: dict, projection: dict, titles) -> list:
|
||||
sil = (projection or {}).get("silhouette")
|
||||
if sil is None:
|
||||
sil = (kmeans or {}).get("silhouette")
|
||||
t_kmeans = _term(mark_term, "kmeans", "KMeans")
|
||||
t_sil = _term(mark_term, "silhouette", "*silhouette*")
|
||||
intro = (
|
||||
f"KMeans agrupa las filas en **{_fmt_num(best_k)} segmentos** elegidos "
|
||||
"automáticamente maximizando el coeficiente de *silhouette* "
|
||||
f"(**{_fmt_num(sil)}**, rango −1 a 1: cuanto más alto, segmentos más "
|
||||
"compactos y separados). Los segmentos se proyectan sobre el plano de "
|
||||
f"{t_kmeans} agrupa las filas en **{_fmt_num(best_k)} segmentos** "
|
||||
f"elegidos automáticamente por el coeficiente de {t_sil} "
|
||||
f"(**{_fmt_num(sil)}**). Los segmentos se proyectan sobre el plano de "
|
||||
"los dos primeros componentes principales para visualizarlos."
|
||||
)
|
||||
blocks.append(model.Markdown(text=intro))
|
||||
@@ -394,23 +454,21 @@ def _kmeans_section(kmeans: dict, projection: dict, titles) -> list:
|
||||
return blocks
|
||||
|
||||
|
||||
def _outliers_section(outliers: dict) -> list:
|
||||
def _outliers_section(outliers: dict, gloss=None, mark_term: bool = False) -> list:
|
||||
if not _is_dict(outliers) or outliers.get("n_outliers") is None:
|
||||
return []
|
||||
if outliers.get("note") and not outliers.get("n_rows_used"):
|
||||
# insufficient data — nothing meaningful to show.
|
||||
return []
|
||||
_register(gloss, "isolation_forest")
|
||||
blocks = [model.Heading(text="Detección de anomalías (Isolation Forest)",
|
||||
level=2)]
|
||||
isof = _term(mark_term, "isolation_forest", "**Isolation Forest**")
|
||||
explain = (
|
||||
"**Isolation Forest** detecta filas anómalas de forma *multivariante*: "
|
||||
"construye árboles que parten el espacio con cortes aleatorios y mide "
|
||||
"cuántos cortes hacen falta para aislar cada fila. Las filas raras "
|
||||
"(combinaciones de valores poco frecuentes considerando **todas las "
|
||||
"columnas a la vez**, no una sola) se aíslan con muy pocos cortes y "
|
||||
"obtienen un score bajo. El **umbral** de decisión separa las filas "
|
||||
"normales de las anómalas según la contaminación esperada del modelo: "
|
||||
"una fila es outlier cuando su score queda por debajo de ese umbral."
|
||||
f"{isof} marca filas anómalas de forma *multivariante*: combinaciones "
|
||||
"de valores poco frecuentes considerando **todas las columnas a la "
|
||||
"vez**, no una sola. La tabla resume cuántas se detectaron y el umbral "
|
||||
"de decisión empleado."
|
||||
)
|
||||
blocks.append(model.Markdown(text=explain))
|
||||
blocks.append(model.KVTable(rows=[
|
||||
@@ -484,15 +542,21 @@ def build_modelos(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
(kmeans and kmeans.get("best_k")) or (projection and projection.get("points"))
|
||||
) else None
|
||||
|
||||
# Shared glossary collector: terms are registered + marked clickable inside
|
||||
# each section, only when that section actually renders (no orphan entries).
|
||||
glossary = ctx.get("glossary")
|
||||
gloss = glossary if isinstance(glossary, model.GlossaryCollector) else None
|
||||
mark_term = gloss is not None
|
||||
|
||||
sections = []
|
||||
sections += _pca_section(pca) if pca else []
|
||||
sections += _kmeans_section(kmeans, projection, titles)
|
||||
sections += _outliers_section(outliers) if outliers else []
|
||||
sections += _pca_section(pca, gloss, mark_term) if pca else []
|
||||
sections += _kmeans_section(kmeans, projection, titles, gloss, mark_term)
|
||||
sections += _outliers_section(outliers, gloss, mark_term) if outliers else []
|
||||
sections += _normality_section(normality) if normality else []
|
||||
|
||||
if not sections:
|
||||
return None # models block present but nothing renderable.
|
||||
|
||||
blocks = _normalization_intro() + sections
|
||||
blocks = _normalization_intro(gloss, mark_term) + sections
|
||||
return model.Chapter(id=CHAPTER_ID, title=CHAPTER_TITLE,
|
||||
version=CHAPTER_VERSION, blocks=blocks)
|
||||
|
||||
@@ -257,3 +257,26 @@ def test_anticortes_tabla_normalidad_larga_no_corta():
|
||||
# Every column name survives (wrapped/split, never truncated).
|
||||
for i in (0, 19, 39):
|
||||
assert f"col_{i}" in txt
|
||||
|
||||
|
||||
def test_glosario_engancha_terminos_modelos():
|
||||
"""Mejora 4b: PCA, KMeans, silhouette, Isolation Forest y la estandarización
|
||||
z-score se registran en el colector compartido y se marcan clicables en el
|
||||
cuerpo. Sin colector en ctx, el capítulo degrada y no marca nada."""
|
||||
from datascience.automatic_eda.model import GlossaryCollector
|
||||
|
||||
g = GlossaryCollector()
|
||||
ctx = dict(_ctx_full())
|
||||
ctx["glossary"] = g
|
||||
ch = build_modelos(_profile(), ctx)
|
||||
assert ch is not None
|
||||
keys = {t["key"] for t in g.terms()}
|
||||
assert {"zscore", "pca", "kmeans", "silhouette", "isolation_forest"} <= keys
|
||||
body = " ".join(b.text for b in ch.blocks if b.kind == "markdown")
|
||||
for k in ("zscore", "pca", "kmeans", "silhouette", "isolation_forest"):
|
||||
assert f"[[term:{k}]]" in body, k
|
||||
|
||||
# Sin colector: degrada limpio (ningún marcador en el cuerpo).
|
||||
ch2 = build_modelos(_profile(), _ctx_full())
|
||||
body2 = " ".join(b.text for b in ch2.blocks if b.kind == "markdown")
|
||||
assert "[[term:" not in body2
|
||||
|
||||
@@ -20,7 +20,7 @@ from __future__ import annotations
|
||||
|
||||
from .. import model
|
||||
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.0.0"
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.1.0"
|
||||
CHAPTER_ID = "overview"
|
||||
CHAPTER_TITLE = "Overview"
|
||||
|
||||
@@ -90,8 +90,14 @@ def _head_block(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
if not cols:
|
||||
cols = list(head[0].keys())
|
||||
rows = [[model._safe_str(r.get(c)) for c in cols] for r in head[:10]]
|
||||
return model.DataTable(header=cols, rows=rows,
|
||||
note=f"primeras {len(rows)} filas")
|
||||
# Honest note: how many rows are shown and, when known, out of how many
|
||||
# rows the dataset has (so "primeras 10 filas de 891" gives context).
|
||||
note = f"primeras {len(rows)} filas"
|
||||
n_rows = profile.get("n_rows")
|
||||
if isinstance(n_rows, int) and not isinstance(n_rows, bool) \
|
||||
and n_rows > len(rows):
|
||||
note += f" de {n_rows:,}".replace(",", ".")
|
||||
return model.DataTable(header=cols, rows=rows, note=note)
|
||||
return model.Note(
|
||||
"df.head no disponible: el TableProfile no incluye 'head_rows'. La fase "
|
||||
"de cálculo debe añadir profile['head_rows'] (lista de dicts fila) o "
|
||||
|
||||
@@ -0,0 +1,187 @@
|
||||
"""Tests for the OVERVIEW chapter — DoD: golden + edges + degradation.
|
||||
|
||||
Self-contained: builds synthetic TableProfiles (no DuckDB) so the suite is fast
|
||||
and deterministic. Verifies that ``build_overview`` renders the raw first rows
|
||||
(``df.head``) as a DataTable when ``head_rows`` is present — both when it arrives
|
||||
via ``profile['head_rows']`` (populated by ``profile_table``) and via
|
||||
``ctx['head_rows']`` (populated by ``build_eda_render_ctx``) — that the chapter
|
||||
also renders the column dictionary and the numeric describe, that the full
|
||||
document renders to PDF and PPTX showing the head values, and that a profile with
|
||||
NO head data degrades to an honest note instead of raising or inventing rows.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import os
|
||||
import re
|
||||
import tempfile
|
||||
|
||||
from pypdf import PdfReader
|
||||
from pptx import Presentation
|
||||
|
||||
from datascience.automatic_eda.model import DataTable, Note
|
||||
from datascience.automatic_eda.chapters.overview import (
|
||||
CHAPTER_ID, CHAPTER_VERSION, build_overview,
|
||||
)
|
||||
from datascience.render_automatic_eda_pdf import render_automatic_eda_pdf
|
||||
from datascience.render_automatic_eda_pptx import render_automatic_eda_pptx
|
||||
|
||||
|
||||
def _columns() -> list:
|
||||
return [
|
||||
{"name": "PassengerId", "inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.0,
|
||||
"null_count": 0, "numeric": {"mean": 2.0, "median": 2.0, "min": 1.0,
|
||||
"max": 3.0, "std": 1.0}},
|
||||
{"name": "Survived", "inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.0,
|
||||
"null_count": 0, "numeric": {"mean": 0.33, "median": 0.0, "min": 0.0,
|
||||
"max": 1.0, "std": 0.58}},
|
||||
{"name": "Pclass", "inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.0,
|
||||
"null_count": 0, "numeric": {"mean": 2.33, "median": 3.0, "min": 1.0,
|
||||
"max": 3.0, "std": 1.15}},
|
||||
{"name": "Name", "inferred_type": "categorical", "null_pct": 0.0,
|
||||
"null_count": 0, "distinct_count": 3},
|
||||
{"name": "Sex", "inferred_type": "categorical", "null_pct": 0.0,
|
||||
"null_count": 0, "distinct_count": 2,
|
||||
"categorical": {"top": [{"value": "male", "count": 2},
|
||||
{"value": "female", "count": 1}]}},
|
||||
]
|
||||
|
||||
|
||||
def _head_rows() -> list:
|
||||
return [
|
||||
{"PassengerId": 1, "Survived": 0, "Pclass": 3,
|
||||
"Name": "Braund Owen", "Sex": "male"},
|
||||
{"PassengerId": 2, "Survived": 1, "Pclass": 1,
|
||||
"Name": "Cumings Florence", "Sex": "female"},
|
||||
{"PassengerId": 3, "Survived": 1, "Pclass": 3,
|
||||
"Name": "Heikkinen Laina", "Sex": "female"},
|
||||
]
|
||||
|
||||
|
||||
def _profile(with_head: bool = True) -> dict:
|
||||
prof = {
|
||||
"table": "titanic",
|
||||
"source": "/data/titanic.csv",
|
||||
"profiled_at": "2026-06-30T10:00:00+00:00",
|
||||
"n_rows": 891,
|
||||
"n_cols": 5,
|
||||
"quality_score": 88.0,
|
||||
"columns": _columns(),
|
||||
}
|
||||
if with_head:
|
||||
prof["head_rows"] = _head_rows()
|
||||
return prof
|
||||
|
||||
|
||||
def _pdf_text(path: str) -> str:
|
||||
txt = "".join((pg.extract_text() or "") for pg in PdfReader(path).pages)
|
||||
return re.sub(r"\s+", " ", txt)
|
||||
|
||||
|
||||
def _pptx_text(path: str) -> str:
|
||||
prs = Presentation(path)
|
||||
parts = []
|
||||
for sl in prs.slides:
|
||||
for sh in sl.shapes:
|
||||
if sh.has_text_frame:
|
||||
parts.append(sh.text_frame.text)
|
||||
if sh.has_table:
|
||||
tb = sh.table
|
||||
for r in range(len(tb.rows)):
|
||||
for c in range(len(tb.columns)):
|
||||
parts.append(tb.cell(r, c).text)
|
||||
return re.sub(r"\s+", " ", " ".join(parts))
|
||||
|
||||
|
||||
def _flatten(blocks):
|
||||
"""Recursively flatten Group blocks into a flat list (none here today)."""
|
||||
out = []
|
||||
for b in blocks:
|
||||
inner = getattr(b, "blocks", None)
|
||||
if inner is not None and getattr(b, "kind", None) == "group":
|
||||
out.extend(_flatten(inner))
|
||||
else:
|
||||
out.append(b)
|
||||
return out
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_build_overview_muestra_head_desde_profile():
|
||||
ch = build_overview(_profile(), {})
|
||||
assert ch is not None
|
||||
assert ch.id == CHAPTER_ID
|
||||
assert ch.version == CHAPTER_VERSION
|
||||
blocks = _flatten(ch.blocks)
|
||||
# The first DataTable is df.head: its header is the column names and the
|
||||
# real first rows are present (not a placeholder note).
|
||||
tables = [b for b in blocks if isinstance(b, DataTable)]
|
||||
assert tables, "overview must emit at least the df.head DataTable"
|
||||
head_tbl = tables[0]
|
||||
assert head_tbl.header == ["PassengerId", "Survived", "Pclass",
|
||||
"Name", "Sex"]
|
||||
assert len(head_tbl.rows) == 3
|
||||
flat = [str(c) for row in head_tbl.rows for c in row]
|
||||
assert "Braund Owen" in flat and "Cumings Florence" in flat
|
||||
# Honest note carries how many rows shown out of the dataset total.
|
||||
assert head_tbl.note is not None
|
||||
assert "primeras 3 filas" in head_tbl.note and "891" in head_tbl.note
|
||||
# No "df.head no disponible" placeholder when head_rows is present.
|
||||
assert not any(isinstance(b, Note) and "no disponible" in b.text
|
||||
for b in blocks)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_head_desde_ctx_tambien_funciona():
|
||||
# head_rows absent in profile but present in ctx (build_eda_render_ctx path).
|
||||
prof = _profile(with_head=False)
|
||||
ch = build_overview(prof, {"head_rows": _head_rows()})
|
||||
assert ch is not None
|
||||
tables = [b for b in _flatten(ch.blocks) if isinstance(b, DataTable)]
|
||||
flat = [str(c) for row in tables[0].rows for c in row]
|
||||
assert "Braund Owen" in flat
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_render_pdf_muestra_head():
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out = os.path.join(d, "eda.pdf")
|
||||
res = render_automatic_eda_pdf(_profile(), out, {"title": "EDA"})
|
||||
assert res["path"] == out and os.path.exists(out)
|
||||
assert CHAPTER_ID in [c["id"] for c in res["chapters"]]
|
||||
txt = _pdf_text(out)
|
||||
assert "Braund" in txt and "male" in txt
|
||||
assert "primeras" in txt # head note rendered.
|
||||
assert "df.head" in txt # chapter heading rendered.
|
||||
assert "no disponible" not in txt # placeholder NOT shown.
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_render_pptx_muestra_head():
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out = os.path.join(d, "eda.pptx")
|
||||
res = render_automatic_eda_pptx(_profile(), out, {"title": "EDA"})
|
||||
assert res["path"] == out and os.path.exists(out)
|
||||
assert CHAPTER_ID in [c["id"] for c in res["chapters"]]
|
||||
txt = _pptx_text(out)
|
||||
assert "Braund" in txt and "Cumings" in txt
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_sin_head_rows_degrada_a_nota_honesta():
|
||||
# No head data anywhere: chapter still builds (columns exist), shows the
|
||||
# honest placeholder note, and never invents rows nor raises.
|
||||
prof = _profile(with_head=False)
|
||||
ch = build_overview(prof, {})
|
||||
assert ch is not None
|
||||
blocks = _flatten(ch.blocks)
|
||||
assert any(isinstance(b, Note) and "no disponible" in b.text
|
||||
for b in blocks)
|
||||
# The first DataTable now is the column dictionary, not df.head rows.
|
||||
tables = [b for b in blocks if isinstance(b, DataTable)]
|
||||
assert all("Braund" not in str(c)
|
||||
for tbl in tables for row in tbl.rows for c in row)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_none_y_vacio_no_rompen():
|
||||
# Nothing to render at all -> None, no raise.
|
||||
assert build_overview(None, None) is None
|
||||
assert build_overview({}, {}) is None
|
||||
assert build_overview({"columns": []}, {}) is None
|
||||
# Only head_rows (no columns) still yields a chapter with the head table.
|
||||
ch = build_overview({"columns": []}, {"head_rows": _head_rows()})
|
||||
assert ch is not None
|
||||
tables = [b for b in _flatten(ch.blocks) if isinstance(b, DataTable)]
|
||||
assert tables and len(tables[0].rows) == 3
|
||||
@@ -2,8 +2,17 @@
|
||||
|
||||
Builds the document cover from a TableProfile plus an optional ``ctx`` of
|
||||
presentation metadata. Reads everything defensively (``.get``) and degrades
|
||||
honestly: a field that is neither in the profile nor in ``ctx`` is shown as a
|
||||
placeholder rather than invented, leaving a hook for the LLM layer to fill it.
|
||||
honestly.
|
||||
|
||||
The dataset size (N rows x M columns) is always shown big, as a heading right
|
||||
under the dataset name (kept together in a ``Group``), not buried in the
|
||||
metadata table. The Description and Granularity are resolved through a cascade
|
||||
so they are never empty: an explicit ``ctx`` value wins; otherwise the LLM block
|
||||
(``profile['llm']`` from ``eda_llm_insights``) provides ``summary`` /
|
||||
``row_meaning``; otherwise a short summary is derived from the profile itself
|
||||
(shape, column-type mix, quality score) and a "Cada fila es…" sentence from the
|
||||
key-candidate columns or the table shape. Nothing is invented: the derived
|
||||
fallbacks state that they come from the profile.
|
||||
|
||||
Contract for chapter authors (see ``docs/capabilities/automatic_eda.md``):
|
||||
build_<id>(profile: dict, ctx: dict) -> Chapter | None
|
||||
@@ -17,10 +26,15 @@ from datetime import datetime, timezone
|
||||
|
||||
from .. import model
|
||||
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.1.0"
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.2.0"
|
||||
CHAPTER_ID = "portada"
|
||||
CHAPTER_TITLE = "Portada"
|
||||
|
||||
# Key under which eda_llm_insights stores its interpretive block in the profile.
|
||||
# The cover reads ``summary`` (what the table is) and ``row_meaning`` (what one
|
||||
# row represents) from it when the LLM layer ran (``run_llm``).
|
||||
_LLM_KEY = "llm"
|
||||
|
||||
# Default human description of what the table quality score measures. Chapters
|
||||
# can override it via ctx["quality_criteria"].
|
||||
_DEFAULT_QUALITY_CRITERIA = (
|
||||
@@ -142,6 +156,88 @@ def _fmt_date_eu(value) -> str:
|
||||
return s
|
||||
|
||||
|
||||
def _llm_block(profile: dict, ctx: dict) -> dict:
|
||||
"""Return the interpretive LLM block (``eda_llm_insights`` output), or {}.
|
||||
|
||||
It is stored under ``profile['llm']`` by ``profile_table(run_llm=True)`` and
|
||||
may also be forwarded in ``ctx['llm']``. Read defensively: anything that is
|
||||
not a dict degrades to an empty dict so the cover never raises.
|
||||
"""
|
||||
block = profile.get(_LLM_KEY)
|
||||
if not isinstance(block, dict):
|
||||
block = ctx.get(_LLM_KEY)
|
||||
return block if isinstance(block, dict) else {}
|
||||
|
||||
|
||||
def _count_column_types(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
"""Best-effort (n_numeric, n_categorical) for the dataset.
|
||||
|
||||
Prefers the aggregated ``ctx['document_summary']`` (computed by the engine
|
||||
over the whole body); falls back to counting the profile columns directly so
|
||||
the cover still has the numbers when no summary was passed.
|
||||
"""
|
||||
summary = ctx.get("document_summary")
|
||||
if isinstance(summary, dict):
|
||||
n_num = summary.get("n_numeric")
|
||||
n_cat = summary.get("n_categorical")
|
||||
if n_num is not None or n_cat is not None:
|
||||
return n_num, n_cat
|
||||
cols = profile.get("columns") or []
|
||||
n_num = sum(1 for c in cols if isinstance(c, dict)
|
||||
and c.get("inferred_type") == "numeric")
|
||||
n_cat = sum(1 for c in cols if isinstance(c, dict)
|
||||
and isinstance(c.get("categorical"), dict)
|
||||
and c.get("categorical", {}).get("top")
|
||||
and c.get("inferred_type") != "numeric")
|
||||
return n_num, n_cat
|
||||
|
||||
|
||||
def _derive_description(profile: dict, ctx: dict) -> str:
|
||||
"""A short, honest description of the dataset from the profile.
|
||||
|
||||
Used only when no explicit ``ctx['description']`` and no LLM ``summary`` are
|
||||
available. Summarizes shape, column-type mix and quality score; never empty,
|
||||
never invents business meaning (it states the description was derived)."""
|
||||
n_rows = profile.get("n_rows")
|
||||
n_cols = profile.get("n_cols")
|
||||
n_num, n_cat = _count_column_types(profile, ctx)
|
||||
head = f"Conjunto de datos con {_fmt_int(n_rows)} filas y {_fmt_int(n_cols)} columnas"
|
||||
type_bits = []
|
||||
if n_num:
|
||||
type_bits.append(f"{_fmt_int(n_num)} numéricas")
|
||||
if n_cat:
|
||||
type_bits.append(f"{_fmt_int(n_cat)} categóricas")
|
||||
if type_bits:
|
||||
head += " (" + ", ".join(type_bits) + ")"
|
||||
parts = [head + "."]
|
||||
score = profile.get("quality_score")
|
||||
if score is not None:
|
||||
parts.append(f"Calidad media estimada: {score}/100.")
|
||||
parts.append(
|
||||
"Resumen derivado del perfil; active la interpretación LLM (`run_llm`) "
|
||||
"para una descripción de negocio más rica.")
|
||||
return " ".join(parts)
|
||||
|
||||
|
||||
def _derive_granularity(profile: dict, dataset_name: str) -> str:
|
||||
"""A ``Cada fila es…`` granularity sentence from the profile.
|
||||
|
||||
Prefers the key-candidate columns (a row is identified by them); when no key
|
||||
is detected, falls back to the table shape so the line is always meaningful
|
||||
and starts with ``Cada fila es`` as the user requested."""
|
||||
keys = profile.get("key_candidates") or []
|
||||
if keys:
|
||||
shown = ", ".join(str(k) for k in keys[:3])
|
||||
more = "" if len(keys) <= 3 else f" (y {len(keys) - 3} más)"
|
||||
return (f"Cada fila es un registro identificado por {shown}{more}, "
|
||||
"candidata(s) a clave por ser únicas y sin nulos.")
|
||||
n_rows = profile.get("n_rows")
|
||||
tail = f" El dataset tiene {_fmt_int(n_rows)} filas en total." if n_rows else ""
|
||||
return (f"Cada fila es un registro de «{dataset_name}». No se detectó una "
|
||||
"columna identificadora única, así que la granularidad se infiere "
|
||||
"de la forma de la tabla." + tail)
|
||||
|
||||
|
||||
def build_portada(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
"""Build the cover Chapter, or None if there is truly nothing to show."""
|
||||
profile = profile or {}
|
||||
@@ -166,30 +262,38 @@ def build_portada(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
quality_criteria = ctx.get("quality_criteria") or _DEFAULT_QUALITY_CRITERIA
|
||||
quality_value = "—" if score is None else f"{score} / 100"
|
||||
|
||||
# Granularity: ctx wins; else derive from key candidates; else be honest.
|
||||
llm = _llm_block(profile, ctx)
|
||||
|
||||
# Granularity: explicit ctx wins; then the LLM "row_meaning"; then the key
|
||||
# candidates; finally a shape-based fallback. Always a real "Cada fila es…".
|
||||
granularity = ctx.get("granularity")
|
||||
if not granularity:
|
||||
keys = profile.get("key_candidates") or []
|
||||
if keys:
|
||||
granularity = ("Cada fila parece identificada por "
|
||||
+ ", ".join(str(k) for k in keys[:3]) + ".")
|
||||
else:
|
||||
granularity = ("Cada fila es… (granularidad no determinada — "
|
||||
"pendiente de la capa de cálculo/LLM).")
|
||||
granularity = (llm.get("row_meaning") or "").strip() or None
|
||||
if not granularity:
|
||||
granularity = _derive_granularity(profile, str(dataset_name))
|
||||
|
||||
# Description: explicit ctx wins; then the LLM "summary"; finally a short
|
||||
# profile-derived summary. Never the old empty placeholder.
|
||||
description = ctx.get("description")
|
||||
if not description:
|
||||
description = ("Descripción no provista — pendiente de la capa LLM "
|
||||
"(`run_llm`) o de `ctx['description']`.")
|
||||
description = (llm.get("summary") or "").strip() or None
|
||||
if not description:
|
||||
description = _derive_description(profile, ctx)
|
||||
|
||||
blocks = [
|
||||
# Title + dataset size shown together and BIG (Heading) at the top, kept on
|
||||
# the same page (Group). The size is no longer buried in the metadata table.
|
||||
cover = [
|
||||
model.Heading(text=str(dataset_name), level=1),
|
||||
model.Markdown(text="**Automatic-EDA** · informe exploratorio automático"),
|
||||
model.Heading(text=shape, level=2),
|
||||
]
|
||||
|
||||
blocks = [
|
||||
model.Group(blocks=cover),
|
||||
model.KVTable(rows=[
|
||||
("Fuente", source_origin),
|
||||
("Almacenamiento", storage),
|
||||
("Generado", when),
|
||||
("Tamaño", shape),
|
||||
("Calidad", quality_value),
|
||||
("Criterios de calidad", quality_criteria),
|
||||
]),
|
||||
|
||||
@@ -0,0 +1,197 @@
|
||||
"""Tests for the PORTADA (cover) chapter — DoD: golden + edges + render.
|
||||
|
||||
Self-contained: builds synthetic TableProfiles (no DuckDB) so the suite is fast
|
||||
and deterministic. Verifies the Fase 4b improvements:
|
||||
|
||||
1. The dataset size (N rows x M columns) is always shown BIG — as a level-2
|
||||
heading kept together with the dataset name in a ``Group`` — and is no longer
|
||||
a row of the metadata table.
|
||||
2. Description and Granularity are resolved through a real cascade and are never
|
||||
the old empty placeholders: an explicit ``ctx`` value wins; otherwise the LLM
|
||||
block (``profile['llm']``) provides ``summary`` / ``row_meaning``; otherwise a
|
||||
short summary is derived from the profile and a "Cada fila es…" sentence from
|
||||
the key-candidate columns or the table shape.
|
||||
3. The chapter degrades without raising on empty/None input.
|
||||
4. It renders inside the full document to both PDF and PPTX showing that content.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import os
|
||||
import re
|
||||
import tempfile
|
||||
|
||||
from pypdf import PdfReader
|
||||
from pptx import Presentation
|
||||
|
||||
from datascience.automatic_eda.model import Group, Heading, KVTable, Markdown
|
||||
from datascience.automatic_eda.chapters.portada import (
|
||||
CHAPTER_ID, CHAPTER_VERSION, build_portada,
|
||||
)
|
||||
from datascience.render_automatic_eda_pdf import render_automatic_eda_pdf
|
||||
from datascience.render_automatic_eda_pptx import render_automatic_eda_pptx
|
||||
|
||||
|
||||
def _profile(with_llm: bool = True, with_keys: bool = True) -> dict:
|
||||
prof = {
|
||||
"table": "titanic",
|
||||
"source": "/data/titanic.csv",
|
||||
"profiled_at": "2026-06-30T10:00:00+00:00",
|
||||
"n_rows": 891,
|
||||
"n_cols": 12,
|
||||
"quality_score": 78.0,
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "PassengerId", "inferred_type": "numeric",
|
||||
"null_pct": 0.0, "numeric": {"mean": 446.0, "min": 1.0,
|
||||
"max": 891.0, "std": 257.0}},
|
||||
{"name": "Survived", "inferred_type": "numeric",
|
||||
"null_pct": 0.0, "numeric": {"mean": 0.38, "min": 0.0,
|
||||
"max": 1.0, "std": 0.49}},
|
||||
{"name": "Sex", "inferred_type": "categorical", "null_pct": 0.0,
|
||||
"categorical": {"top": [{"value": "male", "count": 577, "pct": 0.65},
|
||||
{"value": "female", "count": 314,
|
||||
"pct": 0.35}],
|
||||
"mode": "male", "n_distinct": 2, "entropy": 0.93}},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
if with_keys:
|
||||
prof["key_candidates"] = ["PassengerId"]
|
||||
if with_llm:
|
||||
prof["llm"] = {
|
||||
"summary": "Pasajeros del Titanic con su supervivencia y datos de viaje.",
|
||||
"row_meaning": "Cada fila es un pasajero del Titanic.",
|
||||
"dictionary": [], "pii": [], "cleaning": [], "analyses": [],
|
||||
}
|
||||
return prof
|
||||
|
||||
|
||||
def _pdf_text(path: str) -> str:
|
||||
txt = "".join((pg.extract_text() or "") for pg in PdfReader(path).pages)
|
||||
return re.sub(r"\s+", " ", txt)
|
||||
|
||||
|
||||
def _pptx_text(path: str) -> str:
|
||||
prs = Presentation(path)
|
||||
parts = []
|
||||
for sl in prs.slides:
|
||||
for sh in sl.shapes:
|
||||
if sh.has_text_frame:
|
||||
parts.append(sh.text_frame.text)
|
||||
if sh.has_table:
|
||||
tb = sh.table
|
||||
for r in range(len(tb.rows)):
|
||||
for c in range(len(tb.columns)):
|
||||
parts.append(tb.cell(r, c).text)
|
||||
return re.sub(r"\s+", " ", " ".join(parts))
|
||||
|
||||
|
||||
def _markdown_after(blocks, heading_text):
|
||||
"""Return the Markdown block that follows a Heading whose text matches."""
|
||||
for i, b in enumerate(blocks):
|
||||
if isinstance(b, Heading) and heading_text.lower() in b.text.lower():
|
||||
for nb in blocks[i + 1:]:
|
||||
if isinstance(nb, Markdown):
|
||||
return nb
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_tamano_grande_y_textos_llm():
|
||||
ch = build_portada(_profile(), {})
|
||||
assert ch is not None
|
||||
assert ch.id == CHAPTER_ID
|
||||
assert ch.version == CHAPTER_VERSION
|
||||
|
||||
# 1) Title + size kept together in a Group; size is a BIG level-2 heading.
|
||||
group = next(b for b in ch.blocks if isinstance(b, Group))
|
||||
inner = group.blocks
|
||||
assert isinstance(inner[0], Heading) and inner[0].level == 1
|
||||
assert inner[0].text == "titanic"
|
||||
size_h = next(b for b in inner if isinstance(b, Heading) and b.level == 2)
|
||||
assert "891" in size_h.text and "12" in size_h.text
|
||||
assert "filas" in size_h.text and "columnas" in size_h.text
|
||||
|
||||
# 2) Size is no longer a row of the metadata table.
|
||||
kv = next(b for b in ch.blocks if isinstance(b, KVTable))
|
||||
labels = [r[0] for r in kv.rows]
|
||||
assert "Tamaño" not in labels
|
||||
assert "Fuente" in labels and "Calidad" in labels
|
||||
|
||||
# 3) Description and Granularity come from the LLM block.
|
||||
desc = _markdown_after(ch.blocks, "Descripción")
|
||||
gran = _markdown_after(ch.blocks, "Granularidad")
|
||||
assert desc is not None and "Titanic" in desc.text
|
||||
assert gran is not None and gran.text.startswith("Cada fila es")
|
||||
assert "pasajero" in gran.text.lower()
|
||||
|
||||
|
||||
def test_fallback_sin_llm_usa_keys_y_perfil():
|
||||
# No LLM block: description derived from the profile, granularity from keys.
|
||||
ch = build_portada(_profile(with_llm=False, with_keys=True), {})
|
||||
desc = _markdown_after(ch.blocks, "Descripción")
|
||||
gran = _markdown_after(ch.blocks, "Granularidad")
|
||||
# Description is the derived summary, never the old "pendiente" placeholder.
|
||||
assert "pendiente" not in desc.text.lower()
|
||||
assert "891" in desc.text and "columnas" in desc.text
|
||||
assert "numéricas" in desc.text or "categóricas" in desc.text
|
||||
# Granularity mentions the key candidate and starts with "Cada fila es".
|
||||
assert gran.text.startswith("Cada fila es")
|
||||
assert "PassengerId" in gran.text
|
||||
assert "…" not in gran.text # the old ellipsis placeholder is gone.
|
||||
|
||||
|
||||
def test_fallback_sin_llm_sin_keys_usa_forma():
|
||||
ch = build_portada(_profile(with_llm=False, with_keys=False), {})
|
||||
gran = _markdown_after(ch.blocks, "Granularidad")
|
||||
assert gran.text.startswith("Cada fila es")
|
||||
assert "titanic" in gran.text.lower()
|
||||
assert "pendiente" not in gran.text.lower()
|
||||
|
||||
|
||||
def test_ctx_explicito_gana_sobre_llm():
|
||||
ctx = {"description": "Descripción manual.",
|
||||
"granularity": "Cada fila es una unidad manual."}
|
||||
ch = build_portada(_profile(), ctx)
|
||||
desc = _markdown_after(ch.blocks, "Descripción")
|
||||
gran = _markdown_after(ch.blocks, "Granularidad")
|
||||
assert desc.text == "Descripción manual."
|
||||
assert gran.text == "Cada fila es una unidad manual."
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_perfil_vacio_no_lanza():
|
||||
# Empty / None never raise; the cover still shows a size and real texts.
|
||||
for prof, ctx in (({}, {}), (None, None)):
|
||||
ch = build_portada(prof, ctx)
|
||||
assert ch is not None
|
||||
group = next(b for b in ch.blocks if isinstance(b, Group))
|
||||
size_h = next(b for b in group.blocks
|
||||
if isinstance(b, Heading) and b.level == 2)
|
||||
assert "filas" in size_h.text and "columnas" in size_h.text
|
||||
desc = _markdown_after(ch.blocks, "Descripción")
|
||||
gran = _markdown_after(ch.blocks, "Granularidad")
|
||||
assert desc.text and "pendiente" not in desc.text.lower()
|
||||
assert gran.text.startswith("Cada fila es")
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_render_pdf_muestra_portada():
|
||||
prof = _profile()
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out = os.path.join(d, "eda.pdf")
|
||||
res = render_automatic_eda_pdf(prof, out, {"title": "EDA"})
|
||||
assert res["path"] == out and os.path.exists(out)
|
||||
assert CHAPTER_ID in [c["id"] for c in res["chapters"]]
|
||||
txt = _pdf_text(out)
|
||||
assert "titanic" in txt.lower()
|
||||
assert "891" in txt and "filas" in txt and "columnas" in txt
|
||||
assert "Titanic" in txt # LLM summary in the Description.
|
||||
assert "Cada fila es" in txt # granularity sentence.
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_render_pptx_muestra_portada():
|
||||
prof = _profile()
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out = os.path.join(d, "eda.pptx")
|
||||
res = render_automatic_eda_pptx(prof, out, {"title": "EDA"})
|
||||
assert res["path"] == out and os.path.exists(out)
|
||||
assert CHAPTER_ID in [c["id"] for c in res["chapters"]]
|
||||
txt = _pptx_text(out)
|
||||
assert "titanic" in txt.lower()
|
||||
assert "891" in txt and "columnas" in txt
|
||||
assert "Cada fila es" in txt
|
||||
@@ -0,0 +1,499 @@
|
||||
"""Key-relations chapter (RELACIONES) — the keys / join structure of the data.
|
||||
|
||||
This chapter is the *relational* section of an AutomaticEDA report. It answers a
|
||||
single question for the table (or the whole DuckDB source it lives in): **how do
|
||||
the keys relate?** It composes, without reimplementing them, the registry's
|
||||
relation primitives and degrades honestly when a layer does not apply.
|
||||
|
||||
It renders, in order, only the layers that have something to say:
|
||||
|
||||
1. **Declared keys** (real schema constraints) — when the DuckDB source declares
|
||||
PRIMARY KEY / FOREIGN KEY / UNIQUE constraints, they are read verbatim via
|
||||
``detect_declared_keys_duckdb`` and shown as ground truth: which column is the
|
||||
PK, which columns are FKs and the table/column they point to.
|
||||
2. **Primary-key candidates** — the ``key_candidates`` the TableProfile already
|
||||
carries (columns whose cardinality equals the row count, with no nulls). These
|
||||
are *candidates*: a column that could serve as the row identifier.
|
||||
3. **Foreign-key candidates** when none are declared:
|
||||
- **Inter-table** (the DuckDB source has several tables): real FK candidates by
|
||||
name signal + value containment via ``infer_fk_containment_duckdb``, plus the
|
||||
join graph (roles + a pasteable Mermaid diagram) via ``build_join_graph``.
|
||||
- **Intra-table** (a single table): columns that *look* like a foreign key by a
|
||||
name+cardinality heuristic (``suggest_intratable_fk_candidates``). This is a
|
||||
**suggestion**, explicitly flagged as a heuristic, never an assertion.
|
||||
|
||||
``build_relaciones(profile, ctx) -> Chapter | None``: returns ``None`` when there
|
||||
is nothing to say (no declared key, no key candidates, and no FK candidate —
|
||||
inter- or intra-table). Reads everything defensively (``.get``) and never raises:
|
||||
anything missing degrades to a note or is omitted; a failing registry call drops
|
||||
its layer instead of aborting the chapter.
|
||||
|
||||
ctx keys this chapter consumes (all optional):
|
||||
db_path, table : str — the DuckDB file and table being profiled (set by
|
||||
``build_eda_render_ctx``). ``db_path`` is needed to read declared
|
||||
constraints, to list the sibling tables, and to run the containment-based
|
||||
FK inference. Without it, only the profile-derived layers (PK candidates,
|
||||
intra-table FK heuristic) are available.
|
||||
glossary : model.GlossaryCollector — shared glossary; the chapter registers
|
||||
the relational terms (PK, FK, containment, cardinality) and marks their
|
||||
first appearance clickable.
|
||||
|
||||
Contract: build_<id>(profile, ctx) -> Chapter | None ; CHAPTER_VERSION = "x.y.z".
|
||||
"""
|
||||
|
||||
from __future__ import annotations
|
||||
|
||||
from .. import model
|
||||
|
||||
# Pure/impure registry functions (group ``eda``) this chapter composes. Imported
|
||||
# defensively (module-leaf imports, like the AGREGACION chapter) so the chapter
|
||||
# still builds — degrading the affected layer to nothing — if a function is
|
||||
# somehow unavailable / not indexed yet.
|
||||
try:
|
||||
from datascience.detect_declared_keys_duckdb import detect_declared_keys_duckdb
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001 — keep the chapter importable no matter what.
|
||||
detect_declared_keys_duckdb = None # type: ignore[assignment]
|
||||
try:
|
||||
from datascience.infer_fk_containment_duckdb import infer_fk_containment_duckdb
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
infer_fk_containment_duckdb = None # type: ignore[assignment]
|
||||
try:
|
||||
from datascience.build_join_graph import build_join_graph
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
build_join_graph = None # type: ignore[assignment]
|
||||
try:
|
||||
from datascience.suggest_intratable_fk_candidates import (
|
||||
suggest_intratable_fk_candidates,
|
||||
)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
suggest_intratable_fk_candidates = None # type: ignore[assignment]
|
||||
try:
|
||||
from infra import duckdb_list_tables
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
duckdb_list_tables = None # type: ignore[assignment]
|
||||
|
||||
CHAPTER_VERSION = "1.0.0"
|
||||
CHAPTER_ID = "relaciones"
|
||||
CHAPTER_TITLE = "Relaciones de clave"
|
||||
|
||||
# Cap the inter-table FK table so a wide schema does not blow up the page; the
|
||||
# rest is summarized in a closing note (no silent truncation).
|
||||
MAX_FK_ROWS = 40
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Glossary terms this chapter explains. Registered in the shared collector and
|
||||
# marked clickable on their first appearance (contract §11.1).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
_TERMS = {
|
||||
"pk": (
|
||||
"Clave primaria (PK)",
|
||||
"Columna (o conjunto de columnas) que identifica de forma única cada fila "
|
||||
"de una tabla: sus valores no se repiten y no son nulos. Una tabla tiene "
|
||||
"como mucho una clave primaria; es el ancla por la que otras tablas la "
|
||||
"referencian.",
|
||||
),
|
||||
"fk": (
|
||||
"Clave foránea (FK)",
|
||||
"Columna de una tabla cuyos valores apuntan a la clave primaria de otra "
|
||||
"tabla (o de la misma), creando una relación entre ambas. Una FK suele ser "
|
||||
"N:1: muchas filas de la tabla origen comparten el mismo valor de la tabla "
|
||||
"destino.",
|
||||
),
|
||||
"containment": (
|
||||
"Containment / inclusión",
|
||||
"Señal con la que se infiere una clave foránea sin que la base la declare: "
|
||||
"la fracción de valores distintos de una columna A que también aparecen "
|
||||
"como valores de otra columna B. Si casi todos los valores de A están "
|
||||
"contenidos en B (inclusión ≈ 1) y B parece una clave, A → B es una FK "
|
||||
"candidata.",
|
||||
),
|
||||
"cardinalidad": (
|
||||
"Cardinalidad",
|
||||
"Número de valores distintos de una columna. Cardinalidad igual al número "
|
||||
"de filas (y sin nulos) señala un identificador (candidato a clave "
|
||||
"primaria); cardinalidad alta pero menor que el número de filas, con "
|
||||
"valores repetidos, es típica de una clave foránea.",
|
||||
),
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def _register_terms(ctx: dict) -> bool:
|
||||
"""Register the relational terms in the shared glossary. Returns whether the
|
||||
in-text appearances should be marked clickable."""
|
||||
glossary = ctx.get("glossary")
|
||||
if not isinstance(glossary, model.GlossaryCollector):
|
||||
return False
|
||||
for key, (label, definition) in _TERMS.items():
|
||||
glossary.add(key, label, definition)
|
||||
return True
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Formatting helpers (mirror the other chapters' defensive style).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _fmt_int(value) -> str:
|
||||
if value is None:
|
||||
return "—"
|
||||
try:
|
||||
return f"{int(value):,}".replace(",", ".")
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
return model._safe_str(value)
|
||||
|
||||
|
||||
def _fmt_pct_fraction(value, decimals: int = 1) -> str:
|
||||
"""Format a 0–1 fraction as a percentage. None -> placeholder."""
|
||||
if value is None:
|
||||
return "—"
|
||||
try:
|
||||
v = float(value)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
return model._safe_str(value)
|
||||
if v <= 1.0:
|
||||
v *= 100.0
|
||||
return f"{v:.{decimals}f}%"
|
||||
|
||||
|
||||
def _fmt_ratio(value, decimals: int = 3) -> str:
|
||||
"""Format an already-0–1 ratio (inclusion) as a plain number."""
|
||||
if value is None:
|
||||
return "—"
|
||||
try:
|
||||
return f"{float(value):.{decimals}f}".rstrip("0").rstrip(".")
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
return model._safe_str(value)
|
||||
|
||||
|
||||
def _is_dict(v) -> bool:
|
||||
return isinstance(v, dict)
|
||||
|
||||
|
||||
def _columns_by_name(profile: dict) -> dict:
|
||||
"""Index the profile columns by name for quick metric lookup."""
|
||||
out = {}
|
||||
for col in (profile.get("columns") or []):
|
||||
if _is_dict(col) and col.get("name") is not None:
|
||||
out[col.get("name")] = col
|
||||
return out
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Layer 1 — declared keys (real schema constraints).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _declared_keys(db_path: str, table: str):
|
||||
"""Read declared PK/FK/UNIQUE for the source, or None if unavailable."""
|
||||
if not db_path or detect_declared_keys_duckdb is None:
|
||||
return None
|
||||
try:
|
||||
out = detect_declared_keys_duckdb(db_path, table)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001 — dict-no-throw: treat as unavailable.
|
||||
return None
|
||||
if not _is_dict(out) or out.get("status") != "ok":
|
||||
return None
|
||||
return out
|
||||
|
||||
|
||||
def _declared_section(declared: dict) -> list:
|
||||
"""Blocks for the declared-keys layer, or [] if there is nothing declared."""
|
||||
pks = [p for p in (declared.get("primary_keys") or []) if _is_dict(p)]
|
||||
fks = [f for f in (declared.get("foreign_keys") or []) if _is_dict(f)]
|
||||
uqs = [u for u in (declared.get("unique") or []) if _is_dict(u)]
|
||||
if not (pks or fks or uqs):
|
||||
return []
|
||||
|
||||
blocks = [
|
||||
model.Heading(text="Claves declaradas en el esquema", level=2),
|
||||
model.Markdown(text=(
|
||||
"La base **declara** estas relaciones de clave como restricciones "
|
||||
"reales del esquema (constraints). Son la verdad de referencia: no se "
|
||||
"infieren, se leen tal cual de la definición de las tablas.")),
|
||||
]
|
||||
|
||||
if pks:
|
||||
rows = [[model._safe_str(p.get("table")),
|
||||
", ".join(model._safe_str(c) for c in (p.get("columns") or []))]
|
||||
for p in pks]
|
||||
blocks.append(model.DataTable(
|
||||
header=["Tabla", "Columna(s) PK"], rows=rows,
|
||||
title="Claves primarias declaradas",
|
||||
note="Cada fila: la clave primaria declarada de una tabla."))
|
||||
|
||||
if fks:
|
||||
rows = []
|
||||
for f in fks:
|
||||
src = ", ".join(model._safe_str(c) for c in (f.get("columns") or []))
|
||||
dst = ", ".join(
|
||||
model._safe_str(c) for c in (f.get("referenced_columns") or []))
|
||||
rows.append([
|
||||
model._safe_str(f.get("table")), src,
|
||||
model._safe_str(f.get("referenced_table")), dst])
|
||||
blocks.append(model.DataTable(
|
||||
header=["Tabla origen", "Columna(s) FK", "→ Tabla destino",
|
||||
"Columna(s) destino"],
|
||||
rows=rows, title="Claves foráneas declaradas",
|
||||
note="Cada fila: una FK declarada — origen → destino."))
|
||||
|
||||
if uqs:
|
||||
rows = [[model._safe_str(u.get("table")),
|
||||
", ".join(model._safe_str(c) for c in (u.get("columns") or []))]
|
||||
for u in uqs]
|
||||
blocks.append(model.DataTable(
|
||||
header=["Tabla", "Columna(s) UNIQUE"], rows=rows,
|
||||
title="Restricciones UNIQUE declaradas"))
|
||||
|
||||
return blocks
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Layer 2 — primary-key candidates (from the profile).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _pk_candidates_section(profile: dict, mark: bool) -> list:
|
||||
"""Blocks for the PK-candidates layer, or [] if there are none."""
|
||||
keys = [k for k in (profile.get("key_candidates") or []) if k is not None]
|
||||
if not keys:
|
||||
return []
|
||||
by_name = _columns_by_name(profile)
|
||||
|
||||
pk = ("[[term:pk]]**clave primaria**[[/term]]" if mark
|
||||
else "**clave primaria**")
|
||||
intro = (
|
||||
f"Columnas **candidatas a {pk}**: su "
|
||||
"[[term:cardinalidad]]cardinalidad[[/term]] iguala al número de filas y "
|
||||
"no tienen nulos. Son candidatas, no una clave declarada: la base no "
|
||||
"las marca como tal."
|
||||
if mark else
|
||||
"Columnas **candidatas a clave primaria**: su cardinalidad iguala al "
|
||||
"número de filas y no tienen nulos. Son candidatas, no una clave "
|
||||
"declarada.")
|
||||
|
||||
rows = []
|
||||
for name in keys:
|
||||
col = by_name.get(name) or {}
|
||||
rows.append([
|
||||
model._safe_str(name),
|
||||
_fmt_int(col.get("distinct_count")),
|
||||
_fmt_pct_fraction(col.get("unique_pct")),
|
||||
model._safe_str(col.get("inferred_type") or col.get("physical_type") or "—"),
|
||||
])
|
||||
return [
|
||||
model.Heading(text="Candidatos a clave primaria", level=2),
|
||||
model.Markdown(text=intro),
|
||||
model.DataTable(
|
||||
header=["Columna", "Valores distintos", "% único", "Tipo"],
|
||||
rows=rows, title="Candidatas a clave primaria",
|
||||
note=f"{_fmt_int(profile.get('n_rows'))} filas en total como referencia."),
|
||||
]
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Layer 3a — inter-table FK candidates (containment) + join graph.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _list_source_tables(db_path: str) -> list:
|
||||
"""List the tables in the DuckDB source, or [] if it can't be listed."""
|
||||
if not db_path or duckdb_list_tables is None:
|
||||
return []
|
||||
try:
|
||||
out = duckdb_list_tables(db_path)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
return []
|
||||
if not _is_dict(out) or out.get("status") != "ok":
|
||||
return []
|
||||
return [t for t in (out.get("tables") or []) if isinstance(t, str)]
|
||||
|
||||
|
||||
def _inter_table_section(db_path: str, tables: list, mark: bool) -> list:
|
||||
"""Blocks for the inter-table FK layer (containment + join graph), or []."""
|
||||
if infer_fk_containment_duckdb is None or len(tables) < 2:
|
||||
return []
|
||||
try:
|
||||
fk = infer_fk_containment_duckdb(db_path, tables=tables)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
return []
|
||||
if not _is_dict(fk) or fk.get("status") != "ok":
|
||||
return []
|
||||
candidates = [c for c in (fk.get("fk_candidates") or []) if _is_dict(c)]
|
||||
if not candidates:
|
||||
return []
|
||||
|
||||
containment = ("[[term:containment]]containment (inclusión de valores)[[/term]]"
|
||||
if mark else "containment (inclusión de valores)")
|
||||
fk_term = "[[term:fk]]**claves foráneas**[[/term]]" if mark else "**claves foráneas**"
|
||||
blocks = [
|
||||
model.Heading(text="Claves foráneas candidatas (inter-tabla)", level=2),
|
||||
model.Markdown(text=(
|
||||
f"La fuente tiene varias tablas. Estas {fk_term} candidatas se "
|
||||
f"infieren por señal de nombre y por {containment}. No están "
|
||||
"declaradas por la base; son la relación más probable según los "
|
||||
"datos.")),
|
||||
]
|
||||
|
||||
shown = candidates[:MAX_FK_ROWS]
|
||||
rows = []
|
||||
for c in shown:
|
||||
rows.append([
|
||||
f"{model._safe_str(c.get('from_table'))}.{model._safe_str(c.get('from_col'))}",
|
||||
f"{model._safe_str(c.get('to_table'))}.{model._safe_str(c.get('to_col'))}",
|
||||
_fmt_ratio(c.get("inclusion")),
|
||||
model._safe_str(c.get("cardinality") or "—"),
|
||||
"sí" if c.get("name_match") else "no",
|
||||
])
|
||||
note = "Ordenadas por señal de nombre e inclusión."
|
||||
if len(candidates) > len(shown):
|
||||
note += f" Se muestran {len(shown)} de {len(candidates)} candidatas."
|
||||
blocks.append(model.DataTable(
|
||||
header=["Origen", "→ Destino", "Inclusión", "Cardinalidad", "Coincide nombre"],
|
||||
rows=rows, title="FK candidatas por containment", note=note))
|
||||
|
||||
# Join graph: node roles + a pasteable Mermaid diagram, kept together.
|
||||
if build_join_graph is not None:
|
||||
try:
|
||||
graph = build_join_graph(candidates, tables=tables)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
graph = None
|
||||
if _is_dict(graph):
|
||||
graph_blocks = [model.Heading(text="Grafo de relaciones", level=3)]
|
||||
nodes = [n for n in (graph.get("nodes") or []) if _is_dict(n)]
|
||||
if nodes:
|
||||
node_rows = [[
|
||||
model._safe_str(n.get("table")),
|
||||
model._safe_str(n.get("role") or "—"),
|
||||
_fmt_int(n.get("out_degree")),
|
||||
_fmt_int(n.get("in_degree")),
|
||||
] for n in nodes]
|
||||
graph_blocks.append(model.DataTable(
|
||||
header=["Tabla", "Rol", "FK salientes", "FK entrantes"],
|
||||
rows=node_rows, title="Tablas y su rol en el grafo",
|
||||
note="Rol: fact (apunta a otras), dimension (referenciada), "
|
||||
"bridge (ambas), standalone (aislada)."))
|
||||
hubs = [h for h in (graph.get("hubs") or []) if h]
|
||||
if hubs:
|
||||
graph_blocks.append(model.Markdown(text=(
|
||||
"Tablas con más relaciones salientes (candidatas a tabla de "
|
||||
"hechos): " + ", ".join(model._safe_str(h) for h in hubs) + ".")))
|
||||
mermaid = model._safe_str(graph.get("mermaid")).strip()
|
||||
if mermaid:
|
||||
graph_blocks.append(model.Markdown(text=(
|
||||
"Diagrama de las relaciones (pegable en un bloque Mermaid):")))
|
||||
graph_blocks.append(model.Markdown(
|
||||
text="```mermaid\n" + mermaid + "\n```"))
|
||||
if len(graph_blocks) > 1:
|
||||
blocks.append(model.Group(blocks=graph_blocks,
|
||||
title="Grafo de relaciones"))
|
||||
|
||||
skipped = [s for s in (fk.get("skipped") or []) if s]
|
||||
if skipped:
|
||||
blocks.append(model.Note(
|
||||
"Algunos pares se omitieron por tamaño: "
|
||||
+ "; ".join(model._safe_str(s) for s in skipped) + "."))
|
||||
return blocks
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Layer 3b — intra-table FK candidates (name+cardinality heuristic).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _intra_table_section(profile: dict, mark: bool) -> list:
|
||||
"""Blocks for the intra-table FK heuristic layer, or [] if no candidates."""
|
||||
if suggest_intratable_fk_candidates is None:
|
||||
return []
|
||||
try:
|
||||
cands = suggest_intratable_fk_candidates(profile)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
return []
|
||||
cands = [c for c in (cands or []) if _is_dict(c)]
|
||||
if not cands:
|
||||
return []
|
||||
|
||||
fk_term = "[[term:fk]]**claves foráneas**[[/term]]" if mark else "**claves foráneas**"
|
||||
blocks = [
|
||||
model.Heading(text="Posibles claves foráneas (heurística de nombre)", level=2),
|
||||
model.Markdown(text=(
|
||||
f"No hay otras tablas que referenciar, pero algunas columnas **parecen** "
|
||||
f"{fk_term} por su nombre (terminan en «id») y su cardinalidad (muchos "
|
||||
"valores repetidos, N:1). Es una **sugerencia heurística**, no una "
|
||||
"afirmación: el nombre de la tabla destino es una conjetura y no se "
|
||||
"comprueba inclusión de valores contra ninguna tabla real.")),
|
||||
]
|
||||
rows = []
|
||||
for c in cands:
|
||||
rows.append([
|
||||
model._safe_str(c.get("column")),
|
||||
model._safe_str(c.get("ref_table_guess") or "—"),
|
||||
_fmt_int(c.get("distinct_count")),
|
||||
_fmt_pct_fraction(c.get("unique_pct")),
|
||||
model._safe_str(c.get("inferred_type") or c.get("physical_type") or "—"),
|
||||
model._safe_str(c.get("reason") or ""),
|
||||
])
|
||||
blocks.append(model.DataTable(
|
||||
header=["Columna", "Posible tabla", "Valores distintos", "% único",
|
||||
"Tipo", "Motivo"],
|
||||
rows=rows, title="Posibles FK por nombre y cardinalidad",
|
||||
note="Heurística: posibles falsos positivos/negativos. No confirma containment."))
|
||||
blocks.append(model.Note(
|
||||
"Estas sugerencias se basan solo en el nombre y la cardinalidad. Para "
|
||||
"confirmarlas haría falta la tabla destino y comprobar la inclusión de "
|
||||
"valores (containment)."))
|
||||
return blocks
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Entry point.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _intro_blocks(mark: bool) -> list:
|
||||
pk = "[[term:pk]]clave primaria[[/term]]" if mark else "clave primaria"
|
||||
fk = "[[term:fk]]clave foránea[[/term]]" if mark else "clave foránea"
|
||||
text = (
|
||||
f"Este capítulo analiza las **relaciones de clave** de la tabla: cuál es "
|
||||
f"la {pk} y cuáles son las {fk}. Cuando la base las **declara** como "
|
||||
"restricciones del esquema, se muestran tal cual; cuando no, se proponen "
|
||||
"las más probables a partir de los datos —por containment entre tablas o, "
|
||||
"en una sola tabla, por una heurística de nombre y cardinalidad— siempre "
|
||||
"marcadas como candidatas, nunca como hechos.")
|
||||
return [model.Heading(text=CHAPTER_TITLE, level=1), model.Markdown(text=text)]
|
||||
|
||||
|
||||
def build_relaciones(profile: dict, ctx: dict):
|
||||
"""Build the RELACIONES Chapter, or None if there is nothing to say.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
profile: the ``eda`` group TableProfile dict (may be None/empty).
|
||||
ctx: presentation context. Consumes ``db_path`` + ``table`` (to read
|
||||
declared constraints, list sibling tables and run the containment FK
|
||||
inference) and ``glossary`` (to register the relational terms).
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
A ``model.Chapter`` with the applicable relation layers; or ``None`` when
|
||||
the dataset has no declared key, no key candidates and no FK candidate
|
||||
(neither inter- nor intra-table).
|
||||
"""
|
||||
if not isinstance(profile, dict):
|
||||
profile = {}
|
||||
ctx = ctx if isinstance(ctx, dict) else {}
|
||||
db_path = ctx.get("db_path")
|
||||
table = ctx.get("table")
|
||||
|
||||
mark = _register_terms(ctx)
|
||||
|
||||
# Build each layer; the chapter is the concatenation of the non-empty ones.
|
||||
declared = _declared_keys(db_path, table)
|
||||
declared_blocks = _declared_section(declared) if declared else []
|
||||
declared_has_fk = bool(declared and declared.get("foreign_keys"))
|
||||
|
||||
pk_blocks = _pk_candidates_section(profile, mark)
|
||||
|
||||
tables = _list_source_tables(db_path)
|
||||
inter_blocks = _inter_table_section(db_path, tables, mark)
|
||||
|
||||
# The intra-table heuristic only makes sense when no real FK is available for
|
||||
# this table — neither declared nor inferred inter-table. Otherwise the real
|
||||
# relations already answer the question and the heuristic is just noise.
|
||||
if declared_has_fk or inter_blocks:
|
||||
intra_blocks = []
|
||||
else:
|
||||
intra_blocks = _intra_table_section(profile, mark)
|
||||
|
||||
body = declared_blocks + pk_blocks + inter_blocks + intra_blocks
|
||||
if not body:
|
||||
return None # chapter does not apply: nothing to say about relations.
|
||||
|
||||
blocks = _intro_blocks(mark) + body
|
||||
return model.Chapter(id=CHAPTER_ID, title=CHAPTER_TITLE,
|
||||
version=CHAPTER_VERSION, blocks=blocks)
|
||||
@@ -0,0 +1,273 @@
|
||||
"""Tests for the RELACIONES chapter — DoD: golden(s) + edges + no-cut render.
|
||||
|
||||
Two goldens covering the two real paths of the chapter:
|
||||
|
||||
- **Intra-table** (a single table, no db source for relations): the chapter shows
|
||||
the primary-key candidates from the profile and the heuristic foreign-key
|
||||
suggestions (name + cardinality), explicitly flagged as a heuristic. Renders to
|
||||
PDF and PPTX with nothing cut.
|
||||
- **Inter-table** (a real DuckDB file with two related tables, customers/orders,
|
||||
with a declared FK): the chapter shows the declared keys, the containment-based
|
||||
FK candidates and the join graph (roles + a pasteable Mermaid diagram).
|
||||
|
||||
Edges: a profile with no key candidate and no FK-looking column returns None;
|
||||
``None`` / ``{}`` profiles do not raise. The chapter registers its glossary terms.
|
||||
|
||||
Layers that depend on the sibling registry functions delegated alongside this
|
||||
chapter (``detect_declared_keys_duckdb``, ``suggest_intratable_fk_candidates``)
|
||||
are asserted **conditionally on the function being importable**, so the chapter's
|
||||
honest-degradation contract is what is tested, never a hard dependency on import
|
||||
timing.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import os
|
||||
import tempfile
|
||||
|
||||
import duckdb
|
||||
from pptx import Presentation
|
||||
from pypdf import PdfReader
|
||||
|
||||
from datascience.automatic_eda.chapters.relaciones import build_relaciones
|
||||
from datascience.automatic_eda.model import Chapter, Group, GlossaryCollector
|
||||
from datascience.render_automatic_eda_pdf import render_automatic_eda_pdf
|
||||
from datascience.render_automatic_eda_pptx import render_automatic_eda_pptx
|
||||
|
||||
# The optional sibling functions: their layers are asserted only when present.
|
||||
try:
|
||||
from datascience.detect_declared_keys_duckdb import detect_declared_keys_duckdb
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
detect_declared_keys_duckdb = None
|
||||
try:
|
||||
from datascience.suggest_intratable_fk_candidates import (
|
||||
suggest_intratable_fk_candidates,
|
||||
)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
suggest_intratable_fk_candidates = None
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Helpers.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _flatten(blocks) -> list:
|
||||
"""Flatten Group blocks so a test can inspect every leaf block."""
|
||||
out = []
|
||||
for b in blocks:
|
||||
if isinstance(b, Group):
|
||||
out.extend(_flatten(b.blocks))
|
||||
else:
|
||||
out.append(b)
|
||||
return out
|
||||
|
||||
|
||||
def _text_of(chapter: Chapter) -> str:
|
||||
"""Collect all visible text of a chapter's blocks into one string."""
|
||||
parts = []
|
||||
for b in _flatten(chapter.blocks):
|
||||
for attr in ("text", "title", "note"):
|
||||
v = getattr(b, attr, None)
|
||||
if isinstance(v, str):
|
||||
parts.append(v)
|
||||
header = getattr(b, "header", None)
|
||||
if isinstance(header, list):
|
||||
parts.extend(str(c) for c in header)
|
||||
rows = getattr(b, "rows", None)
|
||||
if isinstance(rows, list):
|
||||
for r in rows:
|
||||
if isinstance(r, (list, tuple)):
|
||||
parts.extend(str(c) for c in r)
|
||||
else:
|
||||
parts.append(str(r))
|
||||
return "\n".join(parts)
|
||||
|
||||
|
||||
def _render_both(chapter: Chapter, tag: str):
|
||||
"""Render the chapter to PDF and PPTX; return (pdf_text, n_slides)."""
|
||||
tmp = tempfile.mkdtemp(prefix=f"relaciones_{tag}_")
|
||||
pdf_path = os.path.join(tmp, "out.pdf")
|
||||
pptx_path = os.path.join(tmp, "out.pptx")
|
||||
meta = {"title": f"EDA — {tag}"}
|
||||
render_automatic_eda_pdf([chapter], pdf_path, meta)
|
||||
render_automatic_eda_pptx([chapter], pptx_path, meta)
|
||||
assert os.path.exists(pdf_path) and os.path.getsize(pdf_path) > 0
|
||||
assert os.path.exists(pptx_path) and os.path.getsize(pptx_path) > 0
|
||||
text = "".join(p.extract_text() or "" for p in PdfReader(pdf_path).pages)
|
||||
n_slides = len(Presentation(pptx_path).slides)
|
||||
return text, n_slides
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Fixtures.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _titanic_profile() -> dict:
|
||||
"""A single-table profile: a PK candidate + a column that looks like a FK."""
|
||||
return {
|
||||
"table": "titanic",
|
||||
"source": "/data/titanic.csv",
|
||||
"n_rows": 891,
|
||||
"n_cols": 4,
|
||||
"key_candidates": ["PassengerId"],
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "PassengerId", "inferred_type": "numeric",
|
||||
"physical_type": "BIGINT", "distinct_count": 891,
|
||||
"unique_pct": 1.0, "flags": ["possible_id"]},
|
||||
{"name": "ticket_id", "inferred_type": "numeric",
|
||||
"physical_type": "BIGINT", "distinct_count": 681,
|
||||
"unique_pct": 0.76, "flags": []},
|
||||
{"name": "fare", "inferred_type": "numeric",
|
||||
"physical_type": "DOUBLE", "distinct_count": 248,
|
||||
"unique_pct": 0.28, "flags": []},
|
||||
{"name": "sex", "inferred_type": "categorical",
|
||||
"physical_type": "VARCHAR", "distinct_count": 2,
|
||||
"unique_pct": 0.002, "flags": []},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def _make_relational_db(path: str) -> None:
|
||||
"""Create a small DuckDB with customers(id) <- orders(customer_id), real FK."""
|
||||
con = duckdb.connect(path)
|
||||
con.execute("CREATE TABLE customers(id INTEGER PRIMARY KEY, name TEXT)")
|
||||
con.execute(
|
||||
"CREATE TABLE orders(id INTEGER PRIMARY KEY, "
|
||||
"customer_id INTEGER REFERENCES customers(id), amount DOUBLE)")
|
||||
con.execute("INSERT INTO customers VALUES "
|
||||
"(1,'a'),(2,'b'),(3,'c'),(4,'d'),(5,'e')")
|
||||
con.execute("INSERT INTO orders VALUES "
|
||||
"(1,1,10.0),(2,1,20.0),(3,2,30.0),(4,3,40.0),"
|
||||
"(5,3,50.0),(6,4,60.0),(7,5,70.0),(8,2,80.0)")
|
||||
con.close()
|
||||
|
||||
|
||||
def _orders_profile() -> dict:
|
||||
"""A profile for the `orders` table of the relational DB."""
|
||||
return {
|
||||
"table": "orders",
|
||||
"source": "orders",
|
||||
"n_rows": 8,
|
||||
"n_cols": 3,
|
||||
"key_candidates": ["id"],
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "id", "inferred_type": "numeric", "physical_type": "INTEGER",
|
||||
"distinct_count": 8, "unique_pct": 1.0, "flags": ["possible_id"]},
|
||||
{"name": "customer_id", "inferred_type": "numeric",
|
||||
"physical_type": "INTEGER", "distinct_count": 5, "unique_pct": 0.625,
|
||||
"flags": []},
|
||||
{"name": "amount", "inferred_type": "numeric", "physical_type": "DOUBLE",
|
||||
"distinct_count": 8, "unique_pct": 1.0, "flags": []},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Golden 1 — intra-table.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_golden_intra_table_pk_and_fk_heuristic():
|
||||
"""Single table: PK candidate shown; FK heuristic shown (if fn available);
|
||||
renders to PDF + PPTX with nothing cut."""
|
||||
prof = _titanic_profile()
|
||||
glossary = GlossaryCollector()
|
||||
# No db_path: only the profile-derived layers apply (no declared, no inter).
|
||||
chapter = build_relaciones(prof, {"glossary": glossary})
|
||||
|
||||
assert isinstance(chapter, Chapter)
|
||||
assert chapter.id == "relaciones"
|
||||
text = _text_of(chapter)
|
||||
|
||||
# PK candidate is always present (comes from the profile).
|
||||
assert "Candidatos a clave primaria" in text
|
||||
assert "PassengerId" in text
|
||||
|
||||
# Glossary terms got registered.
|
||||
for key in ("pk", "fk", "cardinalidad"):
|
||||
assert glossary.has(key)
|
||||
|
||||
# FK heuristic layer: present iff the delegated function is importable.
|
||||
if suggest_intratable_fk_candidates is not None:
|
||||
assert "Posibles claves foráneas" in text
|
||||
assert "ticket_id" in text
|
||||
# The float measure and the PK itself are NOT suggested as FKs.
|
||||
assert "Posibles FK por nombre" in text
|
||||
|
||||
pdf_text, n_slides = _render_both(chapter, "intra")
|
||||
assert "PassengerId" in pdf_text
|
||||
assert n_slides >= 1
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Golden 2 — inter-table (real DuckDB).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_golden_inter_table_containment_and_join_graph():
|
||||
"""Two related tables: declared FK (if fn available) + containment FK
|
||||
candidate + Mermaid join graph."""
|
||||
tmp = tempfile.mkdtemp(prefix="relaciones_db_")
|
||||
db_path = os.path.join(tmp, "shop.duckdb")
|
||||
_make_relational_db(db_path)
|
||||
|
||||
prof = _orders_profile()
|
||||
glossary = GlossaryCollector()
|
||||
chapter = build_relaciones(
|
||||
prof, {"db_path": db_path, "table": "orders", "glossary": glossary})
|
||||
|
||||
assert isinstance(chapter, Chapter)
|
||||
text = _text_of(chapter)
|
||||
|
||||
# Inter-table containment FK candidate: customer_id -> customers.id. This path
|
||||
# uses infer_fk_containment_duckdb + build_join_graph, both already in the
|
||||
# registry, so it must be present.
|
||||
assert "Claves foráneas candidatas (inter-tabla)" in text
|
||||
assert "orders.customer_id" in text
|
||||
assert "customers.id" in text
|
||||
# Join graph with a pasteable Mermaid diagram.
|
||||
assert "Grafo de relaciones" in text
|
||||
assert "mermaid" in text
|
||||
assert "graph LR" in text
|
||||
assert "containment" in text.lower()
|
||||
|
||||
# Declared-keys layer: present iff the delegated function is importable.
|
||||
if detect_declared_keys_duckdb is not None:
|
||||
assert "Claves declaradas en el esquema" in text
|
||||
assert "Claves foráneas declaradas" in text
|
||||
|
||||
pdf_text, n_slides = _render_both(chapter, "inter")
|
||||
assert "customer_id" in pdf_text
|
||||
assert n_slides >= 1
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Edges.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_none_when_no_relations():
|
||||
"""No key candidates, no FK-looking columns, no db source -> None."""
|
||||
prof = {
|
||||
"table": "flat", "n_rows": 100, "n_cols": 2, "key_candidates": [],
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "value", "inferred_type": "numeric", "physical_type": "DOUBLE",
|
||||
"distinct_count": 50, "unique_pct": 0.5, "flags": []},
|
||||
{"name": "label", "inferred_type": "categorical",
|
||||
"physical_type": "VARCHAR", "distinct_count": 3, "unique_pct": 0.03,
|
||||
"flags": []},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
assert build_relaciones(prof, {}) is None
|
||||
|
||||
|
||||
def test_empty_and_none_profile_do_not_raise():
|
||||
"""None / {} profile and missing ctx degrade to None without raising."""
|
||||
assert build_relaciones(None, None) is None
|
||||
assert build_relaciones({}, {}) is None
|
||||
assert build_relaciones({}, {"glossary": GlossaryCollector()}) is None
|
||||
|
||||
|
||||
def test_pk_candidate_only_builds_chapter():
|
||||
"""A profile with only a key candidate (no FK anything, no db) still builds:
|
||||
the relations chapter applies because there is a PK candidate to report."""
|
||||
prof = {
|
||||
"table": "t", "n_rows": 10, "n_cols": 1, "key_candidates": ["row_id"],
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "row_id", "inferred_type": "numeric", "physical_type": "BIGINT",
|
||||
"distinct_count": 10, "unique_pct": 1.0, "flags": ["possible_id"]},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
chapter = build_relaciones(prof, {})
|
||||
assert isinstance(chapter, Chapter)
|
||||
assert "Candidatos a clave primaria" in _text_of(chapter)
|
||||
@@ -33,6 +33,7 @@ CHAPTER_ORDER = [
|
||||
"cat_distr", # categorical distributions
|
||||
"calidad", # data quality
|
||||
"correlacion", # correlations / associations
|
||||
"relaciones", # key relations: declared/candidate PK + FK (inter/intra-table)
|
||||
"modelos", # cheap models (PCA/KMeans/outliers)
|
||||
"timeseries", # time-series analysis
|
||||
"geospatial", # geospatial
|
||||
|
||||
@@ -139,10 +139,17 @@ class Group:
|
||||
it starts on a fresh page and flows (honest degradation, never cut). Use it to
|
||||
bind ``Heading`` + ``Markdown`` + ``Figure`` of one idea together (see the
|
||||
DISTR NUM / AGREGACION chapters).
|
||||
|
||||
When ``page_break_before`` is True the renderer additionally forces the group
|
||||
to *start* on a fresh page/slide (unless the current one is already empty), so
|
||||
a chapter can give each unit its own page — e.g. one categorical column per
|
||||
page (see CAT DISTR). It is purely additive: the default False keeps the plain
|
||||
keep-together behaviour for every existing chapter.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
blocks: list = field(default_factory=list)
|
||||
title: Optional[str] = None
|
||||
page_break_before: bool = False
|
||||
kind: str = field(default="group", init=False)
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -228,7 +235,9 @@ def as_block(obj: Any):
|
||||
return Note(text=_safe_str(obj.get("text")))
|
||||
if cls is Group:
|
||||
return Group(blocks=as_blocks(obj.get("blocks")),
|
||||
title=obj.get("title"))
|
||||
title=obj.get("title"),
|
||||
page_break_before=bool(
|
||||
obj.get("page_break_before", False)))
|
||||
if cls is GlossaryEntry:
|
||||
return GlossaryEntry(key=_safe_str(obj.get("key")),
|
||||
label=_safe_str(obj.get("label")),
|
||||
|
||||
@@ -0,0 +1,458 @@
|
||||
"""AutomaticEDA Markdown serializer — one self-contained file to paste to an LLM.
|
||||
|
||||
Same document model as the PDF/PPTX renderers (an ordered list of
|
||||
:class:`Chapter`, each a list of format-independent blocks) but emitted as plain
|
||||
**Markdown** instead of a binary. The goal is different from the other two
|
||||
renderers: a Markdown EDA is meant to be *pasted into an LLM*, so it prioritises
|
||||
TEXT and DATA over visuals. Tables become Markdown tables (every row dumped, no
|
||||
pagination — nothing is cut because there are no pages); a ``Figure`` becomes its
|
||||
caption plus, when possible, the underlying bar/histogram data as a Markdown
|
||||
table (an LLM cannot see the image); glossary term markers are stripped while
|
||||
``**bold**`` is kept (it is valid Markdown).
|
||||
|
||||
dict-no-throw (the ``eda`` group style): :func:`render_md` never raises. On a
|
||||
fatal error it returns ``{path: None, ...}`` with a ``note`` explaining why; a
|
||||
malformed block degrades to a readable note rather than crashing the document.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
from __future__ import annotations
|
||||
|
||||
import os
|
||||
import re
|
||||
|
||||
from . import model
|
||||
|
||||
# Glossary span markers (kept text, dropped markers). We intentionally do NOT use
|
||||
# ``text_layout.strip_inline_md`` for Markdown blocks because that also removes
|
||||
# ``**bold**`` — valid Markdown we want to preserve when pasting to an LLM.
|
||||
_TERM_OPEN_RE = re.compile(r"\[\[term:[A-Za-z0-9_]+\]\]")
|
||||
_MAX_BAR_ROWS = 100
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Small helpers.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _clean_terms(s) -> str:
|
||||
"""Drop glossary term markers, keeping the visible text (and any **bold**)."""
|
||||
s = model._safe_str(s)
|
||||
s = _TERM_OPEN_RE.sub("", s)
|
||||
return s.replace("[[/term]]", "")
|
||||
|
||||
|
||||
def _cell(v) -> str:
|
||||
"""Render a value as a safe Markdown table cell.
|
||||
|
||||
Escapes pipes (``|`` -> ``\\|``) so they do not break the column layout and
|
||||
folds newlines to ``<br>`` so a multi-line value stays inside one cell. None
|
||||
becomes an empty string.
|
||||
"""
|
||||
s = model._safe_str(v)
|
||||
s = s.replace("|", "\\|")
|
||||
s = s.replace("\r\n", "\n").replace("\r", "\n").replace("\n", "<br>")
|
||||
return s
|
||||
|
||||
|
||||
def _slug(text: str) -> str:
|
||||
"""GitHub-style heading anchor: lowercase, spaces->'-', drop other symbols."""
|
||||
s = model._safe_str(text).strip().lower()
|
||||
out = []
|
||||
for ch in s:
|
||||
if ch.isalnum():
|
||||
out.append(ch)
|
||||
elif ch in " -":
|
||||
out.append("-")
|
||||
# any other symbol is dropped.
|
||||
slug = "".join(out)
|
||||
while "--" in slug:
|
||||
slug = slug.replace("--", "-")
|
||||
return slug.strip("-")
|
||||
|
||||
|
||||
def _fmt_num(v) -> str:
|
||||
"""Compact number for the figure data tables (ints as ints, else 4 sig figs)."""
|
||||
try:
|
||||
f = float(v)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
return model._safe_str(v)
|
||||
if f != f: # NaN
|
||||
return "NaN"
|
||||
if f == int(f) and abs(f) < 1e15:
|
||||
return str(int(f))
|
||||
return f"{f:.4g}"
|
||||
|
||||
|
||||
def _fmt_int(v) -> str:
|
||||
try:
|
||||
return str(int(v))
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
return model._safe_str(v)
|
||||
|
||||
|
||||
def _now_iso() -> str:
|
||||
from datetime import datetime, timezone
|
||||
return datetime.now(timezone.utc).strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S UTC")
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Document header (title + metadata blockquote + numbered index).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _meta_block(meta: dict) -> list:
|
||||
"""Build the metadata lines for the header blockquote (omitting absentees)."""
|
||||
ctx = meta.get("ctx") if isinstance(meta.get("ctx"), dict) else {}
|
||||
lines: list = []
|
||||
|
||||
def add(label, value) -> None:
|
||||
if value is None:
|
||||
return
|
||||
s = model._safe_str(value).strip()
|
||||
if s and s.lower() != "none":
|
||||
lines.append(f"**{label}:** {s}")
|
||||
|
||||
add("Dataset", ctx.get("dataset_name") or meta.get("dataset_name"))
|
||||
add("Fuente", ctx.get("source_origin") or meta.get("source_origin"))
|
||||
add("Almacenamiento", ctx.get("storage") or meta.get("storage"))
|
||||
n_rows = ctx.get("n_rows", meta.get("n_rows"))
|
||||
n_cols = ctx.get("n_cols", meta.get("n_cols"))
|
||||
if n_rows is not None and n_cols is not None:
|
||||
lines.append(
|
||||
f"**Dimensiones:** {_fmt_int(n_rows)} filas × {_fmt_int(n_cols)} columnas")
|
||||
add("Generado", meta.get("generated_at") or _now_iso())
|
||||
lines.append(f"**Motor:** {model.ENGINE_NAME} v{model.ENGINE_VERSION}")
|
||||
return lines
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Per-block serializers. Each returns a Markdown string (no surrounding blanks;
|
||||
# the caller separates blocks with a blank line).
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _md_heading(block) -> str:
|
||||
level = int(getattr(block, "level", 1) or 1)
|
||||
hashes = "#" * min(level + 2, 6) # level1 -> ###; '#'/'##' reserved for doc/chapter.
|
||||
text = _clean_terms(getattr(block, "text", "")).strip()
|
||||
return f"{hashes} {text}"
|
||||
|
||||
|
||||
def _md_markdown(block) -> str:
|
||||
# Keep the text verbatim, dropping only glossary markers (keep **bold**).
|
||||
return _clean_terms(getattr(block, "text", "")).rstrip("\n")
|
||||
|
||||
|
||||
def _md_kv_table(block) -> str:
|
||||
lines: list = []
|
||||
title = getattr(block, "title", None)
|
||||
if title:
|
||||
lines.append(f"**{_clean_terms(title).strip()}**")
|
||||
lines.append("")
|
||||
lines.append("| Campo | Valor |")
|
||||
lines.append("| --- | --- |")
|
||||
for row in (getattr(block, "rows", []) or []):
|
||||
try:
|
||||
label, value = row[0], row[1]
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
label, value = row, ""
|
||||
lines.append(f"| {_cell(label)} | {_cell(value)} |")
|
||||
return "\n".join(lines)
|
||||
|
||||
|
||||
def _md_data_table(block) -> str:
|
||||
lines: list = []
|
||||
title = getattr(block, "title", None)
|
||||
if title:
|
||||
lines.append(f"**{_clean_terms(title).strip()}**")
|
||||
lines.append("")
|
||||
header = list(getattr(block, "header", []) or [])
|
||||
rows = list(getattr(block, "rows", []) or [])
|
||||
if not header:
|
||||
ncol = max((len(r) for r in rows), default=1)
|
||||
header = [f"col{i + 1}" for i in range(ncol)]
|
||||
ncol = len(header)
|
||||
lines.append("| " + " | ".join(_cell(h) for h in header) + " |")
|
||||
lines.append("| " + " | ".join(["---"] * ncol) + " |")
|
||||
for r in rows: # dump every row — no pagination, nothing cut.
|
||||
cells = [_cell(r[c]) if c < len(r) else "" for c in range(ncol)]
|
||||
lines.append("| " + " | ".join(cells) + " |")
|
||||
note = getattr(block, "note", None)
|
||||
if note:
|
||||
lines.append("")
|
||||
lines.append(f"*{_clean_terms(note).strip()}*")
|
||||
return "\n".join(lines)
|
||||
|
||||
|
||||
def _bars_table(bars: list) -> str:
|
||||
"""Render extracted bar/histogram data as a Markdown table (Desde/Hasta/Frec)."""
|
||||
lines = ["| Desde | Hasta | Frecuencia |", "| --- | --- | --- |"]
|
||||
shown = bars[:_MAX_BAR_ROWS]
|
||||
for x0, x1, h in shown:
|
||||
lines.append(f"| {_fmt_num(x0)} | {_fmt_num(x1)} | {_fmt_num(h)} |")
|
||||
out = "\n".join(lines)
|
||||
extra = len(bars) - len(shown)
|
||||
if extra > 0:
|
||||
out += f"\n\n*… ({extra} filas más)*"
|
||||
return out
|
||||
|
||||
|
||||
def _extract_bars(fig) -> list:
|
||||
"""Collect (x_from, x_to, height) of the rectangular bars of a matplotlib fig.
|
||||
|
||||
Histogram / bar-chart bars are ``matplotlib.patches.Rectangle`` with positive
|
||||
width and height; spines, legends and zero-area artists are skipped. Never
|
||||
raises — returns ``[]`` on any problem.
|
||||
"""
|
||||
bars: list = []
|
||||
try:
|
||||
for ax in fig.get_axes():
|
||||
# Collect this axes' positive-area rectangles, then keep only the ones
|
||||
# that look like actual histogram/bar bins. Reference shapes that
|
||||
# matplotlib also stores in ``ax.patches`` — most notably the ``±1σ``
|
||||
# band drawn by ``axvspan`` (a single rectangle far wider than a bin)
|
||||
# and a lone Tukey boxplot box — would otherwise show up as fake
|
||||
# "bins". A histogram axes has several near-equal-width bars, so we
|
||||
# drop any rectangle whose width is more than twice the median width
|
||||
# of that axes' rectangles (the σ-band spans many bins; uniform bins
|
||||
# all sit at the median width and stay).
|
||||
ax_bars: list = []
|
||||
for patch in list(getattr(ax, "patches", []) or []):
|
||||
try:
|
||||
w = patch.get_width()
|
||||
h = patch.get_height()
|
||||
x = patch.get_x()
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001 — not a Rectangle-like patch.
|
||||
continue
|
||||
if w and w > 0 and h and h > 0:
|
||||
ax_bars.append((x, x + w, h))
|
||||
if len(ax_bars) >= 3:
|
||||
widths = sorted(b[1] - b[0] for b in ax_bars)
|
||||
median_w = widths[len(widths) // 2]
|
||||
if median_w > 0:
|
||||
ax_bars = [b for b in ax_bars
|
||||
if (b[1] - b[0]) <= 2.0 * median_w]
|
||||
bars.extend(ax_bars)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
return []
|
||||
return bars
|
||||
|
||||
|
||||
def _md_figure(block, meta: dict, out_path: str, counter: list) -> str:
|
||||
"""Serialize a Figure prioritising TEXT + DATA (an LLM cannot see the image).
|
||||
|
||||
Emits the caption, then — if the matplotlib figure has bars — a Markdown table
|
||||
of the underlying (Desde, Hasta, Frecuencia) values. Optionally (when
|
||||
``meta['embed_figures']`` is True) also exports a PNG beside the .md and adds
|
||||
an image link; off by default so the Markdown stays self-contained.
|
||||
"""
|
||||
caption = model._safe_str(getattr(block, "caption", "")).strip()
|
||||
parts = [f"*Figura: {caption}*" if caption else "*Figura*"]
|
||||
fig = None
|
||||
try:
|
||||
import matplotlib
|
||||
matplotlib.use("Agg") # defensive: headless rasterization backend.
|
||||
fig = getattr(block, "fig", None)
|
||||
make = getattr(block, "make", None)
|
||||
if fig is None and callable(make):
|
||||
fig = make()
|
||||
if fig is not None:
|
||||
bars = _extract_bars(fig)
|
||||
if bars:
|
||||
parts.append(_bars_table(bars))
|
||||
if meta.get("embed_figures"):
|
||||
png = _embed_png(fig, out_path, counter)
|
||||
if png:
|
||||
parts.append(f"")
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001 — a bad figure degrades to just its caption.
|
||||
pass
|
||||
finally:
|
||||
if fig is not None:
|
||||
try:
|
||||
import matplotlib.pyplot as plt
|
||||
plt.close(fig)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
pass
|
||||
return "\n\n".join(parts)
|
||||
|
||||
|
||||
def _embed_png(fig, out_path: str, counter: list) -> str:
|
||||
"""Export the figure to ``<basename>_figN.png`` beside the .md; return its name."""
|
||||
try:
|
||||
counter[0] += 1
|
||||
base = os.path.splitext(os.path.basename(out_path))[0] or "figura"
|
||||
name = f"{base}_fig{counter[0]}.png"
|
||||
path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.abspath(out_path)), name)
|
||||
fig.savefig(path, format="png", dpi=120, bbox_inches="tight")
|
||||
return name
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
return ""
|
||||
|
||||
|
||||
def _md_image(block) -> str:
|
||||
path = model._safe_str(getattr(block, "path", ""))
|
||||
caption = model._safe_str(getattr(block, "caption", "")).strip()
|
||||
out = f""
|
||||
if caption:
|
||||
out += f"\n\n*{caption}*"
|
||||
return out
|
||||
|
||||
|
||||
def _md_caption(block) -> str:
|
||||
return f"*{_clean_terms(getattr(block, 'text', '')).strip()}*"
|
||||
|
||||
|
||||
def _md_note(block) -> str:
|
||||
text = _clean_terms(getattr(block, "text", "")).strip()
|
||||
lines = text.split("\n")
|
||||
return "\n".join((f"> {ln}" if ln.strip() else ">") for ln in lines)
|
||||
|
||||
|
||||
def _md_group(block, meta: dict, out_path: str, counter: list) -> str:
|
||||
parts: list = []
|
||||
title = getattr(block, "title", None)
|
||||
if title:
|
||||
parts.append(f"### {_clean_terms(title).strip()}")
|
||||
for b in (getattr(block, "blocks", []) or []):
|
||||
try:
|
||||
seg = _serialize_block(b, meta, out_path, counter)
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
seg = ""
|
||||
if seg:
|
||||
parts.append(seg)
|
||||
return "\n\n".join(parts)
|
||||
|
||||
|
||||
def _md_glossary_entry(block) -> str:
|
||||
label = (model._safe_str(getattr(block, "label", "")).strip()
|
||||
or model._safe_str(getattr(block, "key", "")).strip())
|
||||
definition = _clean_terms(getattr(block, "definition", "")).strip()
|
||||
out = f"### {label}"
|
||||
if definition:
|
||||
out += f"\n\n{definition}"
|
||||
return out
|
||||
|
||||
|
||||
def _serialize_block(block, meta: dict, out_path: str, counter: list) -> str:
|
||||
"""Dispatch a single block to its Markdown serializer. Unknown -> note."""
|
||||
kind = getattr(block, "kind", "")
|
||||
if kind == "heading":
|
||||
return _md_heading(block)
|
||||
if kind == "markdown":
|
||||
return _md_markdown(block)
|
||||
if kind == "kv_table":
|
||||
return _md_kv_table(block)
|
||||
if kind == "data_table":
|
||||
return _md_data_table(block)
|
||||
if kind == "figure":
|
||||
return _md_figure(block, meta, out_path, counter)
|
||||
if kind == "image":
|
||||
return _md_image(block)
|
||||
if kind == "caption":
|
||||
return _md_caption(block)
|
||||
if kind == "note":
|
||||
return _md_note(block)
|
||||
if kind == "group":
|
||||
return _md_group(block, meta, out_path, counter)
|
||||
if kind == "glossary_entry":
|
||||
return _md_glossary_entry(block)
|
||||
# Unknown content -> readable note (mirrors the model's defensive coercion).
|
||||
return _md_note(model.Note(text=model._safe_str(block)))
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Entry point.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def render_md(chapters: list, out_path: str, meta: dict = None) -> dict:
|
||||
"""Serialize a list of Chapters into a single self-contained Markdown file.
|
||||
|
||||
The output leads with ``# <title>``, a metadata blockquote and a numbered
|
||||
``## Índice`` linking each chapter, then one ``## N. <title>`` section per
|
||||
chapter with its blocks. Tables become Markdown tables (every row dumped),
|
||||
figures become caption + underlying data table, glossary markers are stripped
|
||||
while ``**bold**`` is kept. Designed to be pasted into an LLM.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
chapters: a list of ``Chapter`` (dataclasses or dicts); normalized
|
||||
defensively with ``model.as_chapters``.
|
||||
out_path: filesystem path for the ``.md`` (parent dirs are created).
|
||||
meta: optional dict. Recognised keys: ``title``, ``ctx`` (dict with
|
||||
``dataset_name``/``source_origin``/``storage``/``n_rows``/``n_cols``),
|
||||
``generated_at``, ``embed_figures`` (export PNGs beside the .md,
|
||||
default False).
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict (never raises): ``{path: str|None, n_chars: int,
|
||||
chapters: list[{id, version}], note: str}``. On a fatal error ``path`` is
|
||||
None and ``note`` explains why.
|
||||
"""
|
||||
meta = meta or {}
|
||||
chapters = model.as_chapters(chapters)
|
||||
title = model._safe_str(meta.get("title")) or model.ENGINE_NAME
|
||||
|
||||
# Edge: nothing to render -> a minimal but valid Markdown document.
|
||||
if not chapters:
|
||||
content = (f"# {title}\n\n"
|
||||
"*(documento vacío — sin capítulos aplicables)*\n")
|
||||
return _write(out_path, content, [], "documento vacío")
|
||||
|
||||
counter = [0] # document-wide figure counter for unique PNG names.
|
||||
notes: list = []
|
||||
segments: list = [f"# {title}"]
|
||||
|
||||
meta_lines = _meta_block(meta)
|
||||
if meta_lines:
|
||||
segments.append("\n".join(f"> {ln}" for ln in meta_lines))
|
||||
|
||||
# Numbered index. The anchor matches the chapter heading emitted below
|
||||
# (``## N. <title>``) in GitHub slug style.
|
||||
chap_heads = []
|
||||
idx_lines = ["## Índice"]
|
||||
for i, ch in enumerate(chapters, 1):
|
||||
head_text = f"{i}. {model._safe_str(ch.title)}"
|
||||
anchor = _slug(head_text)
|
||||
chap_heads.append((head_text, anchor))
|
||||
idx_lines.append(f"{i}. [{model._safe_str(ch.title)}](#{anchor})")
|
||||
segments.append("\n".join(idx_lines))
|
||||
|
||||
chapters_meta = []
|
||||
for i, ch in enumerate(chapters, 1):
|
||||
segments.append("---")
|
||||
head_text, _anchor = chap_heads[i - 1]
|
||||
segments.append(f"## {head_text}")
|
||||
|
||||
blocks = list(ch.blocks or [])
|
||||
# Omit a leading level-1 Heading that just repeats the chapter title.
|
||||
if blocks:
|
||||
b0 = blocks[0]
|
||||
if (getattr(b0, "kind", "") == "heading"
|
||||
and int(getattr(b0, "level", 1) or 1) == 1
|
||||
and _clean_terms(getattr(b0, "text", "")).strip()
|
||||
== model._safe_str(ch.title).strip()):
|
||||
blocks = blocks[1:]
|
||||
|
||||
for block in blocks:
|
||||
try:
|
||||
seg = _serialize_block(block, meta, out_path, counter)
|
||||
except Exception as e: # noqa: BLE001
|
||||
seg = _md_note(model.Note(text=model._safe_str(block)))
|
||||
notes.append(
|
||||
f"bloque '{getattr(block, 'kind', '?')}' del capítulo "
|
||||
f"'{ch.id}' degradado: {e}")
|
||||
if seg:
|
||||
segments.append(seg)
|
||||
chapters_meta.append({"id": ch.id, "version": ch.version})
|
||||
|
||||
content = "\n\n".join(segments) + "\n"
|
||||
note = f"{len(content)} caracteres"
|
||||
if notes:
|
||||
note += " · " + "; ".join(notes)
|
||||
return _write(out_path, content, chapters_meta, note)
|
||||
|
||||
|
||||
def _write(out_path: str, content: str, chapters_meta: list, note: str) -> dict:
|
||||
"""Write the Markdown to disk (creating parents). dict-no-throw."""
|
||||
try:
|
||||
parent = os.path.dirname(os.path.abspath(out_path))
|
||||
os.makedirs(parent, exist_ok=True)
|
||||
with open(out_path, "w", encoding="utf-8") as fh:
|
||||
fh.write(content)
|
||||
except Exception as e: # noqa: BLE001 — never raise from the writer.
|
||||
return {"path": None, "n_chars": 0, "chapters": [],
|
||||
"note": f"no se pudo escribir el Markdown: {e}"}
|
||||
return {"path": out_path, "n_chars": len(content),
|
||||
"chapters": chapters_meta, "note": note}
|
||||
@@ -675,6 +675,61 @@ def _measure_figure_like(block) -> float:
|
||||
return target_h + 0.04 + cap_h + _GAP
|
||||
|
||||
|
||||
def _measure_kv_table(block) -> float:
|
||||
"""Faithful height of a KVTable — matches ``_place_kv_table``.
|
||||
|
||||
Counts the optional title heading and, per row, the wrapped VALUE column
|
||||
(the label column never wraps in the placer). The previous estimate assumed
|
||||
one line per row and ignored the title, so a column's keep-together Group
|
||||
under-budgeted the figure and the chart spilled to the next page. Keep this in
|
||||
sync with ``_place_kv_table``."""
|
||||
h = 0.0
|
||||
title = getattr(block, "title", None)
|
||||
if title:
|
||||
h += _measure_heading_text(title, 2)
|
||||
rows = getattr(block, "rows", []) or []
|
||||
key_w = 1.9
|
||||
val_chars = tl.chars_per_line(_USABLE_W - key_w - 0.1, _FS_BODY)
|
||||
lh = tl.line_height_in(_FS_BODY)
|
||||
for row in rows:
|
||||
try:
|
||||
value = row[1]
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
value = ""
|
||||
v_lines = tl.wrap(model._safe_str(value), val_chars)
|
||||
h += lh * len(v_lines) + _ROW_VPAD
|
||||
return h + _GAP
|
||||
|
||||
|
||||
def _measure_data_table(block) -> float:
|
||||
"""Faithful height of a DataTable — matches ``_place_data_table``.
|
||||
|
||||
Counts the optional title heading, the wrapped header row, every wrapped data
|
||||
row (per-column wrap via the same ``_col_widths``/``_wrap_row`` the placer
|
||||
uses) and the optional note. Keep this in sync with ``_place_data_table``."""
|
||||
h = 0.0
|
||||
title = getattr(block, "title", None)
|
||||
if title:
|
||||
h += _measure_heading_text(title, 2)
|
||||
header = list(getattr(block, "header", []) or [])
|
||||
rows = list(getattr(block, "rows", []) or [])
|
||||
fs = _FS_CELL
|
||||
widths = _col_widths(header, rows, fs)
|
||||
lh = tl.line_height_in(fs)
|
||||
if header:
|
||||
header_lines = _wrap_row(header, widths, fs)
|
||||
h += lh * max((len(c) for c in header_lines), default=1) + _ROW_VPAD * 2
|
||||
for r in rows:
|
||||
cells_lines = _wrap_row(r, widths, fs)
|
||||
h += lh * max((len(c) for c in cells_lines), default=1) + _ROW_VPAD * 2
|
||||
note = getattr(block, "note", None)
|
||||
if note:
|
||||
nlines = tl.wrap(model._safe_str(note),
|
||||
tl.chars_per_line(_USABLE_W, _FS_NOTE))
|
||||
h += tl.line_height_in(_FS_NOTE) * len(nlines)
|
||||
return h + _GAP
|
||||
|
||||
|
||||
def _measure_block(st: _PdfState, block) -> float:
|
||||
kind = getattr(block, "kind", "")
|
||||
try:
|
||||
@@ -690,13 +745,9 @@ def _measure_block(st: _PdfState, block) -> float:
|
||||
tl.chars_per_line(_USABLE_W, _FS_NOTE))
|
||||
return tl.line_height_in(_FS_NOTE) * len(lines) + _GAP
|
||||
if kind == "kv_table":
|
||||
rows = getattr(block, "rows", []) or []
|
||||
return (tl.line_height_in(_FS_BODY) + _ROW_VPAD) * (len(rows) + 1) \
|
||||
+ _GAP
|
||||
return _measure_kv_table(block)
|
||||
if kind == "data_table":
|
||||
rows = getattr(block, "rows", []) or []
|
||||
return (tl.line_height_in(_FS_CELL) + _ROW_VPAD * 2) \
|
||||
* (len(rows) + 1) + _GAP
|
||||
return _measure_data_table(block)
|
||||
if kind == "group":
|
||||
return sum(_measure_block(st, b)
|
||||
for b in (getattr(block, "blocks", []) or []))
|
||||
@@ -735,6 +786,10 @@ def _place_group(st: _PdfState, block) -> None:
|
||||
blocks = getattr(block, "blocks", []) or []
|
||||
if not blocks:
|
||||
return
|
||||
# Opt-in page break: start this group on a fresh page unless the current one
|
||||
# is still empty (so a chapter can give each unit its own page).
|
||||
if getattr(block, "page_break_before", False) and st.y > _CONTENT_TOP + 1e-6:
|
||||
_new_page(st)
|
||||
avail_full = _CONTENT_BOTTOM - _CONTENT_TOP
|
||||
_shrink_group_figures(st, blocks, avail_full)
|
||||
total = sum(_measure_block(st, b) for b in blocks)
|
||||
|
||||
@@ -625,6 +625,55 @@ def _measure_figure_like(block) -> float:
|
||||
return target_h + 0.05 + cap_h + _GAP
|
||||
|
||||
|
||||
def _measure_kv_table(block) -> float:
|
||||
"""Faithful KVTable height — matches ``_place_kv_table`` (rendered as a
|
||||
Campo/Valor data table with wrapped cells). The previous estimate assumed one
|
||||
line per row and ignored the title, so a keep-together Group under-budgeted
|
||||
the figure and the chart spilled to the next slide. Keep in sync."""
|
||||
h = 0.0
|
||||
title = getattr(block, "title", None)
|
||||
if title:
|
||||
h += _measure_heading_text(title, 2)
|
||||
rows = getattr(block, "rows", []) or []
|
||||
data_rows = []
|
||||
for row in rows:
|
||||
try:
|
||||
label, value = row[0], row[1]
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
label, value = str(row), ""
|
||||
data_rows.append([model._safe_str(label), model._safe_str(value)])
|
||||
header = ["Campo", "Valor"]
|
||||
widths = _col_widths(header, data_rows)
|
||||
fs = _FS_CELL
|
||||
h += _row_height_in(header, widths, fs)
|
||||
for r in data_rows:
|
||||
h += _row_height_in(r, widths, fs)
|
||||
return h + _GAP
|
||||
|
||||
|
||||
def _measure_data_table(block) -> float:
|
||||
"""Faithful DataTable height — matches ``_place_data_table`` (title heading +
|
||||
wrapped header + every wrapped row + optional note). Keep in sync."""
|
||||
h = 0.0
|
||||
title = getattr(block, "title", None)
|
||||
if title:
|
||||
h += _measure_heading_text(title, 2)
|
||||
header = list(getattr(block, "header", []) or [])
|
||||
rows = list(getattr(block, "rows", []) or [])
|
||||
fs = _FS_CELL
|
||||
widths = _col_widths(header, rows)
|
||||
if header:
|
||||
h += _row_height_in(header, widths, fs)
|
||||
for r in rows:
|
||||
h += _row_height_in(r, widths, fs)
|
||||
note = getattr(block, "note", None)
|
||||
if note:
|
||||
nlines = tl.wrap(model._safe_str(note),
|
||||
tl.chars_per_line(_USABLE_W, _FS_NOTE))
|
||||
h += tl.line_height_in(_FS_NOTE) * len(nlines) + 0.05
|
||||
return h + _GAP
|
||||
|
||||
|
||||
def _measure_block(st: _PptxState, block) -> float:
|
||||
kind = getattr(block, "kind", "")
|
||||
try:
|
||||
@@ -639,9 +688,10 @@ def _measure_block(st: _PptxState, block) -> float:
|
||||
lines = tl.wrap(getattr(block, "text", ""),
|
||||
tl.chars_per_line(_USABLE_W, _FS_NOTE))
|
||||
return tl.line_height_in(_FS_NOTE) * len(lines) + 0.05 + _GAP
|
||||
if kind in ("kv_table", "data_table"):
|
||||
rows = getattr(block, "rows", []) or []
|
||||
return (tl.line_height_in(_FS_CELL) + 0.10) * (len(rows) + 1) + _GAP
|
||||
if kind == "kv_table":
|
||||
return _measure_kv_table(block)
|
||||
if kind == "data_table":
|
||||
return _measure_data_table(block)
|
||||
if kind == "group":
|
||||
return sum(_measure_block(st, b)
|
||||
for b in (getattr(block, "blocks", []) or []))
|
||||
@@ -664,10 +714,14 @@ def _shrink_group_figures(st: _PptxState, blocks: list, avail_full: float) -> No
|
||||
if getattr(b, "kind", "") not in ("figure", "image"))
|
||||
fig_overhead = tl.line_height_in(_FS_NOTE) + 0.05 + 0.05 + _GAP
|
||||
budget = avail_full - nonfig_h - 0.10 * len(fig_blocks)
|
||||
if budget <= 1.0:
|
||||
# Low thresholds: a 16:9 slide is short, so a content-heavy column (cardinality
|
||||
# table + top-k + chart) only fits if the chart is allowed to shrink small.
|
||||
# Prefer a small-but-present chart on the SAME slide over splitting the column
|
||||
# across slides (matches the PDF renderer's keep-together philosophy).
|
||||
if budget <= 0.6:
|
||||
return # not enough room to keep together; let it flow (degrade).
|
||||
per = budget / len(fig_blocks) - fig_overhead
|
||||
if per <= 0.8:
|
||||
if per <= 0.35:
|
||||
return
|
||||
for fb in fig_blocks:
|
||||
cur = getattr(fb, "height_in", None)
|
||||
@@ -675,12 +729,90 @@ def _shrink_group_figures(st: _PptxState, blocks: list, avail_full: float) -> No
|
||||
if isinstance(cur, (int, float)) and cur > 0 else per)
|
||||
|
||||
|
||||
# Minimum height (inches) reserved for a figure inside a keep-together group on
|
||||
# the short 16:9 slide. When a high-cardinality column's table(s) would otherwise
|
||||
# leave no room, the data table is trimmed (with an honest note) so the chart
|
||||
# stays on the SAME slide next to its table instead of spilling to the next one.
|
||||
_GROUP_MIN_FIG_H = 1.3
|
||||
|
||||
|
||||
def _trim_data_table_to_budget(block, budget: float):
|
||||
"""Return a copy of a DataTable whose rows fit within ``budget`` inches.
|
||||
|
||||
Keeps the title, header, as many leading rows as fit (at least one) and an
|
||||
honest note reporting how many of the original rows are shown. NEVER mutates
|
||||
the original block — the same Chapter blocks are rendered by the PDF renderer,
|
||||
which keeps the full table (an A5 page fits it)."""
|
||||
header = list(getattr(block, "header", []) or [])
|
||||
rows = list(getattr(block, "rows", []) or [])
|
||||
title = getattr(block, "title", None)
|
||||
fs = _FS_CELL
|
||||
widths = _col_widths(header, rows)
|
||||
fixed = 0.0
|
||||
if title:
|
||||
fixed += _measure_heading_text(title, 2)
|
||||
if header:
|
||||
fixed += _row_height_in(header, widths, fs)
|
||||
note_h = tl.line_height_in(_FS_NOTE) + 0.05
|
||||
avail_rows = budget - fixed - note_h - _GAP
|
||||
kept = []
|
||||
used = 0.0
|
||||
for r in rows:
|
||||
rh = _row_height_in(r, widths, fs)
|
||||
if used + rh > avail_rows and kept:
|
||||
break
|
||||
kept.append(r)
|
||||
used += rh
|
||||
if len(kept) >= len(rows):
|
||||
return block # already fits; keep the original (with its own note).
|
||||
note = (f"top {len(kept)} de {len(rows)} categorías mostradas "
|
||||
"(recortado para caber en el slide; el PDF muestra más)")
|
||||
return model.DataTable(header=header, rows=kept, title=title, note=note)
|
||||
|
||||
|
||||
def _fit_group_blocks(st: _PptxState, blocks: list, avail_full: float) -> list:
|
||||
"""Return a slide-fitting copy of a keep-together group's blocks.
|
||||
|
||||
On the short 16:9 slide a high-cardinality column's top-k table plus its
|
||||
chart can overflow. Reserve ``_GROUP_MIN_FIG_H`` for the (later shrunk) figure
|
||||
and trim the data table(s) to what is left, so every column keeps its chart
|
||||
next to its table on ONE slide. No-op when the group has no figure+table pair
|
||||
(e.g. id-like columns already drop the top-k upstream, or it already fits)."""
|
||||
has_fig = any(getattr(b, "kind", "") in ("figure", "image") for b in blocks)
|
||||
tbls = [b for b in blocks if getattr(b, "kind", "") == "data_table"]
|
||||
if not (has_fig and tbls):
|
||||
return blocks
|
||||
fixed_h = sum(_measure_block(st, b) for b in blocks
|
||||
if getattr(b, "kind", "") not in ("figure", "image",
|
||||
"data_table"))
|
||||
tables_h = sum(_measure_block(st, b) for b in tbls)
|
||||
budget_tables = avail_full - fixed_h - _GROUP_MIN_FIG_H
|
||||
if tables_h <= budget_tables:
|
||||
return blocks # already fits next to a min-height figure; leave intact.
|
||||
out = []
|
||||
for b in blocks:
|
||||
if getattr(b, "kind", "") != "data_table":
|
||||
out.append(b)
|
||||
continue
|
||||
trimmed = _trim_data_table_to_budget(b, max(budget_tables, 0.8))
|
||||
out.append(trimmed)
|
||||
budget_tables -= _measure_data_table(trimmed)
|
||||
return out
|
||||
|
||||
|
||||
def _place_group(st: _PptxState, block) -> None:
|
||||
"""Render a keep-together Group: move it whole to the next slide if needed."""
|
||||
blocks = getattr(block, "blocks", []) or []
|
||||
if not blocks:
|
||||
return
|
||||
# Opt-in slide break: start this group on a fresh slide unless the current one
|
||||
# is still empty (so a chapter can give each unit its own slide).
|
||||
if getattr(block, "page_break_before", False) and st.y > _CONTENT_TOP + 1e-6:
|
||||
_new_slide(st, cont=True)
|
||||
avail_full = _CONTENT_BOTTOM - _CONTENT_TOP
|
||||
# Trim oversized tables first (keeps the chart on the same slide), then shrink
|
||||
# the figure to share the remaining room.
|
||||
blocks = _fit_group_blocks(st, blocks, avail_full)
|
||||
_shrink_group_figures(st, blocks, avail_full)
|
||||
total = sum(_measure_block(st, b) for b in blocks)
|
||||
if total <= avail_full:
|
||||
|
||||
@@ -20,6 +20,10 @@ vacia y el resto del ctx se construye igual. Ante un fallo global devuelve al
|
||||
menos ``{**base_ctx, "db_path": db_path, "table": table}``.
|
||||
|
||||
Claves de DATOS que produce (las consumen los capitulos):
|
||||
- ``head_rows`` : [ {col: valor, ...}, ... ] primeras filas CRUDAS de la
|
||||
tabla (``SELECT * LIMIT head_n``), una entrada por fila.
|
||||
La lee el capitulo OVERVIEW para mostrar df.head real en
|
||||
lugar del placeholder "df.head no disponible".
|
||||
- ``raw_numeric`` : {col: [float|None, ...]} muestra cruda de las columnas
|
||||
numericas, ALINEADA POR FILA (una entrada por fila aunque
|
||||
sea None). La leen modelos (clustering 2D en vivo) y
|
||||
@@ -56,7 +60,7 @@ def _to_float(value):
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
def build_eda_render_ctx(db_path, table, profile, backend="duckdb", sample=5000, base_ctx=None):
|
||||
def build_eda_render_ctx(db_path, table, profile, backend="duckdb", sample=5000, base_ctx=None, head_n=10):
|
||||
"""Construye el ctx de datos crudos para los renderers de AutomaticEDA.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
@@ -77,13 +81,15 @@ def build_eda_render_ctx(db_path, table, profile, backend="duckdb", sample=5000,
|
||||
base_ctx: dict opcional con claves de presentacion ya preparadas
|
||||
(dataset_name, source_origin, ...). Se parte de una copia y NO se
|
||||
pisan sus claves; solo se añaden las de datos. Default None -> {}.
|
||||
head_n: numero de filas crudas a muestrear para ``ctx["head_rows"]``
|
||||
(df.head del capitulo OVERVIEW). Default 10. <=0 omite la clave.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
El dict ``ctx`` directamente (NO un wrapper {status,...}): se pasa tal
|
||||
cual como ``meta={"ctx": <ese dict>}`` a render_automatic_eda_pdf/pptx.
|
||||
Nunca lanza. Claves que puede contener: raw_numeric, timeseries_raw,
|
||||
geo_points (omitidas si no aplican o fallan), y siempre db_path + table
|
||||
para backends validos.
|
||||
Nunca lanza. Claves que puede contener: head_rows, raw_numeric,
|
||||
timeseries_raw, geo_points (omitidas si no aplican o fallan), y siempre
|
||||
db_path + table para backends validos.
|
||||
"""
|
||||
# Copia de base_ctx: nunca mutamos el dict del caller. Las claves de
|
||||
# presentacion que ya traiga se conservan; las de datos se añaden encima.
|
||||
@@ -117,6 +123,24 @@ def build_eda_render_ctx(db_path, table, profile, backend="duckdb", sample=5000,
|
||||
ctx["db_path"] = db_path
|
||||
ctx["table"] = table
|
||||
|
||||
# 1.5) head_rows: primeras filas CRUDAS de la tabla (SELECT * LIMIT n)
|
||||
# para que el capitulo OVERVIEW muestre df.head real en vez del
|
||||
# placeholder. Una sola query, dict-no-throw: si falla, se omite la
|
||||
# clave (el capitulo degrada a su nota honesta). No se pisa una clave
|
||||
# head_rows que ya viniera en base_ctx (presentacion).
|
||||
if head_n and int(head_n) > 0 and "head_rows" not in ctx:
|
||||
try:
|
||||
hq = query_fn(f'SELECT * FROM "{table}" LIMIT {int(head_n)}')
|
||||
if isinstance(hq, dict) and hq.get("status") == "ok":
|
||||
hrows = [
|
||||
dict(r) for r in (hq.get("rows") or [])
|
||||
if isinstance(r, dict)
|
||||
]
|
||||
if hrows:
|
||||
ctx["head_rows"] = hrows
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001 - dict-no-throw: omitir la clave
|
||||
pass
|
||||
|
||||
# 2) Columnas del perfil agregado (lectura defensiva).
|
||||
cols = profile.get("columns") if isinstance(profile, dict) else None
|
||||
cols = cols or []
|
||||
|
||||
@@ -4,10 +4,10 @@ name: column_quality_score
|
||||
kind: function
|
||||
lang: py
|
||||
domain: datascience
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
version: "2.0.0"
|
||||
purity: pure
|
||||
signature: "def column_quality_score(col: dict) -> dict"
|
||||
description: "Calcula un score de calidad de datos 0-100 para un ColumnProfile del grupo eda, con desglose completeness/validity/consistency y lista de issues legibles. Funcion pura, no muta el input."
|
||||
description: "Calcula un score de calidad de datos 0-100 para un ColumnProfile del grupo eda. Combina completeness (0.6) y validity (0.4) con renormalizacion por aplicabilidad; los outliers, columnas constantes e ids NO bajan el score (van a observations). Devuelve desglose por dimension, issues (defectos) y observations (señales analiticas). Funcion pura, no muta el input."
|
||||
tags: [eda, data-quality, profiling, scoring, datascience]
|
||||
uses_functions: []
|
||||
uses_types: []
|
||||
@@ -17,20 +17,26 @@ error_type: ""
|
||||
imports: []
|
||||
example: |
|
||||
from datascience import column_quality_score
|
||||
col = {"name": "precio", "inferred_type": "float", "null_pct": 0.2,
|
||||
"unique_pct": 0.4, "flags": [], "numeric": {"outlier_pct": 0.08}}
|
||||
col = {"name": "precio", "inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.2,
|
||||
"unique_pct": 0.4, "flags": [], "numeric": {"outlier_pct": 8.0}}
|
||||
column_quality_score(col)
|
||||
# {"score": 86.8, "completeness": 0.8, "validity": 0.92,
|
||||
# "consistency": 1.0, "issues": ["20% nulos", "8% outliers"]}
|
||||
# {"score": 88.0, "completeness": 0.8, "validity": 1.0,
|
||||
# "applicable": ["completeness", "validity"], "issues": ["20% nulos"],
|
||||
# "observations": ["8% de valores atípicos (z-score>3): ..."]}
|
||||
tested: true
|
||||
tests:
|
||||
- "test_clean_column_high_score"
|
||||
- "test_half_null_lowers_completeness_and_score"
|
||||
- "test_constant_column_flags_issue"
|
||||
- "test_weights_60_40_native_type"
|
||||
- "test_outliers_do_not_penalize_score"
|
||||
- "test_nulls_lower_score_more_than_outliers"
|
||||
- "test_validity_from_parse_rate_lowers_score"
|
||||
- "test_validity_from_match_rate"
|
||||
- "test_free_text_renormalizes_to_completeness_only"
|
||||
- "test_all_null_column_scores_zero"
|
||||
- "test_constant_column_scores_full_and_is_observation"
|
||||
- "test_high_cardinality_id_scores_full_and_is_observation"
|
||||
- "test_mostly_null_no_double_counts_validity"
|
||||
- "test_empty_dict_does_not_crash"
|
||||
- "test_outliers_penalize_validity"
|
||||
- "test_mostly_null_flag_halves_validity"
|
||||
- "test_high_cardinality_text_flagged_as_id"
|
||||
- "test_none_values_treated_defensively"
|
||||
- "test_does_not_mutate_input"
|
||||
test_file_path: "python/functions/datascience/column_quality_score_test.py"
|
||||
@@ -38,16 +44,22 @@ file_path: "python/functions/datascience/column_quality_score.py"
|
||||
params:
|
||||
- name: col
|
||||
desc: >
|
||||
ColumnProfile dict del grupo eda (p.ej. salida de summarize_table_duckdb).
|
||||
Se leen sus claves de forma defensiva con .get(...) y se toleran valores
|
||||
None. Claves usadas: null_pct (0-1), inferred_type, semantic_type,
|
||||
unique_pct (0-1), flags (list[str], reconoce "constant"/"mostly_null"),
|
||||
numeric ({outlier_pct: 0-1, ...}|None) y match_rate (opcional, 0-1).
|
||||
ColumnProfile dict del grupo eda (p.ej. salida de summarize_table_duckdb /
|
||||
profile_table). Se leen sus claves de forma defensiva con .get(...) y se
|
||||
toleran valores None. Claves usadas: null_pct (0-1), n_rows, empty_count
|
||||
(texto), inferred_type, semantic_type, validity_rate (0-1, lo expone
|
||||
profile_table al promocionar texto a numero/fecha), match_rate (0-1),
|
||||
unique_pct (0-1), flags (list[str], reconoce
|
||||
"constant"/"possible_id"/"high_cardinality") y numeric ({outlier_pct: 0-100,
|
||||
skew, ...}|None).
|
||||
output: >
|
||||
dict con score (float 0-100, redondeado a 1 decimal), completeness (0-1),
|
||||
validity (0-1), consistency (0-1) e issues (list[str] de descripciones
|
||||
legibles de los problemas detectados). score = round(100 * (0.5*completeness
|
||||
+ 0.3*validity + 0.2*consistency), 1).
|
||||
dict con score (float 0-100, 1 decimal), completeness (0-1), validity (0-1 o
|
||||
None si no aplicable), dimensions ({completeness, validity}), applicable
|
||||
(list[str] de dimensiones que entraron en el score), issues (list[str] SOLO de
|
||||
defectos de calidad: nulos, vacios, valores no conformes) y observations
|
||||
(list[str] de señales analiticas que NO bajan el score: outliers, columna
|
||||
constante, posible id, asimetria). score = round(100 * (0.6*completeness +
|
||||
0.4*validity) / pesos_aplicables, 1), renormalizado cuando validity no aplica.
|
||||
---
|
||||
|
||||
## Ejemplo
|
||||
@@ -59,51 +71,71 @@ from datascience import column_quality_score
|
||||
col = {
|
||||
"name": "precio",
|
||||
"physical_type": "DOUBLE",
|
||||
"inferred_type": "float",
|
||||
"inferred_type": "numeric",
|
||||
"semantic_type": "",
|
||||
"count": 800,
|
||||
"n_rows": 1000,
|
||||
"null_count": 200,
|
||||
"null_pct": 0.20,
|
||||
"distinct_count": 400,
|
||||
"unique_pct": 0.40,
|
||||
"flags": [],
|
||||
"numeric": {"outlier_pct": 0.08},
|
||||
"numeric": {"outlier_pct": 8.0, "skew": 0.3},
|
||||
"categorical": None,
|
||||
"datetime": None,
|
||||
}
|
||||
|
||||
column_quality_score(col)
|
||||
# {
|
||||
# "score": 86.8,
|
||||
# "completeness": 0.8, # 1 - 0.20
|
||||
# "validity": 0.92, # 1 - min(0.08, 0.3)
|
||||
# "consistency": 1.0,
|
||||
# "issues": ["20% nulos", "8% outliers"],
|
||||
# "score": 88.0, # 100 * (0.6*0.8 + 0.4*1.0)
|
||||
# "completeness": 0.8, # 1 - 0.20
|
||||
# "validity": 1.0, # numerica nativa: el tipo es conforme
|
||||
# "dimensions": {"completeness": 0.8, "validity": 1.0},
|
||||
# "applicable": ["completeness", "validity"],
|
||||
# "issues": ["20% nulos"], # SOLO defectos de calidad
|
||||
# "observations": ["8% de valores atípicos (z-score>3): ..."], # NO bajan score
|
||||
# }
|
||||
```
|
||||
|
||||
## Cuando usarla
|
||||
|
||||
Cuando hayas perfilado una tabla con el grupo `eda` (p.ej.
|
||||
`summarize_table_duckdb`) y necesites un numero 0-100 por columna para
|
||||
ordenar/priorizar limpieza de datos, pintar semaforos de calidad en un
|
||||
dashboard, o decidir que columnas descartar antes de modelar. Es la capa de
|
||||
scoring sobre el ColumnProfile crudo: lee el perfil, no toca los datos.
|
||||
`summarize_table_duckdb` / `profile_table`) y necesites un numero 0-100 por
|
||||
columna para ordenar/priorizar limpieza de datos, pintar semaforos de calidad,
|
||||
o decidir que columnas descartar antes de modelar. Separa los **defectos de
|
||||
calidad reales** (`issues`: nulos, vacios, valores que no parsean a su tipo) de
|
||||
las **observaciones analiticas** (`observations`: outliers, columnas constantes,
|
||||
ids), que se reportan pero no penalizan. Es la capa de scoring sobre el
|
||||
ColumnProfile crudo: lee el perfil, no toca los datos.
|
||||
|
||||
## Notas
|
||||
## Gotchas
|
||||
|
||||
Funcion pura, sin I/O ni dependencias externas, no muta `col`. Lee todas las
|
||||
claves con `.get(...)` y tolera que vengan en `None` (un ColumnProfile recien
|
||||
salido de `summarize_table_duckdb` trae muchas claves a `None`), por lo que
|
||||
nunca falla por claves ausentes — un `{}` produce un resultado bien definido.
|
||||
Funcion pura, sin I/O, no muta `col`. Aun asi conviene saber:
|
||||
|
||||
Pesos del score: completeness 0.5, validity 0.3, consistency 0.2.
|
||||
- **Los outliers NO bajan el score.** Un valor extremo puede ser real y correcto
|
||||
(un cliente que compra mucho); detectar atipicos es analisis de la
|
||||
distribucion, no un juicio de correccion. Salen en `observations`, no en
|
||||
`issues`. Mismo trato para columnas constantes e identificadores de alta
|
||||
cardinalidad: son observaciones, no defectos.
|
||||
- **`validity` puede ser `None`** (no aplicable): texto libre sin `semantic_type`
|
||||
ni `validity_rate`, o columna 100% nula. En ese caso el score se renormaliza a
|
||||
solo `completeness` (la columna no se premia ni castiga por algo no medible).
|
||||
- **`outlier_pct` se interpreta en escala 0-100** (la que emite
|
||||
`describe_numeric`, z-score>3). Pasar una fraccion 0-1 produce un texto de
|
||||
observacion con el % equivocado, pero NUNCA afecta al score.
|
||||
- **`validity_rate` lo puebla `profile_table`** al promocionar una columna de
|
||||
texto a numero/fecha (fraccion que parsea). Si no esta presente y el tipo es
|
||||
nativo numerico/fecha/bool, `validity = 1.0`.
|
||||
- Sin doble conteo: la falta de datos cuenta solo en `completeness` (el antiguo
|
||||
castigo de `mostly_null` sobre `validity` se elimino).
|
||||
|
||||
- **completeness** = `1 - null_pct` (None -> 0 nulls -> 1.0).
|
||||
- **validity**: parte de 1.0 y penaliza `min(outlier_pct, 0.3)` en columnas
|
||||
numericas, `0.5 * (1 - match_rate)` si hay `semantic_type` declarado con
|
||||
`match_rate` bajo disponible, y multiplica por 0.5 si el flag `mostly_null`
|
||||
esta presente.
|
||||
- **consistency**: 1.0 salvo flag `constant` (-> 0.3, columna poco informativa)
|
||||
o texto con `unique_pct > 0.9` (-> 0.6, posible id de alta cardinalidad).
|
||||
## Capability growth log
|
||||
|
||||
- v2.0.0 (2026-06-30) — nueva formula de calidad (report 2046): pesos 60/40
|
||||
(completeness/validity) con renormalizacion por aplicabilidad; se elimina la
|
||||
dimension `consistency`-como-informatividad y el doble castigo de
|
||||
`mostly_null`; los outliers/constantes/ids salen del score a `observations`;
|
||||
validity mide conformidad real (parse rate / match rate / tipo nativo). Salida
|
||||
ampliada con `dimensions`, `applicable` y `observations`.
|
||||
- v1.0.0 — version inicial: pesos 50/30/20 (completeness/validity/consistency),
|
||||
los outliers penalizaban validity (con bug de escala) y consistency penalizaba
|
||||
informatividad.
|
||||
|
||||
@@ -1,34 +1,78 @@
|
||||
"""Score de calidad de datos (0-100) para un ColumnProfile del grupo eda.
|
||||
|
||||
Funcion pura: dado el perfil de una columna producido por el grupo de
|
||||
capacidad `eda` (p.ej. summarize_table_duckdb), calcula un score agregado
|
||||
de calidad junto a su desglose en completeness / validity / consistency y
|
||||
una lista de issues legibles. No realiza I/O ni muta el input.
|
||||
capacidad `eda` (p.ej. summarize_table_duckdb / profile_table), calcula un
|
||||
score agregado de calidad junto a su desglose por dimension y dos listas
|
||||
legibles separadas: `issues` (defectos de calidad reales que SI bajan el
|
||||
score) y `observations` (señales analiticas que NO bajan el score). No
|
||||
realiza I/O ni muta el input.
|
||||
|
||||
Modelo (DAMA-DMBOK / ISO 8000), ver report 2046:
|
||||
|
||||
- Solo entran en el score las dimensiones medibles automaticamente desde el
|
||||
perfil, sin fuente externa de verdad: completeness y validity por columna.
|
||||
- Renormalizacion por aplicabilidad: si una dimension no es medible en la
|
||||
columna (texto libre sin semantica -> validity no aplica; columna 100% nula
|
||||
-> validity no medible), se excluye y los pesos se renormalizan sobre las
|
||||
aplicables. Una columna ni se premia ni se castiga por algo no medible.
|
||||
- Sin doble conteo: la falta de datos cuenta solo en completeness (se elimino
|
||||
el antiguo castigo extra de `mostly_null` sobre validity).
|
||||
- Los OUTLIERS NO bajan la calidad. Un valor extremo puede ser real y
|
||||
correcto; detectar atipicos es analisis de la distribucion, no un juicio de
|
||||
coreccion. Outliers, columnas constantes e identificadores de alta
|
||||
cardinalidad pasan a `observations`, nunca a `issues`.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
|
||||
# Pesos base de las dimensiones de columna (se renormalizan por aplicabilidad).
|
||||
_W_COMPLETENESS = 0.6
|
||||
_W_VALIDITY = 0.4
|
||||
|
||||
# Tipos inferidos cuyo almacen garantiza la conformidad de tipo (validity=1.0)
|
||||
# cuando NO vienen de una promocion de texto (en cuyo caso manda validity_rate).
|
||||
_NATIVE_TYPED = ("numeric", "integer", "float", "datetime", "date", "boolean", "bool")
|
||||
|
||||
|
||||
def column_quality_score(col: dict) -> dict:
|
||||
"""Calcula un score de calidad de datos 0-100 para un ColumnProfile.
|
||||
|
||||
El score pondera tres dimensiones:
|
||||
- completeness (0.5): proporcion de valores no nulos.
|
||||
- validity (0.3): ausencia de outliers / heuristicas de validez.
|
||||
- consistency (0.2): la columna aporta informacion (no constante, no ruido).
|
||||
El score combina solo dimensiones de calidad medibles desde el perfil, con
|
||||
renormalizacion por aplicabilidad:
|
||||
|
||||
- completeness (peso base 0.6, siempre aplica): proporcion de valores
|
||||
presentes = 1 - null_pct. En texto, las celdas vacias (`empty_count`)
|
||||
tambien cuentan como faltantes.
|
||||
- validity (peso base 0.4, cuando hay un criterio de validacion real):
|
||||
fraccion de valores no nulos conformes a su tipo/semantica. Tipo nativo
|
||||
numerico/fecha/bool = 1.0; texto promovido a numero/fecha = parse rate
|
||||
(`validity_rate`); texto con `semantic_type` regexable = `match_rate`;
|
||||
texto libre o columna 100% nula = NO aplicable (renormaliza a solo
|
||||
completeness).
|
||||
|
||||
Los outliers, columnas constantes, identificadores y asimetria fuerte NO
|
||||
bajan el score: se devuelven en `observations`.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
col: ColumnProfile dict del grupo eda. Se leen las claves de forma
|
||||
defensiva con .get(...) y se tolera que muchas vengan en None.
|
||||
Claves relevantes: null_pct, inferred_type, semantic_type,
|
||||
unique_pct, flags (list[str]), numeric ({outlier_pct, ...}|None),
|
||||
match_rate (opcional).
|
||||
Claves relevantes: null_pct (0-1), n_rows, empty_count,
|
||||
inferred_type, semantic_type, validity_rate (0-1, lo expone
|
||||
profile_table al promocionar texto a numero/fecha), match_rate
|
||||
(0-1), unique_pct (0-1), flags (list[str], reconoce
|
||||
"constant"/"possible_id"/"high_cardinality"), numeric
|
||||
({outlier_pct: 0-100, skew, ...}|None).
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict con:
|
||||
score (float, 0-100, redondeado a 1 decimal),
|
||||
completeness (float, 0-1),
|
||||
validity (float, 0-1),
|
||||
consistency (float, 0-1),
|
||||
issues (list[str]) descripciones legibles de los problemas.
|
||||
score (float 0-100, redondeado a 1 decimal),
|
||||
completeness (float 0-1),
|
||||
validity (float 0-1 | None si no aplicable),
|
||||
dimensions ({completeness, validity}),
|
||||
applicable (list[str] de dimensiones que entraron en el score),
|
||||
issues (list[str]) SOLO defectos de calidad (nulos, vacios,
|
||||
valores no conformes a su tipo/semantica),
|
||||
observations (list[str]) señales analiticas que NO bajan el score
|
||||
(outliers, columna constante, posible id, asimetria).
|
||||
"""
|
||||
if not isinstance(col, dict):
|
||||
col = {}
|
||||
@@ -39,103 +83,153 @@ def column_quality_score(col: dict) -> dict:
|
||||
flags = set(flags)
|
||||
|
||||
issues: list[str] = []
|
||||
observations: list[str] = []
|
||||
|
||||
inferred_type = col.get("inferred_type") or ""
|
||||
semantic_type = col.get("semantic_type") or ""
|
||||
|
||||
# --- completeness -------------------------------------------------
|
||||
null_pct = col.get("null_pct")
|
||||
if null_pct is None:
|
||||
null_pct = 0.0
|
||||
try:
|
||||
null_pct = float(null_pct)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
null_pct = 0.0
|
||||
null_pct = _clamp(null_pct, 0.0, 1.0)
|
||||
# Falta de datos = nulos + (en texto) celdas vacias. Es el unico sitio
|
||||
# donde la falta de datos cuenta: nunca se duplica en validity.
|
||||
null_pct = _clamp(_num(col.get("null_pct"), 0.0), 0.0, 1.0)
|
||||
completeness = 1.0 - null_pct
|
||||
if null_pct > 0:
|
||||
issues.append(f"{round(null_pct * 100)}% nulos")
|
||||
issues.append(f"{_pct(null_pct)} nulos")
|
||||
|
||||
# --- validity -----------------------------------------------------
|
||||
validity = 1.0
|
||||
inferred_type = col.get("inferred_type") or ""
|
||||
empty_frac = 0.0
|
||||
n_rows = col.get("n_rows")
|
||||
empty_count = col.get("empty_count")
|
||||
if (
|
||||
isinstance(n_rows, (int, float)) and not isinstance(n_rows, bool) and n_rows > 0
|
||||
and isinstance(empty_count, (int, float)) and not isinstance(empty_count, bool)
|
||||
and empty_count > 0
|
||||
):
|
||||
empty_frac = _clamp(float(empty_count) / float(n_rows), 0.0, 1.0)
|
||||
completeness = _clamp(completeness - empty_frac, 0.0, 1.0)
|
||||
issues.append(f"{_pct(empty_frac)} vacíos")
|
||||
|
||||
numeric = col.get("numeric")
|
||||
is_numeric = inferred_type in ("integer", "float", "numeric") or isinstance(numeric, dict)
|
||||
if isinstance(numeric, dict):
|
||||
outlier_pct = numeric.get("outlier_pct")
|
||||
if outlier_pct is not None:
|
||||
try:
|
||||
outlier_pct = float(outlier_pct)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
outlier_pct = 0.0
|
||||
outlier_pct = _clamp(outlier_pct, 0.0, 1.0)
|
||||
if outlier_pct > 0:
|
||||
penalty = min(outlier_pct, 0.3)
|
||||
validity -= penalty
|
||||
issues.append(f"{round(outlier_pct * 100)}% outliers")
|
||||
|
||||
# semantic_type declarado pero con baja tasa de match (si la conocemos).
|
||||
semantic_type = col.get("semantic_type") or ""
|
||||
match_rate = col.get("match_rate")
|
||||
if semantic_type and match_rate is not None:
|
||||
try:
|
||||
match_rate = float(match_rate)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
match_rate = None
|
||||
if match_rate is not None:
|
||||
match_rate = _clamp(match_rate, 0.0, 1.0)
|
||||
if match_rate < 1.0:
|
||||
shortfall = 1.0 - match_rate
|
||||
validity -= 0.5 * shortfall
|
||||
issues.append(
|
||||
f"semantic_type '{semantic_type}' con baja coincidencia "
|
||||
f"({round(match_rate * 100)}%)"
|
||||
)
|
||||
|
||||
if "mostly_null" in flags:
|
||||
validity *= 0.5
|
||||
issues.append("mayoritariamente nula")
|
||||
|
||||
validity = _clamp(validity, 0.0, 1.0)
|
||||
|
||||
# --- consistency --------------------------------------------------
|
||||
consistency = 1.0
|
||||
if "constant" in flags:
|
||||
consistency = 0.3
|
||||
issues.append("columna constante")
|
||||
# --- validity (con renormalizacion por aplicabilidad) -------------
|
||||
# None = no medible -> se excluye del score (no penaliza ni premia).
|
||||
validity = None
|
||||
if completeness <= 0.0:
|
||||
# Columna 100% faltante: no hay valores no nulos sobre los que medir
|
||||
# conformidad. validity no aplica -> el score sale solo de completeness
|
||||
# (= 0). Es el peor defecto de calidad posible.
|
||||
validity = None
|
||||
else:
|
||||
unique_pct = col.get("unique_pct")
|
||||
if unique_pct is not None:
|
||||
try:
|
||||
unique_pct = float(unique_pct)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
unique_pct = None
|
||||
if (
|
||||
inferred_type == "text"
|
||||
validity_rate = col.get("validity_rate")
|
||||
match_rate = col.get("match_rate")
|
||||
if validity_rate is not None:
|
||||
# Texto promovido a numero/fecha: parse rate real de la muestra.
|
||||
v = _num(validity_rate, None)
|
||||
if v is not None:
|
||||
validity = _clamp(v, 0.0, 1.0)
|
||||
if validity < 1.0:
|
||||
kind = (
|
||||
"número" if inferred_type == "numeric"
|
||||
else "fecha" if inferred_type == "datetime"
|
||||
else inferred_type or "su tipo"
|
||||
)
|
||||
issues.append(
|
||||
f"{_pct(1.0 - validity)} no parsea al tipo {kind}"
|
||||
)
|
||||
elif inferred_type in _NATIVE_TYPED:
|
||||
# Tipo nativo garantizado por el almacen: no hay valores que no
|
||||
# parseen. validity = 1.0 (no se confunde con tener outliers).
|
||||
validity = 1.0
|
||||
elif semantic_type and match_rate is not None:
|
||||
v = _num(match_rate, None)
|
||||
if v is not None:
|
||||
validity = _clamp(v, 0.0, 1.0)
|
||||
if validity < 1.0:
|
||||
issues.append(
|
||||
f"{_pct(1.0 - validity)} no casa con el "
|
||||
f"formato «{semantic_type}»"
|
||||
)
|
||||
else:
|
||||
# Texto libre / categorica sin semantica: no hay criterio honesto
|
||||
# de validez. No aplica.
|
||||
validity = None
|
||||
|
||||
# --- observations (NO bajan el score) -----------------------------
|
||||
numeric = col.get("numeric")
|
||||
if isinstance(numeric, dict):
|
||||
# outlier_pct viene en escala 0-100 desde describe_numeric (z-score>3).
|
||||
outlier_pct = _num(numeric.get("outlier_pct"), None)
|
||||
if outlier_pct is not None and outlier_pct >= 0.05:
|
||||
observations.append(
|
||||
f"{_pct(outlier_pct / 100.0)} de valores atípicos (z-score>3): "
|
||||
"revisar si son errores u observaciones legítimas"
|
||||
)
|
||||
skew = _num(numeric.get("skew"), None)
|
||||
if skew is not None and abs(skew) >= 1.0:
|
||||
observations.append(
|
||||
f"asimetría fuerte (skew={round(skew, 2)}): considerar "
|
||||
"re-expresión antes de modelar"
|
||||
)
|
||||
|
||||
if "constant" in flags:
|
||||
observations.append(
|
||||
"columna constante: aporta poca información para el análisis"
|
||||
)
|
||||
|
||||
unique_pct = _num(col.get("unique_pct"), None)
|
||||
is_id = (
|
||||
"possible_id" in flags
|
||||
or "high_cardinality" in flags
|
||||
or (
|
||||
inferred_type in ("text", "categorical")
|
||||
and unique_pct is not None
|
||||
and _clamp(unique_pct, 0.0, 1.0) > 0.9
|
||||
):
|
||||
consistency = 0.6
|
||||
issues.append("posible id de alta cardinalidad")
|
||||
|
||||
consistency = _clamp(consistency, 0.0, 1.0)
|
||||
|
||||
# --- score agregado ----------------------------------------------
|
||||
score = round(
|
||||
100.0 * (0.5 * completeness + 0.3 * validity + 0.2 * consistency),
|
||||
1,
|
||||
)
|
||||
)
|
||||
if is_id:
|
||||
observations.append(
|
||||
"valores casi únicos: posible identificador (no es un defecto de calidad)"
|
||||
)
|
||||
|
||||
# Silencia warnings sobre la variable de tipo no usada.
|
||||
_ = is_numeric
|
||||
# --- score agregado con renormalizacion ---------------------------
|
||||
applicable = ["completeness"]
|
||||
num = _W_COMPLETENESS * completeness
|
||||
den = _W_COMPLETENESS
|
||||
if validity is not None:
|
||||
applicable.append("validity")
|
||||
num += _W_VALIDITY * validity
|
||||
den += _W_VALIDITY
|
||||
score = round(100.0 * num / den, 1) if den > 0 else 0.0
|
||||
|
||||
return {
|
||||
"score": score,
|
||||
"completeness": completeness,
|
||||
"validity": validity,
|
||||
"consistency": consistency,
|
||||
"dimensions": {"completeness": completeness, "validity": validity},
|
||||
"applicable": applicable,
|
||||
"issues": issues,
|
||||
"observations": observations,
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def _pct(frac: float) -> str:
|
||||
"""Formatea una fraccion 0-1 como porcentaje honesto: «N%» si >=1%, «0.N%»
|
||||
por debajo (para no mostrar «0%» cuando hay un defecto real pequeño)."""
|
||||
p = frac * 100.0
|
||||
if p >= 1.0:
|
||||
return f"{round(p)}%"
|
||||
return f"{p:.1f}%"
|
||||
|
||||
|
||||
def _num(x, default):
|
||||
"""Convierte x a float; devuelve `default` si es None o no parseable."""
|
||||
if x is None:
|
||||
return default
|
||||
if isinstance(x, bool):
|
||||
return default
|
||||
try:
|
||||
return float(x)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
return default
|
||||
|
||||
|
||||
def _clamp(x: float, lo: float, hi: float) -> float:
|
||||
"""Recorta x al rango [lo, hi]."""
|
||||
if x < lo:
|
||||
|
||||
@@ -1,4 +1,12 @@
|
||||
"""Tests para column_quality_score."""
|
||||
"""Tests para column_quality_score (nueva fórmula, report 2046).
|
||||
|
||||
Verifica las invariantes de la fórmula de calidad:
|
||||
- completeness (0.6) + validity (0.4) con renormalización por aplicabilidad.
|
||||
- Los OUTLIERS no bajan el score (van a observations, no a issues).
|
||||
- Columnas constantes e ids no bajan el score (observations).
|
||||
- Sin doble conteo de la falta de datos.
|
||||
- all-null -> score 0; función pura (no muta el input).
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import os
|
||||
import sys
|
||||
@@ -9,11 +17,11 @@ from column_quality_score import column_quality_score
|
||||
|
||||
|
||||
def _clean_numeric_col() -> dict:
|
||||
"""ColumnProfile de una columna numerica sana, sin problemas."""
|
||||
"""ColumnProfile de una columna numérica nativa sana, sin problemas."""
|
||||
return {
|
||||
"name": "edad",
|
||||
"physical_type": "INTEGER",
|
||||
"inferred_type": "integer",
|
||||
"inferred_type": "numeric",
|
||||
"semantic_type": "",
|
||||
"count": 1000,
|
||||
"n_rows": 1000,
|
||||
@@ -28,85 +36,163 @@ def _clean_numeric_col() -> dict:
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Golden
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_clean_column_high_score():
|
||||
out = column_quality_score(_clean_numeric_col())
|
||||
assert out["score"] > 90
|
||||
assert out["score"] == 100.0
|
||||
assert out["completeness"] == 1.0
|
||||
assert out["validity"] == 1.0
|
||||
assert out["consistency"] == 1.0
|
||||
assert out["applicable"] == ["completeness", "validity"]
|
||||
assert out["issues"] == []
|
||||
assert out["observations"] == []
|
||||
|
||||
|
||||
def test_half_null_lowers_completeness_and_score():
|
||||
def test_weights_60_40_native_type():
|
||||
"""30% nulos en numérica nativa: score = 100*(0.6*0.7 + 0.4*1.0) = 82."""
|
||||
col = _clean_numeric_col()
|
||||
col["null_count"] = 500
|
||||
col["null_pct"] = 0.5
|
||||
clean_score = column_quality_score(_clean_numeric_col())["score"]
|
||||
col["null_pct"] = 0.30
|
||||
col["null_count"] = 300
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["completeness"] == 0.5
|
||||
assert out["score"] < clean_score
|
||||
assert any("nulos" in issue for issue in out["issues"])
|
||||
assert out["completeness"] == 0.7
|
||||
assert out["validity"] == 1.0
|
||||
assert out["score"] == 82.0
|
||||
assert any("nulos" in i for i in out["issues"])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_constant_column_flags_issue():
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Outliers FUERA del score
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_outliers_do_not_penalize_score():
|
||||
"""Columna con outliers pero sin nulos -> score máximo; outliers en observations."""
|
||||
col = _clean_numeric_col()
|
||||
col["numeric"] = {"outlier_pct": 18.0, "skew": 0.2} # 18% atípicos (escala 0-100)
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["score"] == 100.0 # los outliers NO bajan la calidad
|
||||
assert out["validity"] == 1.0
|
||||
# No aparecen como problema de calidad...
|
||||
assert not any("atípic" in i or "outlier" in i for i in out["issues"])
|
||||
# ...sino como observación analítica.
|
||||
assert any("atípic" in o for o in out["observations"])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_nulls_lower_score_more_than_outliers():
|
||||
"""Vacíos sí penalizan; outliers no: comparar las dos columnas."""
|
||||
con_nulos = _clean_numeric_col()
|
||||
con_nulos["null_pct"] = 0.30
|
||||
con_outliers = _clean_numeric_col()
|
||||
con_outliers["numeric"] = {"outlier_pct": 30.0}
|
||||
assert column_quality_score(con_nulos)["score"] < \
|
||||
column_quality_score(con_outliers)["score"]
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Validity: aplicabilidad y renormalización
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_validity_from_parse_rate_lowers_score():
|
||||
"""Numérica como texto con 20% basura: validity=0.8 -> score=92."""
|
||||
col = {
|
||||
"name": "precio_txt", "inferred_type": "numeric", "semantic_type": "decimal",
|
||||
"null_pct": 0.0, "validity_rate": 0.80, "flags": [], "numeric": None,
|
||||
}
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["validity"] == 0.8
|
||||
assert out["score"] == 92.0 # 100*(0.6 + 0.4*0.8)
|
||||
assert any("no parsea" in i for i in out["issues"])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_validity_from_match_rate():
|
||||
"""Texto con semantic_type y 5% no conforme: validity=0.95."""
|
||||
col = {
|
||||
"name": "email", "inferred_type": "text", "semantic_type": "email",
|
||||
"null_pct": 0.0, "match_rate": 0.95, "unique_pct": 0.5, "flags": [],
|
||||
}
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["validity"] == 0.95
|
||||
assert out["score"] == 98.0 # 100*(0.6 + 0.4*0.95)
|
||||
assert any("no casa" in i for i in out["issues"])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_free_text_renormalizes_to_completeness_only():
|
||||
"""Texto libre sin semántica: validity no aplica -> score = 100*completeness."""
|
||||
col = {
|
||||
"name": "comentario", "inferred_type": "text", "semantic_type": "",
|
||||
"null_pct": 0.30, "unique_pct": 0.5, "flags": [], "numeric": None,
|
||||
}
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["validity"] is None
|
||||
assert out["applicable"] == ["completeness"]
|
||||
assert out["completeness"] == 0.7
|
||||
assert out["score"] == 70.0 # renormalizado a solo completeness
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Casos límite (report §4.6)
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_all_null_column_scores_zero():
|
||||
col = _clean_numeric_col()
|
||||
col["null_pct"] = 1.0
|
||||
col["null_count"] = 1000
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["completeness"] == 0.0
|
||||
assert out["validity"] is None # no medible sin valores no nulos
|
||||
assert out["score"] == 0.0
|
||||
|
||||
|
||||
def test_constant_column_scores_full_and_is_observation():
|
||||
"""Columna constante: dato válido y completo -> score 100; baja info = observación."""
|
||||
col = _clean_numeric_col()
|
||||
col["flags"] = ["constant"]
|
||||
col["distinct_count"] = 1
|
||||
col["unique_pct"] = 0.001
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["consistency"] == 0.3
|
||||
assert any("constante" in issue for issue in out["issues"])
|
||||
assert out["score"] == 100.0 # NO se castiga la baja informatividad
|
||||
assert not any("constante" in i for i in out["issues"])
|
||||
assert any("constante" in o for o in out["observations"])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_high_cardinality_id_scores_full_and_is_observation():
|
||||
"""Id de alta cardinalidad: unicidad perfecta -> score 100; posible id = observación."""
|
||||
col = {
|
||||
"name": "uuid", "inferred_type": "text", "semantic_type": "",
|
||||
"null_pct": 0.0, "unique_pct": 0.99, "flags": ["possible_id"],
|
||||
"numeric": None,
|
||||
}
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["score"] == 100.0
|
||||
assert not any("identificador" in i for i in out["issues"])
|
||||
assert any("identificador" in o for o in out["observations"])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_mostly_null_no_double_counts_validity():
|
||||
"""85% nulos: solo completeness penaliza; validity nativa sigue 1.0 (sin doble castigo)."""
|
||||
col = _clean_numeric_col()
|
||||
col["null_pct"] = 0.85
|
||||
col["flags"] = ["mostly_null"]
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["validity"] == 1.0 # ya no se multiplica por 0.5
|
||||
# score = 100*(0.6*0.15 + 0.4*1.0) = 49
|
||||
assert out["score"] == 49.0
|
||||
assert not any("mayoritariamente" in o for o in out["observations"])
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# Robustez
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def test_empty_dict_does_not_crash():
|
||||
out = column_quality_score({})
|
||||
assert isinstance(out["score"], float)
|
||||
assert out["completeness"] == 1.0
|
||||
assert 0.0 <= out["score"] <= 100.0
|
||||
assert isinstance(out["issues"], list)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_outliers_penalize_validity():
|
||||
col = _clean_numeric_col()
|
||||
col["numeric"] = {"outlier_pct": 0.2}
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["validity"] < 1.0
|
||||
assert any("outliers" in issue for issue in out["issues"])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_mostly_null_flag_halves_validity():
|
||||
col = _clean_numeric_col()
|
||||
col["null_pct"] = 0.85
|
||||
col["flags"] = ["mostly_null"]
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["validity"] == 0.5
|
||||
assert any("mayoritariamente nula" in issue for issue in out["issues"])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_high_cardinality_text_flagged_as_id():
|
||||
col = {
|
||||
"name": "uuid",
|
||||
"inferred_type": "text",
|
||||
"semantic_type": "",
|
||||
"null_pct": 0.0,
|
||||
"unique_pct": 0.99,
|
||||
"flags": [],
|
||||
"numeric": None,
|
||||
}
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["consistency"] < 1.0
|
||||
assert any("alta cardinalidad" in issue for issue in out["issues"])
|
||||
assert isinstance(out["observations"], list)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_none_values_treated_defensively():
|
||||
col = {
|
||||
"name": "x",
|
||||
"inferred_type": None,
|
||||
"semantic_type": None,
|
||||
"null_pct": None,
|
||||
"unique_pct": None,
|
||||
"flags": None,
|
||||
"numeric": None,
|
||||
"name": "x", "inferred_type": None, "semantic_type": None,
|
||||
"null_pct": None, "unique_pct": None, "flags": None, "numeric": None,
|
||||
}
|
||||
out = column_quality_score(col)
|
||||
assert out["completeness"] == 1.0
|
||||
|
||||
@@ -0,0 +1,87 @@
|
||||
---
|
||||
name: confidence_interval_mean
|
||||
kind: function
|
||||
lang: py
|
||||
domain: datascience
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
purity: pure
|
||||
signature: "def confidence_interval_mean(data: list, other: list = None, confidence: float = 0.95) -> dict"
|
||||
description: "Intervalo de confianza (IC) de la media de una muestra con la t de Student, o de la DIFERENCIA de medias de dos muestras independientes con el metodo de Welch (sin asumir varianzas iguales). Una muestra: df=n-1, se=sd_muestral/sqrt(n) (sd con ddof=1), tcrit=t.ppf((1+confidence)/2, df), ci=mean+/-tcrit*se. Dos muestras: IC de mean(data)-mean(other) con se=sqrt(se1^2+se2^2) y grados de libertad de Welch-Satterthwaite. Pura y robusta: nunca lanza; ante casos degenerados (muestra vacia, n<2) devuelve nan + clave note, y con varianza cero el IC colapsa al punto (no es error). Usa scipy.stats y numpy."
|
||||
tags: [papers, statistics, confidence-interval, welch, t-test, python]
|
||||
params:
|
||||
- name: data
|
||||
desc: "muestra de observaciones numericas (lista de numeros). Si other es None, el IC es el de la media de data."
|
||||
- name: other
|
||||
desc: "segunda muestra independiente (lista de numeros) o None (default). Si se da, el IC es el de la diferencia de medias mean(data)-mean(other) calculada con Welch (no asume varianzas iguales)."
|
||||
- name: confidence
|
||||
desc: "nivel de confianza en (0, 1); 0.95 = IC del 95% (default). El cuantil critico es t.ppf((1+confidence)/2, df)."
|
||||
output: "dict {mean, ci_low, ci_high, se, df, confidence, n}. mean = media de data (una muestra) o la diferencia mean(data)-mean(other) (dos muestras). En el caso de dos muestras se anaden ademas n1 y n2 (y n = n1+n2). df son los grados de libertad de la t (Welch-Satterthwaite si dos muestras). Casos degenerados (muestra vacia, n<2) anaden la clave note y dejan ci_low/ci_high/se (y a veces df) en nan; con varianza cero y n>=2 el IC colapsa a [mean, mean] con se=0 (con note, sin nan). Nunca None ni excepcion."
|
||||
uses_functions: []
|
||||
uses_types: []
|
||||
returns: []
|
||||
returns_optional: false
|
||||
error_type: ""
|
||||
imports: [scipy, numpy]
|
||||
tested: true
|
||||
tests: ["test_one_sample_golden_contra_scipy", "test_one_sample_distinto_nivel_confianza", "test_welch_diferencia_golden_contra_scipy", "test_edge_un_solo_elemento_no_lanza_nan_note", "test_edge_lista_vacia_no_lanza_note", "test_edge_varianza_cero_colapsa_al_punto", "test_edge_welch_muestra_vacia_no_lanza_note", "test_edge_welch_n1_uno_no_lanza_note"]
|
||||
test_file_path: "python/functions/datascience/confidence_interval_mean_test.py"
|
||||
file_path: "python/functions/datascience/confidence_interval_mean.py"
|
||||
---
|
||||
|
||||
## Ejemplo
|
||||
|
||||
```python
|
||||
from datascience import confidence_interval_mean
|
||||
|
||||
# IC del 95% de la media de una muestra (t de Student).
|
||||
data = [2, 4, 4, 4, 5, 5, 7, 9]
|
||||
ci = confidence_interval_mean(data, confidence=0.95)
|
||||
print(ci["mean"]) # -> 5.0
|
||||
print(ci["df"]) # -> 7.0 (n - 1)
|
||||
print(round(ci["ci_low"], 5), round(ci["ci_high"], 5))
|
||||
# -> 3.21251 6.78749 (se con sd muestral ddof=1 ~ 2.13809)
|
||||
|
||||
# IC del 95% de la DIFERENCIA de medias (Welch, no asume varianzas iguales).
|
||||
control = [23.0, 21.0, 25.0, 22.0, 24.0, 26.0]
|
||||
tratado = [18.0, 20.0, 17.0, 19.0, 21.0]
|
||||
diff = confidence_interval_mean(control, tratado, confidence=0.95)
|
||||
print(diff["mean"]) # -> 4.5 (mean(control) - mean(tratado))
|
||||
print(round(diff["ci_low"], 4), round(diff["ci_high"], 4))
|
||||
# Si el intervalo no incluye 0, la diferencia es significativa al 5%.
|
||||
|
||||
# Degenerados: nunca lanza.
|
||||
print(confidence_interval_mean([5])["note"]) # n < 2: ... indefinidos
|
||||
print(confidence_interval_mean([3, 3, 3])["se"]) # -> 0.0 (IC colapsa a [3, 3])
|
||||
```
|
||||
|
||||
## Cuando usarla
|
||||
|
||||
Cuando quieras cuantificar la **incertidumbre de una media estimada** a partir de
|
||||
una muestra: reporta `[ci_low, ci_high]` en vez de un punto suelto para mostrar
|
||||
el rango plausible del valor real al nivel de confianza pedido. Usala tambien
|
||||
para **comparar dos grupos** (A/B test, control vs tratamiento, antes vs
|
||||
despues con grupos independientes): pasa las dos muestras y, si el IC de la
|
||||
diferencia **no incluye el 0**, la diferencia es significativa al nivel
|
||||
`1 - confidence`. Es el complemento del p-valor: ademas de "hay efecto", te dice
|
||||
"de que tamano y con que margen". Para dos muestras usa Welch por defecto, asi
|
||||
que no necesitas comprobar antes si las varianzas son iguales.
|
||||
|
||||
## Gotchas
|
||||
|
||||
- Pura y determinista (no hace I/O, no muta las entradas), pero **no** es
|
||||
stdlib-only: depende de `scipy.stats` y `numpy` (ambos en el venv del proyecto).
|
||||
- Con `other` usa **Welch** (df de Welch-Satterthwaite): NO asume varianzas
|
||||
iguales ni tamanos de muestra iguales. Si necesitas el t-test clasico de
|
||||
varianzas agrupadas (pooled), esta funcion no lo hace.
|
||||
- `sd` se calcula con **ddof=1** (sd muestral), que es lo correcto para el IC de
|
||||
una media con la t. Atajos como `sd_poblacional/sqrt(n)` (ddof=0) dan un
|
||||
intervalo demasiado estrecho.
|
||||
- En el caso de dos muestras, `mean` es la **diferencia** `mean(data) - mean(other)`
|
||||
(no la media de data). El orden importa: el signo del IC depende de cual va
|
||||
primero.
|
||||
- Nunca lanza. Casos degenerados devuelven `nan` en `ci_low`/`ci_high`/`se`
|
||||
(y a veces `df`) mas una clave `note`: muestra vacia o `n < 2` en cualquiera de
|
||||
las muestras. **Excepcion**: con varianza cero y `n >= 2` el IC colapsa al
|
||||
punto `[mean, mean]` con `se = 0` (no es un error, no hay `nan`).
|
||||
- Comprueba `"note" in out` antes de usar `ci_low`/`ci_high` si la muestra puede
|
||||
ser degenerada.
|
||||
@@ -0,0 +1,176 @@
|
||||
"""Intervalo de confianza de la media (una muestra) o de la diferencia de medias (Welch).
|
||||
|
||||
Funcion pura del grupo papers. Calcula el intervalo de confianza (IC) de la media
|
||||
de una muestra usando la t de Student, o el IC de la diferencia de medias de dos
|
||||
muestras independientes con el metodo de Welch (sin asumir varianzas iguales).
|
||||
|
||||
- Una muestra: ``df = n - 1``, ``se = sd / sqrt(n)`` (sd con ddof=1),
|
||||
``tcrit = t.ppf((1 + confidence) / 2, df)``, ``ci = mean +/- tcrit * se``.
|
||||
- Dos muestras (Welch): IC de ``mean(data) - mean(other)``, con
|
||||
``se = sqrt(se1^2 + se2^2)`` y grados de libertad de Welch-Satterthwaite.
|
||||
|
||||
No lanza excepciones: ante casos degenerados (muestras vacias, ``n < 2``,
|
||||
varianza cero) devuelve un dict coherente con ``ci_low``/``ci_high``/``se`` en
|
||||
``nan`` (salvo el sub-caso de varianza cero, donde el IC colapsa al punto) y una
|
||||
clave ``note`` explicando el caso. Usa ``scipy.stats`` y ``numpy``.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
from __future__ import annotations
|
||||
|
||||
import math
|
||||
|
||||
import numpy as np
|
||||
from scipy import stats
|
||||
|
||||
|
||||
def confidence_interval_mean(
|
||||
data: list, other: list = None, confidence: float = 0.95
|
||||
) -> dict:
|
||||
"""Intervalo de confianza de la media o de la diferencia de medias (Welch).
|
||||
|
||||
Si ``other`` es ``None``, calcula el IC de la media de ``data`` con la t de
|
||||
Student. Si se proporciona ``other``, calcula el IC de la diferencia
|
||||
``mean(data) - mean(other)`` con el metodo de Welch (no asume varianzas
|
||||
iguales) y grados de libertad de Welch-Satterthwaite.
|
||||
|
||||
Es una funcion pura y determinista: no hace I/O ni muta las entradas. No
|
||||
lanza excepcion ante datos degenerados; en su lugar devuelve un dict con la
|
||||
clave ``note`` y los campos numericos indefinidos a ``nan``.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
data: muestra de observaciones numericas (lista de numeros).
|
||||
other: segunda muestra independiente. Si se da, el IC es el de la
|
||||
diferencia de medias ``mean(data) - mean(other)`` con Welch. Si es
|
||||
``None`` (default), el IC es el de la media de ``data``.
|
||||
confidence: nivel de confianza en (0, 1), p.ej. 0.95 para el 95%.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict con las claves:
|
||||
mean: media de ``data`` (una muestra) o la diferencia
|
||||
``mean(data) - mean(other)`` (dos muestras).
|
||||
ci_low: extremo inferior del intervalo de confianza.
|
||||
ci_high: extremo superior del intervalo de confianza.
|
||||
se: error estandar de la media (o de la diferencia).
|
||||
df: grados de libertad de la t (Welch-Satterthwaite si dos muestras).
|
||||
confidence: nivel de confianza aplicado (float).
|
||||
n: tamano de la muestra (una muestra) o tamano total ``n1 + n2``
|
||||
(dos muestras; ademas se incluyen ``n1`` y ``n2``).
|
||||
|
||||
En el caso de dos muestras se incluyen ademas ``n1`` y ``n2``. Casos
|
||||
degenerados (muestra vacia, ``n < 2``, etc.) anaden la clave ``note`` y
|
||||
dejan ``ci_low``/``ci_high``/``se`` (y a veces ``df``) en ``nan``.
|
||||
"""
|
||||
conf = float(confidence)
|
||||
|
||||
if other is None:
|
||||
return _ci_one_sample(data, conf)
|
||||
return _ci_welch(data, other, conf)
|
||||
|
||||
|
||||
def _ci_one_sample(data: list, conf: float) -> dict:
|
||||
"""IC de la media de una sola muestra con la t de Student."""
|
||||
arr = np.asarray(list(data), dtype=float)
|
||||
n = int(arr.size)
|
||||
|
||||
base = {
|
||||
"mean": float("nan"),
|
||||
"ci_low": float("nan"),
|
||||
"ci_high": float("nan"),
|
||||
"se": float("nan"),
|
||||
"df": float("nan"),
|
||||
"confidence": conf,
|
||||
"n": n,
|
||||
}
|
||||
|
||||
if n == 0:
|
||||
base["note"] = "muestra vacia: media e intervalo indefinidos"
|
||||
return base
|
||||
|
||||
mean = float(arr.mean())
|
||||
base["mean"] = mean
|
||||
|
||||
if n < 2:
|
||||
base["note"] = "n < 2: error estandar y grados de libertad indefinidos"
|
||||
return base
|
||||
|
||||
df = n - 1
|
||||
base["df"] = float(df)
|
||||
|
||||
sd = float(arr.std(ddof=1))
|
||||
se = sd / math.sqrt(n)
|
||||
base["se"] = se
|
||||
|
||||
# Varianza cero: el IC colapsa al punto (no es un error).
|
||||
if se == 0.0:
|
||||
base["ci_low"] = mean
|
||||
base["ci_high"] = mean
|
||||
base["note"] = "varianza cero: el intervalo colapsa a la media"
|
||||
return base
|
||||
|
||||
tcrit = float(stats.t.ppf((1.0 + conf) / 2.0, df))
|
||||
margin = tcrit * se
|
||||
base["ci_low"] = mean - margin
|
||||
base["ci_high"] = mean + margin
|
||||
return base
|
||||
|
||||
|
||||
def _ci_welch(data: list, other: list, conf: float) -> dict:
|
||||
"""IC de la diferencia de medias de dos muestras con el metodo de Welch."""
|
||||
a = np.asarray(list(data), dtype=float)
|
||||
b = np.asarray(list(other), dtype=float)
|
||||
n1 = int(a.size)
|
||||
n2 = int(b.size)
|
||||
|
||||
base = {
|
||||
"mean": float("nan"),
|
||||
"ci_low": float("nan"),
|
||||
"ci_high": float("nan"),
|
||||
"se": float("nan"),
|
||||
"df": float("nan"),
|
||||
"confidence": conf,
|
||||
"n": n1 + n2,
|
||||
"n1": n1,
|
||||
"n2": n2,
|
||||
}
|
||||
|
||||
if n1 == 0 or n2 == 0:
|
||||
base["note"] = "alguna muestra esta vacia: diferencia e intervalo indefinidos"
|
||||
return base
|
||||
|
||||
mean1 = float(a.mean())
|
||||
mean2 = float(b.mean())
|
||||
diff = mean1 - mean2
|
||||
base["mean"] = diff
|
||||
|
||||
if n1 < 2 or n2 < 2:
|
||||
base["note"] = (
|
||||
"n < 2 en alguna muestra: error estandar y grados de libertad indefinidos"
|
||||
)
|
||||
return base
|
||||
|
||||
sd1 = float(a.std(ddof=1))
|
||||
sd2 = float(b.std(ddof=1))
|
||||
se1 = sd1 / math.sqrt(n1)
|
||||
se2 = sd2 / math.sqrt(n2)
|
||||
se = math.sqrt(se1 * se1 + se2 * se2)
|
||||
base["se"] = se
|
||||
|
||||
# Ambas varianzas cero: el IC de la diferencia colapsa al punto.
|
||||
if se == 0.0:
|
||||
base["ci_low"] = diff
|
||||
base["ci_high"] = diff
|
||||
base["df"] = float("nan")
|
||||
base["note"] = "varianza cero en ambas muestras: el intervalo colapsa a la diferencia"
|
||||
return base
|
||||
|
||||
# Grados de libertad de Welch-Satterthwaite.
|
||||
df = (se1 * se1 + se2 * se2) ** 2 / (
|
||||
(se1**4) / (n1 - 1) + (se2**4) / (n2 - 1)
|
||||
)
|
||||
base["df"] = float(df)
|
||||
|
||||
tcrit = float(stats.t.ppf((1.0 + conf) / 2.0, df))
|
||||
margin = tcrit * se
|
||||
base["ci_low"] = diff - margin
|
||||
base["ci_high"] = diff + margin
|
||||
return base
|
||||
@@ -0,0 +1,140 @@
|
||||
"""Tests para confidence_interval_mean (IC de la media / diferencia de medias Welch).
|
||||
|
||||
Importa el modulo hoja directamente (`confidence_interval_mean`) para no depender
|
||||
de que el paquete reexporte la funcion en su __init__ (lo integra el orquestador
|
||||
al cerrar el grupo).
|
||||
|
||||
Los golden se calculan con scipy dentro del propio test para que sean robustos:
|
||||
la funcion bajo prueba debe coincidir con la referencia de scipy a ~1e-9.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import math
|
||||
|
||||
import numpy as np
|
||||
from scipy import stats
|
||||
|
||||
from confidence_interval_mean import confidence_interval_mean
|
||||
|
||||
|
||||
def test_one_sample_golden_contra_scipy():
|
||||
# mean=5.0, n=8. Este dataset tiene sd POBLACIONAL (ddof=0) exactamente 2.0,
|
||||
# pero la sd MUESTRAL (ddof=1, la que exige la spec y la que es correcta para
|
||||
# el IC de una media con la t) es sqrt(32/7) ~ 2.13809. El golden robusto se
|
||||
# calcula con scipy usando se con ddof=1, no con el atajo 2.0/sqrt(8).
|
||||
data = [2, 4, 4, 4, 5, 5, 7, 9]
|
||||
out = confidence_interval_mean(data, confidence=0.95)
|
||||
|
||||
n = len(data)
|
||||
mean = float(np.mean(data))
|
||||
sd = float(np.std(data, ddof=1)) # sample sd ~ 2.13809
|
||||
se = sd / math.sqrt(n)
|
||||
lo, hi = stats.t.interval(0.95, df=n - 1, loc=mean, scale=se)
|
||||
|
||||
assert abs(out["mean"] - 5.0) < 1e-9
|
||||
assert abs(out["se"] - se) < 1e-12
|
||||
assert out["df"] == 7.0
|
||||
assert out["n"] == 8
|
||||
assert out["confidence"] == 0.95
|
||||
assert abs(out["ci_low"] - lo) < 1e-9
|
||||
assert abs(out["ci_high"] - hi) < 1e-9
|
||||
# Valores tabulados correctos para ddof=1 (no los 3.32793/6.67207 del
|
||||
# enunciado, que asumian erroneamente sd=2.0 / ddof=0).
|
||||
assert abs(out["ci_low"] - 3.21251) < 1e-3
|
||||
assert abs(out["ci_high"] - 6.78749) < 1e-3
|
||||
assert "note" not in out
|
||||
|
||||
|
||||
def test_one_sample_distinto_nivel_confianza():
|
||||
data = [10.0, 12.0, 11.0, 13.0, 9.0, 14.0]
|
||||
out = confidence_interval_mean(data, confidence=0.99)
|
||||
|
||||
n = len(data)
|
||||
mean = float(np.mean(data))
|
||||
se = float(np.std(data, ddof=1)) / math.sqrt(n)
|
||||
lo, hi = stats.t.interval(0.99, df=n - 1, loc=mean, scale=se)
|
||||
|
||||
assert abs(out["mean"] - mean) < 1e-12
|
||||
assert abs(out["ci_low"] - lo) < 1e-9
|
||||
assert abs(out["ci_high"] - hi) < 1e-9
|
||||
assert out["df"] == float(n - 1)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_welch_diferencia_golden_contra_scipy():
|
||||
data = [23.0, 21.0, 25.0, 22.0, 24.0, 26.0]
|
||||
other = [18.0, 20.0, 17.0, 19.0, 21.0]
|
||||
conf = 0.95
|
||||
out = confidence_interval_mean(data, other, confidence=conf)
|
||||
|
||||
a = np.asarray(data, dtype=float)
|
||||
b = np.asarray(other, dtype=float)
|
||||
n1, n2 = a.size, b.size
|
||||
mean1, mean2 = float(a.mean()), float(b.mean())
|
||||
diff = mean1 - mean2
|
||||
se1 = float(a.std(ddof=1)) / math.sqrt(n1)
|
||||
se2 = float(b.std(ddof=1)) / math.sqrt(n2)
|
||||
se = math.sqrt(se1**2 + se2**2)
|
||||
df = (se1**2 + se2**2) ** 2 / (se1**4 / (n1 - 1) + se2**4 / (n2 - 1))
|
||||
lo, hi = stats.t.interval(conf, df=df, loc=diff, scale=se)
|
||||
|
||||
assert abs(out["mean"] - diff) < 1e-9
|
||||
assert abs(out["mean"] - (mean1 - mean2)) < 1e-9
|
||||
assert abs(out["se"] - se) < 1e-12
|
||||
assert abs(out["df"] - df) < 1e-9
|
||||
assert abs(out["ci_low"] - lo) < 1e-9
|
||||
assert abs(out["ci_high"] - hi) < 1e-9
|
||||
assert out["n1"] == n1
|
||||
assert out["n2"] == n2
|
||||
assert out["n"] == n1 + n2
|
||||
assert "note" not in out
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_un_solo_elemento_no_lanza_nan_note():
|
||||
out = confidence_interval_mean([5], confidence=0.95)
|
||||
assert out["mean"] == 5.0 # la media si esta definida con n=1
|
||||
assert math.isnan(out["se"])
|
||||
assert math.isnan(out["ci_low"])
|
||||
assert math.isnan(out["ci_high"])
|
||||
assert math.isnan(out["df"])
|
||||
assert out["n"] == 1
|
||||
assert "note" in out
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_lista_vacia_no_lanza_note():
|
||||
out = confidence_interval_mean([], confidence=0.95)
|
||||
assert math.isnan(out["mean"])
|
||||
assert math.isnan(out["ci_low"])
|
||||
assert math.isnan(out["ci_high"])
|
||||
assert math.isnan(out["se"])
|
||||
assert out["n"] == 0
|
||||
assert "note" in out
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_varianza_cero_colapsa_al_punto():
|
||||
out = confidence_interval_mean([3, 3, 3], confidence=0.95)
|
||||
assert out["mean"] == 3.0
|
||||
assert out["se"] == 0.0
|
||||
assert out["ci_low"] == 3.0
|
||||
assert out["ci_high"] == 3.0
|
||||
assert not math.isnan(out["ci_low"])
|
||||
assert out["n"] == 3
|
||||
assert "note" in out
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_welch_muestra_vacia_no_lanza_note():
|
||||
out = confidence_interval_mean([1.0, 2.0, 3.0], [], confidence=0.95)
|
||||
assert math.isnan(out["mean"])
|
||||
assert math.isnan(out["ci_low"])
|
||||
assert math.isnan(out["se"])
|
||||
assert out["n1"] == 3
|
||||
assert out["n2"] == 0
|
||||
assert "note" in out
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_welch_n1_uno_no_lanza_note():
|
||||
out = confidence_interval_mean([5.0], [1.0, 2.0, 3.0], confidence=0.95)
|
||||
# La diferencia de medias si esta definida.
|
||||
assert abs(out["mean"] - (5.0 - 2.0)) < 1e-9
|
||||
assert math.isnan(out["se"])
|
||||
assert math.isnan(out["ci_low"])
|
||||
assert math.isnan(out["df"])
|
||||
assert "note" in out
|
||||
@@ -0,0 +1,107 @@
|
||||
---
|
||||
name: detect_declared_keys_duckdb
|
||||
kind: function
|
||||
lang: py
|
||||
domain: datascience
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
purity: impure
|
||||
signature: "def detect_declared_keys_duckdb(db_path: str, table: str = None) -> dict"
|
||||
description: "Detecta las claves DECLARADAS (constraints reales) de un schema DuckDB leyendo la table function duckdb_constraints(): extrae PRIMARY KEY, FOREIGN KEY y UNIQUE (ignora NOT NULL y CHECK) y las devuelve normalizadas con sus columnas, y para las FK con su tabla y columnas referenciadas. Con table=None procesa todas las tablas; con table='X' filtra a PK/UNIQUE de X y a FK cuyo origen es X (case-sensitive). A diferencia de infer_fk_containment_duckdb (que INFIERE FKs candidatas por containment de valores cuando el schema no las declara), esta funcion devuelve las relaciones de clave REALES del schema. Estilo dict-no-throw: nunca lanza. Parte del grupo eda (relaciones de clave)."
|
||||
tags: [eda, duckdb, datascience, relations, primary-key, foreign-key, schema, exploratory-data-analysis]
|
||||
params:
|
||||
- name: db_path
|
||||
desc: "Ruta al archivo DuckDB. Debe existir (lectura read-only via duckdb_query_readonly; no se crea). Un path inexistente devuelve {status:'error', ...}."
|
||||
- name: table
|
||||
desc: "Si se pasa, filtra los resultados a esa tabla: incluye PRIMARY KEY y UNIQUE cuya tabla sea `table`, y FOREIGN KEY cuya tabla ORIGEN sea `table` (no la referenciada). None (default) devuelve los constraints de todas las tablas. La comparacion es case-sensitive (nombres tal cual los devuelve DuckDB)."
|
||||
output: "dict dict-no-throw. En exito {status:'ok', primary_keys:[{table:str, columns:[str,...]}, ...], foreign_keys:[{table:str, columns:[str,...], referenced_table:str, referenced_columns:[str,...]}, ...], unique:[{table:str, columns:[str,...]}, ...], tables:[str,...]} donde tables es la lista ordenada de tablas (origen) que poseen al menos un constraint PK/FK/UNIQUE emitido. Solo se emiten constraints de clave: NOT NULL y CHECK se ignoran. En error {status:'error', error:str}."
|
||||
uses_functions: [duckdb_query_readonly_py_infra]
|
||||
uses_types: []
|
||||
returns: []
|
||||
returns_optional: false
|
||||
error_type: "error_go_core"
|
||||
imports: []
|
||||
tested: true
|
||||
tests: ["test_golden_detecta_pks_y_fk", "test_golden_ignora_not_null_y_check", "test_edge_filtra_por_tabla_orders", "test_edge_filtra_por_tabla_customers", "test_edge_unique_declarado", "test_edge_sin_constraints_listas_vacias", "test_error_db_inexistente_no_lanza", "test_shape_resultado"]
|
||||
test_file_path: "python/functions/datascience/detect_declared_keys_duckdb_test.py"
|
||||
file_path: "python/functions/datascience/detect_declared_keys_duckdb.py"
|
||||
---
|
||||
|
||||
## Ejemplo
|
||||
|
||||
```python
|
||||
import sys, os, duckdb
|
||||
sys.path.insert(0, os.path.join("python", "functions"))
|
||||
from datascience import detect_declared_keys_duckdb
|
||||
|
||||
# Base de ejemplo en /tmp: orders.customer_id -> customers.id (FK declarada)
|
||||
path = "/tmp/declared_keys_demo.duckdb"
|
||||
if os.path.exists(path):
|
||||
os.remove(path)
|
||||
con = duckdb.connect(path)
|
||||
con.execute("CREATE TABLE customers(id INTEGER PRIMARY KEY, name TEXT)")
|
||||
con.execute(
|
||||
"CREATE TABLE orders("
|
||||
" id INTEGER PRIMARY KEY,"
|
||||
" customer_id INTEGER REFERENCES customers(id),"
|
||||
" amt DOUBLE)"
|
||||
)
|
||||
con.close()
|
||||
|
||||
res = detect_declared_keys_duckdb(path)
|
||||
if res["status"] == "ok":
|
||||
for pk in res["primary_keys"]:
|
||||
print(f"PK {pk['table']}({', '.join(pk['columns'])})")
|
||||
for fk in res["foreign_keys"]:
|
||||
print(f"FK {fk['table']}({', '.join(fk['columns'])}) -> "
|
||||
f"{fk['referenced_table']}({', '.join(fk['referenced_columns'])})")
|
||||
# PK customers(id)
|
||||
# PK orders(id)
|
||||
# FK orders(customer_id) -> customers(id)
|
||||
else:
|
||||
print("error:", res["error"])
|
||||
|
||||
# Filtrar a una tabla concreta (PK/UNIQUE de orders + FK con origen orders):
|
||||
solo_orders = detect_declared_keys_duckdb(path, table="orders")
|
||||
print(solo_orders["tables"]) # ['orders']
|
||||
```
|
||||
|
||||
## Cuando usarla
|
||||
|
||||
- Cuando exploras un esquema DuckDB y quieres mostrar las relaciones de clave REALES (PK/FK/UNIQUE) que el schema ha declarado, sin inferir nada.
|
||||
- Como paso del capitulo RELACIONES del grupo `eda`: primero mira las claves declaradas con esta funcion; si el schema no declara FKs, complementa con `infer_fk_containment_duckdb` (inferencia por containment).
|
||||
- Antes de documentar o migrar un esquema, para listar el contrato de integridad referencial que el motor ya conoce.
|
||||
- Para validar que las constraints que esperas (esa FK que creaste con `REFERENCES`) realmente estan declaradas en la base materializada.
|
||||
|
||||
## Gotchas
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||||
|
||||
- **Impura**: lee de disco via la primitiva read-only `duckdb_query_readonly` (no crea ni modifica la base). El `db_path` debe existir; un path inexistente devuelve `{status:'error'}` (read_only NO crea la base).
|
||||
- **Requiere `duckdb_constraints()`**: usa la table function `duckdb_constraints()`, disponible en DuckDB modernos (verificado en 1.5.2). En versiones antiguas sin esa funcion, la query falla y se devuelve `{status:'error'}`.
|
||||
- **Solo claves DECLARADAS**: devuelve lo que el schema declaro con `PRIMARY KEY` / `FOREIGN KEY (... REFERENCES ...)` / `UNIQUE`. Una tabla materializada con `CREATE TABLE AS SELECT` NO lleva constraints — para esos casos no habra claves que mostrar y hay que INFERIRLAS (`infer_fk_containment_duckdb`).
|
||||
- **NOT NULL y CHECK se ignoran**: `duckdb_constraints()` tambien emite filas `NOT NULL` (DuckDB genera una por cada columna PK) y `CHECK`; esta funcion las descarta y solo conserva PK/FK/UNIQUE.
|
||||
- **Nombres case-sensitive**: el filtro `table='Orders'` no casa con una tabla `orders`. Se comparan los nombres tal cual los devuelve DuckDB.
|
||||
- **FK atribuida al origen**: una FOREIGN KEY se atribuye a su tabla ORIGEN (el `table` de la entrada), no a la referenciada. El filtro `table='X'` trae las FK cuyo origen es X, no las que apuntan a X.
|
||||
- **`tables` = tablas dueñas de constraints emitidos**: la lista `tables` contiene solo las tablas que poseen al menos un PK/FK/UNIQUE en el resultado (su campo `table`), ordenadas. No incluye tablas referenciadas que no tengan constraint propio en la salida.
|
||||
- **Columnas como listas**: `constraint_column_names` y `referenced_column_names` son columnas LIST de DuckDB; en 1.5.2 llegan como listas Python. La funcion las normaliza a listas de strings con una red de seguridad por si llegaran como string.
|
||||
|
||||
## Notas
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||||
|
||||
`duckdb_constraints()` devuelve una fila por constraint con los campos
|
||||
`table_name`, `constraint_type`, `constraint_column_names`, `referenced_table`,
|
||||
`referenced_column_names`. Mapeo a la salida:
|
||||
|
||||
```text
|
||||
PRIMARY KEY -> primary_keys[]: {table, columns}
|
||||
UNIQUE -> unique[]: {table, columns}
|
||||
FOREIGN KEY -> foreign_keys[]: {table, columns, referenced_table, referenced_columns}
|
||||
NOT NULL -> ignorado
|
||||
CHECK -> ignorado
|
||||
```
|
||||
|
||||
Para una FK, `referenced_table` y `referenced_column_names` vienen poblados; para
|
||||
PK/UNIQUE, `referenced_table` es NULL y `referenced_column_names` una lista vacia.
|
||||
|
||||
Complementa a `infer_fk_containment_duckdb`: esta funcion devuelve las relaciones
|
||||
de clave REALES del schema (declaradas); la otra INFIERE FKs candidatas por
|
||||
containment de valores cuando el schema no las declaro. En el capitulo RELACIONES
|
||||
de AutomaticEDA se usan en orden: primero las declaradas, luego la inferencia como
|
||||
respaldo.
|
||||
@@ -0,0 +1,127 @@
|
||||
"""detect_declared_keys_duckdb — lee las claves DECLARADAS de un schema DuckDB.
|
||||
|
||||
Funcion impura: lee de disco a traves de la primitiva read-only del grupo
|
||||
`duckdb` (duckdb_query_readonly). Pertenece al grupo de capacidad `eda`
|
||||
(relaciones de clave): a diferencia de infer_fk_containment_duckdb, que INFIERE
|
||||
FOREIGN KEYs candidatas por containment de valores, esta funcion devuelve las
|
||||
constraints REALES que el schema ha declarado (PRIMARY KEY / FOREIGN KEY /
|
||||
UNIQUE) leyendo la table function `duckdb_constraints()`.
|
||||
|
||||
Es la pieza del capitulo RELACIONES de AutomaticEDA que muestra las relaciones de
|
||||
clave reales cuando existen — frente a la inferencia, que se usa cuando el schema
|
||||
no las declaro.
|
||||
|
||||
Estilo dict-no-throw del grupo duckdb: nunca lanza; captura cualquier error y
|
||||
devuelve {status:'error', error:str}.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
from infra import duckdb_query_readonly
|
||||
|
||||
|
||||
def _as_list(value) -> list:
|
||||
"""Normaliza el valor de una columna LIST de DuckDB a una lista de strings.
|
||||
|
||||
En DuckDB 1.5.2, `constraint_column_names` y `referenced_column_names` llegan
|
||||
ya como listas Python a traves de duckdb_query_readonly. Este helper es solo
|
||||
una red de seguridad: si por cualquier motivo llegara como string (p.ej. la
|
||||
representacion `[id, customer_id]`), la parsea de forma defensiva.
|
||||
"""
|
||||
if value is None:
|
||||
return []
|
||||
if isinstance(value, (list, tuple)):
|
||||
return [str(v) for v in value]
|
||||
if isinstance(value, str):
|
||||
s = value.strip()
|
||||
if s.startswith("[") and s.endswith("]"):
|
||||
s = s[1:-1]
|
||||
if not s.strip():
|
||||
return []
|
||||
return [
|
||||
part.strip().strip("'\"")
|
||||
for part in s.split(",")
|
||||
if part.strip().strip("'\"")
|
||||
]
|
||||
return [str(value)]
|
||||
|
||||
|
||||
def detect_declared_keys_duckdb(db_path: str, table: str = None) -> dict:
|
||||
"""Detecta las claves PRIMARY KEY / FOREIGN KEY / UNIQUE declaradas en DuckDB.
|
||||
|
||||
Lee la table function `duckdb_constraints()` y extrae solo las constraints de
|
||||
clave (PRIMARY KEY, FOREIGN KEY, UNIQUE), ignorando NOT NULL y CHECK.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
db_path: ruta al archivo DuckDB. Debe existir (lectura read-only; no se
|
||||
crea). Un path inexistente devuelve {status:'error', ...} sin lanzar.
|
||||
table: si se pasa, filtra los resultados a esa tabla: incluye PRIMARY KEY
|
||||
y UNIQUE cuya tabla sea `table`, y FOREIGN KEY cuya tabla ORIGEN sea
|
||||
`table`. None (default) devuelve los constraints de todas las tablas.
|
||||
La comparacion de nombres es case-sensitive (tal cual los devuelve
|
||||
DuckDB).
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict dict-no-throw. En exito:
|
||||
{status:'ok',
|
||||
primary_keys:[{table:str, columns:[str, ...]}, ...],
|
||||
foreign_keys:[{table:str, columns:[str, ...],
|
||||
referenced_table:str,
|
||||
referenced_columns:[str, ...]}, ...],
|
||||
unique:[{table:str, columns:[str, ...]}, ...],
|
||||
tables:[str, ...]} # tablas (origen) con algun PK/FK/UNIQUE emitido
|
||||
En error (sin lanzar): {status:'error', error:str}.
|
||||
"""
|
||||
try:
|
||||
sql = (
|
||||
"SELECT table_name, constraint_type, constraint_column_names, "
|
||||
"referenced_table, referenced_column_names FROM duckdb_constraints()"
|
||||
)
|
||||
res = duckdb_query_readonly(db_path, sql)
|
||||
if res["status"] != "ok":
|
||||
return {"status": "error", "error": res["error"]}
|
||||
|
||||
primary_keys = []
|
||||
foreign_keys = []
|
||||
unique = []
|
||||
tables = set()
|
||||
|
||||
for row in res["rows"]:
|
||||
ctype = row["constraint_type"]
|
||||
tname = row["table_name"]
|
||||
|
||||
# Filtro por tabla origen: para PK/FK/UNIQUE el dueño del constraint es
|
||||
# `table_name`. Una FK se atribuye a su tabla origen (no a la
|
||||
# referenciada), igual que el filtro pide.
|
||||
if table is not None and tname != table:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
cols = _as_list(row["constraint_column_names"])
|
||||
|
||||
if ctype == "PRIMARY KEY":
|
||||
primary_keys.append({"table": tname, "columns": cols})
|
||||
tables.add(tname)
|
||||
elif ctype == "UNIQUE":
|
||||
unique.append({"table": tname, "columns": cols})
|
||||
tables.add(tname)
|
||||
elif ctype == "FOREIGN KEY":
|
||||
foreign_keys.append(
|
||||
{
|
||||
"table": tname,
|
||||
"columns": cols,
|
||||
"referenced_table": row["referenced_table"],
|
||||
"referenced_columns": _as_list(
|
||||
row["referenced_column_names"]
|
||||
),
|
||||
}
|
||||
)
|
||||
tables.add(tname)
|
||||
# NOT NULL y CHECK se ignoran: no son relaciones de clave.
|
||||
|
||||
return {
|
||||
"status": "ok",
|
||||
"primary_keys": primary_keys,
|
||||
"foreign_keys": foreign_keys,
|
||||
"unique": unique,
|
||||
"tables": sorted(tables),
|
||||
}
|
||||
except Exception as e: # noqa: BLE001
|
||||
return {"status": "error", "error": str(e)}
|
||||
@@ -0,0 +1,167 @@
|
||||
"""Tests para detect_declared_keys_duckdb."""
|
||||
|
||||
import duckdb
|
||||
import pytest
|
||||
|
||||
from .detect_declared_keys_duckdb import detect_declared_keys_duckdb
|
||||
|
||||
|
||||
@pytest.fixture
|
||||
def db(tmp_path):
|
||||
"""DuckDB temporal con claves declaradas.
|
||||
|
||||
- customers(id PRIMARY KEY, name)
|
||||
- orders(id PRIMARY KEY, customer_id REFERENCES customers(id), amt)
|
||||
|
||||
Esto declara dos PRIMARY KEY (customers.id, orders.id) y una FOREIGN KEY
|
||||
(orders.customer_id -> customers.id). DuckDB ademas genera constraints
|
||||
NOT NULL para las columnas PK, que la funcion debe ignorar.
|
||||
"""
|
||||
path = str(tmp_path / "keys_test.duckdb")
|
||||
con = duckdb.connect(path)
|
||||
con.execute("CREATE TABLE customers(id INTEGER PRIMARY KEY, name TEXT)")
|
||||
con.execute(
|
||||
"CREATE TABLE orders("
|
||||
" id INTEGER PRIMARY KEY,"
|
||||
" customer_id INTEGER REFERENCES customers(id),"
|
||||
" amt DOUBLE"
|
||||
")"
|
||||
)
|
||||
con.close()
|
||||
return path
|
||||
|
||||
|
||||
def _pk_for(res, table):
|
||||
"""Devuelve la entrada primary_keys cuya tabla es `table`, o None."""
|
||||
for pk in res["primary_keys"]:
|
||||
if pk["table"] == table:
|
||||
return pk
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_detecta_pks_y_fk(db):
|
||||
"""Golden: detecta las dos PK y la FK declaradas, con valores concretos."""
|
||||
res = detect_declared_keys_duckdb(db)
|
||||
assert res["status"] == "ok"
|
||||
|
||||
# PRIMARY KEY de customers y de orders.
|
||||
pk_customers = _pk_for(res, "customers")
|
||||
pk_orders = _pk_for(res, "orders")
|
||||
assert pk_customers is not None
|
||||
assert pk_customers["columns"] == ["id"]
|
||||
assert pk_orders is not None
|
||||
assert pk_orders["columns"] == ["id"]
|
||||
|
||||
# FOREIGN KEY orders.customer_id -> customers.id.
|
||||
assert len(res["foreign_keys"]) == 1
|
||||
fk = res["foreign_keys"][0]
|
||||
assert fk["table"] == "orders"
|
||||
assert fk["columns"] == ["customer_id"]
|
||||
assert fk["referenced_table"] == "customers"
|
||||
assert fk["referenced_columns"] == ["id"]
|
||||
|
||||
# tables incluye ambas (origen de algun constraint).
|
||||
assert res["tables"] == ["customers", "orders"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_ignora_not_null_y_check(db):
|
||||
"""NOT NULL (auto-generado por las PK) no aparece como clave."""
|
||||
res = detect_declared_keys_duckdb(db)
|
||||
assert res["status"] == "ok"
|
||||
# Solo 2 PK reales (no las NOT NULL que DuckDB genera por cada columna PK).
|
||||
assert len(res["primary_keys"]) == 2
|
||||
# No hay UNIQUE declarado en este schema.
|
||||
assert res["unique"] == []
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_filtra_por_tabla_orders(db):
|
||||
"""Edge table='orders': PK de orders + su FK; NO la PK de customers."""
|
||||
res = detect_declared_keys_duckdb(db, table="orders")
|
||||
assert res["status"] == "ok"
|
||||
|
||||
# Solo la PK de orders.
|
||||
assert len(res["primary_keys"]) == 1
|
||||
assert res["primary_keys"][0]["table"] == "orders"
|
||||
assert res["primary_keys"][0]["columns"] == ["id"]
|
||||
# La PK de customers NO esta.
|
||||
assert _pk_for(res, "customers") is None
|
||||
|
||||
# La FK de orders si esta (origen = orders).
|
||||
assert len(res["foreign_keys"]) == 1
|
||||
assert res["foreign_keys"][0]["table"] == "orders"
|
||||
assert res["foreign_keys"][0]["referenced_table"] == "customers"
|
||||
|
||||
# tables solo contiene orders (la dueña de los constraints emitidos).
|
||||
assert res["tables"] == ["orders"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_filtra_por_tabla_customers(db):
|
||||
"""Edge table='customers': solo su PK; ninguna FK (orders queda fuera)."""
|
||||
res = detect_declared_keys_duckdb(db, table="customers")
|
||||
assert res["status"] == "ok"
|
||||
assert len(res["primary_keys"]) == 1
|
||||
assert res["primary_keys"][0]["table"] == "customers"
|
||||
assert res["foreign_keys"] == []
|
||||
assert res["tables"] == ["customers"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_unique_declarado(tmp_path):
|
||||
"""Edge: una constraint UNIQUE declarada aparece en `unique`."""
|
||||
path = str(tmp_path / "unique_test.duckdb")
|
||||
con = duckdb.connect(path)
|
||||
con.execute("CREATE TABLE products(sku INTEGER UNIQUE, name TEXT)")
|
||||
con.close()
|
||||
|
||||
res = detect_declared_keys_duckdb(path)
|
||||
assert res["status"] == "ok"
|
||||
assert len(res["unique"]) == 1
|
||||
assert res["unique"][0]["table"] == "products"
|
||||
assert res["unique"][0]["columns"] == ["sku"]
|
||||
assert res["primary_keys"] == []
|
||||
assert res["foreign_keys"] == []
|
||||
assert res["tables"] == ["products"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_sin_constraints_listas_vacias(tmp_path):
|
||||
"""Edge: tabla sin PK/FK/UNIQUE -> todas las listas vacias, status ok."""
|
||||
path = str(tmp_path / "no_keys.duckdb")
|
||||
con = duckdb.connect(path)
|
||||
con.execute("CREATE TABLE log(a INTEGER, b INTEGER)")
|
||||
con.close()
|
||||
|
||||
res = detect_declared_keys_duckdb(path)
|
||||
assert res["status"] == "ok"
|
||||
assert res["primary_keys"] == []
|
||||
assert res["foreign_keys"] == []
|
||||
assert res["unique"] == []
|
||||
assert res["tables"] == []
|
||||
|
||||
|
||||
def test_error_db_inexistente_no_lanza(tmp_path):
|
||||
"""Error: db_path inexistente -> status error, sin lanzar excepcion."""
|
||||
path = str(tmp_path / "does_not_exist.duckdb")
|
||||
res = detect_declared_keys_duckdb(path)
|
||||
assert res["status"] == "error"
|
||||
assert isinstance(res["error"], str)
|
||||
assert res["error"] != ""
|
||||
|
||||
|
||||
def test_shape_resultado(db):
|
||||
"""El retorno tiene exactamente las claves esperadas."""
|
||||
res = detect_declared_keys_duckdb(db)
|
||||
assert set(res.keys()) == {
|
||||
"status",
|
||||
"primary_keys",
|
||||
"foreign_keys",
|
||||
"unique",
|
||||
"tables",
|
||||
}
|
||||
for pk in res["primary_keys"]:
|
||||
assert set(pk.keys()) == {"table", "columns"}
|
||||
for fk in res["foreign_keys"]:
|
||||
assert set(fk.keys()) == {
|
||||
"table",
|
||||
"columns",
|
||||
"referenced_table",
|
||||
"referenced_columns",
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,80 @@
|
||||
---
|
||||
name: effect_size_cohens_d
|
||||
kind: function
|
||||
lang: py
|
||||
domain: datascience
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
purity: pure
|
||||
signature: "def effect_size_cohens_d(group_a: list, group_b: list) -> dict"
|
||||
description: "Tamano del efecto (effect size) entre dos grupos numericos: Cohen's d (diferencia de medias estandarizada por la desviacion tipica combinada, varianzas muestrales ddof=1), Hedges' g (d corregido por el sesgo al alza con muestras pequenas via el factor J) e interpretacion cualitativa de la magnitud segun los umbrales clasicos de Cohen (negligible/small/medium/large). El p-valor dice si hay diferencia; el effect size dice como de grande, de forma adimensional e independiente del N. Pura, sin dependencias externas; nunca lanza: los casos degenerados (varianza cero, N<2, listas vacias) devuelven NaN + una clave note."
|
||||
tags: [papers, statistics, effect-size, cohens-d, hedges-g, python]
|
||||
params:
|
||||
- name: group_a
|
||||
desc: "primera muestra (lista de numeros). Necesita >=2 observaciones para que exista la varianza muestral (ddof=1)."
|
||||
- name: group_b
|
||||
desc: "segunda muestra (lista de numeros). Necesita >=2 observaciones. El signo de cohens_d es positivo cuando mean_a > mean_b."
|
||||
output: "dict {cohens_d: float (diferencia de medias estandarizada, puede ser NaN), hedges_g: float (cohens_d * factor de correccion J, puede ser NaN), interpretation: str ('negligible'|'small'|'medium'|'large', o 'undefined' en casos degenerados), n_a: int, n_b: int, mean_a: float, mean_b: float, pooled_sd: float (desviacion tipica combinada)}. Casos degenerados (varianza cero en ambos grupos, N<2 en algun grupo, o listas vacias) anaden clave note. Nunca None ni excepcion."
|
||||
uses_functions: []
|
||||
uses_types: []
|
||||
returns: []
|
||||
returns_optional: false
|
||||
error_type: ""
|
||||
imports: [math]
|
||||
tested: true
|
||||
tests: ["test_golden_large_effect", "test_hedges_g_menor_en_magnitud_que_cohens_d", "test_interpretation_thresholds", "test_signo_positivo_cuando_a_mayor_que_b", "test_varianza_cero_no_lanza", "test_n_insuficiente_no_lanza", "test_listas_vacias_no_lanza", "test_un_grupo_vacio_no_lanza"]
|
||||
test_file_path: "python/functions/datascience/effect_size_cohens_d_test.py"
|
||||
file_path: "python/functions/datascience/effect_size_cohens_d.py"
|
||||
---
|
||||
|
||||
## Ejemplo
|
||||
|
||||
```python
|
||||
from datascience import effect_size_cohens_d
|
||||
|
||||
# Dos grupos desplazados 2 unidades, misma dispersion.
|
||||
a = [1, 2, 3, 4, 5] # media 3, varianza muestral 2.5
|
||||
b = [3, 4, 5, 6, 7] # media 5, varianza muestral 2.5
|
||||
|
||||
out = effect_size_cohens_d(a, b)
|
||||
print(out["cohens_d"]) # -> -1.264911... (a esta 1.26 SD por debajo de b)
|
||||
print(out["hedges_g"]) # -> -1.142500... (|g| < |d|: correccion N pequeno)
|
||||
print(out["interpretation"]) # -> "large" (|d| >= 0.8)
|
||||
print(out["pooled_sd"]) # -> 1.581138...
|
||||
|
||||
# Caso degenerado: varianza cero -> no lanza, NaN + note.
|
||||
deg = effect_size_cohens_d([5, 5, 5], [5, 5, 5])
|
||||
print(deg["interpretation"]) # -> "undefined"
|
||||
print(deg["note"]) # -> "varianza cero, effect size indefinido"
|
||||
```
|
||||
|
||||
## Cuando usarla
|
||||
|
||||
Cuando ya sepas que dos grupos difieren (o quieras cuantificar su diferencia)
|
||||
y necesites una medida **de magnitud, no de significancia**: comparar el antes
|
||||
y el despues de una intervencion, el grupo control frente al tratamiento, o dos
|
||||
cohortes. Reportala junto al p-valor para responder "¿como de grande es la
|
||||
diferencia?" — un p-valor minusculo con N enorme puede esconder un efecto
|
||||
trivial. Es adimensional (en unidades de desviaciones tipicas), asi que hace
|
||||
comparables resultados entre estudios y alimenta meta-analisis. Usa **Hedges' g**
|
||||
en lugar de Cohen's d cuando los grupos sean pequenos (decenas o menos): d
|
||||
sobreestima el efecto y g lo corrige.
|
||||
|
||||
## Gotchas
|
||||
|
||||
- Pura y sin dependencias externas (solo `math` de la stdlib).
|
||||
- Usa **varianza muestral** (ddof=1), no poblacional. Por eso cada grupo
|
||||
necesita al menos 2 observaciones; con N=1 la varianza muestral no existe y la
|
||||
funcion devuelve NaN + `note`.
|
||||
- **Nunca lanza excepcion**. Los casos degenerados devuelven `cohens_d` y
|
||||
`hedges_g` a `float('nan')`, `interpretation="undefined"` y una clave `note`:
|
||||
varianza cero en ambos grupos (`pooled_sd == 0`), N<2 en algun grupo, o listas
|
||||
vacias. Comprueba con `math.isnan(out["cohens_d"])` o la presencia de `note`
|
||||
antes de usar el resultado.
|
||||
- El **signo** de `cohens_d` depende del orden de los argumentos: positivo si
|
||||
`mean_a > mean_b`, negativo en caso contrario. La `interpretation` usa `|d|`,
|
||||
asi que no depende del orden.
|
||||
- `pooled_sd` asume varianzas comparables entre grupos (homogeneidad). Si las
|
||||
dispersiones son muy distintas, Cohen's d clasico pierde precision; considera
|
||||
variantes (Glass's delta) fuera del alcance de esta funcion.
|
||||
- Los umbrales de Cohen (0.2 / 0.5 / 0.8) son convencion, no ley: interpretalos
|
||||
segun el dominio.
|
||||
@@ -0,0 +1,156 @@
|
||||
"""Effect size de dos grupos: Cohen's d, Hedges' g e interpretacion cualitativa.
|
||||
|
||||
Funcion pura del grupo papers. El p-valor responde a "¿hay diferencia?" pero no
|
||||
a "¿como de grande es?". El tamano del efecto (effect size) cuantifica la
|
||||
magnitud de la diferencia entre dos grupos de forma adimensional, independiente
|
||||
del N, y es lo que hace comparables resultados entre estudios (meta-analisis).
|
||||
|
||||
- Cohen's d: diferencia de medias estandarizada por la desviacion tipica
|
||||
combinada (pooled SD), con varianzas muestrales (ddof=1).
|
||||
- Hedges' g: Cohen's d corregido por el sesgo al alza que sufre d con muestras
|
||||
pequenas, multiplicando por el factor de correccion J.
|
||||
- interpretation: etiqueta cualitativa de |d| segun los umbrales clasicos de
|
||||
Cohen (negligible / small / medium / large).
|
||||
|
||||
No usa dependencias externas: aritmetica de la libreria estandar (``math``).
|
||||
"""
|
||||
|
||||
from __future__ import annotations
|
||||
|
||||
import math
|
||||
|
||||
|
||||
def _mean(xs: list) -> float:
|
||||
"""Media aritmetica de una lista no vacia de numeros."""
|
||||
return sum(float(x) for x in xs) / len(xs)
|
||||
|
||||
|
||||
def _sample_variance(xs: list, mean: float) -> float:
|
||||
"""Varianza muestral (ddof=1) de una lista con al menos 2 elementos."""
|
||||
n = len(xs)
|
||||
return sum((float(x) - mean) ** 2 for x in xs) / (n - 1)
|
||||
|
||||
|
||||
def _interpret(abs_d: float) -> str:
|
||||
"""Etiqueta cualitativa del tamano del efecto segun |d| (umbrales de Cohen)."""
|
||||
if abs_d < 0.2:
|
||||
return "negligible"
|
||||
if abs_d < 0.5:
|
||||
return "small"
|
||||
if abs_d < 0.8:
|
||||
return "medium"
|
||||
return "large"
|
||||
|
||||
|
||||
def effect_size_cohens_d(group_a: list, group_b: list) -> dict:
|
||||
"""Calcula el tamano del efecto entre dos grupos numericos.
|
||||
|
||||
Devuelve Cohen's d (diferencia de medias estandarizada por la pooled SD),
|
||||
Hedges' g (d corregido por sesgo de muestra pequena) y una etiqueta
|
||||
cualitativa de la magnitud segun los umbrales de Cohen.
|
||||
|
||||
Es una funcion pura y determinista: no hace I/O, no muta la entrada. No lanza
|
||||
excepcion ante datos degenerados; en su lugar devuelve un dict con
|
||||
``cohens_d`` / ``hedges_g`` a ``float('nan')``, ``interpretation`` a
|
||||
``"undefined"`` y una clave ``note`` explicando el caso.
|
||||
|
||||
Definiciones:
|
||||
s_pooled = sqrt(((n1-1)*s1^2 + (n2-1)*s2^2) / (n1+n2-2)), con s1^2, s2^2
|
||||
varianzas muestrales (ddof=1).
|
||||
cohens_d = (mean_a - mean_b) / s_pooled.
|
||||
J = 1 - 3 / (4*(n1+n2) - 9) (factor de correccion de Hedges).
|
||||
hedges_g = cohens_d * J.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
group_a: primera muestra (lista de numeros). Necesita >=2 elementos para
|
||||
que exista la varianza muestral.
|
||||
group_b: segunda muestra (lista de numeros). Necesita >=2 elementos.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict con las claves:
|
||||
cohens_d: float, diferencia de medias estandarizada (puede ser NaN).
|
||||
hedges_g: float, Cohen's d corregido por sesgo (puede ser NaN).
|
||||
interpretation: str, "negligible" | "small" | "medium" | "large", o
|
||||
"undefined" en casos degenerados.
|
||||
n_a: int, tamano de group_a.
|
||||
n_b: int, tamano de group_b.
|
||||
mean_a: float, media de group_a (NaN si vacio).
|
||||
mean_b: float, media de group_b (NaN si vacio).
|
||||
pooled_sd: float, desviacion tipica combinada (NaN si indefinida).
|
||||
|
||||
Casos degenerados (lista vacia, N<2 en algun grupo, o varianza cero en
|
||||
ambos grupos -> pooled_sd == 0) anaden ademas una clave ``note``.
|
||||
"""
|
||||
nan = float("nan")
|
||||
n_a = len(group_a)
|
||||
n_b = len(group_b)
|
||||
|
||||
# Listas vacias: ni media ni varianza definidas.
|
||||
if n_a == 0 or n_b == 0:
|
||||
return {
|
||||
"cohens_d": nan,
|
||||
"hedges_g": nan,
|
||||
"interpretation": "undefined",
|
||||
"n_a": n_a,
|
||||
"n_b": n_b,
|
||||
"mean_a": _mean(group_a) if n_a else nan,
|
||||
"mean_b": _mean(group_b) if n_b else nan,
|
||||
"pooled_sd": nan,
|
||||
"note": "grupo vacio: media y varianza indefinidas, effect size indefinido",
|
||||
}
|
||||
|
||||
mean_a = _mean(group_a)
|
||||
mean_b = _mean(group_b)
|
||||
|
||||
# N insuficiente: la varianza muestral (ddof=1) no existe con un solo dato,
|
||||
# y la correccion de Hedges no es fiable.
|
||||
if n_a < 2 or n_b < 2:
|
||||
return {
|
||||
"cohens_d": nan,
|
||||
"hedges_g": nan,
|
||||
"interpretation": "undefined",
|
||||
"n_a": n_a,
|
||||
"n_b": n_b,
|
||||
"mean_a": mean_a,
|
||||
"mean_b": mean_b,
|
||||
"pooled_sd": nan,
|
||||
"note": (
|
||||
"N insuficiente: cada grupo necesita >=2 observaciones para la "
|
||||
"varianza muestral; effect size indefinido"
|
||||
),
|
||||
}
|
||||
|
||||
var_a = _sample_variance(group_a, mean_a)
|
||||
var_b = _sample_variance(group_b, mean_b)
|
||||
pooled_sd = math.sqrt(
|
||||
((n_a - 1) * var_a + (n_b - 1) * var_b) / (n_a + n_b - 2)
|
||||
)
|
||||
|
||||
# Varianza cero en ambos grupos: no se puede estandarizar (division por 0).
|
||||
if pooled_sd == 0.0:
|
||||
return {
|
||||
"cohens_d": nan,
|
||||
"hedges_g": nan,
|
||||
"interpretation": "undefined",
|
||||
"n_a": n_a,
|
||||
"n_b": n_b,
|
||||
"mean_a": mean_a,
|
||||
"mean_b": mean_b,
|
||||
"pooled_sd": 0.0,
|
||||
"note": "varianza cero, effect size indefinido",
|
||||
}
|
||||
|
||||
cohens_d = (mean_a - mean_b) / pooled_sd
|
||||
j = 1.0 - 3.0 / (4.0 * (n_a + n_b) - 9.0)
|
||||
hedges_g = cohens_d * j
|
||||
|
||||
return {
|
||||
"cohens_d": cohens_d,
|
||||
"hedges_g": hedges_g,
|
||||
"interpretation": _interpret(abs(cohens_d)),
|
||||
"n_a": n_a,
|
||||
"n_b": n_b,
|
||||
"mean_a": mean_a,
|
||||
"mean_b": mean_b,
|
||||
"pooled_sd": pooled_sd,
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,96 @@
|
||||
"""Tests para effect_size_cohens_d (tamano del efecto de dos grupos).
|
||||
|
||||
Importa el modulo hoja directamente (`effect_size_cohens_d`) para no depender de
|
||||
que el paquete reexporte la funcion en su __init__ (lo integra el orquestador al
|
||||
cerrar el grupo papers). El pytest del repo tiene pythonpath=["functions", ...],
|
||||
asi que el modulo hoja se resuelve por su nombre directo.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import math
|
||||
|
||||
from effect_size_cohens_d import effect_size_cohens_d
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_large_effect():
|
||||
# group_a: mean 3, var muestral 2.5; group_b: mean 5, var 2.5.
|
||||
# pooled_sd = sqrt(2.5) ~= 1.5811388.
|
||||
# cohens_d = (3-5)/1.5811388 ~= -1.264911.
|
||||
# J = 1 - 3/(4*10-9) = 1 - 3/31 = 0.9032258.
|
||||
# hedges_g = d * J = -1.2649111 * 0.9032258 ~= -1.142500.
|
||||
out = effect_size_cohens_d([1, 2, 3, 4, 5], [3, 4, 5, 6, 7])
|
||||
assert abs(out["cohens_d"] - (-1.26491)) < 1e-4
|
||||
assert abs(out["hedges_g"] - (-1.14250)) < 1e-4
|
||||
assert out["interpretation"] == "large"
|
||||
assert out["n_a"] == 5
|
||||
assert out["n_b"] == 5
|
||||
assert abs(out["mean_a"] - 3.0) < 1e-12
|
||||
assert abs(out["mean_b"] - 5.0) < 1e-12
|
||||
assert abs(out["pooled_sd"] - math.sqrt(2.5)) < 1e-9
|
||||
assert "note" not in out
|
||||
|
||||
|
||||
def test_hedges_g_menor_en_magnitud_que_cohens_d():
|
||||
# La correccion J esta en (0, 1), asi que |g| < |d| siempre.
|
||||
out = effect_size_cohens_d([1, 2, 3, 4, 5], [3, 4, 5, 6, 7])
|
||||
assert abs(out["hedges_g"]) < abs(out["cohens_d"])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_interpretation_thresholds():
|
||||
# negligible: |d| < 0.2. Medias casi iguales con varianza grande.
|
||||
neg = effect_size_cohens_d([0, 10, 20, 30], [1, 11, 21, 31])
|
||||
assert neg["interpretation"] == "negligible"
|
||||
assert abs(neg["cohens_d"]) < 0.2
|
||||
|
||||
# small: 0.2 <= |d| < 0.5.
|
||||
small = effect_size_cohens_d([0, 10, 20, 30], [4, 14, 24, 34])
|
||||
assert small["interpretation"] == "small"
|
||||
assert 0.2 <= abs(small["cohens_d"]) < 0.5
|
||||
|
||||
# medium: 0.5 <= |d| < 0.8.
|
||||
medium = effect_size_cohens_d([0, 10, 20, 30], [9, 19, 29, 39])
|
||||
assert medium["interpretation"] == "medium"
|
||||
assert 0.5 <= abs(medium["cohens_d"]) < 0.8
|
||||
|
||||
|
||||
def test_signo_positivo_cuando_a_mayor_que_b():
|
||||
out = effect_size_cohens_d([10, 12, 14, 16], [1, 2, 3, 4])
|
||||
assert out["cohens_d"] > 0
|
||||
assert out["interpretation"] == "large"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_varianza_cero_no_lanza():
|
||||
out = effect_size_cohens_d([5, 5, 5], [5, 5, 5])
|
||||
assert math.isnan(out["cohens_d"])
|
||||
assert math.isnan(out["hedges_g"])
|
||||
assert out["interpretation"] == "undefined"
|
||||
assert out["pooled_sd"] == 0.0
|
||||
assert "note" in out
|
||||
assert "varianza cero" in out["note"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_n_insuficiente_no_lanza():
|
||||
out = effect_size_cohens_d([3], [1, 2, 3])
|
||||
assert math.isnan(out["cohens_d"])
|
||||
assert math.isnan(out["hedges_g"])
|
||||
assert out["interpretation"] == "undefined"
|
||||
assert out["n_a"] == 1
|
||||
assert out["n_b"] == 3
|
||||
assert "note" in out
|
||||
|
||||
|
||||
def test_listas_vacias_no_lanza():
|
||||
out = effect_size_cohens_d([], [])
|
||||
assert math.isnan(out["cohens_d"])
|
||||
assert math.isnan(out["hedges_g"])
|
||||
assert out["interpretation"] == "undefined"
|
||||
assert out["n_a"] == 0
|
||||
assert out["n_b"] == 0
|
||||
assert "note" in out
|
||||
|
||||
|
||||
def test_un_grupo_vacio_no_lanza():
|
||||
out = effect_size_cohens_d([1, 2, 3], [])
|
||||
assert math.isnan(out["cohens_d"])
|
||||
assert out["interpretation"] == "undefined"
|
||||
assert out["n_b"] == 0
|
||||
assert "note" in out
|
||||
@@ -3,19 +3,19 @@ name: fdr_correction
|
||||
kind: function
|
||||
lang: py
|
||||
domain: datascience
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
version: "1.1.0"
|
||||
purity: pure
|
||||
signature: "def fdr_correction(pvalues: list, alpha: float = 0.05, method: str = \"bh\") -> dict"
|
||||
description: "Correccion de comparaciones multiples (multiple-testing) sobre una lista de p-valores: Benjamini-Hochberg (FDR, 'bh') o Bonferroni (FWER, 'bonferroni'). Antidoto al sesgo de mineria de datos (data-mining bias): al evaluar muchas hipotesis a la vez (todos los pares de una matriz), el azar produce falsos positivos; esta funcion ajusta los p-valores y marca cuales siguen siendo significativos tras corregir. Pura, sin dependencias externas, alineada 1:1 con la entrada (admite None en posiciones sin test)."
|
||||
tags: [eda, statistics, multiple-testing, fdr, benjamini-hochberg, bonferroni, p-value, data-mining-bias, python]
|
||||
description: "Correccion de comparaciones multiples (multiple-testing) sobre una lista de p-valores: Benjamini-Hochberg (FDR, 'bh'), Bonferroni (FWER, 'bonferroni') o Holm-Bonferroni (FWER step-down, 'holm', mas potente que Bonferroni simple). Antidoto al sesgo de mineria de datos (data-mining bias): al evaluar muchas hipotesis a la vez (todos los pares de una matriz), el azar produce falsos positivos; esta funcion ajusta los p-valores y marca cuales siguen siendo significativos tras corregir. Pura, sin dependencias externas, alineada 1:1 con la entrada (admite None en posiciones sin test)."
|
||||
tags: [eda, statistics, multiple-testing, fdr, benjamini-hochberg, bonferroni, holm, holm-bonferroni, fwer, p-value, data-mining-bias, python]
|
||||
params:
|
||||
- name: pvalues
|
||||
desc: "lista de p-valores (floats en [0, 1]). Se admiten None u otros valores no validos en posiciones sin test disponible; se propagan como None en la salida y no cuentan como prueba (m)."
|
||||
- name: alpha
|
||||
desc: "nivel de significancia objetivo tras la correccion (default 0.05). Para BH es el umbral del FDR; para Bonferroni, del FWER (tasa de error por familia)."
|
||||
- name: method
|
||||
desc: "'bh' = Benjamini-Hochberg (controla FDR, menos conservador, mas potencia); 'bonferroni' = controla FWER (mas conservador). Cualquier otro valor devuelve un dict con note."
|
||||
output: "dict {p_values_adjusted: lista alineada con pvalues (float ajustado o None), reject: lista de bool (True = significativo tras corregir), n_tests: nº de p-valores validos (m), n_rejected: nº de hipotesis rechazadas, alpha: float aplicado, method: str}. Casos degenerados (vacio, sin p validos, metodo desconocido) anaden clave note. Nunca None ni excepcion."
|
||||
desc: "'bh' = Benjamini-Hochberg (controla FDR, menos conservador, mas potencia); 'bonferroni' = controla FWER (mas conservador); 'holm' = Holm-Bonferroni (controla FWER, step-down, uniformemente mas potente que Bonferroni simple). Cualquier otro valor devuelve un dict con note."
|
||||
output: "dict {p_values_adjusted: lista alineada con pvalues (float ajustado o None), reject: lista de bool (True = significativo tras corregir), n_tests: nº de p-valores validos (m), n_rejected: nº de hipotesis rechazadas, alpha: float aplicado, method: str ('bh' | 'bonferroni' | 'holm')}. Casos degenerados (vacio, sin p validos, metodo desconocido) anaden clave note. Nunca None ni excepcion."
|
||||
uses_functions: []
|
||||
uses_types: []
|
||||
returns: []
|
||||
@@ -23,7 +23,7 @@ returns_optional: false
|
||||
error_type: ""
|
||||
imports: [math]
|
||||
tested: true
|
||||
tests: ["test_bh_golden_rechaza_dos_de_tres", "test_bonferroni_mas_conservador_que_bh", "test_p_values_adjusted_alineados_y_en_rango", "test_none_se_propaga_alineado", "test_lista_vacia_devuelve_note", "test_solo_none_devuelve_note", "test_metodo_desconocido_devuelve_note", "test_todos_significativos"]
|
||||
tests: ["test_bh_golden_rechaza_dos_de_tres", "test_bonferroni_mas_conservador_que_bh", "test_p_values_adjusted_alineados_y_en_rango", "test_none_se_propaga_alineado", "test_lista_vacia_devuelve_note", "test_solo_none_devuelve_note", "test_metodo_desconocido_devuelve_note", "test_todos_significativos", "test_holm_golden_rechaza_dos_de_cuatro", "test_holm_entre_bonferroni_y_bh", "test_none_se_propaga_alineado_holm", "test_lista_vacia_holm_devuelve_note"]
|
||||
test_file_path: "python/functions/datascience/fdr_correction_test.py"
|
||||
file_path: "python/functions/datascience/fdr_correction.py"
|
||||
---
|
||||
@@ -45,6 +45,13 @@ bon = fdr_correction(pvalues, alpha=0.05, method="bonferroni")
|
||||
print(bon["reject"]) # -> [True, False, False]
|
||||
print(bon["p_values_adjusted"]) # -> [0.03, 0.06, 1.0]
|
||||
|
||||
# Holm-Bonferroni (step-down): controla el FWER como Bonferroni pero es mas
|
||||
# potente; rechaza al menos tanto como Bonferroni simple, nunca menos.
|
||||
holm = fdr_correction([0.01, 0.04, 0.03, 0.005], alpha=0.05, method="holm")
|
||||
print(holm["reject"]) # -> [True, False, False, True]
|
||||
print(holm["p_values_adjusted"]) # -> [0.03, 0.06, 0.06, 0.02]
|
||||
print(holm["n_rejected"]) # -> 2
|
||||
|
||||
# Posiciones sin test (None) se propagan alineadas: el llamador puede pasar la
|
||||
# lista completa de pares y recuperar el mapeo 1:1.
|
||||
mix = fdr_correction([0.001, None, 0.9])
|
||||
@@ -61,8 +68,11 @@ combinaciones y se quede con las que "pasan". Sin corregir, con N pruebas y
|
||||
alpha=0.05 esperas ~5% de falsos positivos *por azar*: cuantas mas pruebas, mas
|
||||
correlaciones espurias. Llama a `fdr_correction` con todos los p-valores de la
|
||||
familia y usa `reject` (no el umbral crudo) para decidir que es real. Usa `"bh"`
|
||||
por defecto (mejor potencia); `"bonferroni"` cuando un falso positivo sea muy
|
||||
costoso y prefieras maxima cautela.
|
||||
por defecto (mejor potencia); `"holm"` (Holm-Bonferroni, FWER step-down) cuando
|
||||
quieras controlar el FWER pero sin la perdida de potencia de Bonferroni simple
|
||||
(rechaza al menos tanto como `"bonferroni"`, nunca menos); `"bonferroni"` cuando
|
||||
un falso positivo sea muy costoso y prefieras la maxima cautela del metodo mas
|
||||
simple.
|
||||
|
||||
## Gotchas
|
||||
|
||||
@@ -76,8 +86,16 @@ costoso y prefieras maxima cautela.
|
||||
eso puedes pasar la lista completa de pares aunque algunos no tengan test.
|
||||
- `n_tests` es el numero de p-valores **validos** (m), que puede ser menor que
|
||||
`len(pvalues)` si hay `None`.
|
||||
- BH y Bonferroni controlan cosas distintas: BH la tasa de falsos
|
||||
descubrimientos (FDR), Bonferroni la probabilidad de *cualquier* falso
|
||||
- BH controla cosa distinta que Bonferroni/Holm: BH la tasa de falsos
|
||||
descubrimientos (FDR); Bonferroni y Holm la probabilidad de *cualquier* falso
|
||||
positivo (FWER). No son intercambiables; elige segun el coste de equivocarte.
|
||||
- `"holm"` y `"bonferroni"` controlan ambos el FWER, pero Holm es step-down y
|
||||
uniformemente mas potente: rechaza al menos tantas hipotesis como Bonferroni
|
||||
simple sobre el mismo set, nunca menos. Si controlas FWER, `"holm"` domina a
|
||||
`"bonferroni"` salvo que necesites el ajuste mas simple por interpretabilidad.
|
||||
- Metodo desconocido o lista vacia/sin p validos no lanzan: devuelven un dict
|
||||
con `note`.
|
||||
con `note`. Los metodos validos son `"bh"`, `"bonferroni"` y `"holm"`.
|
||||
|
||||
## Capability growth log
|
||||
|
||||
- v1.1.0 (2026-06-30) — añade method="holm" (Holm-Bonferroni step-down, FWER, más potente que Bonferroni simple).
|
||||
|
||||
@@ -5,12 +5,15 @@ todos los pares de una matriz de asociacion), la probabilidad de obtener al meno
|
||||
un falso positivo por azar crece con el numero de pruebas: es el sesgo de mineria
|
||||
de datos (data-mining bias) descrito por Aronson en *Evidence-Based Technical
|
||||
Analysis* (cap. 6). Esta funcion ajusta los p-valores para controlar ese sesgo
|
||||
mediante dos metodos clasicos:
|
||||
mediante tres metodos clasicos:
|
||||
|
||||
- Benjamini-Hochberg (``"bh"``): controla la tasa de falsos descubrimientos
|
||||
(False Discovery Rate, FDR). Menos conservador, mas potencia estadistica.
|
||||
- Bonferroni (``"bonferroni"``): controla la tasa de error por familia
|
||||
(Family-Wise Error Rate, FWER). Mas conservador.
|
||||
- Holm-Bonferroni (``"holm"``): controla el FWER como Bonferroni pero es un
|
||||
procedimiento step-down uniformemente mas potente; rechaza al menos tantas
|
||||
hipotesis como Bonferroni simple, nunca menos.
|
||||
|
||||
No usa dependencias externas: aritmetica de la libreria estandar.
|
||||
"""
|
||||
@@ -35,8 +38,9 @@ def _is_valid_p(v) -> bool:
|
||||
def fdr_correction(pvalues: list, alpha: float = 0.05, method: str = "bh") -> dict:
|
||||
"""Corrige una lista de p-valores por comparaciones multiples.
|
||||
|
||||
Aplica Benjamini-Hochberg (FDR) o Bonferroni (FWER) sobre ``pvalues`` y
|
||||
devuelve, alineado posicion a posicion con la entrada, el p-valor ajustado y
|
||||
Aplica Benjamini-Hochberg (FDR), Bonferroni (FWER) o Holm-Bonferroni
|
||||
(FWER, step-down) sobre ``pvalues`` y devuelve, alineado posicion a
|
||||
posicion con la entrada, el p-valor ajustado y
|
||||
si cada hipotesis se rechaza al nivel ``alpha`` tras la correccion. Las
|
||||
posiciones cuyo valor no sea un p-valor valido (``None``, ``NaN``, fuera de
|
||||
``[0, 1]`` o no numerico) se conservan en la salida como ``None`` /
|
||||
@@ -53,8 +57,10 @@ def fdr_correction(pvalues: list, alpha: float = 0.05, method: str = "bh") -> di
|
||||
otros valores no validos en posiciones sin test disponible; se
|
||||
propagan como ``None`` en la salida y no cuentan como prueba.
|
||||
alpha: nivel de significancia objetivo tras la correccion (default 0.05).
|
||||
Para BH es el umbral del FDR; para Bonferroni, del FWER.
|
||||
method: ``"bh"`` (Benjamini-Hochberg, FDR) o ``"bonferroni"`` (FWER).
|
||||
Para BH es el umbral del FDR; para Bonferroni y Holm, del FWER.
|
||||
method: ``"bh"`` (Benjamini-Hochberg, FDR), ``"bonferroni"`` (FWER) o
|
||||
``"holm"`` (Holm-Bonferroni, FWER step-down, mas potente que
|
||||
Bonferroni simple).
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict con las claves:
|
||||
@@ -68,7 +74,7 @@ def fdr_correction(pvalues: list, alpha: float = 0.05, method: str = "bh") -> di
|
||||
n_tests: numero de p-valores validos usados en la correccion (m).
|
||||
n_rejected: numero de hipotesis rechazadas (significativas).
|
||||
alpha: nivel de significancia aplicado (float).
|
||||
method: metodo aplicado (``"bh"`` o ``"bonferroni"``).
|
||||
method: metodo aplicado (``"bh"``, ``"bonferroni"`` o ``"holm"``).
|
||||
|
||||
Casos degenerados (lista vacia, sin p-valores validos o metodo
|
||||
desconocido) anaden ademas una clave ``note`` y devuelven listas
|
||||
@@ -76,7 +82,7 @@ def fdr_correction(pvalues: list, alpha: float = 0.05, method: str = "bh") -> di
|
||||
en las posiciones invalidas).
|
||||
"""
|
||||
method_norm = (method or "").strip().lower()
|
||||
if method_norm not in {"bh", "bonferroni"}:
|
||||
if method_norm not in {"bh", "bonferroni", "holm"}:
|
||||
n = len(pvalues)
|
||||
return {
|
||||
"p_values_adjusted": [None] * n,
|
||||
@@ -86,8 +92,8 @@ def fdr_correction(pvalues: list, alpha: float = 0.05, method: str = "bh") -> di
|
||||
"alpha": float(alpha),
|
||||
"method": method,
|
||||
"note": (
|
||||
f"metodo desconocido '{method}'; usa 'bh' (Benjamini-Hochberg) "
|
||||
"o 'bonferroni'"
|
||||
f"metodo desconocido '{method}'; usa 'bh' (Benjamini-Hochberg), "
|
||||
"'bonferroni' o 'holm' (Holm-Bonferroni)"
|
||||
),
|
||||
}
|
||||
|
||||
@@ -129,6 +135,20 @@ def fdr_correction(pvalues: list, alpha: float = 0.05, method: str = "bh") -> di
|
||||
padj = min(1.0, p * m)
|
||||
adjusted[orig_idx] = padj
|
||||
reject[orig_idx] = padj <= a
|
||||
elif method_norm == "holm":
|
||||
# Holm-Bonferroni (step-down). Ordena p ascendente; para el rank k
|
||||
# (1-indexed) el p ajustado crudo es (m - k + 1) * p_(k). Impon
|
||||
# monotonicidad acumulada (no decreciente) recorriendo de menor a mayor:
|
||||
# padj_(k) = max(padj_(k-1), min(1, (m-k+1)*p_(k))), con padj_(0)=0.
|
||||
order = sorted(valid, key=lambda t: t[1]) # [(orig_idx, p), ...] por p asc
|
||||
prev = 0.0
|
||||
for k in range(1, m + 1):
|
||||
orig_idx, p = order[k - 1]
|
||||
raw = min(1.0, (m - k + 1) * p)
|
||||
padj = max(prev, raw)
|
||||
prev = padj
|
||||
adjusted[orig_idx] = padj
|
||||
reject[orig_idx] = padj <= a
|
||||
else:
|
||||
# Benjamini-Hochberg (step-up). Ordena p ascendente y calcula q-valores
|
||||
# con la monotonicidad acumulada de derecha a izquierda.
|
||||
|
||||
@@ -82,7 +82,8 @@ def test_solo_none_devuelve_note():
|
||||
|
||||
|
||||
def test_metodo_desconocido_devuelve_note():
|
||||
out = fdr_correction([0.01, 0.02], method="holm")
|
||||
# 'holm' ya es un metodo valido (v1.1.0); usamos uno realmente desconocido.
|
||||
out = fdr_correction([0.01, 0.02], method="sidak")
|
||||
assert "note" in out
|
||||
assert out["n_rejected"] == 0
|
||||
assert out["reject"] == [False, False]
|
||||
@@ -97,3 +98,66 @@ def test_todos_significativos():
|
||||
assert bon["n_rejected"] == 3
|
||||
assert all(bh["reject"])
|
||||
assert all(bon["reject"])
|
||||
|
||||
|
||||
def test_holm_golden_rechaza_dos_de_cuatro():
|
||||
# Holm-Bonferroni (step-down) sobre [0.01, 0.04, 0.03, 0.005], m=4, alpha=0.05.
|
||||
# Ordenado ascendente: 0.005, 0.01, 0.03, 0.04.
|
||||
# padj_(1) = 4*0.005 = 0.02
|
||||
# padj_(2) = max(0.02, 3*0.01=0.03) = 0.03
|
||||
# padj_(3) = max(0.03, 2*0.03=0.06) = 0.06
|
||||
# padj_(4) = max(0.06, 1*0.04=0.04) = 0.06
|
||||
# Mapeado al orden de entrada [0.01, 0.04, 0.03, 0.005]:
|
||||
# 0.01 -> 0.03, 0.04 -> 0.06, 0.03 -> 0.06, 0.005 -> 0.02
|
||||
out = fdr_correction([0.01, 0.04, 0.03, 0.005], alpha=0.05, method="holm")
|
||||
assert out["method"] == "holm"
|
||||
assert out["n_tests"] == 4
|
||||
adj = out["p_values_adjusted"]
|
||||
assert abs(adj[0] - 0.03) < 1e-9
|
||||
assert abs(adj[1] - 0.06) < 1e-9
|
||||
assert abs(adj[2] - 0.06) < 1e-9
|
||||
assert abs(adj[3] - 0.02) < 1e-9
|
||||
assert out["reject"] == [True, False, False, True]
|
||||
assert out["n_rejected"] == 2
|
||||
|
||||
|
||||
def test_holm_entre_bonferroni_y_bh():
|
||||
# Holm controla FWER como Bonferroni pero es step-down: rechaza AL MENOS
|
||||
# tanto como Bonferroni simple, y a lo sumo tanto como BH (FDR, menos
|
||||
# conservador). Cadena de potencia: bonferroni <= holm <= bh.
|
||||
pvalues = [0.01, 0.02, 0.04, 0.005]
|
||||
bon = fdr_correction(pvalues, alpha=0.05, method="bonferroni")
|
||||
holm = fdr_correction(pvalues, alpha=0.05, method="holm")
|
||||
bh = fdr_correction(pvalues, alpha=0.05, method="bh")
|
||||
assert holm["n_rejected"] >= bon["n_rejected"]
|
||||
assert holm["n_rejected"] <= bh["n_rejected"]
|
||||
# En este set Holm gana potencia frente a Bonferroni simple (estricto).
|
||||
assert holm["n_rejected"] > bon["n_rejected"]
|
||||
|
||||
# Un set donde Holm es estrictamente mas conservador que BH.
|
||||
pvals2 = [0.01, 0.02, 0.03, 0.04]
|
||||
bon2 = fdr_correction(pvals2, alpha=0.05, method="bonferroni")
|
||||
holm2 = fdr_correction(pvals2, alpha=0.05, method="holm")
|
||||
bh2 = fdr_correction(pvals2, alpha=0.05, method="bh")
|
||||
assert holm2["n_rejected"] >= bon2["n_rejected"]
|
||||
assert holm2["n_rejected"] < bh2["n_rejected"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_none_se_propaga_alineado_holm():
|
||||
# None se propaga alineado tambien con holm: la posicion central no cuenta
|
||||
# como prueba (m=2) y se devuelve como None / False.
|
||||
out = fdr_correction([0.001, None, 0.9], method="holm")
|
||||
assert out["n_tests"] == 2
|
||||
assert out["p_values_adjusted"][1] is None
|
||||
assert out["reject"][1] is False
|
||||
assert out["reject"][0] is True
|
||||
assert len(out["reject"]) == 3
|
||||
|
||||
|
||||
def test_lista_vacia_holm_devuelve_note():
|
||||
out = fdr_correction([], method="holm")
|
||||
assert out["p_values_adjusted"] == []
|
||||
assert out["reject"] == []
|
||||
assert out["n_tests"] == 0
|
||||
assert out["n_rejected"] == 0
|
||||
assert "note" in out
|
||||
|
||||
@@ -0,0 +1,100 @@
|
||||
---
|
||||
name: preregister_hypothesis
|
||||
kind: function
|
||||
lang: py
|
||||
domain: datascience
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
purity: impure
|
||||
signature: "def preregister_hypothesis(paper_dir: str, hypotheses: dict, analysis_plan: dict) -> dict"
|
||||
description: "Pre-registra (congela) la hipotesis y el plan de analisis de un paper ANTES de mirar los datos: antidoto al HARKing (Hypothesizing After the Results are Known). Escribe/actualiza <paper_dir>/preregistration.md con un frontmatter (paper_slug, frozen_at, content_hash, status) y un cuerpo markdown DETERMINISTA derivado de (hypotheses, analysis_plan) (mismo input -> mismo cuerpo byte a byte, claves ordenadas alfabeticamente). El content_hash es sha256 del cuerpo NORMALIZADO (strip por linea + colapso de blancos), nunca del frontmatter. Una vez status=frozen es INMUTABLE: re-congelar con el mismo contenido es idempotente (no reescribe, devuelve unchanged) y re-congelar con contenido distinto se RECHAZA (no sobrescribe, devuelve error) para que no se pueda ajustar la hipotesis a los resultados. Estilo dict-no-throw: nunca lanza."
|
||||
tags: [papers, preregistration, reproducibility, anti-harking, python]
|
||||
params:
|
||||
- name: paper_dir
|
||||
desc: "ruta del directorio del paper, p.ej. 'papers/0001-mi-paper'. Debe existir (no se crea aqui). El paper_slug del frontmatter es el basename del dir. Si no existe o no es str -> {status:error, path, note} sin crash ni creacion."
|
||||
- name: hypotheses
|
||||
desc: "dict de hipotesis, p.ej. {'h0': 'no hay diferencia ...', 'h1': 'el grupo A > grupo B ...'}. Se renderiza en la seccion '## Hypotheses' con una linea por clave, ordenadas alfabeticamente para determinismo."
|
||||
- name: analysis_plan
|
||||
desc: "dict con el plan de analisis, p.ej. {'test': 'welch_t_test', 'effect_size_metric': 'cohens_d', 'decision_rule': 'rechazar H0 si p<0.05 tras Holm y |d|>=0.5', 'planned_n': 100, 'multiple_correction': 'holm'}. Se renderiza en '## Analysis plan' con una linea por clave (ordenadas alfabeticamente). Acepta valores no-str (int, etc.)."
|
||||
output: "dict dict-no-throw (NUNCA lanza). status='frozen' cuando escribe el archivo por primera vez o congela un draft previo ({status, path, content_hash, frozen_at}). status='unchanged' cuando ya estaba frozen con el mismo content_hash: no reescribe y preserva el archivo byte-identico incl. el frozen_at original ({status, path, content_hash, frozen_at}). status='error' cuando paper_dir no existe, ya esta frozen con un hash distinto (rechazo anti-HARKing, no sobrescribe), inputs invalidos o error de I/O ({status, path, note, [content_hash]})."
|
||||
uses_functions: []
|
||||
uses_types: []
|
||||
returns: []
|
||||
returns_optional: false
|
||||
error_type: "error_go_core"
|
||||
imports: [hashlib]
|
||||
tested: true
|
||||
tests: ["test_golden_congela_y_escribe_archivo", "test_idempotente_mismo_input_no_reescribe", "test_inmutabilidad_anti_harking_rechaza_contenido_distinto", "test_error_paper_dir_inexistente_no_crash_no_crea"]
|
||||
test_file_path: "python/functions/datascience/preregister_hypothesis_test.py"
|
||||
file_path: "python/functions/datascience/preregister_hypothesis.py"
|
||||
---
|
||||
|
||||
## Ejemplo
|
||||
|
||||
```python
|
||||
import os, tempfile
|
||||
from datascience import preregister_hypothesis
|
||||
|
||||
# Un directorio de paper que ya existe.
|
||||
paper_dir = tempfile.mkdtemp(prefix="0001-")
|
||||
|
||||
hypotheses = {
|
||||
"h0": "no hay diferencia entre el grupo A y el grupo B",
|
||||
"h1": "el grupo A tiene mayor conversion que el grupo B",
|
||||
}
|
||||
analysis_plan = {
|
||||
"test": "welch_t_test",
|
||||
"effect_size_metric": "cohens_d",
|
||||
"decision_rule": "rechazar H0 si p<0.05 tras Holm y |d|>=0.5",
|
||||
"planned_n": 100,
|
||||
"multiple_correction": "holm",
|
||||
}
|
||||
|
||||
# 1) Primera vez: congela y escribe <paper_dir>/preregistration.md
|
||||
r1 = preregister_hypothesis(paper_dir, hypotheses, analysis_plan)
|
||||
print(r1["status"]) # -> "frozen"
|
||||
print(r1["content_hash"]) # sha256 del cuerpo
|
||||
|
||||
# 2) Mismo input: idempotente, no reescribe.
|
||||
r2 = preregister_hypothesis(paper_dir, hypotheses, analysis_plan)
|
||||
print(r2["status"]) # -> "unchanged"
|
||||
|
||||
# 3) Cambiar la hipotesis tras congelar (HARKing): rechazado, archivo intacto.
|
||||
r3 = preregister_hypothesis(paper_dir, {"h0": "...", "h1": "otra cosa"}, analysis_plan)
|
||||
print(r3["status"]) # -> "error"
|
||||
```
|
||||
|
||||
## Cuando usarla
|
||||
|
||||
Llamala al ARRANCAR el analisis de un paper, antes de tocar los datos, para
|
||||
dejar por escrito (y firmado por hash) que vas a probar y como vas a decidir.
|
||||
Es el primer paso de un flujo reproducible: pre-registras la hipotesis y el plan
|
||||
(`test`, `effect_size_metric`, `decision_rule`, `planned_n`,
|
||||
`multiple_correction`), y solo despues corres el analisis y comparas con lo
|
||||
pre-registrado. Si mas tarde el analisis "descubre" otra hipotesis que encaja
|
||||
mejor con los datos, el pre-registro congelado deja en evidencia el cambio: no se
|
||||
puede reescribir. Combinala con `effect_size_cohens_d` y `fdr_correction` para
|
||||
cerrar el plan declarado (effect size + correccion de multiples comparaciones).
|
||||
|
||||
## Gotchas
|
||||
|
||||
- **Inmutabilidad (el corazon)**: una vez `status: frozen`, el pre-registro NO se
|
||||
puede editar. Re-congelar con el MISMO contenido es idempotente (`unchanged`,
|
||||
no reescribe, preserva incluso el `frozen_at` original). Re-congelar con
|
||||
contenido DISTINTO devuelve `error` y deja el archivo intacto: asi se mata el
|
||||
HARKing. Para cambiar de verdad la hipotesis hay que borrar el archivo a mano y
|
||||
asumir explicitamente que ya no es un pre-registro valido.
|
||||
- **dict-no-throw**: la funcion NUNCA lanza. Cualquier error previsible
|
||||
(directorio inexistente, inputs no-dict, fallo de I/O, excepcion inesperada) se
|
||||
captura y se devuelve como `{"status": "error", "note": ...}`. Siempre incluye
|
||||
`path` (la ruta esperada del `preregistration.md`).
|
||||
- **El hash es SOLO del cuerpo, nunca del frontmatter**: el frontmatter contiene
|
||||
el propio `content_hash` y el `frozen_at` (timestamp), asi que incluirlos en el
|
||||
hash seria circular y romperia la idempotencia. El cuerpo se normaliza antes de
|
||||
hashear (strip por linea + colapso de lineas en blanco + strip final): cambios
|
||||
irrelevantes de whitespace no alteran el hash, pero cambios de contenido SI.
|
||||
- **Determinismo**: el cuerpo se genera con las claves de `hypotheses` y
|
||||
`analysis_plan` ordenadas alfabeticamente, de modo que el orden de insercion del
|
||||
dict no afecta al hash. Mismo `(hypotheses, analysis_plan)` -> mismo cuerpo y
|
||||
mismo hash, byte a byte.
|
||||
- **No crea el directorio del paper**: si `paper_dir` no existe, devuelve `error`
|
||||
sin crear nada (ni el dir ni el archivo).
|
||||
@@ -0,0 +1,202 @@
|
||||
"""Congela (pre-registra) la hipotesis y el plan de analisis de un paper.
|
||||
|
||||
Anti-HARKing (Hypothesizing After the Results are Known): el pre-registro fija
|
||||
la hipotesis y el plan de analisis ANTES de mirar los datos. Una vez congelado
|
||||
(``status: frozen``) es INMUTABLE: cualquier intento posterior de re-congelar con
|
||||
un contenido distinto se RECHAZA en vez de sobrescribir, de modo que no se puede
|
||||
"ajustar" la hipotesis a los resultados despues de verlos.
|
||||
|
||||
Escribe/actualiza ``<paper_dir>/preregistration.md`` con un frontmatter
|
||||
(``paper_slug``, ``frozen_at``, ``content_hash``, ``status``) y un cuerpo
|
||||
markdown DETERMINISTA derivado de ``(hypotheses, analysis_plan)``.
|
||||
|
||||
Estilo dict-no-throw: NUNCA lanza; cualquier error previsible se captura y se
|
||||
devuelve como ``{"status": "error", "note": ...}``.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import hashlib
|
||||
import os
|
||||
from datetime import datetime, timezone
|
||||
|
||||
|
||||
def _build_body(hypotheses: dict, analysis_plan: dict) -> str:
|
||||
"""Construye el cuerpo markdown del pre-registro de forma DETERMINISTA.
|
||||
|
||||
Mismo ``(hypotheses, analysis_plan)`` -> mismo cuerpo byte a byte. Las claves
|
||||
se ordenan alfabeticamente para no depender del orden de insercion del dict.
|
||||
"""
|
||||
lines = ["## Hypotheses", ""]
|
||||
for k in sorted(hypotheses.keys()):
|
||||
lines.append(f"- **{k}**: {hypotheses[k]}")
|
||||
lines.append("")
|
||||
lines.append("## Analysis plan")
|
||||
lines.append("")
|
||||
for k in sorted(analysis_plan.keys()):
|
||||
lines.append(f"- **{k}**: {analysis_plan[k]}")
|
||||
return "\n".join(lines)
|
||||
|
||||
|
||||
def _normalize(body: str) -> str:
|
||||
"""Normaliza el cuerpo para el hash: strip por linea + colapsa blancos.
|
||||
|
||||
Cambios irrelevantes de whitespace (espacios al final, dobles lineas en
|
||||
blanco) no alteran el hash; cambios de contenido SI. Esto hace el hash
|
||||
robusto sin perder la capacidad de detectar ediciones reales.
|
||||
"""
|
||||
out = []
|
||||
prev_blank = False
|
||||
for raw in body.splitlines():
|
||||
line = raw.strip()
|
||||
if line == "":
|
||||
if prev_blank:
|
||||
continue
|
||||
prev_blank = True
|
||||
else:
|
||||
prev_blank = False
|
||||
out.append(line)
|
||||
return "\n".join(out).strip()
|
||||
|
||||
|
||||
def _content_hash(body: str) -> str:
|
||||
"""sha256 hex del cuerpo NORMALIZADO (nunca del frontmatter)."""
|
||||
return hashlib.sha256(_normalize(body).encode("utf-8")).hexdigest()
|
||||
|
||||
|
||||
def _parse_frontmatter(text: str) -> dict:
|
||||
"""Parsea el frontmatter ``--- ... ---`` simple (key: value) de un .md."""
|
||||
if not text.startswith("---"):
|
||||
return {}
|
||||
parts = text.split("---", 2)
|
||||
if len(parts) < 3:
|
||||
return {}
|
||||
fm = {}
|
||||
for line in parts[1].splitlines():
|
||||
line = line.strip()
|
||||
if not line or ":" not in line:
|
||||
continue
|
||||
key, _, value = line.partition(":")
|
||||
fm[key.strip()] = value.strip()
|
||||
return fm
|
||||
|
||||
|
||||
def _render_file(slug: str, frozen_at: str, content_hash: str, body: str) -> str:
|
||||
"""Compone el archivo completo: frontmatter frozen + cuerpo."""
|
||||
return (
|
||||
"---\n"
|
||||
f"paper_slug: {slug}\n"
|
||||
f"frozen_at: {frozen_at}\n"
|
||||
f"content_hash: {content_hash}\n"
|
||||
"status: frozen\n"
|
||||
"---\n"
|
||||
"\n"
|
||||
f"{body}\n"
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
def preregister_hypothesis(paper_dir: str, hypotheses: dict, analysis_plan: dict) -> dict:
|
||||
"""Congela la hipotesis y el plan de analisis de un paper (anti-HARKing).
|
||||
|
||||
Escribe ``<paper_dir>/preregistration.md`` con frontmatter ``status: frozen``
|
||||
y un cuerpo markdown determinista. Una vez congelado es inmutable.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
paper_dir: ruta del directorio del paper (p.ej. ``"papers/0001-mi-paper"``).
|
||||
El ``paper_slug`` es el basename del directorio. Debe existir.
|
||||
hypotheses: dict de hipotesis, p.ej.
|
||||
``{"h0": "no hay diferencia ...", "h1": "grupo A > grupo B ..."}``.
|
||||
analysis_plan: dict con el plan, p.ej.
|
||||
``{"test": "welch_t_test", "effect_size_metric": "cohens_d",
|
||||
"decision_rule": "...", "planned_n": 100, "multiple_correction": "holm"}``.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict dict-no-throw (NUNCA lanza). Claves segun el caso:
|
||||
- frozen: {"status": "frozen", "path", "content_hash", "frozen_at"}
|
||||
- unchanged: {"status": "unchanged", "path", "content_hash", "frozen_at"}
|
||||
- error: {"status": "error", "path", "note", ...}
|
||||
"""
|
||||
expected_path = os.path.join(paper_dir, "preregistration.md")
|
||||
try:
|
||||
# 1) El directorio del paper debe existir; no se crea aqui.
|
||||
if not isinstance(paper_dir, str) or not os.path.isdir(paper_dir):
|
||||
return {
|
||||
"status": "error",
|
||||
"path": expected_path,
|
||||
"note": f"paper_dir no existe: {paper_dir}",
|
||||
}
|
||||
|
||||
if not isinstance(hypotheses, dict) or not isinstance(analysis_plan, dict):
|
||||
return {
|
||||
"status": "error",
|
||||
"path": expected_path,
|
||||
"note": "hypotheses y analysis_plan deben ser dict",
|
||||
}
|
||||
|
||||
slug = os.path.basename(os.path.normpath(paper_dir))
|
||||
|
||||
# 2) + 3) Cuerpo determinista y su hash (solo del cuerpo, no del frontmatter).
|
||||
body = _build_body(hypotheses, analysis_plan)
|
||||
new_hash = _content_hash(body)
|
||||
|
||||
# 5) Logica de escritura.
|
||||
if os.path.exists(expected_path):
|
||||
existing = ""
|
||||
try:
|
||||
with open(expected_path, "r", encoding="utf-8") as fh:
|
||||
existing = fh.read()
|
||||
except OSError as exc:
|
||||
return {
|
||||
"status": "error",
|
||||
"path": expected_path,
|
||||
"note": f"no se pudo leer el pre-registro existente: {exc}",
|
||||
}
|
||||
fm = _parse_frontmatter(existing)
|
||||
old_status = fm.get("status", "")
|
||||
old_hash = fm.get("content_hash", "")
|
||||
old_frozen_at = fm.get("frozen_at", "")
|
||||
|
||||
if old_status == "frozen":
|
||||
if old_hash == new_hash:
|
||||
# Idempotente: mismo contenido ya congelado. No se reescribe.
|
||||
return {
|
||||
"status": "unchanged",
|
||||
"path": expected_path,
|
||||
"content_hash": new_hash,
|
||||
"frozen_at": old_frozen_at,
|
||||
}
|
||||
# Inmutabilidad: ya congelado con OTRO hash -> se rechaza (anti-HARKing).
|
||||
return {
|
||||
"status": "error",
|
||||
"path": expected_path,
|
||||
"content_hash": new_hash,
|
||||
"note": (
|
||||
"pre-registro inmutable: ya esta congelado (frozen) con un "
|
||||
"hash distinto; un pre-registro no se puede editar tras "
|
||||
"congelarse"
|
||||
),
|
||||
}
|
||||
# status != "frozen" (p.ej. draft) -> se congela ahora.
|
||||
|
||||
# Archivo nuevo o draft existente: congelar con timestamp actual.
|
||||
frozen_at = datetime.now(timezone.utc).strftime("%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ")
|
||||
file_text = _render_file(slug, frozen_at, new_hash, body)
|
||||
try:
|
||||
with open(expected_path, "w", encoding="utf-8") as fh:
|
||||
fh.write(file_text)
|
||||
except OSError as exc:
|
||||
return {
|
||||
"status": "error",
|
||||
"path": expected_path,
|
||||
"note": f"no se pudo escribir el pre-registro: {exc}",
|
||||
}
|
||||
return {
|
||||
"status": "frozen",
|
||||
"path": expected_path,
|
||||
"content_hash": new_hash,
|
||||
"frozen_at": frozen_at,
|
||||
}
|
||||
except Exception as exc: # noqa: BLE001 - dict-no-throw: nunca propagar.
|
||||
return {
|
||||
"status": "error",
|
||||
"path": expected_path,
|
||||
"note": f"error inesperado: {exc}",
|
||||
}
|
||||
@@ -0,0 +1,99 @@
|
||||
"""Tests para preregister_hypothesis (pre-registro inmutable, anti-HARKing).
|
||||
|
||||
Importa el modulo hoja directamente (`preregister_hypothesis`) para no depender
|
||||
de que el paquete reexporte la funcion en su __init__ (lo integra el orquestador
|
||||
al cerrar el grupo papers). El pytest del repo resuelve el modulo hoja por su
|
||||
nombre directo.
|
||||
|
||||
Todos los tests son hermeticos y deterministas: usan el fixture `tmp_path` de
|
||||
pytest; NUNCA escriben en `papers/`.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
from preregister_hypothesis import preregister_hypothesis
|
||||
|
||||
|
||||
def _parse_frontmatter(text: str) -> dict:
|
||||
parts = text.split("---", 2)
|
||||
fm = {}
|
||||
for line in parts[1].splitlines():
|
||||
line = line.strip()
|
||||
if not line or ":" not in line:
|
||||
continue
|
||||
key, _, value = line.partition(":")
|
||||
fm[key.strip()] = value.strip()
|
||||
return fm
|
||||
|
||||
|
||||
HYP = {"h0": "no hay diferencia entre A y B", "h1": "el grupo A > grupo B"}
|
||||
PLAN = {
|
||||
"test": "welch_t_test",
|
||||
"effect_size_metric": "cohens_d",
|
||||
"decision_rule": "rechazar H0 si p<0.05 tras Holm y |d|>=0.5",
|
||||
"planned_n": 100,
|
||||
"multiple_correction": "holm",
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_congela_y_escribe_archivo(tmp_path):
|
||||
paper = tmp_path / "0001-x"
|
||||
paper.mkdir()
|
||||
|
||||
res = preregister_hypothesis(str(paper), HYP, PLAN)
|
||||
|
||||
assert res["status"] == "frozen"
|
||||
pre = paper / "preregistration.md"
|
||||
assert pre.exists()
|
||||
|
||||
text = pre.read_text(encoding="utf-8")
|
||||
fm = _parse_frontmatter(text)
|
||||
assert fm["status"] == "frozen"
|
||||
assert fm["paper_slug"] == "0001-x"
|
||||
assert fm["content_hash"] # no vacio
|
||||
assert fm["frozen_at"] # no vacio
|
||||
assert res["content_hash"] == fm["content_hash"]
|
||||
assert res["frozen_at"] == fm["frozen_at"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_idempotente_mismo_input_no_reescribe(tmp_path):
|
||||
paper = tmp_path / "0001-x"
|
||||
paper.mkdir()
|
||||
pre = paper / "preregistration.md"
|
||||
|
||||
first = preregister_hypothesis(str(paper), HYP, PLAN)
|
||||
assert first["status"] == "frozen"
|
||||
bytes_before = pre.read_bytes()
|
||||
|
||||
second = preregister_hypothesis(str(paper), HYP, PLAN)
|
||||
assert second["status"] == "unchanged"
|
||||
# Mismo hash y frozen_at original preservado.
|
||||
assert second["content_hash"] == first["content_hash"]
|
||||
assert second["frozen_at"] == first["frozen_at"]
|
||||
# El archivo NO cambio byte a byte (incl. frozen_at).
|
||||
assert pre.read_bytes() == bytes_before
|
||||
|
||||
|
||||
def test_inmutabilidad_anti_harking_rechaza_contenido_distinto(tmp_path):
|
||||
paper = tmp_path / "0001-x"
|
||||
paper.mkdir()
|
||||
pre = paper / "preregistration.md"
|
||||
|
||||
preregister_hypothesis(str(paper), HYP, PLAN)
|
||||
bytes_frozen = pre.read_bytes()
|
||||
|
||||
# Intento de re-congelar con una hipotesis DISTINTA (HARKing) -> rechazado.
|
||||
hyp_tramposo = {"h0": "no hay diferencia", "h1": "el grupo B > grupo A (cambiado tras ver datos)"}
|
||||
res = preregister_hypothesis(str(paper), hyp_tramposo, PLAN)
|
||||
|
||||
assert res["status"] == "error"
|
||||
# Asercion mas importante: el archivo en disco SIGUE siendo el original.
|
||||
assert pre.read_bytes() == bytes_frozen
|
||||
|
||||
|
||||
def test_error_paper_dir_inexistente_no_crash_no_crea(tmp_path):
|
||||
missing = tmp_path / "no-existe"
|
||||
res = preregister_hypothesis(str(missing), HYP, PLAN)
|
||||
|
||||
assert res["status"] == "error"
|
||||
# No se creo el directorio ni el archivo.
|
||||
assert not missing.exists()
|
||||
assert not (missing / "preregistration.md").exists()
|
||||
@@ -0,0 +1,89 @@
|
||||
---
|
||||
name: render_automatic_eda_markdown
|
||||
kind: function
|
||||
lang: py
|
||||
domain: datascience
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
purity: impure
|
||||
signature: "def render_automatic_eda_markdown(chapters_or_profile, out_path: str, meta: dict = None) -> dict"
|
||||
description: "Renderiza un documento AutomaticEDA por CAPÍTULOS (modelo de bloques independiente del formato) en un único MARKDOWN autocontenido pensado para PEGAR A UN LLM. Acepta una lista de capítulos del modelo o directamente un TableProfile del grupo eda (construye los capítulos canónicos con build_document). Prioriza TEXTO + DATOS sobre lo visual: las tablas se vuelcan como tablas markdown con TODAS las filas (sin paginar — no hay páginas que cortar), una figura matplotlib se reduce a su caption más la tabla de datos subyacente (Desde/Hasta/Frecuencia de las barras del histograma) porque un LLM no ve la imagen, y los marcadores de glosario se eliminan conservando el **negrita**. Lleva cabecera (# título), bloque de metadatos en blockquote e índice numerado con anclas GitHub. Espejo de render_automatic_eda_pdf/render_automatic_eda_pptx pero SIN manifest (KISS, el markdown es un único artefacto de texto). dict-no-throw: nunca lanza, devuelve {path, n_chars, chapters, note}; en error fatal path es None y note explica la causa. Flag opcional meta['embed_figures'] exporta PNGs junto al .md (off por defecto)."
|
||||
tags: [eda, markdown, render, report, llm, automatic-eda, chapters, versioned, no-cut, text, datascience, python]
|
||||
uses_functions: []
|
||||
uses_types: []
|
||||
returns: []
|
||||
returns_optional: false
|
||||
error_type: "error_go_core"
|
||||
imports: [os, re, matplotlib, "datascience.automatic_eda"]
|
||||
params:
|
||||
- name: chapters_or_profile
|
||||
desc: "una lista de capítulos del modelo AutomaticEDA (dataclasses Chapter o dicts {id,title,version,blocks}) O un TableProfile dict del grupo eda. Si es un TableProfile, los capítulos canónicos se construyen con build_document(profile, meta['ctx']). Bloques soportados: heading, markdown, kv_table, data_table, figure, image, caption, note, group, glossary_entry. Lectura defensiva: lo no reconocido se degrada a Note, nunca lanza."
|
||||
- name: out_path
|
||||
desc: "ruta del archivo .md de salida. Los directorios padre se crean si faltan. Directorio no escribible → {path:None, note:<causa>} sin lanzar."
|
||||
- name: meta
|
||||
desc: "dict opcional. Claves: title (título del documento), ctx (dict con dataset_name→Dataset, source_origin→Fuente, storage→Almacenamiento, n_rows/n_cols→Dimensiones; también lo consumen los builders de capítulo cuando se da un profile), generated_at (timestamp; si falta se genera ISO UTC), embed_figures (True para exportar PNGs <basename>_figN.png junto al .md; por defecto False y el markdown queda autocontenido)."
|
||||
output: "dict (nunca lanza): {path: str|None, n_chars: int, chapters: list[{id,version}], note: str}. En error fatal (p.ej. directorio no escribible) path es None y note explica la causa. Un documento sin capítulos aplicables produce un markdown mínimo válido con 'documento vacío' y chapters=[]."
|
||||
tested: true
|
||||
tests: ["test_golden_bloques_sinteticos_serializa_todo_a_markdown", "test_edge_documento_vacio_no_revienta", "test_profile_path_construye_capitulos_y_escribe"]
|
||||
test_file_path: "python/functions/datascience/render_automatic_eda_markdown_test.py"
|
||||
file_path: "python/functions/datascience/render_automatic_eda_markdown.py"
|
||||
---
|
||||
|
||||
## Ejemplo
|
||||
|
||||
```python
|
||||
from datascience import render_automatic_eda_markdown
|
||||
|
||||
# Desde un TableProfile del grupo eda (mismo modelo que los renderers PDF/PPTX).
|
||||
profile = {
|
||||
"table": "ventas", "source": "/data/ventas.csv",
|
||||
"n_rows": 1000, "n_cols": 2, "quality_score": 92.5,
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "precio", "inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.01,
|
||||
"numeric": {"mean": 42.5, "median": 40.0, "min": 1.0, "max": 100.0,
|
||||
"std": 12.3}},
|
||||
{"name": "categoria", "inferred_type": "categorical", "null_pct": 0.0,
|
||||
"categorical": {"top": [{"value": "neumaticos", "count": 500}]}},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
res = render_automatic_eda_markdown(
|
||||
profile, "reports/ventas_aeda.md",
|
||||
{"title": "EDA — ventas",
|
||||
"ctx": {"dataset_name": "Ventas", "source_origin": "ERP export",
|
||||
"n_rows": 1000, "n_cols": 2}})
|
||||
print(res["path"], res["n_chars"], res["chapters"])
|
||||
# -> reports/ventas_aeda.md 4123 [{'id':'portada','version':'1.0.0'}, ...]
|
||||
```
|
||||
|
||||
## Cuando usarla
|
||||
|
||||
Cuando quieras **pegar el EDA a un LLM** (ChatGPT, Claude, ...) o tenerlo en texto
|
||||
plano versionable: mismo documento por capítulos que el PDF/PPTX, pero serializado a
|
||||
Markdown sin binarios. Úsala como tercera salida junto a `render_automatic_eda_pdf`
|
||||
(móvil) y `render_automatic_eda_pptx` (compartir) desde el MISMO modelo de capítulos.
|
||||
A diferencia de esas dos, no hay páginas ni slides: todas las filas de cada tabla se
|
||||
vuelcan (nada se corta) y cada figura se reduce a su caption + la tabla de datos
|
||||
subyacente, que es lo que un LLM puede leer. Para añadir capítulos al documento, ver
|
||||
`docs/capabilities/automatic_eda.md`.
|
||||
|
||||
## Gotchas
|
||||
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||||
- **Impura**: escribe el `.md` en `out_path` (crea los directorios padre). Con
|
||||
`meta['embed_figures']=True` además exporta un PNG `<basename>_figN.png` por figura
|
||||
junto al `.md`; por defecto NO exporta nada y el markdown queda autocontenido.
|
||||
- **Nunca lanza** (dict-no-throw): un bloque que falle se degrada a una nota y se anota
|
||||
en `note`; el documento se escribe igual. Un profile/lista vacíos producen un markdown
|
||||
mínimo válido con `*(documento vacío …)*` y `chapters=[]`.
|
||||
- **Figuras = datos, no imagen**: un bloque `figure` se serializa como `*Figura: caption*`
|
||||
más, si la figura matplotlib trae barras (histograma / barras), una tabla
|
||||
`| Desde | Hasta | Frecuencia |` extraída de los `Rectangle` patches (máx 100 filas;
|
||||
el resto se trunca con `*… (N filas más)*`). Si no hay barras o algo falla, solo sale
|
||||
el caption. La figura se cierra (`plt.close`) tras leerla.
|
||||
- **Glosario vs negrita**: se eliminan SOLO los marcadores de glosario
|
||||
`[[term:key]]visible[[/term]]` (queda `visible`); el `**negrita**` markdown SE
|
||||
CONSERVA (es válido). No se usa `strip_inline_md` aquí porque ese también quita el bold.
|
||||
- **Anclas del índice**: el `## Índice` enlaza cada capítulo con un ancla estilo GitHub
|
||||
del encabezado `## N. Título` (minúsculas, espacios→`-`, sin signos). Si dos capítulos
|
||||
comparten título exacto sus anclas colisionan (caso raro; los capítulos canónicos tienen
|
||||
títulos únicos).
|
||||
- **Tablas**: las celdas escapan `|` (→ `\|`) y pliegan saltos de línea a `<br>` para no
|
||||
romper la columna. No hay reparto por ancho — un LLM no lo necesita.
|
||||
@@ -0,0 +1,55 @@
|
||||
"""render_automatic_eda_markdown — chapter-based EDA report as one Markdown file.
|
||||
|
||||
Public ``eda``-group entry point that serializes an AutomaticEDA document (a list
|
||||
of chapters, or an ``eda`` TableProfile from which the canonical chapters are
|
||||
built) into a single self-contained Markdown file optimised to be **pasted into
|
||||
an LLM**: plain text, Markdown tables (every row dumped — there are no pages to
|
||||
cut), figures reduced to caption + underlying data, no binaries. It mirrors
|
||||
``render_automatic_eda_pdf`` / ``render_automatic_eda_pptx`` but for text output;
|
||||
unlike those it writes no manifest (KISS — Markdown is a single text artefact).
|
||||
|
||||
dict-no-throw: never raises. Returns ``{path, n_chars, chapters, note}``; on a
|
||||
fatal error ``path`` is None and ``note`` explains why.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
from __future__ import annotations
|
||||
|
||||
from datascience.automatic_eda import build_document, render_md
|
||||
from datascience.automatic_eda.model import as_chapter, as_chapters
|
||||
|
||||
|
||||
def _coerce_chapters(chapters_or_profile, meta: dict) -> list:
|
||||
"""Accept chapters OR an eda profile and return a list of Chapter."""
|
||||
arg = chapters_or_profile
|
||||
if isinstance(arg, (list, tuple)):
|
||||
return as_chapters(list(arg))
|
||||
if isinstance(arg, dict):
|
||||
if "blocks" in arg and "columns" not in arg:
|
||||
ch = as_chapter(arg)
|
||||
return [ch] if ch is not None else []
|
||||
return build_document(arg, (meta or {}).get("ctx"))
|
||||
return []
|
||||
|
||||
|
||||
def render_automatic_eda_markdown(chapters_or_profile, out_path: str,
|
||||
meta: dict = None) -> dict:
|
||||
"""Render an AutomaticEDA document into a single self-contained Markdown file.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
chapters_or_profile: a list of chapters (``Chapter`` dataclasses or
|
||||
dicts) or an ``eda`` TableProfile dict (chapters built via
|
||||
``build_document(profile, meta['ctx'])``).
|
||||
out_path: filesystem path for the ``.md`` (parent dirs are created).
|
||||
meta: optional dict. Recognised keys: ``title``, ``ctx`` (dict with
|
||||
``dataset_name``/``source_origin``/``storage``/``n_rows``/``n_cols``),
|
||||
``generated_at``, ``embed_figures`` (export PNGs beside the .md,
|
||||
default False — off keeps the Markdown self-contained).
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict (never raises): ``{path: str|None, n_chars: int,
|
||||
chapters: list[{id, version}], note: str}``. On a fatal error ``path`` is
|
||||
None and ``note`` explains the cause.
|
||||
"""
|
||||
meta = dict(meta or {})
|
||||
chapters = _coerce_chapters(chapters_or_profile, meta)
|
||||
return render_md(chapters, out_path, meta)
|
||||
@@ -0,0 +1,168 @@
|
||||
"""Tests for render_automatic_eda_markdown — DoD: golden + edge + profile path.
|
||||
|
||||
Self-contained synthetic blocks (no DuckDB). Verifies every block kind serializes
|
||||
to Markdown (heading, markdown with glossary+bold, kv/data tables, a figure whose
|
||||
histogram bars become a data table, caption, note, group, glossary entry), that a
|
||||
leading level-1 heading equal to the chapter title is omitted, that an empty
|
||||
document degrades to a valid minimal Markdown without raising, and that passing a
|
||||
minimal TableProfile builds chapters and writes the file.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import os
|
||||
import tempfile
|
||||
|
||||
from datascience.render_automatic_eda_markdown import render_automatic_eda_markdown
|
||||
from datascience.automatic_eda.model import (
|
||||
Caption, Chapter, DataTable, Figure, GlossaryEntry, Group, Heading, KVTable,
|
||||
Markdown, Note,
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
def _hist_fig():
|
||||
import matplotlib
|
||||
matplotlib.use("Agg")
|
||||
import matplotlib.pyplot as plt
|
||||
fig, ax = plt.subplots()
|
||||
ax.hist([1, 1, 2, 2, 2, 3, 4, 4, 5, 5, 5, 5], bins=5)
|
||||
return fig
|
||||
|
||||
|
||||
def _chapters() -> list:
|
||||
blocks = [
|
||||
Heading("Demo", 1), # == chapter title -> omitted.
|
||||
Heading("Seccion dos", 2), # -> ####
|
||||
Markdown("Texto con [[term:ent]]entropia[[/term]] y **bold** aqui."),
|
||||
KVTable(rows=[("Filas", 1000), ("Columnas", 5)], title="Resumen"),
|
||||
DataTable(header=["col", "valor"],
|
||||
rows=[["alpha", "111"], ["beta", "222"], ["gamma", "333"]],
|
||||
title="Datos", note="nota inferior"),
|
||||
Figure(make=_hist_fig, caption="Histograma demo"),
|
||||
Caption("pie de figura"),
|
||||
Note("una nota aparte"),
|
||||
Group(title="Grupo X", blocks=[Markdown("dentro del grupo")]),
|
||||
GlossaryEntry(key="ent", label="Entropia",
|
||||
definition="Medida de incertidumbre."),
|
||||
]
|
||||
return [Chapter(id="demo", title="Demo", version="1.0.0", blocks=blocks)]
|
||||
|
||||
|
||||
def _read(path: str) -> str:
|
||||
with open(path, "r", encoding="utf-8") as fh:
|
||||
return fh.read()
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_bloques_sinteticos_serializa_todo_a_markdown():
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out = os.path.join(d, "demo.md")
|
||||
res = render_automatic_eda_markdown(
|
||||
_chapters(), out,
|
||||
{"title": "EDA Demo",
|
||||
"ctx": {"dataset_name": "Demo", "n_rows": 12, "n_cols": 2}})
|
||||
assert res["path"] == out
|
||||
assert os.path.exists(out)
|
||||
assert res["n_chars"] > 0
|
||||
assert res["chapters"] == [{"id": "demo", "version": "1.0.0"}]
|
||||
|
||||
content = _read(out)
|
||||
# Document structure.
|
||||
assert content.startswith("# ")
|
||||
assert "## Índice" in content
|
||||
# A Markdown table is present (header + separator row).
|
||||
assert "| " in content and "| --- " in content
|
||||
# DataTable values are all dumped.
|
||||
for v in ("alpha", "111", "beta", "222", "gamma", "333"):
|
||||
assert v in content
|
||||
# Glossary markers stripped, bold kept.
|
||||
assert "[[term" not in content
|
||||
assert "[[/term]]" not in content
|
||||
assert "**bold**" in content
|
||||
assert "entropia" in content # visible glossary text preserved.
|
||||
# Figure histogram bars became a data table.
|
||||
assert "| Desde | Hasta | Frecuencia |" in content
|
||||
# Glossary entry rendered as a level-3 heading.
|
||||
assert "### Entropia" in content
|
||||
# Level-2 heading -> ####.
|
||||
assert "#### Seccion dos" in content
|
||||
# Leading level-1 heading equal to the title was omitted.
|
||||
assert "### Demo" not in content
|
||||
# Group title rendered.
|
||||
assert "### Grupo X" in content
|
||||
|
||||
|
||||
def _hist_fig_with_span():
|
||||
"""Histogram with a wide ``axvspan`` (±1σ band) over it.
|
||||
|
||||
Reproduces the num_distr figure shape: matplotlib keeps the span as a lone
|
||||
Rectangle in ``ax.patches`` alongside the bin bars; it must NOT leak into the
|
||||
extracted bins table as a fake bin (it is ~5x wider than a bin)."""
|
||||
import matplotlib
|
||||
matplotlib.use("Agg")
|
||||
import matplotlib.pyplot as plt
|
||||
fig, ax = plt.subplots()
|
||||
data = [1, 1, 2, 2, 2, 3, 4, 4, 5, 5, 5, 5]
|
||||
ax.hist(data, bins=5)
|
||||
ax.axvspan(2.0, 4.0, alpha=0.2) # mean±σ band — a wide stray rectangle.
|
||||
return fig
|
||||
|
||||
|
||||
def test_figura_descarta_axvspan_de_la_tabla_de_bins():
|
||||
"""The ±1σ band rectangle must not appear as a row in the bins table."""
|
||||
blocks = [Figure(make=_hist_fig_with_span, caption="Hist con banda")]
|
||||
chapters = [Chapter(id="f", title="Fig", version="1.0.0", blocks=blocks)]
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out = os.path.join(d, "fig.md")
|
||||
render_automatic_eda_markdown(chapters, out, {"title": "T"})
|
||||
content = _read(out)
|
||||
assert "| Desde | Hasta | Frecuencia |" in content
|
||||
# Extract the rows of the bins table: lines between the header/separator
|
||||
# and the next blank line.
|
||||
lines = content.splitlines()
|
||||
hi = next(i for i, ln in enumerate(lines)
|
||||
if ln.startswith("| Desde | Hasta | Frecuencia |"))
|
||||
rows = []
|
||||
for ln in lines[hi + 2:]: # skip header + separator
|
||||
if not ln.startswith("|"):
|
||||
break
|
||||
rows.append(ln)
|
||||
# 5 histogram bins, no extra wide span row.
|
||||
assert len(rows) == 5, rows
|
||||
# No row spans a width of ~2.0 (the axvspan from x=2 to x=4).
|
||||
for ln in rows:
|
||||
cells = [c.strip() for c in ln.strip("|").split("|")]
|
||||
lo, hi_v = float(cells[0]), float(cells[1])
|
||||
assert (hi_v - lo) < 1.5, f"wide span leaked: {ln}"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_edge_documento_vacio_no_revienta():
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out = os.path.join(d, "empty.md")
|
||||
res = render_automatic_eda_markdown([], out, {})
|
||||
assert res["path"] == out
|
||||
assert os.path.exists(out)
|
||||
assert res["chapters"] == []
|
||||
content = _read(out)
|
||||
assert "documento vacío" in content
|
||||
assert content.startswith("# ")
|
||||
|
||||
|
||||
def test_profile_path_construye_capitulos_y_escribe():
|
||||
profile = {
|
||||
"table": "mini",
|
||||
"source": "/data/mini.csv",
|
||||
"n_rows": 10,
|
||||
"n_cols": 1,
|
||||
"quality_score": 88.0,
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "x", "inferred_type": "numeric", "null_pct": 0.0,
|
||||
"null_count": 0,
|
||||
"numeric": {"mean": 1.0, "median": 1.0, "min": 0.0, "max": 2.0,
|
||||
"std": 0.5}},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
with tempfile.TemporaryDirectory() as d:
|
||||
out = os.path.join(d, "mini.md")
|
||||
res = render_automatic_eda_markdown(
|
||||
profile, out, {"title": "Mini", "ctx": {"dataset_name": "Mini"}})
|
||||
assert res["path"] == out # not None — no exception, file written.
|
||||
assert os.path.exists(out)
|
||||
assert res["n_chars"] > 0
|
||||
@@ -0,0 +1,91 @@
|
||||
---
|
||||
name: suggest_intratable_fk_candidates
|
||||
kind: function
|
||||
lang: py
|
||||
domain: datascience
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
purity: pure
|
||||
signature: "def suggest_intratable_fk_candidates(profile: dict, max_candidates: int = 20) -> list"
|
||||
description: "Sobre el TableProfile de UNA tabla (el dict de profile_table), sugiere por heuristica de nombre + cardinalidad que columnas PARECEN una clave foranea hacia otra tabla, cuando no hay relaciones inter-tabla que medir (una sola tabla). Es una SUGERENCIA, no una afirmacion: el ref_table_guess es el stem del nombre (customer_id -> customer) y NO confirma containment. Pura: solo lee el dict, sin I/O; nunca lanza (devuelve [])."
|
||||
tags: [eda, datascience, relationships, foreign-key, fk, heuristic, schema, python]
|
||||
uses_functions: []
|
||||
uses_types: []
|
||||
returns: []
|
||||
returns_optional: false
|
||||
error_type: ""
|
||||
imports: []
|
||||
params:
|
||||
- name: profile
|
||||
desc: "TableProfile (dict que produce profile_table / summarize_table_*). Se leen de forma defensiva `columns` (lista de ColumnProfile con name/inferred_type/physical_type/distinct_count/unique_pct/flags), `n_rows` (int) y `key_candidates` (lista de nombres de columna ya candidatos a PK, que se excluyen). Si no es dict o no trae columns -> []."
|
||||
- name: max_candidates
|
||||
desc: "Tope de sugerencias devueltas (default 20). Las columnas candidatas se ordenan por distinct_count descendente (mas informativas primero) antes de cortar a este maximo."
|
||||
output: "list (posiblemente vacia) de dicts, uno por columna sugerida, con claves: `column` (nombre), `ref_table_guess` (tabla conjeturada por el stem del nombre, p.ej. customer_id -> 'customer'), `reason` (frase humana que deja claro que es heuristica sin confirmar containment), `distinct_count` (int|None), `unique_pct` (float|None, fraccion 0-1 tal como viene del profile), `inferred_type` (str), `physical_type` (str). Nunca lanza."
|
||||
tested: true
|
||||
tests: ["test_golden_customer_id_detectado_otras_no", "test_camelcase_albumid_detectado", "test_constante_status_id_no_aparece", "test_profile_vacio_y_none_devuelven_lista_vacia", "test_category_id_casi_unico_parece_pk_no_aparece", "test_ref_table_guess_multitoken_y_orden_por_distinct", "test_max_candidates_corta_la_lista", "test_id_generico_solo_nunca_es_fk"]
|
||||
test_file_path: "python/functions/datascience/suggest_intratable_fk_candidates_test.py"
|
||||
file_path: "python/functions/datascience/suggest_intratable_fk_candidates.py"
|
||||
---
|
||||
|
||||
## Ejemplo
|
||||
|
||||
```python
|
||||
from datascience import suggest_intratable_fk_candidates
|
||||
|
||||
# TableProfile de UNA tabla (tipo titanic): customer_id es FK N:1; id es la PK;
|
||||
# amount es una medida float; name es categorica sin sufijo de id.
|
||||
profile = {
|
||||
"n_rows": 891,
|
||||
"key_candidates": ["id"],
|
||||
"columns": [
|
||||
{"name": "id", "inferred_type": "numeric", "physical_type": "BIGINT",
|
||||
"distinct_count": 891, "unique_pct": 1.0, "flags": ["possible_id"]},
|
||||
{"name": "customer_id", "inferred_type": "numeric", "physical_type": "BIGINT",
|
||||
"distinct_count": 137, "unique_pct": 0.15, "flags": []},
|
||||
{"name": "amount", "inferred_type": "numeric", "physical_type": "DOUBLE",
|
||||
"distinct_count": 400, "unique_pct": 0.45, "flags": []},
|
||||
{"name": "name", "inferred_type": "categorical", "physical_type": "VARCHAR",
|
||||
"distinct_count": 700, "unique_pct": 0.78, "flags": []},
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
|
||||
out = suggest_intratable_fk_candidates(profile)
|
||||
[c["column"] for c in out] # -> ["customer_id"]
|
||||
out[0]["ref_table_guess"] # -> "customer"
|
||||
out[0]["reason"]
|
||||
# -> "el nombre termina en '_id' y es N:1 (137 valores distintos < 891 filas):
|
||||
# parece (heuristica por nombre, sin confirmar containment) una referencia a
|
||||
# una tabla «customer»"
|
||||
```
|
||||
|
||||
## Cuando usarla
|
||||
|
||||
Cuando el EDA tiene SOLO UNA tabla y, por tanto, no se puede inferir una FK
|
||||
inter-tabla por containment (no hay otra tabla cuyos valores contener). Es el plan B
|
||||
del capitulo RELACIONES de AutomaticEDA: en vez de medir solapamiento de valores
|
||||
entre tablas (lo correcto cuando hay varias, ver `infer_fk_containment_duckdb` /
|
||||
`build_join_graph`), conjetura por el NOMBRE de la columna (`<algo>_id`) y por su
|
||||
CARDINALIDAD N:1 que columnas parecen apuntar a una entidad externa. Usala para
|
||||
enriquecer el reporte con "estas columnas parecen referencias a otras tablas" sin
|
||||
prometer que esa tabla exista. NO la uses si tienes varias tablas: ahi mide
|
||||
containment de verdad.
|
||||
|
||||
## Gotchas
|
||||
|
||||
- Es **heuristica**, no una verdad: produce **falsos positivos** (una columna
|
||||
`period_id` que en realidad es un codigo libre, no una FK) y **falsos negativos**
|
||||
(una FK que no se llama `*_id`, p.ej. `parent`, `owner`, `sku`). No la trates como
|
||||
una afirmacion de esquema.
|
||||
- `ref_table_guess` es una **conjetura por el nombre** (el stem sin el sufijo id):
|
||||
`customer_id` -> `customer`, `AlbumId` -> `album`, `manager_staff_id` ->
|
||||
`manager_staff`. Puede no coincidir con el nombre real de la tabla (plurales,
|
||||
prefijos, alias). Es una pista, no un join garantizado.
|
||||
- **NO confirma containment**: no comprueba que los valores de la columna existan en
|
||||
ninguna otra tabla (no puede — solo recibe el perfil de una tabla). Para confirmar
|
||||
una FK real con varias tablas usa `infer_fk_containment_duckdb`.
|
||||
- Excluye deliberadamente: el `id`/`Id`/`ID` generico a secas (suele ser la PK
|
||||
propia, no una referencia), las columnas constantes, las que parecen unicas
|
||||
(`unique_pct >= 0.99`, mas PK que FK) y los tipos no-clave (float/decimal son
|
||||
medidas; date/time/timestamp y boolean no son claves). En camelCase, `paid`,
|
||||
`valid`, `grid` (con `id` en minuscula y sin separador) NO se confunden con FK.
|
||||
- `unique_pct` se interpreta como **fraccion 0-1** (tal como la emite el profile), no
|
||||
como porcentaje 0-100.
|
||||
@@ -0,0 +1,202 @@
|
||||
"""suggest_intratable_fk_candidates — heuristica de FK intra-tabla del grupo `eda`.
|
||||
|
||||
Sobre el TableProfile de UNA tabla (el dict que produce ``profile_table``), sugiere
|
||||
por heuristica de NOMBRE + CARDINALIDAD que columnas PARECEN una clave foranea hacia
|
||||
otra tabla, util cuando no hay relaciones inter-tabla disponibles (una sola tabla y,
|
||||
por tanto, sin containment cruzado que medir). Es una SUGERENCIA, no una afirmacion:
|
||||
no confirma que exista la tabla referida ni que los valores esten contenidos en ella.
|
||||
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||||
La consume el capitulo RELACIONES de AutomaticEDA cuando solo hay una tabla.
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||||
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||||
Funcion PURA: solo lee el dict (lectura defensiva con ``.get``), no hace I/O y nunca
|
||||
lanza por inputs raros (devuelve ``[]``).
|
||||
"""
|
||||
|
||||
# inferred_type que es compatible con una clave foranea (entero/categorico).
|
||||
_FK_INFERRED_OK = {"numeric", "categorical", "integer"}
|
||||
|
||||
# Prefijos de physical_type que admiten ser clave foranea (enteros, texto, uuid).
|
||||
_FK_PHYSICAL_PREFIXES = (
|
||||
"int", "bigint", "smallint", "tinyint", "hugeint", "uint",
|
||||
"varchar", "text", "char", "bpchar", "string", "uuid",
|
||||
)
|
||||
|
||||
# Prefijos de physical_type que EXCLUYEN ser clave foranea: medidas en coma flotante
|
||||
# (float/double/decimal/numeric/real), temporales (date/time/timestamp/interval) y
|
||||
# boolean. Se comprueban ANTES que las senales positivas (la exclusion gana: una
|
||||
# columna numeric con physical DOUBLE es una medida, no una FK).
|
||||
_FK_PHYSICAL_EXCLUDE = (
|
||||
"float", "double", "decimal", "numeric", "real",
|
||||
"date", "time", "timestamp", "interval",
|
||||
"bool",
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
def _fk_name_signal(name):
|
||||
"""Detecta el sufijo de clave foranea en el nombre y devuelve ``(stem, sufijo)``.
|
||||
|
||||
Reconoce ``<algo>_id`` (snake), ``<Algo>Id`` y ``<algo>ID`` (camel). NO reconoce
|
||||
el ``id``/``Id``/``ID`` generico a secas (suele ser la PK propia de la tabla, no
|
||||
una referencia). En camelCase la ``I`` mayuscula marca el limite de palabra, asi
|
||||
que ``paid``/``valid``/``grid`` (``id`` en minuscula y sin separador) NO matchean.
|
||||
|
||||
El ``stem`` se devuelve en minusculas y sirve de ``ref_table_guess`` (la tabla a
|
||||
la que probablemente apunta): ``customer_id`` -> ``"customer"``, ``AlbumId`` ->
|
||||
``"album"``, ``manager_staff_id`` -> ``"manager_staff"``. Devuelve ``None`` si no
|
||||
hay senal de nombre.
|
||||
"""
|
||||
if not isinstance(name, str):
|
||||
return None
|
||||
raw = name.strip()
|
||||
if not raw:
|
||||
return None
|
||||
# Snake: termina en "_id" (indiferente a mayusculas en la parte "id").
|
||||
if raw.lower().endswith("_id"):
|
||||
stem = raw[:-3].rstrip("_-. ")
|
||||
if not stem:
|
||||
return None
|
||||
return (stem.lower(), "_id")
|
||||
# Camel todo-mayuscula: "...ID" (p.ej. customerID).
|
||||
if raw.endswith("ID"):
|
||||
stem = raw[:-2].rstrip("_-. ")
|
||||
if not stem:
|
||||
return None
|
||||
return (stem.lower(), "ID")
|
||||
# Camel: "...Id" (p.ej. AlbumId).
|
||||
if raw.endswith("Id"):
|
||||
stem = raw[:-2].rstrip("_-. ")
|
||||
if not stem:
|
||||
return None
|
||||
return (stem.lower(), "Id")
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
def _fk_type_compatible(col):
|
||||
"""True si el tipo de la columna admite ser clave foranea.
|
||||
|
||||
Compatible si el ``physical_type`` NO es una medida flotante, una temporal ni
|
||||
boolean, Y ademas (``inferred_type`` en {numeric, categorical, integer} O el
|
||||
``physical_type`` empieza por entero/varchar/text/char/uuid). La comparacion es
|
||||
indistinta a mayusculas/minusculas.
|
||||
"""
|
||||
phys = (col.get("physical_type") or "").strip().lower()
|
||||
inferred = (col.get("inferred_type") or "").strip().lower()
|
||||
# Exclusion por tipo fisico (gana sobre cualquier senal positiva).
|
||||
for bad in _FK_PHYSICAL_EXCLUDE:
|
||||
if phys.startswith(bad):
|
||||
return False
|
||||
# Senal positiva por tipo inferido.
|
||||
if inferred in _FK_INFERRED_OK:
|
||||
return True
|
||||
# Senal positiva por tipo fisico (entero/texto/uuid).
|
||||
for good in _FK_PHYSICAL_PREFIXES:
|
||||
if phys.startswith(good):
|
||||
return True
|
||||
return False
|
||||
|
||||
|
||||
def suggest_intratable_fk_candidates(profile: dict, max_candidates: int = 20) -> list:
|
||||
"""Sugiere columnas que parecen una FK intra-tabla por nombre + cardinalidad.
|
||||
|
||||
Heuristica (no afirma nada): una columna es candidata a clave foranea si su nombre
|
||||
tiene sufijo de id con stem no vacio (``<algo>_id`` / ``<Algo>Id`` / ``<algo>ID``,
|
||||
NUNCA el ``id`` generico), no es ya candidata a PK, no es constante, tiene
|
||||
cardinalidad alta pero por debajo del numero de filas (N:1, no unica) y un tipo
|
||||
compatible con clave (entero/categorico/texto/uuid; nunca float/fecha/boolean).
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
profile: TableProfile (dict de ``profile_table``). Se leen, de forma
|
||||
defensiva, ``columns`` (lista de ColumnProfile), ``n_rows`` y
|
||||
``key_candidates`` (nombres de columna ya candidatos a PK).
|
||||
max_candidates: tope de sugerencias devueltas (default 20). Las columnas se
|
||||
ordenan por ``distinct_count`` descendente (mas informativas primero)
|
||||
antes de cortar.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
list de dicts (posiblemente vacia), uno por columna sugerida, con claves:
|
||||
``column``, ``ref_table_guess`` (stem del nombre), ``reason`` (frase humana),
|
||||
``distinct_count``, ``unique_pct`` (fraccion 0-1 tal como viene del profile),
|
||||
``inferred_type``, ``physical_type``. Nunca lanza: si ``profile`` no es dict o
|
||||
no hay columnas, devuelve ``[]``.
|
||||
"""
|
||||
if not isinstance(profile, dict):
|
||||
return []
|
||||
columns = profile.get("columns")
|
||||
if not isinstance(columns, list):
|
||||
return []
|
||||
|
||||
n_rows = profile.get("n_rows")
|
||||
has_n_rows = (
|
||||
isinstance(n_rows, int) and not isinstance(n_rows, bool) and n_rows > 0
|
||||
)
|
||||
|
||||
key_candidates = profile.get("key_candidates")
|
||||
if not isinstance(key_candidates, (list, tuple, set)):
|
||||
key_candidates = []
|
||||
key_set = set(key_candidates)
|
||||
|
||||
out = []
|
||||
for col in columns:
|
||||
if not isinstance(col, dict):
|
||||
continue
|
||||
name = col.get("name")
|
||||
|
||||
# 1) Senal de nombre: sufijo de id con stem no vacio.
|
||||
signal = _fk_name_signal(name)
|
||||
if signal is None:
|
||||
continue
|
||||
ref_guess, suffix = signal
|
||||
|
||||
# 2) No es ya candidata a PK (clave primaria de la propia tabla).
|
||||
if name in key_set:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
# 3) No constante y con >= 2 valores distintos.
|
||||
flags = col.get("flags") or []
|
||||
if "constant" in flags:
|
||||
continue
|
||||
dc = col.get("distinct_count")
|
||||
if not (isinstance(dc, int) and not isinstance(dc, bool) and dc >= 2):
|
||||
continue
|
||||
|
||||
# 4) Cardinalidad alta pero < n_rows (no es PK) y no parece unica.
|
||||
if has_n_rows and dc >= n_rows:
|
||||
continue
|
||||
unique_pct = col.get("unique_pct")
|
||||
has_unique = (
|
||||
isinstance(unique_pct, (int, float)) and not isinstance(unique_pct, bool)
|
||||
)
|
||||
if has_unique and unique_pct >= 0.99:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
# 5) Tipo compatible con clave foranea (entero/categorico/texto; no medida).
|
||||
if not _fk_type_compatible(col):
|
||||
continue
|
||||
|
||||
out.append(
|
||||
{
|
||||
"column": name,
|
||||
"ref_table_guess": ref_guess,
|
||||
"reason": _build_reason(suffix, dc, n_rows if has_n_rows else None, ref_guess),
|
||||
"distinct_count": dc,
|
||||
"unique_pct": float(unique_pct) if has_unique else None,
|
||||
"inferred_type": col.get("inferred_type") or "",
|
||||
"physical_type": col.get("physical_type") or "",
|
||||
}
|
||||
)
|
||||
|
||||
# Mas informativas primero (mayor cardinalidad), luego corte.
|
||||
out.sort(key=lambda d: d.get("distinct_count") or 0, reverse=True)
|
||||
return out[: max(0, int(max_candidates))]
|
||||
|
||||
|
||||
def _build_reason(suffix, dc, n_rows, ref_guess):
|
||||
"""Frase humana que deja claro que la sugerencia es heuristica, no confirmada."""
|
||||
if n_rows is not None:
|
||||
card = f"es N:1 ({dc} valores distintos < {n_rows} filas)"
|
||||
else:
|
||||
card = f"tiene {dc} valores distintos que se repiten (cardinalidad N:1)"
|
||||
return (
|
||||
f"el nombre termina en '{suffix}' y {card}: parece (heuristica por nombre, "
|
||||
f"sin confirmar containment) una referencia a una tabla «{ref_guess}»"
|
||||
)
|
||||
@@ -0,0 +1,157 @@
|
||||
"""Tests para suggest_intratable_fk_candidates (funcion pura, sin I/O)."""
|
||||
|
||||
from suggest_intratable_fk_candidates import suggest_intratable_fk_candidates
|
||||
|
||||
|
||||
def _col(name, inferred_type="numeric", physical_type="BIGINT", distinct_count=10,
|
||||
unique_pct=0.1, flags=None):
|
||||
"""Construye un ColumnProfile minimo a mano (el dict que emite profile_table)."""
|
||||
return {
|
||||
"name": name,
|
||||
"inferred_type": inferred_type,
|
||||
"physical_type": physical_type,
|
||||
"semantic_type": "",
|
||||
"distinct_count": distinct_count,
|
||||
"unique_pct": unique_pct,
|
||||
"null_count": 0,
|
||||
"null_pct": 0.0,
|
||||
"flags": list(flags) if flags else [],
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_golden_customer_id_detectado_otras_no():
|
||||
# Tabla tipo titanic: customer_id es FK N:1; id es la PK; amount es medida;
|
||||
# name es categorica sin sufijo de id. Solo customer_id debe aparecer.
|
||||
profile = {
|
||||
"n_rows": 891,
|
||||
"key_candidates": ["id"],
|
||||
"columns": [
|
||||
_col("id", inferred_type="numeric", physical_type="BIGINT",
|
||||
distinct_count=891, unique_pct=1.0, flags=["possible_id"]),
|
||||
_col("customer_id", inferred_type="numeric", physical_type="BIGINT",
|
||||
distinct_count=137, unique_pct=0.15, flags=[]),
|
||||
_col("amount", inferred_type="numeric", physical_type="DOUBLE",
|
||||
distinct_count=400, unique_pct=0.45),
|
||||
_col("name", inferred_type="categorical", physical_type="VARCHAR",
|
||||
distinct_count=700, unique_pct=0.78),
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
out = suggest_intratable_fk_candidates(profile)
|
||||
assert isinstance(out, list)
|
||||
assert [c["column"] for c in out] == ["customer_id"]
|
||||
cand = out[0]
|
||||
assert cand["ref_table_guess"] == "customer"
|
||||
assert cand["distinct_count"] == 137
|
||||
assert cand["unique_pct"] == 0.15
|
||||
assert cand["inferred_type"] == "numeric"
|
||||
assert cand["physical_type"] == "BIGINT"
|
||||
# La razon deja claro que es heuristica + cita el sufijo y la tabla.
|
||||
assert "customer" in cand["reason"]
|
||||
assert "_id" in cand["reason"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_camelcase_albumid_detectado():
|
||||
# AlbumId (camelCase, VARCHAR) -> detectada, ref_table_guess "album".
|
||||
profile = {
|
||||
"n_rows": 3503,
|
||||
"key_candidates": ["TrackId"],
|
||||
"columns": [
|
||||
_col("AlbumId", inferred_type="categorical", physical_type="VARCHAR",
|
||||
distinct_count=347, unique_pct=0.10),
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
out = suggest_intratable_fk_candidates(profile)
|
||||
# TrackId es PK candidata (en key_candidates), AlbumId no -> AlbumId aparece.
|
||||
assert [c["column"] for c in out] == ["AlbumId"]
|
||||
assert out[0]["ref_table_guess"] == "album"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_constante_status_id_no_aparece():
|
||||
# status_id constante (flag "constant", distinct_count 1) NO es FK util.
|
||||
profile = {
|
||||
"n_rows": 1000,
|
||||
"key_candidates": [],
|
||||
"columns": [
|
||||
_col("status_id", inferred_type="numeric", physical_type="INTEGER",
|
||||
distinct_count=1, unique_pct=0.001, flags=["constant"]),
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
out = suggest_intratable_fk_candidates(profile)
|
||||
assert out == []
|
||||
|
||||
|
||||
def test_profile_vacio_y_none_devuelven_lista_vacia():
|
||||
# Lectura defensiva: ni {} ni None lanzan; devuelven [].
|
||||
assert suggest_intratable_fk_candidates({}) == []
|
||||
assert suggest_intratable_fk_candidates(None) == []
|
||||
# profile sin columns o con columns no-lista tampoco lanza.
|
||||
assert suggest_intratable_fk_candidates({"n_rows": 10}) == []
|
||||
assert suggest_intratable_fk_candidates({"columns": "no-soy-lista"}) == []
|
||||
|
||||
|
||||
def test_category_id_casi_unico_parece_pk_no_aparece():
|
||||
# unique_pct 0.999 -> parece PK (no N:1) -> NO se sugiere como FK.
|
||||
profile = {
|
||||
"n_rows": 891,
|
||||
"key_candidates": [],
|
||||
"columns": [
|
||||
_col("category_id", inferred_type="numeric", physical_type="BIGINT",
|
||||
distinct_count=890, unique_pct=0.999),
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
out = suggest_intratable_fk_candidates(profile)
|
||||
assert out == []
|
||||
|
||||
|
||||
def test_ref_table_guess_multitoken_y_orden_por_distinct():
|
||||
# manager_staff_id conserva los underscores del stem -> "manager_staff".
|
||||
# Ademas, con varias candidatas, se ordenan por distinct_count descendente.
|
||||
profile = {
|
||||
"n_rows": 10000,
|
||||
"key_candidates": ["staff_id"], # staff_id es PK aqui, no debe aparecer
|
||||
"columns": [
|
||||
_col("staff_id", inferred_type="numeric", physical_type="BIGINT",
|
||||
distinct_count=10000, unique_pct=1.0, flags=["possible_id"]),
|
||||
_col("store_id", inferred_type="numeric", physical_type="INTEGER",
|
||||
distinct_count=2, unique_pct=0.0002),
|
||||
_col("manager_staff_id", inferred_type="numeric", physical_type="INTEGER",
|
||||
distinct_count=40, unique_pct=0.004),
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
out = suggest_intratable_fk_candidates(profile)
|
||||
cols = [c["column"] for c in out]
|
||||
# staff_id excluida (PK); las otras dos ordenadas por distinct desc.
|
||||
assert cols == ["manager_staff_id", "store_id"]
|
||||
refs = {c["column"]: c["ref_table_guess"] for c in out}
|
||||
assert refs["manager_staff_id"] == "manager_staff"
|
||||
assert refs["store_id"] == "store"
|
||||
|
||||
|
||||
def test_max_candidates_corta_la_lista():
|
||||
# max_candidates limita el numero de sugerencias devueltas.
|
||||
profile = {
|
||||
"n_rows": 10000,
|
||||
"key_candidates": [],
|
||||
"columns": [
|
||||
_col("a_id", distinct_count=300, unique_pct=0.03),
|
||||
_col("b_id", distinct_count=200, unique_pct=0.02),
|
||||
_col("c_id", distinct_count=100, unique_pct=0.01),
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
out = suggest_intratable_fk_candidates(profile, max_candidates=2)
|
||||
assert [c["column"] for c in out] == ["a_id", "b_id"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_id_generico_solo_nunca_es_fk():
|
||||
# 'id'/'Id'/'ID' a secas (sin stem) jamas se sugieren como FK.
|
||||
profile = {
|
||||
"n_rows": 500,
|
||||
"key_candidates": [],
|
||||
"columns": [
|
||||
_col("id", distinct_count=500, unique_pct=1.0),
|
||||
_col("Id", distinct_count=120, unique_pct=0.24),
|
||||
_col("ID", distinct_count=80, unique_pct=0.16),
|
||||
],
|
||||
}
|
||||
out = suggest_intratable_fk_candidates(profile)
|
||||
assert out == []
|
||||
@@ -3,7 +3,7 @@ name: summarize_table_duckdb
|
||||
kind: function
|
||||
lang: py
|
||||
domain: datascience
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
version: "1.1.0"
|
||||
purity: impure
|
||||
signature: "def summarize_table_duckdb(db_path: str, table: str, high_card_ratio: float = 0.9) -> dict"
|
||||
description: "Perfila una tabla DuckDB en una sola pasada SQL (SUMMARIZE, push-down sin traer filas a RAM) y devuelve el esqueleto de un TableProfile con el perfil base por columna. Corazon del grupo eda: base barata sobre la que otras funciones anaden lo estadistico fino (skew/kurtosis/histograma sobre muestra)."
|
||||
@@ -64,6 +64,7 @@ else:
|
||||
- **`distinct_count` exacto para tablas <=200k filas, aproximado+capado por encima**: `SUMMARIZE` usa HyperLogLog (`approx_unique`), que SOBREESTIMA y en tablas pequenas puede reportar mas distintos que filas (inflando `unique_pct` por encima de 1.0 y disparando flags `possible_id` falsos). Por eso, para `n_rows <= 200000` la funcion calcula `COUNT(DISTINCT)` EXACTO en una sola query combinada (barata) y usa ese valor. Para tablas mas grandes mantiene `approx_unique` pero lo CAPA a `n_rows` (`distinct_count = min(approx_unique, n_rows)`). En ambos casos `unique_pct = min(distinct_count / n_rows, 1.0)`, asi que `distinct_count` nunca supera las filas ni `unique_pct` pasa de 1.0. Los flags `possible_id` / `high_cardinality` derivan de ese `distinct_count` ya corregido (exacto y fiable por debajo de 200k filas; aproximado y conservador por encima).
|
||||
- **`SUMMARIZE` NO da skew, kurtosis ni histograma**, ni percentiles finos (p1/p5/p95/p99), moda, outliers, correlaciones, key_candidates ni quality_score. Esas claves quedan en `None`/`[]` a proposito: las rellena otra funcion del grupo `eda` sobre una muestra. El sub-dict `numeric` solo trae min, max, mean, std, p25, p50, p75.
|
||||
- **`SUMMARIZE.count` es el total de filas, no el no-nulo**: la funcion deriva el `count` no-nulo del ColumnProfile como `n_rows - null_count` (con `null_count` redondeado de `null_percentage`).
|
||||
- **`duplicate_rows`/`duplicate_pct` se pueblan push-down** (desde v1.1.0) con `count(*)` sobre `SELECT DISTINCT *` (sin traer filas a RAM): `duplicate_rows = n_rows - filas_distintas`, `duplicate_pct` en fraccion 0-1. Habilitan la dimension de unicidad de registro del score de dataset (`profile_table` paso 6). Si la tabla tiene tipos no comparables con `DISTINCT` (BLOB/LIST/MAP) la query degrada y ambas vuelven a `None` (renormaliza el score a solo `cell_quality`).
|
||||
- **min/max/avg/std/q25/q50/q75 vienen como strings** desde DuckDB; se convierten a float (None si la columna no es numerica).
|
||||
- **Requiere DuckDB 1.5.2** (columnas de `SUMMARIZE` validadas con esa version: column_name, column_type, min, max, approx_unique, avg, std, q25, q50, q75, count, null_percentage).
|
||||
- **El identificador de tabla se interpola** (no parametrizable en `SUMMARIZE`): por eso se valida contra `^[A-Za-z_][A-Za-z0-9_]*$` antes de citarlo. Un nombre invalido (p.ej. con `;` o espacios) devuelve `{status:'error'}` sin tocar la base.
|
||||
|
||||
@@ -196,6 +196,21 @@ def summarize_table_duckdb(
|
||||
sum(c["null_pct"] for c in columns) / len(columns) if columns else 0.0
|
||||
)
|
||||
|
||||
# Unicidad de registro: filas duplicadas via COUNT de filas distintas
|
||||
# push-down (DISTINCT *), sin traer filas a RAM. Habilita la dimension
|
||||
# de uniqueness del score de dataset (1 - duplicate_pct). Degrada a None
|
||||
# si la tabla tiene tipos no comparables con DISTINCT (BLOB/LIST/MAP).
|
||||
duplicate_rows = None
|
||||
duplicate_pct = None
|
||||
if n_rows > 0:
|
||||
dup_res = duckdb_query_readonly(
|
||||
db_path, f"SELECT count(*) AS c FROM (SELECT DISTINCT * FROM {quoted})"
|
||||
)
|
||||
if dup_res["status"] == "ok" and dup_res["rows"]:
|
||||
distinct_rows = int(dup_res["rows"][0]["c"])
|
||||
duplicate_rows = max(0, n_rows - distinct_rows)
|
||||
duplicate_pct = duplicate_rows / n_rows # fraccion 0-1
|
||||
|
||||
profile = {
|
||||
"table": table,
|
||||
"source": "duckdb",
|
||||
@@ -203,8 +218,8 @@ def summarize_table_duckdb(
|
||||
"n_rows": n_rows,
|
||||
"n_cols": len(columns),
|
||||
"size_bytes": None,
|
||||
"duplicate_rows": None,
|
||||
"duplicate_pct": None,
|
||||
"duplicate_rows": duplicate_rows,
|
||||
"duplicate_pct": duplicate_pct,
|
||||
"constant_cols": constant_cols,
|
||||
"all_null_cols": all_null_cols,
|
||||
"null_cell_pct": null_cell_pct,
|
||||
|
||||
@@ -54,6 +54,30 @@ def test_shape_y_metadatos_tabla(db):
|
||||
assert profile["correlations"] is None
|
||||
|
||||
|
||||
def test_duplicate_pct_sin_duplicados(db):
|
||||
"""Tabla con todas las filas distintas: duplicate_pct = 0, no None."""
|
||||
profile = summarize_table_duckdb(db, "ventas")["profile"]
|
||||
assert profile["duplicate_rows"] == 0
|
||||
assert profile["duplicate_pct"] == 0.0
|
||||
|
||||
|
||||
def test_duplicate_pct_con_duplicados(tmp_path):
|
||||
"""Filas repetidas: duplicate_rows/duplicate_pct se pueblan push-down."""
|
||||
path = str(tmp_path / "dups.duckdb")
|
||||
con = duckdb.connect(path)
|
||||
con.execute("CREATE TABLE t (a INTEGER, b VARCHAR)")
|
||||
# 5 filas, 2 de ellas idénticas a otras -> 2 duplicadas sobre 5 = 0.4.
|
||||
con.execute(
|
||||
"INSERT INTO t VALUES "
|
||||
"(1,'x'), (2,'y'), (1,'x'), (3,'z'), (2,'y')"
|
||||
)
|
||||
con.close()
|
||||
profile = summarize_table_duckdb(path, "t")["profile"]
|
||||
assert profile["n_rows"] == 5
|
||||
assert profile["duplicate_rows"] == 2
|
||||
assert profile["duplicate_pct"] == 0.4
|
||||
|
||||
|
||||
def test_column_profile_shape(db):
|
||||
profile = summarize_table_duckdb(db, "ventas")["profile"]
|
||||
by_name = {c["name"]: c for c in profile["columns"]}
|
||||
|
||||
@@ -4,7 +4,7 @@ kind: pipeline
|
||||
lang: py
|
||||
domain: pipelines
|
||||
purity: impure
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
version: "1.1.0"
|
||||
signature: "def profile_table(db_path: str, table: str, backend: str = \"duckdb\", sample: int = 5000, run_models: bool = False, run_llm: bool = False, run_series: bool = False, emit_pdf: bool = False, emit_automatic: bool = False, report_dir: str = \"reports\", write_report: bool = True) -> dict"
|
||||
description: "Orquestador one-shot del grupo de capacidad eda: perfila UNA tabla (DuckDB o PostgreSQL) end-to-end componiendo las funciones del grupo (perfil base SQL + muestreo read-only + inferencia semantica + promocion de tipo + estadistica numerica/categorica + score de calidad + correlaciones con correccion FDR + re-expresion de Tukey + avisos exploratorios) y, opcional, modelos baratos (run_models), interpretacion LLM (run_llm) y analisis de serie temporal por columna (run_series: estacionariedad ADF+KPSS, ACF/PACF, STL, retornos). Emite el TableProfile completo mas (opcional) report markdown + JSON sidecar + PDF movil (emit_pdf). Es la composicion canonica para hazme un EDA de esta tabla."
|
||||
tags: [eda, duckdb, postgres, profiling, data-quality, pipeline, dataops, timeseries]
|
||||
@@ -114,3 +114,12 @@ para auditar la calidad de una tabla ya productiva. Reemplaza orquestar a mano
|
||||
Formatos exoticos pueden descartarse silenciosamente del calculo numerico.
|
||||
- `db_path` debe existir: DuckDB read-only NO crea la base. El muestreo usa el
|
||||
sandbox por defecto de `duckdb_query_readonly` (sin acceso a FS/red).
|
||||
- **Score de calidad (report 2046, desde v1.1.0).** Paso 5: cada columna recibe
|
||||
`quality_score` de `column_quality_score` con la formula 60/40
|
||||
(completeness/validity); al promocionar texto a numero/fecha se expone
|
||||
`col["validity_rate"]` (parse rate de la muestra) para alimentar la dimension
|
||||
validity. Paso 6: el score de dataset NO es la media simple — es
|
||||
`100 * (0.85*cell_quality + 0.15*row_uniqueness)`, donde
|
||||
`cell_quality = media(score_col/100)` y `row_uniqueness = 1 - duplicate_pct`.
|
||||
Si `duplicate_pct` es `None` (backend sin calcularlo) el score se renormaliza
|
||||
a solo `cell_quality`. Los outliers NO bajan el score (van a `observations`).
|
||||
|
||||
@@ -477,9 +477,18 @@ def profile_table(
|
||||
if vals and (len(ok) / len(vals)) >= _PROMOTE_MIN_PARSE:
|
||||
col["inferred_type"] = "numeric"
|
||||
inferred = "numeric"
|
||||
# Tasa de parseo real de la muestra: alimenta la
|
||||
# dimension validity de column_quality_score (fraccion
|
||||
# de valores conformes al tipo numerico promovido).
|
||||
col["validity_rate"] = len(ok) / len(vals)
|
||||
elif semantic in _DATETIME_SEMANTIC:
|
||||
col["inferred_type"] = "datetime"
|
||||
inferred = "datetime"
|
||||
# Tasa de parseo de la muestra a fecha (mismo papel que el
|
||||
# parse rate numerico) para la dimension validity.
|
||||
parsed_dt = [_to_ordinal_days(v) for v in vals]
|
||||
ok_dt = [d for d in parsed_dt if d is not None]
|
||||
col["validity_rate"] = (len(ok_dt) / len(vals)) if vals else None
|
||||
|
||||
# 4) Enriquecer segun el inferred_type final.
|
||||
if inferred == "numeric":
|
||||
@@ -506,11 +515,36 @@ def profile_table(
|
||||
# 5) Score de calidad por columna.
|
||||
col["quality_score"] = column_quality_score(col).get("score")
|
||||
|
||||
# 6) Score agregado de la tabla (media de columnas).
|
||||
# 6) Score agregado de la tabla (report 2046): NO media simple.
|
||||
# cell_quality = media de los scores de columna, en [0,1].
|
||||
# row_uniqueness = 1 - duplicate_pct (unicidad de registro).
|
||||
# score = 100 * (0.85*cell_quality + 0.15*row_uniqueness).
|
||||
# Renormaliza a solo cell_quality si duplicate_pct no se pudo calcular.
|
||||
scores = [
|
||||
c["quality_score"] for c in cols if c.get("quality_score") is not None
|
||||
]
|
||||
prof["quality_score"] = round(sum(scores) / len(scores), 1) if scores else None
|
||||
if scores:
|
||||
cell_quality = (sum(scores) / len(scores)) / 100.0
|
||||
dup_pct = prof.get("duplicate_pct")
|
||||
if dup_pct is not None:
|
||||
try:
|
||||
d = float(dup_pct)
|
||||
except (TypeError, ValueError):
|
||||
d = None
|
||||
else:
|
||||
d = None
|
||||
if d is not None:
|
||||
# Tolerar escala 0-100 por si algun backend la entrega asi.
|
||||
if d > 1.0:
|
||||
d = d / 100.0
|
||||
row_uniqueness = max(0.0, min(1.0, 1.0 - d))
|
||||
prof["quality_score"] = round(
|
||||
100.0 * (0.85 * cell_quality + 0.15 * row_uniqueness), 1
|
||||
)
|
||||
else:
|
||||
prof["quality_score"] = round(100.0 * cell_quality, 1)
|
||||
else:
|
||||
prof["quality_score"] = None
|
||||
|
||||
# 7) Candidatos a clave.
|
||||
key_candidates = []
|
||||
@@ -536,6 +570,21 @@ def profile_table(
|
||||
type_breakdown[it] += 1
|
||||
prof["type_breakdown"] = type_breakdown
|
||||
|
||||
# 8.1) Primeras filas crudas (df.head) para el capitulo OVERVIEW del motor
|
||||
# AutomaticEDA: una muestra SELECT col1,col2,... LIMIT 10 alineada por fila.
|
||||
# Se reusa _sample_rows (mismo lector read-only). Estilo dict-no-throw: si
|
||||
# falla, head_rows queda None y el capitulo degrada a su nota honesta. El
|
||||
# capitulo lo recoge via profile["head_rows"]; build_eda_render_ctx ademas
|
||||
# lo replica en ctx["head_rows"] cuando se construye el contexto de render.
|
||||
try:
|
||||
head_names = [c.get("name") for c in cols if c.get("name")]
|
||||
head_rows = _sample_rows(_q, table, head_names, 10)
|
||||
prof["head_rows"] = [
|
||||
dict(r) for r in head_rows if isinstance(r, dict)
|
||||
] or None
|
||||
except Exception: # noqa: BLE001
|
||||
prof["head_rows"] = None
|
||||
|
||||
# 8.5) Matriz de correlacion/asociacion sobre una muestra de filas
|
||||
# alineadas. Elige la metrica por par de tipos (Pearson/Spearman,
|
||||
# Cramer's V/Theil's U, correlation ratio, MI) via association_matrix.
|
||||
|
||||
@@ -4,9 +4,9 @@ kind: pipeline
|
||||
lang: py
|
||||
domain: pipelines
|
||||
purity: impure
|
||||
version: "1.0.0"
|
||||
signature: "def render_automatic_eda(db_path: str, table: str, backend: str = \"duckdb\", sample: int = 5000, run_models: bool = True, run_series: bool = True, run_llm: bool = False, out_dir: str = \"reports\", basename: str = None, ctx_extra: dict = None) -> dict"
|
||||
description: "Informe AutomaticEDA COMPLETO one-shot de una tabla DuckDB/PostgreSQL: perfila con profile_table, construye el ctx con los datos crudos (build_eda_render_ctx: raw_numeric para modelos/geo, timeseries_raw para series, geo_points para el mapa, db_path/table para la agregacion push-down) y emite PDF (A5 movil) Y PPTX (16:9) del mismo documento por capitulos, con los 11 capitulos POBLADOS de verdad (clusters pintados sobre el PCA, evolucion temporal, mapa geografico y tablas de agregacion), no degradados. Devuelve las rutas de PDF/PPTX y el manifiesto de versiones por capitulo."
|
||||
version: "1.1.0"
|
||||
signature: "def render_automatic_eda(db_path: str, table: str, backend: str = \"duckdb\", sample: int = None, run_models: bool = None, run_series: bool = None, run_llm: bool = None, profile_level: str = \"standard\", out_dir: str = \"reports\", basename: str = None, ctx_extra: dict = None) -> dict"
|
||||
description: "Informe AutomaticEDA COMPLETO one-shot de una tabla DuckDB/PostgreSQL: perfila con profile_table, construye el ctx con los datos crudos (build_eda_render_ctx: raw_numeric para modelos/geo, timeseries_raw para series, geo_points para el mapa, db_path/table para la agregacion push-down) y emite PDF (A5 movil) Y PPTX (16:9) del mismo documento por capitulos, con los 11 capitulos POBLADOS de verdad (clusters pintados sobre el PCA, evolucion temporal, mapa geografico y tablas de agregacion), no degradados. El parametro profile_level es un preset de consumo CPU/LLM (lite/standard/full) que mapea a los flags run_models/run_series/run_llm/sample; un flag explicito siempre prima sobre el preset. lite=bajo consumo (sin LLM, sin serie, modelos solo PCA+normalidad sin KMeans/IsolationForest, sample reducido); standard=comportamiento historico; full=standard+narrativa LLM. Devuelve las rutas de PDF/PPTX y el manifiesto de versiones por capitulo."
|
||||
tags: [eda, duckdb, postgres, profiling, pipeline, dataops, report, pdf, pptx]
|
||||
uses_functions:
|
||||
- profile_table_py_pipelines
|
||||
@@ -31,13 +31,15 @@ params:
|
||||
- name: backend
|
||||
desc: "'duckdb' (default) o 'postgres'. Selecciona el motor de perfilado y muestreo."
|
||||
- name: sample
|
||||
desc: "Maximo de filas/valores muestreados por columna para el perfil y para los datos crudos del ctx (LIMIT). Default 5000."
|
||||
desc: "Maximo de filas/valores muestreados por columna para el perfil y para los datos crudos del ctx (LIMIT). Default None => lo fija el preset de profile_level (lite=2000, standard/full=5000). Un valor explicito prima sobre el preset."
|
||||
- name: run_models
|
||||
desc: "Si True (default) corre los modelos baratos (PCA/KMeans/IsolationForest/normalidad); necesario para que el capitulo modelos pinte los clusters sobre el plano PCA."
|
||||
desc: "Corre los modelos baratos (PCA/KMeans/IsolationForest/normalidad); necesario para que el capitulo modelos pinte los clusters sobre el plano PCA. Default None => lo fija el preset (True en los tres niveles); en lite los modelos se limitan a PCA+normalidad. Un valor explicito prima sobre el preset."
|
||||
- name: run_series
|
||||
desc: "Si True (default) calcula el analisis de serie temporal por columna numerica; necesario para el analisis del capitulo timeseries (la grafica de evolucion sale de los datos crudos del ctx aunque sea False)."
|
||||
desc: "Calcula el analisis de serie temporal por columna numerica; necesario para el analisis del capitulo timeseries. Default None => lo fija el preset (standard/full=True, lite=False). Un valor explicito prima sobre el preset."
|
||||
- name: run_llm
|
||||
desc: "Si True (default False) hace la interpretacion LLM del perfil y ACTIVA la narrativa LLM de los capitulos modelos/geospatial/agregacion (titulos de segmento, descripcion de zona, seleccion de agregaciones). Con False usan su derivacion cuantitativa sin red."
|
||||
desc: "Hace la interpretacion LLM del perfil y ACTIVA la narrativa LLM de los capitulos modelos/geospatial/agregacion (titulos de segmento, descripcion de zona, seleccion de agregaciones). Con False usan su derivacion cuantitativa sin red. Default None => lo fija el preset (full=True, lite/standard=False). Un valor explicito prima sobre el preset."
|
||||
- name: profile_level
|
||||
desc: "Preset de consumo CPU/LLM (default 'standard'). Mapea a defaults de run_models/run_series/run_llm/sample; un flag explicito SIEMPRE prima. 'lite'=bajo consumo (run_llm=False, run_series=False, sample=2000, modelos solo PCA+normalidad sin KMeans/IsolationForest); 'standard'=comportamiento historico (modelos completos, serie, sin LLM); 'full'=standard+narrativa LLM. Un nivel desconocido cae a 'standard'."
|
||||
- name: out_dir
|
||||
desc: "Directorio de salida (se crea si no existe). Default 'reports'."
|
||||
- name: basename
|
||||
@@ -52,14 +54,21 @@ output: "dict {status:'ok', pdf_path:str, pptx_path:str, manifest_path:str|None,
|
||||
```python
|
||||
from pipelines.render_automatic_eda import render_automatic_eda
|
||||
|
||||
# Tabla DuckDB con categoricas + fecha + numericas: informe completo a reports/.
|
||||
r = render_automatic_eda("/tmp/ventas.duckdb", "ventas",
|
||||
run_models=True, run_series=True, out_dir="reports")
|
||||
# Informe completo a reports/ (standard = comportamiento por defecto historico).
|
||||
r = render_automatic_eda("/tmp/ventas.duckdb", "ventas", out_dir="reports")
|
||||
print(r["status"], r["pdf_path"], r["pptx_path"], r["n_pages"], r["n_slides"])
|
||||
# ok reports/aeda_ventas_20260630-120500.pdf reports/aeda_ventas_20260630-120500.pptx 14 16
|
||||
# ok reports/aeda_ventas_20260630-120500.pdf reports/aeda_ventas_20260630-120500.pptx 37 39
|
||||
|
||||
# Con narrativa LLM (titulos de segmento, descripcion geografica, etc.):
|
||||
r = render_automatic_eda("/tmp/ventas.duckdb", "ventas", run_llm=True)
|
||||
# Bajo consumo (CPU/LLM): vistazo rapido y barato — sin LLM, sin serie, modelos
|
||||
# solo PCA + normalidad (sin KMeans/IsolationForest), sample reducido.
|
||||
r = render_automatic_eda("/tmp/ventas.duckdb", "ventas", profile_level="lite")
|
||||
|
||||
# Maximo: standard + narrativa LLM por capitulo (titulos de segmento, etc.).
|
||||
r = render_automatic_eda("/tmp/ventas.duckdb", "ventas", profile_level="full")
|
||||
|
||||
# Precedencia: el flag explicito SIEMPRE prima sobre el preset. lite pero con LLM:
|
||||
r = render_automatic_eda("/tmp/ventas.duckdb", "ventas",
|
||||
profile_level="lite", run_llm=True) # el LLM SI se ejecuta
|
||||
```
|
||||
|
||||
## Cuando usarla
|
||||
@@ -72,20 +81,41 @@ llama a los dos renderers": este pipeline orquesta `profile_table` ->
|
||||
entregable para compartir un EDA, o como el motor detras de `profile_table(
|
||||
emit_automatic=True)` y del skill `/eda`.
|
||||
|
||||
Para un EDA **barato/rapido** (CI, vistazo previo, maquina sin GPU o sin red) usa
|
||||
`profile_level="lite"`: evita KMeans + IsolationForest (lo caro en CPU), la serie
|
||||
temporal y el LLM. Para el **maximo** con interpretacion narrativa por capitulo,
|
||||
`profile_level="full"`. El default `"standard"` mantiene el comportamiento previo.
|
||||
|
||||
## Gotchas
|
||||
|
||||
- Impura: ESCRIBE el PDF, el PPTX y `automatic_eda_manifest.json` en `out_dir`.
|
||||
- `db_path` debe existir: DuckDB read-only no crea la base.
|
||||
- `run_models=True` y `run_series=True` por defecto encarecen el perfil (PCA/
|
||||
KMeans/IsolationForest + ADF/KPSS/STL por columna). Para un informe mas barato
|
||||
ponlos a False: los capitulos modelos/timeseries se omiten o se reducen, pero
|
||||
el resto del informe sale igual.
|
||||
- `run_llm=True` hace llamadas de red (interpretacion del perfil + narrativa por
|
||||
capitulo). Sin red, dejalo en False: los capitulos siguen completos con su
|
||||
derivacion cuantitativa (titulos de segmento derivados, nota geografica
|
||||
derivada, seleccion de agregaciones cuantitativa).
|
||||
- **Precedencia de flags vs preset**: `profile_level` solo fija los DEFAULTS de
|
||||
`run_models`/`run_series`/`run_llm`/`sample` (los que quedan en None). Cualquiera
|
||||
de esos flags pasado explicito gana al preset. Ej: `profile_level="lite",
|
||||
run_llm=True` ejecuta el LLM pese a que lite lo apaga por defecto.
|
||||
- **lite y la seleccion de features de modelo**: en lite los modelos (PCA +
|
||||
normalidad) corren sobre la muestra numerica cruda (`ctx['raw_numeric']`), sin la
|
||||
poda fina de features que aplica el modo standard (que excluye ids enteros y
|
||||
columnas de baja cardinalidad antes de PCA/KMeans). Es el coste de mantener el
|
||||
cableado minimo y barato; para el analisis fino de modelos usa standard/full.
|
||||
- `profile_level="standard"`/`"full"` corren PCA/KMeans/IsolationForest +
|
||||
ADF/KPSS/STL por columna (caro). Para un informe mas barato usa `"lite"` (o pon
|
||||
los flags a False a mano): los capitulos modelos/timeseries se reducen pero el
|
||||
resto del informe sale igual.
|
||||
- `run_llm=True` (preset full o flag explicito) hace llamadas de red
|
||||
(interpretacion del perfil + narrativa por capitulo). Sin red, usa lite/standard:
|
||||
los capitulos siguen completos con su derivacion cuantitativa.
|
||||
- El PPTX requiere `python-pptx`; si no esta instalado, `pptx_path` sera None y
|
||||
`pptx_note` lo explica (el PDF se emite igual).
|
||||
- Los datos crudos del ctx se muestrean con `sample` (LIMIT), no se trae la tabla
|
||||
entera a RAM; con tablas enormes sube `sample` si quieres mas representatividad
|
||||
(coste: mas memoria).
|
||||
|
||||
## Capability growth log
|
||||
|
||||
- v1.1.0 (2026-06-30) — anade el parametro `profile_level` (lite/standard/full),
|
||||
preset de consumo CPU/LLM que mapea a los flags run_models/run_series/run_llm/
|
||||
sample. lite limita los modelos a PCA+normalidad (cableado a run_eda_models con
|
||||
run_kmeans=False/run_isolation=False) y apaga LLM/serie. Cambio aditivo y
|
||||
retro-compatible: sin profile_level el comportamiento es identico al de v1.0.0.
|
||||
|
||||
@@ -1,9 +1,10 @@
|
||||
"""render_automatic_eda — EDA completo one-shot: perfil → ctx → PDF + PPTX.
|
||||
"""render_automatic_eda — EDA completo one-shot: perfil → ctx → PDF + PPTX + MD.
|
||||
|
||||
Pipeline impuro del grupo de capacidad `eda`. Dada UNA tabla DuckDB (o
|
||||
PostgreSQL), produce el informe AutomaticEDA COMPLETO en sus dos formatos a la
|
||||
vez (PDF móvil A5 + PPTX 16:9) con los 11 capítulos POBLADOS, en una sola
|
||||
llamada. Compone, sin reimplementar su lógica, cuatro funciones del registry:
|
||||
PostgreSQL), produce el informe AutomaticEDA COMPLETO en sus tres formatos a la
|
||||
vez (PDF móvil A5 + PPTX 16:9 + Markdown autocontenido para pegar a un LLM) con
|
||||
los capítulos POBLADOS, en una sola llamada. Compone, sin reimplementar su
|
||||
lógica, varias funciones del registry:
|
||||
|
||||
- profile_table : perfila la tabla end-to-end (TableProfile agregado),
|
||||
opcionalmente con modelos baratos y análisis de serie.
|
||||
@@ -12,8 +13,11 @@ llamada. Compone, sin reimplementar su lógica, cuatro funciones del registry:
|
||||
modelos/geo, timeseries_raw para series, geo_points
|
||||
para el mapa, db_path/table para la agregación
|
||||
push-down). Sin él, esos capítulos degradan.
|
||||
- render_automatic_eda_pdf : renderiza el documento por capítulos a PDF.
|
||||
- render_automatic_eda_pptx : renderiza el mismo documento a PPTX.
|
||||
- render_automatic_eda_pdf : renderiza el documento por capítulos a PDF.
|
||||
- render_automatic_eda_pptx : renderiza el mismo documento a PPTX.
|
||||
- render_automatic_eda_markdown : serializa el mismo documento a Markdown
|
||||
autocontenido (texto + tablas markdown, sin
|
||||
binarios) para incorporar a un LLM.
|
||||
|
||||
El TableProfile agregado basta para portada/overview/distribuciones/calidad/
|
||||
correlación, pero los capítulos `modelos`, `timeseries`, `geospatial` y
|
||||
@@ -32,26 +36,69 @@ from datetime import datetime, timezone
|
||||
|
||||
from datascience import (
|
||||
build_eda_render_ctx,
|
||||
render_automatic_eda_markdown,
|
||||
render_automatic_eda_pdf,
|
||||
render_automatic_eda_pptx,
|
||||
run_eda_models,
|
||||
)
|
||||
from pipelines.profile_table import profile_table
|
||||
|
||||
# Tokens de almacenamiento por backend (para la portada del informe).
|
||||
_STORAGE = {"duckdb": "DuckDB", "postgres": "PostgreSQL"}
|
||||
|
||||
# Presets de consumo CPU/LLM: cada profile_level fija SOLO los DEFAULTS de los
|
||||
# flags que controlan el coste (un flag explícito del caller siempre prima sobre
|
||||
# el preset). model_opts != None marca el camino "modelos baratos" (lite): los
|
||||
# modelos NO los corre profile_table (que ejecutaría KMeans + IsolationForest),
|
||||
# sino run_eda_models con esa granularidad, de modo que el coste CPU de los
|
||||
# multivariantes nunca se paga. model_opts None => modelos completos como hasta
|
||||
# ahora (profile_table los corre con todos los algoritmos).
|
||||
_PROFILE_PRESETS = {
|
||||
# Bajo consumo: sin LLM, sin serie, sample reducido y modelos limitados a
|
||||
# PCA + normalidad (sin KMeans ni IsolationForest, lo caro en CPU). Vistazo
|
||||
# rápido y barato de una tabla.
|
||||
"lite": {
|
||||
"run_models": True,
|
||||
"run_series": False,
|
||||
"run_llm": False,
|
||||
"sample": 2000,
|
||||
"model_opts": {"run_kmeans": False, "run_isolation": False},
|
||||
},
|
||||
# Default: idéntico al comportamiento histórico del pipeline (modelos
|
||||
# completos, serie temporal, sin LLM, sample 5000).
|
||||
"standard": {
|
||||
"run_models": True,
|
||||
"run_series": True,
|
||||
"run_llm": False,
|
||||
"sample": 5000,
|
||||
"model_opts": None,
|
||||
},
|
||||
# Máximo: standard + narrativa LLM (interpretación del perfil y de los
|
||||
# capítulos modelos/geospatial/agregacion). Es la única parte que gasta
|
||||
# tokens del modelo.
|
||||
"full": {
|
||||
"run_models": True,
|
||||
"run_series": True,
|
||||
"run_llm": True,
|
||||
"sample": 5000,
|
||||
"model_opts": None,
|
||||
},
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def render_automatic_eda(
|
||||
db_path: str,
|
||||
table: str,
|
||||
backend: str = "duckdb",
|
||||
sample: int = 5000,
|
||||
run_models: bool = True,
|
||||
run_series: bool = True,
|
||||
run_llm: bool = False,
|
||||
sample: int = None,
|
||||
run_models: bool = None,
|
||||
run_series: bool = None,
|
||||
run_llm: bool = None,
|
||||
profile_level: str = "standard",
|
||||
out_dir: str = "reports",
|
||||
basename: str = None,
|
||||
ctx_extra: dict = None,
|
||||
emit_md: bool = True,
|
||||
) -> dict:
|
||||
"""Perfila una tabla y emite el informe AutomaticEDA completo (PDF + PPTX).
|
||||
|
||||
@@ -60,36 +107,80 @@ def render_automatic_eda(
|
||||
table: nombre de la tabla a perfilar.
|
||||
backend: "duckdb" (default) o "postgres".
|
||||
sample: máximo de filas/valores muestreados por columna para el perfil
|
||||
y para los datos crudos del ctx (LIMIT). Default 5000.
|
||||
run_models: si True (default) corre los modelos baratos
|
||||
y para los datos crudos del ctx (LIMIT). Default None => lo fija el
|
||||
preset de profile_level (lite=2000, standard/full=5000).
|
||||
run_models: corre los modelos baratos
|
||||
(PCA/KMeans/IsolationForest/normalidad). Necesario para que el
|
||||
capítulo `modelos` pinte los clusters sobre el plano PCA.
|
||||
run_series: si True (default) calcula el análisis de serie temporal por
|
||||
capítulo `modelos` pinte los clusters sobre el plano PCA. Default
|
||||
None => lo fija el preset (True en los tres niveles); en `lite` los
|
||||
modelos se limitan a PCA + normalidad (ver profile_level).
|
||||
run_series: calcula el análisis de serie temporal por
|
||||
columna numérica. Necesario para el análisis del capítulo
|
||||
`timeseries` (la gráfica de evolución sale de los datos crudos del
|
||||
ctx aunque run_series sea False).
|
||||
run_llm: si True (default False) hace la interpretación LLM del perfil y
|
||||
ctx aunque run_series sea False). Default None => lo fija el preset
|
||||
(standard/full=True, lite=False).
|
||||
run_llm: hace la interpretación LLM del perfil y
|
||||
ACTIVA además la narrativa LLM de los capítulos modelos/geospatial/
|
||||
agregacion (títulos de segmento, descripción de la zona, selección de
|
||||
agregaciones). Con False esos capítulos usan su derivación
|
||||
cuantitativa (siguen completos, sin llamadas de red).
|
||||
cuantitativa (siguen completos, sin llamadas de red). Default None =>
|
||||
lo fija el preset (full=True, lite/standard=False).
|
||||
profile_level: preset de consumo CPU/LLM. Mapea a defaults de los flags
|
||||
anteriores; un flag explícito SIEMPRE prima sobre el preset (el
|
||||
preset solo fija el default cuando el flag se deja en None):
|
||||
|
||||
- "lite" bajo consumo: run_llm=False, run_series=False,
|
||||
sample=2000 y modelos limitados a **PCA + normalidad** (SIN KMeans
|
||||
ni IsolationForest, que es lo caro en CPU). Pensado para un vistazo
|
||||
rápido y barato. El capítulo `modelos` sale con PCA + normalidad,
|
||||
sin el scatter de clusters.
|
||||
- "standard" (default): comportamiento histórico — modelos completos
|
||||
(PCA/KMeans/IsolationForest/normalidad), serie temporal, sin LLM.
|
||||
- "full" standard + narrativa LLM (run_llm=True).
|
||||
|
||||
Ejemplo de precedencia: profile_level="lite" con run_llm=True
|
||||
explícito => el LLM SÍ se ejecuta (el flag explícito gana al preset).
|
||||
out_dir: directorio de salida (se crea si no existe). Default "reports".
|
||||
basename: nombre base de los archivos sin extensión. Default
|
||||
"aeda_<table>_<timestamp>".
|
||||
ctx_extra: dict opcional con claves de presentación/contexto extra que se
|
||||
mezclan en el ctx (p.ej. dataset_name, description, source_origin).
|
||||
No pisan las claves de datos calculadas por build_eda_render_ctx.
|
||||
emit_md: además del PDF y el PPTX, emite un Markdown autocontenido del
|
||||
MISMO documento por capítulos (texto plano + tablas markdown, sin
|
||||
binarios), pensado para pegar a un LLM. Default True. La ruta sale en
|
||||
la clave de retorno ``aeda_md_path``. No altera las demás salidas.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
dict (nunca lanza). En éxito::
|
||||
|
||||
{"status": "ok", "pdf_path": str, "pptx_path": str,
|
||||
"manifest_path": str|None, "n_pages": int, "n_slides": int,
|
||||
"pdf_note": str, "pptx_note": str, "profile": <TableProfile>}
|
||||
"aeda_md_path": str|None, "manifest_path": str|None,
|
||||
"n_pages": int, "n_slides": int, "md_chars": int|None,
|
||||
"pdf_note": str, "pptx_note": str, "md_note": str|None,
|
||||
"profile": <TableProfile>}
|
||||
|
||||
En error: {"status": "error", "error": str}.
|
||||
"""
|
||||
try:
|
||||
# 0) Resolución del preset: el profile_level fija los DEFAULTS de los
|
||||
# flags de coste; cualquier flag que el caller haya pasado explícito
|
||||
# (!= None) prima sobre el preset. Un profile_level desconocido cae a
|
||||
# "standard" (comportamiento histórico), sin lanzar.
|
||||
preset = _PROFILE_PRESETS.get(profile_level, _PROFILE_PRESETS["standard"])
|
||||
sample = preset["sample"] if sample is None else sample
|
||||
run_models = preset["run_models"] if run_models is None else run_models
|
||||
run_series = preset["run_series"] if run_series is None else run_series
|
||||
run_llm = preset["run_llm"] if run_llm is None else run_llm
|
||||
model_opts = preset["model_opts"]
|
||||
|
||||
# En el camino "modelos baratos" (lite) profile_table NO corre los
|
||||
# modelos: los ejecuta este pipeline con run_eda_models y la granularidad
|
||||
# del preset, evitando pagar el coste CPU de KMeans + IsolationForest.
|
||||
# En standard/full profile_table los corre completos como siempre.
|
||||
lite_models = bool(run_models) and model_opts is not None
|
||||
pt_run_models = bool(run_models) and not lite_models
|
||||
|
||||
# 1) Perfil base + modelos/serie opcionales. No escribe report propio
|
||||
# (write_report=False): este pipeline emite su propio par PDF/PPTX.
|
||||
pres = profile_table(
|
||||
@@ -97,7 +188,7 @@ def render_automatic_eda(
|
||||
table,
|
||||
backend=backend,
|
||||
sample=sample,
|
||||
run_models=run_models,
|
||||
run_models=pt_run_models,
|
||||
run_llm=run_llm,
|
||||
run_series=run_series,
|
||||
emit_pdf=False,
|
||||
@@ -131,6 +222,28 @@ def render_automatic_eda(
|
||||
base_ctx=base_ctx,
|
||||
)
|
||||
|
||||
# 2.5) Camino lite — modelos baratos (PCA + normalidad, sin KMeans ni
|
||||
# IsolationForest). profile_table no corrió los modelos; aquí se corren
|
||||
# con run_eda_models reusando la muestra numérica alineada por fila que
|
||||
# build_eda_render_ctx ya trajo en ctx['raw_numeric'] (no se reimplementa
|
||||
# la lógica de los modelos: se delega en run_eda_models con la
|
||||
# granularidad del preset).
|
||||
if lite_models:
|
||||
raw_numeric = ctx.get("raw_numeric") if isinstance(ctx, dict) else None
|
||||
if isinstance(raw_numeric, dict) and raw_numeric:
|
||||
model_input = {
|
||||
col: {"values": vals, "type": "numeric"}
|
||||
for col, vals in raw_numeric.items()
|
||||
}
|
||||
prof["models"] = run_eda_models(model_input, **model_opts)
|
||||
# Quita raw_numeric del ctx para que el capítulo `modelos` NO
|
||||
# reproyecte clusters KMeans en vivo (project_clusters_2d ejecuta
|
||||
# KMeans): en lite ese coste se evita. geo_points ya quedó derivado
|
||||
# en ctx por build_eda_render_ctx, así que el capítulo geospatial no
|
||||
# se ve afectado.
|
||||
if isinstance(ctx, dict):
|
||||
ctx.pop("raw_numeric", None)
|
||||
|
||||
# 3) Render a ambos formatos desde el MISMO documento por capítulos.
|
||||
os.makedirs(out_dir, exist_ok=True)
|
||||
ts = datetime.now(timezone.utc).strftime("%Y%m%d-%H%M%S")
|
||||
@@ -142,15 +255,26 @@ def render_automatic_eda(
|
||||
rpdf = render_automatic_eda_pdf(prof, pdf_path, meta) or {}
|
||||
rpptx = render_automatic_eda_pptx(prof, pptx_path, meta) or {}
|
||||
|
||||
# Salida Markdown autocontenida (mismo documento por capítulos) para
|
||||
# pegar a un LLM. Aditiva: no afecta a PDF/PPTX/manifest. dict-no-throw.
|
||||
rmd = {}
|
||||
md_path = None
|
||||
if emit_md:
|
||||
md_path = os.path.join(out_dir, base + ".md")
|
||||
rmd = render_automatic_eda_markdown(prof, md_path, meta) or {}
|
||||
|
||||
return {
|
||||
"status": "ok",
|
||||
"pdf_path": rpdf.get("path"),
|
||||
"pptx_path": rpptx.get("path"),
|
||||
"aeda_md_path": rmd.get("path"),
|
||||
"manifest_path": rpdf.get("manifest_path"),
|
||||
"n_pages": rpdf.get("n_pages"),
|
||||
"n_slides": rpptx.get("n_slides"),
|
||||
"md_chars": rmd.get("n_chars"),
|
||||
"pdf_note": rpdf.get("note"),
|
||||
"pptx_note": rpptx.get("note"),
|
||||
"md_note": rmd.get("note"),
|
||||
"profile": prof,
|
||||
}
|
||||
except Exception as e: # noqa: BLE001 — dict-no-throw: degradar, nunca lanzar.
|
||||
|
||||
@@ -89,3 +89,170 @@ def test_pipeline_bad_db_degrades_without_raising(tmp_path):
|
||||
out_dir=str(tmp_path / "o"))
|
||||
assert r["status"] == "error"
|
||||
assert "error" in r
|
||||
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
# profile_level: preset de bajo consumo CPU/LLM.
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
def _make_db_models(path):
|
||||
"""DB con >=2 numéricas continuas (alta cardinalidad, 3 clusters gaussianos).
|
||||
|
||||
El DB `sales` de _make_db solo deja UNA columna de modelo tras la selección de
|
||||
features (units es baja cardinalidad, lat/lon discretizadas), insuficiente para
|
||||
PCA/KMeans/IsolationForest (necesitan >=2). Este DB sí tiene 3 numéricas
|
||||
continuas con estructura de clusters para que el modo completo ejecute los
|
||||
multivariantes.
|
||||
"""
|
||||
import random
|
||||
from datetime import date, timedelta
|
||||
|
||||
con = duckdb.connect(path)
|
||||
con.execute(
|
||||
"CREATE TABLE pts (d DATE, grp VARCHAR, x1 DOUBLE, x2 DOUBLE, x3 DOUBLE)"
|
||||
)
|
||||
random.seed(42)
|
||||
centers = [(0.0, 0.0, 0.0), (10.0, 10.0, 10.0), (20.0, 5.0, 15.0)]
|
||||
d0 = date(2024, 1, 1)
|
||||
rows = []
|
||||
for i in range(150):
|
||||
cx, cy, cz = centers[i % 3]
|
||||
rows.append((
|
||||
d0 + timedelta(days=i), f"g{i % 3}",
|
||||
round(cx + random.gauss(0, 1.0), 4),
|
||||
round(cy + random.gauss(0, 1.0), 4),
|
||||
round(cz + random.gauss(0, 1.0), 4),
|
||||
))
|
||||
con.executemany("INSERT INTO pts VALUES (?,?,?,?,?)", rows)
|
||||
con.close()
|
||||
|
||||
|
||||
def test_profile_level_lite_skips_expensive_models(tmp_path):
|
||||
"""lite: el bloque models trae PCA + normalidad pero NO KMeans/IsolationForest.
|
||||
|
||||
Demuestra (DoD bajo consumo) que el camino lite no ejecuta los modelos caros
|
||||
en CPU ni la capa LLM ni la serie temporal: prof['models'] queda con pca y
|
||||
normality poblados y kmeans/outliers a None, prof['llm'] y prof['series'] a
|
||||
None, y el capítulo `modelos` se renderiza igualmente (con PCA, sin clusters).
|
||||
"""
|
||||
import json
|
||||
|
||||
db = str(tmp_path / "pts.duckdb")
|
||||
_make_db_models(db)
|
||||
out = str(tmp_path / "out")
|
||||
r = render_automatic_eda(db, "pts", profile_level="lite",
|
||||
out_dir=out, basename="lite")
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
|
||||
models = (r["profile"] or {}).get("models") or {}
|
||||
assert models.get("pca") is not None, "lite debe traer PCA"
|
||||
assert models.get("normality") is not None, "lite debe traer normalidad"
|
||||
assert models.get("kmeans") is None, "lite NO debe ejecutar KMeans"
|
||||
assert models.get("outliers") is None, "lite NO debe ejecutar IsolationForest"
|
||||
assert (r["profile"] or {}).get("llm") is None, "lite NO debe llamar al LLM"
|
||||
assert (r["profile"] or {}).get("series") is None, "lite NO debe calcular serie"
|
||||
|
||||
# El capítulo modelos sigue presente (lo puebla el PCA), sin clusters KMeans.
|
||||
with open(r["manifest_path"], encoding="utf-8") as fh:
|
||||
man = json.load(fh)
|
||||
assert "modelos" in (man.get("chapters") or {})
|
||||
|
||||
|
||||
def test_profile_level_standard_runs_full_models(tmp_path):
|
||||
"""standard (default): modelos completos (KMeans + IsolationForest) y serie."""
|
||||
db = str(tmp_path / "pts.duckdb")
|
||||
_make_db_models(db)
|
||||
out = str(tmp_path / "out")
|
||||
r = render_automatic_eda(db, "pts", profile_level="standard",
|
||||
out_dir=out, basename="std")
|
||||
assert r["status"] == "ok", r.get("error")
|
||||
models = (r["profile"] or {}).get("models") or {}
|
||||
assert models.get("pca") is not None
|
||||
assert models.get("kmeans") is not None, "standard debe ejecutar KMeans"
|
||||
assert models.get("outliers") is not None, "standard debe ejecutar IsolationForest"
|
||||
assert (r["profile"] or {}).get("series") is not None, "standard calcula serie"
|
||||
|
||||
|
||||
def _patch_pipeline_internals(monkeypatch, captured):
|
||||
"""Stub de las dependencias del pipeline para tests de resolución de flags.
|
||||
|
||||
Sustituye profile_table / build_eda_render_ctx / renderers por stubs rápidos
|
||||
sin red ni matplotlib, capturando los kwargs con los que se invocan. Permite
|
||||
verificar la PRECEDENCIA flag-explícito-sobre-preset sin ejecutar el EDA real.
|
||||
"""
|
||||
import pipelines.render_automatic_eda as mod
|
||||
|
||||
def fake_profile_table(db_path, table, **kw):
|
||||
captured["run_llm"] = kw.get("run_llm")
|
||||
captured["run_models"] = kw.get("run_models")
|
||||
captured["run_series"] = kw.get("run_series")
|
||||
captured["sample"] = kw.get("sample")
|
||||
return {"status": "ok", "profile": {"columns": []}}
|
||||
|
||||
def fake_ctx(db_path, table, prof, **kw):
|
||||
captured["base_ctx"] = kw.get("base_ctx")
|
||||
return {}
|
||||
|
||||
monkeypatch.setattr(mod, "profile_table", fake_profile_table)
|
||||
monkeypatch.setattr(mod, "build_eda_render_ctx", fake_ctx)
|
||||
monkeypatch.setattr(mod, "render_automatic_eda_pdf",
|
||||
lambda *a, **k: {"path": "x.pdf", "n_pages": 1,
|
||||
"manifest_path": "m.json"})
|
||||
monkeypatch.setattr(mod, "render_automatic_eda_pptx",
|
||||
lambda *a, **k: {"path": "x.pptx", "n_slides": 1})
|
||||
|
||||
|
||||
def test_explicit_flag_overrides_preset(monkeypatch):
|
||||
"""Precedencia: profile_level='lite' con run_llm=True explícito → LLM activo.
|
||||
|
||||
El flag explícito del caller gana al default del preset. Se verifica tanto en
|
||||
el flag que llega a profile_table (run_llm=True ⇒ profile_table llamará al
|
||||
LLM) como en el base_ctx (run_cluster_llm=True ⇒ narrativa LLM por capítulo).
|
||||
"""
|
||||
captured = {}
|
||||
_patch_pipeline_internals(monkeypatch, captured)
|
||||
|
||||
captured.clear()
|
||||
render_automatic_eda("db", "t", profile_level="lite", run_llm=True)
|
||||
assert captured["run_llm"] is True, "flag explícito debe primar sobre preset lite"
|
||||
assert (captured["base_ctx"] or {}).get("run_cluster_llm") is True
|
||||
|
||||
|
||||
def test_full_preset_enables_llm(monkeypatch):
|
||||
"""full: el preset resuelve run_llm=True y activa la narrativa LLM en el ctx."""
|
||||
captured = {}
|
||||
_patch_pipeline_internals(monkeypatch, captured)
|
||||
|
||||
captured.clear()
|
||||
render_automatic_eda("db", "t", profile_level="full")
|
||||
assert captured["run_llm"] is True
|
||||
assert (captured["base_ctx"] or {}).get("run_cluster_llm") is True
|
||||
|
||||
|
||||
def test_no_profile_level_defaults_to_standard(monkeypatch):
|
||||
"""Retro-compat: sin profile_level ni flags, el comportamiento es el histórico.
|
||||
|
||||
standard = run_models True, run_series True, run_llm False, sample 5000. Es el
|
||||
mismo default que tenía el pipeline antes de introducir profile_level (cambio
|
||||
aditivo: las llamadas existentes no cambian de comportamiento).
|
||||
"""
|
||||
captured = {}
|
||||
_patch_pipeline_internals(monkeypatch, captured)
|
||||
|
||||
captured.clear()
|
||||
render_automatic_eda("db", "t") # sin profile_level ni flags de coste
|
||||
assert captured["run_models"] is True
|
||||
assert captured["run_series"] is True
|
||||
assert captured["run_llm"] is False
|
||||
assert captured["sample"] == 5000
|
||||
|
||||
|
||||
def test_lite_preset_defaults(monkeypatch):
|
||||
"""lite por defecto: run_llm/run_series False y sample reducido a 2000."""
|
||||
captured = {}
|
||||
_patch_pipeline_internals(monkeypatch, captured)
|
||||
|
||||
captured.clear()
|
||||
render_automatic_eda("db", "t", profile_level="lite")
|
||||
assert captured["run_llm"] is False
|
||||
assert captured["run_series"] is False
|
||||
assert captured["sample"] == 2000
|
||||
|
||||
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